Récupérer des données par FTP/HTTP/NFS ou autre
Le serveur doit pouvoir récupérer des fichiers à distance (par FTP/HTTP). La première étape est d'avoir un contrôleur qui permet ça (pour que des scripts puissent y accéder au moins). Ensuite on pourrait l'exposer dans l'interface (file/edit_form).
Marc avait l'air motivé, merci :)
Et on peut avoir deux versions : une qui récupère le fichier à l'URL donnée et l'autre qui ne stocke que l'URL. Ensuite Vidjil sera lancé directement avec l'URL : ça marche déjà en utilisant la puissance de bash (sh ?) : ./vidjil -e all -G germline/IGH <(wget -O - -q http://www.vidjil.org/seqs/Stanford_S22.fasta)
(le -e all est là pour éviter l'estimation du nombre de reads)
Discuté à l'instant : pour que l'e-value fonctionne, on pourrait
- soit wrapper dans un scipt shell pour vraiment avoir le fichier
- soit avoir un nb de reads par défaut (1 milllion)
- soit estimer ce nb de reads de l'extérieur (taille du fichier), et le passer en ligne de commande L'estimation peut être à la louche, à un facteur 10 ou 100 près :)