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La mise à jour du service Gitlab est terminée. Merci aux collègues du service de production de la DSI qui ont réalisé cette opération qui outre les aspects évolution du logiciel nous a permis de faire le nécessaire face à des failles de sécurité.
Les principales releases notes concernant cette montée de version sont disponibles ici :
https://about.gitlab.com/releases/2023/01/22/gitlab-15-8-released/
https://about.gitlab.com/releases/2022/12/22/gitlab-15-7-released/
https://about.gitlab.com/releases/2022/11/22/gitlab-15-6-released/

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  • #1659
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Issue created Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

Qualité du FineSegmenter

On parlait l’autre jour de la vitesse, mais faut-il aussi que l’on travaille sur la qualité du FineSegmenter ? Et surtout, jusqu'à maintenant, on disait aux gens de pas nous faire confiance pour l'assignation V(D)J (*) : change-t-on ce principe de com ?

  • le travail de Yann montre… qu’on est plutôt bons ! Idem Alice... Et on a potentiellement (Florian, Garry) ce qu'il faut pour améliorer nos jeux de tests

  • d'un autre côté, ce n'est pas notre point fort, et autant jouer notre force (browser, peut-être algo...) et avoir des choses complémentaires (en particulier récupération IMGT)

(*) quoique, l'appnote ne dit pas cela


on est plutôt bons, mais ce n'est pas notre point fort ? :) Ça fait partie intégrante de l'algo je ne pense pas qu'on puisse vraiment dire « bon c'est pas grave, allez voir ailleurs pour la segmentation ». À moins de plugger un logiciel quelconque qui ferait la FineSegmentation mieux que nous. Là dessus IMGT n'est pas la solution, on ne peut pas envoyer 100 clones pour connaître la segmentation. Et si on demande à l'utilisateur de cliquer pour assigner une dizaine de clones, ça ne pas être très user-friendly.


ok. La qualité me semble donc aussi importante, voire plus, que la vitesse (par défaut cela peut toujours être -z 100).


Je répéterai 100 fois tous les matins : "Vidjil is the perfect tool for V(D)J assignation. Its test suite contains more than one hundred sequences with manually curated V(D)J assignation."


@magiraud @mikael-s

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