V-D-D-J
à traiter uniquement en FineSegmenter ?
M.: (IMGT le fait, nananèreuh)
Ce n'est pas M qui a écrit ça mais T ;)
Ça change aussi des choses dans le .vidjil On ne sait pas gérer plusieurs D à l'heure actuelle (mais je fais une autre tâche)
Ça a aussi des conséquences sur nos options (delta_max) et… sur la taille de la fenêtre
C'est quoi, au fait, l'exemple ? VDDJ dans google donne quelques publis
Yann nous a envoyé le 11 août des séquences VDDJ et DDJ. À voir, pas si facile à traiter. On pourrait lancer une détection d'un deuxième D lorsqu'on a au moins 5-6 nucléotides en N1 ou N2. Mais cela implique de raffiner ensuite beaucoup de bornes.
Dans les Vd1 - Jd1 c'est assez fréquent d'après Patrick
Mis en haut de la pile, 1/3 des données de Florian, à faire d'ici mi-février.
Quasi bon. En attente des commentaires de Florian.
Sur le reste des tests, uniquement deux petits trucs à vérifier :
should-vdj-tests/0118-lil-IGH-TRG.should-vdj.fa IGHV3-901 11/A/5 IGHD2-202 1/GGAA/4 IGHD3-901 7//10 IGHJ603 --> yeah, un deuxième D trouvé, bonne solution, à vérifier
segment_simul.should_get et should-vdj-tests/segment_simul.should-vdj.fa IGHV5-10-101 2/CTTC/3 IGHD1-1401 1//23 IGHD3-1601 8//7 IGHJ501 --> à vérifier, 6nt, limite
Les deux petits trucs ont été vérifiés et mis à jour.
Cela sort donc dans 2016.02. Il y aura des choses à régler par la suite, mis dans d'autres tâches.