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Created Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

stats : segmenté ou avec window ?

reads av. len clones av. rds IGH -> 185469 125.9 31516 5.6

Mais 5.6 = (quelque chose de plus petit que 185469) / 31516. La faible différence vient des reads segmentées mais sans window. Jusqu'à maintenant, on insiste sur les reads "segmentées", mais bon, pour l'utilisateur c'est les reads avec window qui sont intéressante. " = SEG, no window " devrait devenir "UNSEG_NO_WINDOW", c'est une cause parmi d'autre de non-analyse.

Bref, dans core/windowExtractor.cpp, j'ai très envie de déplacer la ligne "seg->segmented_germline->stats_reads.insert(read_length);" juste en-dessous. Et de changer d'autres trucs à coté.

Ce serait donc l'occasion d'afficher dans le browser plutôt le nombre de reads "avec window". Et peut-être mettre "analyzed" au lieu de "segmented", cela fait longtemps que cela me trotte dans la tête.


C'est acté, on change.


77113c16


@magiraud @mikael-s

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