Résultat bizarre sur R1/R2
Plein d'utilisateurs font du PE → comment les fusionner ? Et avant de savoir comment on fait : le fait-on ?
Pour mémoire, mail de Thomas (04/12/2014) : I think that assembling the paired ends is not so dangerous since Illumina sequencing is quite accurate and PEAR (the program I used: http://sco.h-its.org/exelixis/web/software/pear/doc.html) is conservative and should even correct for decreasing base quality reads in Illumina seq.
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on pourrait avoir cette compétence, par exemple comprendre PEAR et voir s'il a des options potables, pour pouvoir nous-même nous en servir si besoin et/ou conseiller nos utilisateurs
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par contre, savoir si on met cela dans Vidjil... cela risque de ne pas être facile, intégration à trouver avec le serveur bof bof.
PEAR: de toute manière on ne peut pas l'intégrer, licence restrictive
On a donc eu des questions à ce sujet de Alice, Thomas, Florian, et Manuel.
PEAR: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/30/5/614.long http://sco.h-its.org/exelixis/web/software/pear/ Cela a l'air solide et efficace.
pRESTO : http://clip.med.yale.edu/presto/ ... que du pre-processing, dont un assemblage
La license est un chouia mieux que celle de PEAR (ici, c'est du CC Legal Code Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0), mais ce n'est pas l'idéal non plus (pas si libre...)
Même question de Marie.
C'est peut-être la question qui revient le plus souvent de nos utilisateurs... il faudra faire quelque chose, au moins conseiller des options.
Filip nous a envoyé des trucs sur pRESTO, à regarder
presto : licence CC NC-BY
Re-évoqué ce soir (Frédéric). Il faudrait planifier cela dans les prochains mois.
À discuter tranquillement après le workshop
Marc: "vendredi soir, c'est fait" ;-)
Simona (Monza) comme Myriam (Paris) veulent être mises au courant quand c'est bon.
- prod-server + prod-browser mis sur dev
- runs et pre-process mis en beta-mode, visible sur http://app.vidjil.org/beta
Envoyé à Bruxelles
Envoyé aussi à Davi/Myriam et à Simona.
La Pitié a essayé (patients 2262 à 2265 entre autres). On a des reads de plus de 350bp en IGH :) http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=7639&config=26 et choisir « Clone average read length » pour x et mettre l'histogramme
Nos utilisatrices sont formidables. Jona a uploadé R1 et R2 séparément et a également testé le merge de R1 et R2 (en conservant R2). Résultat ici en IGH : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2339&config=2 ou ici en IGH + TRG : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=2339&config=32
Petit hic : en IGH il y a moins de reads analysés pour les reads mergés que sur les reads R2. Je ne comprends pas comment cela est possible. Une idée ?
Jona a remis des fichiers de ce genre, en testant toutes les combinaisons possibles. Pas de différence en nombre de reads (en prenant en compte les reads discardés par Pear) : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=16208&config=30 Les autres données ne sont plus accessibles. Considérons le problème résolu.