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Opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

Calcul de la strand : améliorer, supprimer ?

segment.cpp:206 : strand = affect_strand(it.affect);

  1. Le calcul de la strand prend ici en compte toutes les affectations, même si il y a d'autres choses dans l'index considéré (ce n'est pas le cas actuellement, mais cela peut l'être avec use_index et ce le sera pour l'automate). Il ne devrait regarder que affect_5 et affect_3, c'est potentiellement un bug.

  2. On pourrait même supprimer ce calcul, TRG/strand+ TRG/strand- n'étant que deux germlines différentes. (Si on le fait dès maintenant, il faudra lancer le KmerAffectAnalyser(*(germline->index), sequence) au bon moment pour ne pas répliquer les calculs).


Tiens, on en parle aussi ici.


@magiraud @mikael-s

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Reference: vidjil/vidjil#1399