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Created Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

Recombinaisons TRDD/TRAJ

Dans le tableau de Yann tous les gros problèmes semblent résolus sauf un : une recombinaison TRDD/TRAJ (ou même TRDD2/TRDD3/TRAJ). Elle était trouvée par chance en TRDD2/TRDD3 auparavant, mais cela ne résiste pas à la e-valeur (le TRDD3 est grignoté comme il est recombiné et donc il n'y a pas assez de k-mers pour passer le seuil). Du coup on ne trouve plus un clone qu'on trouvait auparavant (mais qu'on classait mal).

Met-on cela dans le germline VdJa ? Sauf qu'il s'appelle VdJa Et là on est sur du DdJa… Sauf que le VdJa c'est du VDJ et là on cherche du DJ.


Ici il n'y est plus : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=443&config=25 mais là il y était : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=443&config=11


J'imagine que ce sera D avec upstream ?


Dans TRD+, on a regroupé plusieurs cas sur le locus TRD. On pourrait donc regrouper plusieurs cas sur le locus TRA/TRD dans VdJa.

(quitte à renommer, TRA/D (aïe, cinq caractères) ? TRA+ ? On peut mettre déjà dans VdJa, et réfléchir ensuite.)

IMGT appelle cela "Human TRA/TRD locus" : http://www.imgt.org/LocusView/docs/humanTRATRDlocus.pl


Pour le TRDD_upstream… pourquoi pas ou en DD2-01, ça dépend de ce qui peut être recombiné.


euh... est-ce bien notable/0443-lil-LEQ--DdJa.fa ? Je ne m'y retrouve pas.


ea66e02c pour la gestion TRDD/TRAJ et 07cb3373 pour les tests


Marqué comme fait.


@magiraud @mikael-s

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