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Évolution clonale : changement de V (V switch), similarité VDJ-aware
Euh ? Demander à Bruxelles ?
Je ne me souviens plus des détails, mais c'était venu à Zurich lors d'une discussion avec Marleen BRU-Bruxelles et Hélène PAR-Debré. Les relancer avant, ou au pire en discuter lors du VW.
Discuté au VW. Mail de Cristina PAR-Debré :
voici l'URL correspondant au patient que nous avons regardé tout à l'heure (locus IgH oligoclonal), passé sur le Miseq en V3 avec le kit LymphoTrack FR1 : http://app.vidjil.org/browser/?patient=1292&config=25. Il s'agit d'un VH4DH3JH6 et d'un VH6DH3JH6, partageant donc le même D-J.
Faire un calcul de similarité V/D/J-aware, capable de dire : "oh, ces séquences sont très similaires avec une certaine e-valeur car N2/J similaire"... Et le lancer par exemple via le browser comme "plot by similarity" (Problème: sera dépendant du seuil de détection de D.)
En lien aussi avec modèle de proba d'une recombinaison (Bristol fait cela).
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soit un calcul de similarité directement sur la représentation sortie du FineSegmenter
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soit, plus précis, on fait cela directement en programmation dynamique, aligner deux séquences en connaissant leur AligBox, et avoir un score différent pour les N.