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  • #2134

Closed
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Opened Jan 26, 2017 by Mikaël Salson@mikael-sOwner

Permettre de ne lancer que certains germlines d'un fichier .germlines

Actuellement on a la possibilité de préciser soit un fichier .germlines dont tous les locus spécifiés seront analysés (sauf les incomplets si on n'a pas l'option -i), soit l'ensemble des fichiers « V » et l'ensemble des fichiers « J » (et éventuellement D) sur la ligne de commande. Dans ce dernier cas, il s'agit d'un germline « custom » qui n'est donc pas assimilé à un germline reconnu et n'a pas d'espèces.

Il serait pratique de ne pouvoir sélectionner que quelques germlines au sein d'un fichier .germlines. Par exemple si je veux analyser les kappa avec les incomplets je pourrais faire -g germline/homo-sapiens.germlines -? IGK,IGK+ (où le ? est à remplacer par une lettre adéquate). Si je voulais préciser les fichiers V et J sur la ligne de commande, je perdrais la possibilité de séparer les complets des « inhabituels »

@magiraud

To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
Assignee
Assign to
Algo 2017.03
Milestone
Algo 2017.03
Assign milestone
Time tracking
None
Due date
None
Reference: vidjil/vidjil#2134