GitLab

@flothoni, à propos d'une réponse à Aurélie :

Par contre je ne comprend pas a quoi correspondent les valeurs 9999 dans les paramètres. rappel sur le scoring : -f <string> use custom Cost for fine segmenter : format "match, subst, indels, homo, del_end" (default (4, -6/-10/-10, -9999-9999/-9999-9999, -1, -2) 0.05/0.346574 )

algo/core/dynprog.cpp: 91 : Le -9999 est un « moins l’infini », et ce n’est pas très propre. Ici, ce sont les valeurs pour des indels avec gap open/extend (pas utilisé pour le FineSegmenter, mais utilisé pour le « align » depuis le browser (align.cgi))

• le message d'aide en ligne devrait être plus cohérent avec ce que prend -f
• Le -9999 ne devrait pas être affiché comme tel.

@mikael-s