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Indice/index de clonalité, diversité, options et clustérisation
The diversity measures are computed before taking into account the '-r', '-y' and '-z' options and before any further clusterisation.
Pour les options, cela m'a l'air souhaitable. Mais pour la clustérisation, à voir. Le problème est que keepInterstingWindows() a été appelé entre temps, bref ce n'est plus possible d'avoir les calculs exacts. Et justement, avec ces mesures on est intéressé par les petits clones.
@nobody