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Mise à jour terminée. Pour connaître les apports de la version 13.8.4 par rapport à notre ancienne version vous pouvez lire les "Release Notes" suivantes :
https://about.gitlab.com/releases/2021/02/11/security-release-gitlab-13-8-4-released/
https://about.gitlab.com/releases/2021/02/05/gitlab-13-8-3-released/

  • vidjil
  • vidjilvidjil
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  • #1469

Closed
Open
Opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

Récupérer les reads d'un clone

  • grep exact sur la window
  • ou relancer vidjil, il kmer-segmente et renvoie ceux qui ont une certaine window.

(Pour ne pas faire long, on pourrait se limiter aux 1000 premières séquences matchantes... et encore)


Remonté. Ce serait vraiment bien.


620027d5..427bd13d Fonctionnel... pour les admins.

  1. Charger des données (par exemple SOL(548) en IGH...)
  2. Le menu dév doit être visible (Ctrl-A)
  3. clone → info → "get_reads" Cela schedule une task avec l'option "grep_reads"
  4. en revenant sur la db, quand c'est fini, "dl"
  5. effacer le task/run, pour ne pas polluer les prochains fuse :-)

À discuter ensemble de comment rendre cela plus souple et fonctionnel pour les utilisateurs. Est-ce une bonne idée, ou pas, d'utiliser db.results_file ? Quiite à tagguer pour que ce ne soit pas dans le fuse ?

En tout cas, pour que ce ne soit pas bloquant, il faut le scheduler... on a donc soit la solution de revenir, comme maintenant, sur la page db, soit de faire une attente bloquante uniquement pour l'utilisateur.


-> donc oui, on peut stocker db.results_file, mais faire les choses proprement pour que cela ne pollue pas notre sortie principale (et pas que ce soit fusé !)

Donc à mettre sur une autre zone de l'écran patient/info. Regarder aussi pourquoi cela ne marche pas sur certains fichiers.


@magiraud

To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
Assignee
Assign to
None
Milestone
None
Assign milestone
Time tracking
Mar 6, 2019
Due date
Mar 6, 2019
Reference: vidjil/vidjil#1469