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  • #1991
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Issue created Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

Release 2016.09

  • la première release avec aho (pour l'instant silencieux ou pas ?)
  • max_similarity 20
  • pb de représentative : à voir sérieusement, hotfix et autres

À faire au pire avant EC-NGS, donc jeudi prochain

De plus, cela fait très longtemps qu'on a pas communiqué/spammé tous les utilisateurs (pas fait cet été, finalement).


  • aho : n'a pas été mergé complètement. Un merge maintenant fait pas mal de conflits

aho : désolé, c'est moi qui juste après 2016.08 n'a pas fait de pull incluant ton dernier boulot.

-> branche sans-aho, rebasée sur 2016.08 en enlevant juste le merge loupé. et... aho se merge quasi-parfaitement dessus !

Proposition : on travaille sur sans-aho, on release 2016.09, puis on merge proprement aho.


(on pourrait même merger directement aho sur sans-aho... mais cela risque de rajouter des choses à controller pour la release de jeudi prochain ou d'avant, à voir)


Ok. Il faut aussi intégrer/modifier/améliorer hotfix_evalue_incomplete_germline


sans-aho : Il y a 0cb9a9f, 9bac43b et 4fc1c8c qui ont un lien avec Aho. Je les avais mis dans dev, car après le merge. Cela casse les tests, qu'en fait-on ?


Rebasé à l'instant sans-aho en enlevant ces trois commits + poussé les trois commits sur aho.


  • fait la même opération pour les deux commits "chimera.should-get: We segment again on IGL by chance" et "chimera.should-get: We expect just one sequence to be ambiguous"

(à chaque fois je fais rebase -i master)


Il ne manque plus que

  • DDJ ?
  • improve_representative_sans-aho (si cela passe) ?

-improve-representative_sans-aho passe

  • DDJ argh… je savais bien que j'avais un autre truc, ça doit être bon je vérifie.

Chez moi sans-aho (synchro avec origin/sans-aho, pas de modifs en plus) ne passe pas avec les shouldvdj (170 tests échoués au lieu de 168…). Je fais comment pour trouver le coupable ? ;)


  1. Tu passes EXPECTED à 85 pour que les tests passent
  2. Tu fais un "make snapshot_diff", et tu regardes en particulier le début (out/should-vdj.log)

Non, il y a beaucoup mieux maintenant : Sans rien toucher, faire "make snapshot_diff_current", cela fait un shapshot du truc en cours (pas forcément réussi, donc) puis un diff avec le dernier snapshot réussi


Il ne reste donc que DDJ :-)


@magiraud @mikael-s

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