Gary
python should-vdj-to-tap.py should-vdj-tests/gary.should-vdj.fa
tested passed failed (todo)
IGH 47 7 40
IGH+ 16 6 10
===== 63 13 50 (0)
python should-vdj-to-tap.py -N should-vdj-tests/gary.should-vdj.fa
tested passed failed (todo)
IGH 47 26 21
IGH+ 16 8 8
===== 63 34 29 (0)
python should-vdj-to-tap.py -NA should-vdj-tests/gary.should-vdj.fa
tested passed failed (todo)
IGH 47 29 18
IGH+ 16 11 5
===== 63 40 23 (0)
Bref, sur 63 séquences:
- 13 passent
- 21 ont juste des différences sur les régions N (il faudrait voir si c'est significatif ou pas...)
- 6 différences sur régions N + allèles
- il en reste 23
Au moins 14 de ces 23 sont des soucis sur le D:
- 5: Gary VDJ / Vidjil VDDJ
- 3: Gary VDJ / Vidjil VJ
- 1: Gary DDJ / Vidjil DJ
Retour fait. Attendre sa réponse pour mettre cela dans dev.
À un moment il faudra merger cela dans dev. J'ai mis des TODO un peu partout. On devrait au moins réussir à faire passer la majorité des TODO-N et TODO-A, il faut prendre le temps de passer sur les séquences et de mettre les alternatives si c'est le cas.