Skip to content

GitLab

  • Menu
Projects Groups Snippets
    • Loading...
  • Help
    • Help
    • Support
    • Community forum
    • Submit feedback
    • Contribute to GitLab
  • Sign in
  • vidjil vidjil
  • Project information
    • Project information
    • Activity
    • Labels
    • Members
  • Repository
    • Repository
    • Files
    • Commits
    • Branches
    • Tags
    • Contributors
    • Graph
    • Compare
  • Issues 1,699
    • Issues 1,699
    • List
    • Boards
    • Service Desk
    • Milestones
  • Merge requests 90
    • Merge requests 90
  • CI/CD
    • CI/CD
    • Pipelines
    • Jobs
    • Schedules
  • Deployments
    • Deployments
    • Environments
    • Releases
  • Monitor
    • Monitor
    • Incidents
  • Packages & Registries
    • Packages & Registries
    • Container Registry
  • Analytics
    • Analytics
    • Value stream
    • CI/CD
    • Repository
  • Snippets
    • Snippets
  • Activity
  • Graph
  • Create a new issue
  • Jobs
  • Commits
  • Issue Boards
Collapse sidebar
  • vidjil
  • vidjilvidjil
  • Issues
  • #1493

Closed
Open
Created Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

P-value / E-value du segmenter (nb de k-mers gauche + droite)

C'est clairement ce qu'il nous faut. Cela permettrait d'aller essayer de nouvelles germlines bizarres, des translocations, le MAX12...

Pour simplifier, supposons que le point de segmentation est fixé.

Version simple : e-valeur d'avoir le nb de V à gauche, et le nb de J à droite. Juste deux appels à ce qui existe déjà. Cela permettra déjà d'enlever les cas où il y a un pauvre V tout seul qui traîne.

Version mieux : On se rapproche de la e-valeur d'une recombinaison. A gauche, on regarde aussi le nb de J, et il ne doit pas être gros. (mais finalement, notre heuristique pour trouver le point de seg garantit déjà qu'il n'y a pas trop de J à gauche).

Dans les deux cas, on pourrait avoir le index_load pour V et J différents, mais, bon, on peut prendre le même dans un premier temps. (et dans les deux cas, on pourrait itérer sur le point de seg pour avoir une formule exacte ? euh, pas sûr)


34068e0b, version simple. À un moment, j'ai pensé combiner gauche et droite, mais cela ne marche tout simplement pas (on peut avoir 1e-60 à droite, et du bruit à gauche).


  • e17174a8

@magiraud @mikael-s

To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
Assignee
Assign to
Time tracking