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Les valeurs 5end et 4end dans .vidjil devraient être basées sur 1 / 1-based
Sur ce patient : http://app.vidjil.org/beta/browser/?patient=1612&config=25 (et probableemnt d'autres) le V souligné semble s'arrêter un nucléotide plus tôt que le N déclaré dans le nom de la séquence.
44b9fd01. À regarder de nouveau plus tard.
à vérifier avec les derniers changements, mais cela devrait être bon maintenant
Vérifier/corriger :
- tout ce qui est interne au C++ est 0-based (donc les AlignBox aussi)
- statut du "end" de AlignBox (inclut ou pas la position ?)
Par contre, en .json ou dans toute sortie du C++ (déjà défini dans format-analysis.org + retour IMGT) :
- être 1-based
- position "end" inclut la position (et donc idem pour les opérateurs << de C++ ?)
Ou alors, on passe aussi tout le C++ en 1-based (hum).
Bloquant pour 2015.05.
6406526d (et, au passage, 3e340e1f, "stop" et pas "end"). Tests dans stanford-json.should-get... qui au passage sont les seuls tests là-dessus.
Ces commits cassent le browser, mais sont logiques vu la spec. Normalement pas de soucis pour fuse.py, qui prend tel quel le .seg du meilleur top.