Skip to content

GitLab

  • Menu
Projects Groups Snippets
    • Loading...
  • Help
    • Help
    • Support
    • Community forum
    • Submit feedback
    • Contribute to GitLab
  • Sign in
  • vidjil vidjil
  • Project information
    • Project information
    • Activity
    • Labels
    • Members
  • Repository
    • Repository
    • Files
    • Commits
    • Branches
    • Tags
    • Contributors
    • Graph
    • Compare
  • Issues 1,697
    • Issues 1,697
    • List
    • Boards
    • Service Desk
    • Milestones
  • Merge requests 91
    • Merge requests 91
  • CI/CD
    • CI/CD
    • Pipelines
    • Jobs
    • Schedules
  • Deployments
    • Deployments
    • Environments
    • Releases
  • Monitor
    • Monitor
    • Incidents
  • Packages & Registries
    • Packages & Registries
    • Container Registry
  • Analytics
    • Analytics
    • Value stream
    • CI/CD
    • Repository
  • Snippets
    • Snippets
  • Activity
  • Graph
  • Create a new issue
  • Jobs
  • Commits
  • Issue Boards
Collapse sidebar
  • vidjil
  • vidjilvidjil
  • Issues
  • #1557

Closed
Open
Created Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

V-D-D-J

à traiter uniquement en FineSegmenter ?


M.: (IMGT le fait, nananèreuh)


Ce n'est pas M qui a écrit ça mais T ;)

Ça change aussi des choses dans le .vidjil On ne sait pas gérer plusieurs D à l'heure actuelle (mais je fais une autre tâche)


Ça a aussi des conséquences sur nos options (delta_max) et… sur la taille de la fenêtre


C'est quoi, au fait, l'exemple ? VDDJ dans google donne quelques publis


Yann nous a envoyé le 11 août des séquences VDDJ et DDJ. À voir, pas si facile à traiter. On pourrait lancer une détection d'un deuxième D lorsqu'on a au moins 5-6 nucléotides en N1 ou N2. Mais cela implique de raffiner ensuite beaucoup de bornes.


Dans les Vd1 - Jd1 c'est assez fréquent d'après Patrick


Mis en haut de la pile, 1/3 des données de Florian, à faire d'ici mi-février.


Quasi bon. En attente des commentaires de Florian.

Sur le reste des tests, uniquement deux petits trucs à vérifier :

should-vdj-tests/0118-lil-IGH-TRG.should-vdj.fa IGHV3-901 11/A/5 IGHD2-202 1/GGAA/4 IGHD3-901 7//10 IGHJ603 --> yeah, un deuxième D trouvé, bonne solution, à vérifier

segment_simul.should_get et should-vdj-tests/segment_simul.should-vdj.fa IGHV5-10-101 2/CTTC/3 IGHD1-1401 1//23 IGHD3-1601 8//7 IGHJ501 --> à vérifier, 6nt, limite


Les deux petits trucs ont été vérifiés et mis à jour.


Cela sort donc dans 2016.02. Il y aura des choses à régler par la suite, mis dans d'autres tâches.


@magiraud @mikael-s

To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
Assignee
Assign to
Time tracking