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  • #1798
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Created Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

Gary

python should-vdj-to-tap.py should-vdj-tests/gary.should-vdj.fa tested passed failed (todo) IGH 47 7 40
IGH+ 16 6 10
===== 63 13 50 (0)

python should-vdj-to-tap.py -N should-vdj-tests/gary.should-vdj.fa tested passed failed (todo) IGH 47 26 21
IGH+ 16 8 8
===== 63 34 29 (0)

python should-vdj-to-tap.py -NA should-vdj-tests/gary.should-vdj.fa tested passed failed (todo) IGH 47 29 18
IGH+ 16 11 5
===== 63 40 23 (0)


Bref, sur 63 séquences:

  • 13 passent
  • 21 ont juste des différences sur les régions N (il faudrait voir si c'est significatif ou pas...)
  • 6 différences sur régions N + allèles
  • il en reste 23

Au moins 14 de ces 23 sont des soucis sur le D:

  • 5: Gary VDJ / Vidjil VDDJ
  • 3: Gary VDJ / Vidjil VJ
  • 1: Gary DDJ / Vidjil DJ

Retour fait. Attendre sa réponse pour mettre cela dans dev.


À un moment il faudra merger cela dans dev. J'ai mis des TODO un peu partout. On devrait au moins réussir à faire passer la majorité des TODO-N et TODO-A, il faut prendre le temps de passer sur les séquences et de mettre les alternatives si c'est le cas.


@magiraud @mikael-s

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