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Calcul de la strand : améliorer, supprimer ?
segment.cpp:206 : strand = affect_strand(it.affect);
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Le calcul de la strand prend ici en compte toutes les affectations, même si il y a d'autres choses dans l'index considéré (ce n'est pas le cas actuellement, mais cela peut l'être avec use_index et ce le sera pour l'automate). Il ne devrait regarder que affect_5 et affect_3, c'est potentiellement un bug.
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On pourrait même supprimer ce calcul, TRG/strand+ TRG/strand- n'étant que deux germlines différentes. (Si on le fait dès maintenant, il faudra lancer le KmerAffectAnalyser(*(germline->index), sequence) au bon moment pour ne pas répliquer les calculs).
Tiens, on en parle aussi ici.