Skip to content

GitLab

  • Menu
Projects Groups Snippets
    • Loading...
  • Help
    • Help
    • Support
    • Community forum
    • Submit feedback
    • Contribute to GitLab
  • Sign in
  • vidjil vidjil
  • Project information
    • Project information
    • Activity
    • Labels
    • Members
  • Repository
    • Repository
    • Files
    • Commits
    • Branches
    • Tags
    • Contributors
    • Graph
    • Compare
  • Issues 1,715
    • Issues 1,715
    • List
    • Boards
    • Service Desk
    • Milestones
  • Merge requests 89
    • Merge requests 89
  • CI/CD
    • CI/CD
    • Pipelines
    • Jobs
    • Schedules
  • Deployments
    • Deployments
    • Environments
    • Releases
  • Monitor
    • Monitor
    • Incidents
  • Packages & Registries
    • Packages & Registries
    • Container Registry
  • Analytics
    • Analytics
    • Value stream
    • CI/CD
    • Repository
  • Snippets
    • Snippets
  • Activity
  • Graph
  • Create a new issue
  • Jobs
  • Commits
  • Issue Boards
Collapse sidebar
  • vidjil
  • vidjilvidjil
  • Issues
  • #2076

Closed
Open
Created Dec 19, 2016 by Mathieu Giraud@magiraudOwner

Coûts du FineSegmenter et documentation de -f

@flothoni, à propos d'une réponse à Aurélie :

Par contre je ne comprend pas a quoi correspondent les valeurs 9999 dans les paramètres. rappel sur le scoring : -f <string> use custom Cost for fine segmenter : format "match, subst, indels, homo, del_end" (default (4, -6/-10/-10, -9999-9999/-9999-9999, -1, -2) 0.05/0.346574 )

algo/core/dynprog.cpp: 91 : Le -9999 est un « moins l’infini », et ce n’est pas très propre. Ici, ce sont les valeurs pour des indels avec gap open/extend (pas utilisé pour le FineSegmenter, mais utilisé pour le « align » depuis le browser (align.cgi))

  • le message d'aide en ligne devrait être plus cohérent avec ce que prend -f
  • Le -9999 ne devrait pas être affiché comme tel.

@mikael-s

To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
Assignee
Assign to
Time tracking