Une représentative, plusieurs clones
Ce sont des exemples donnés par Yann, par exemple sur ce patient http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=444&config=11 Le cas a été clusterisé par Yann, mais il suffit d'aller en TRD (il y a un seul clone). Ce clone correspond à un cluster de deux clones, l'un en VdJa et l'autre en TRD.
On ne voit plus ce cas-là avec la e-valeur, mais c'est peut-être pour une raison différente…
Cas ici aussi (même procédé pour le repérer) http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=169&config=11 ou encore ici (gros clone en TRD+ avec du Vd2/Dd3 repéré sans le Ja29) : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=167&config=11 → on n'a plus le fichier de séquences
impressionnant, joli bug en effet
commit 07adde3c
Author: Mikael Salson mikael.salson@univ-lille1.fr kmerstore.h: Insert properly the revcomp kmers with unsymmetrical seeds. If the seed is not symmetrical (as with TRA and VdJa), we can't just reverse the seed. We need to take back the original substring, reverse it and then take the seed.
Impressionnant que cela ait passé tous les tests jusqu'à maintenant !