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  • #1279

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Opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

Stocker chez nous le fichier d'IMGT et tests

IMGT fait périodiquement des releases de GENE-DB (dernière: 23 novembre)... et cela fait planter nos tests/ci de manière imprévisible. Je ne sais pas si c'est une bonne façon de faire (on a un logiciel qui marche, on part en année sabbatique, et il ne marche plus).

Solutions possibles - donner directement les germaines à télécharger (j'étais contre avant, ce n'est pas sûr que ce soit autorisé...) - ou, compromis, archiver chez nous le fichier d'IMGT - ou, encore mieux, récupérer sur IMGT un fichier d'une certaine version, puisqu'ils doivent bien tout archiver... euh non, pas sûr :-)


Important, le "make test" d'une ancienne release doit toujours fonctionner ! Bref, décision : on héberge nous-même une copie de IMGT-GENE-DB. Mais cela doit être versionné / daté pour que les anciennes releases fonctionnent toujours.


Idem pour Stanford-S22.


Les fichiers germline.tar.gz sont maintenant stockés sur rbx dans le répertoire ~bonsai-ci/germlines. Un lien symbolique du répertoire du serveur web vers ce répertoire-là devrait faire l'affaire. J'ai des commits en local pour gérer ces fichiers-là mais j'attends qu'on ait vidjil.org pour les pousser.


3c4d92fe..70efc574 le fichier germline/germline_id définit le numéro de build de Vidjil-data sur lequel on travaille.

On récupère maintenant les séquences S22 depuis vidjil.org


merci !


@magiraud @mikael-s

To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
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None
Milestone
None
Assign milestone
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None
Due date
None
Reference: vidjil/vidjil#1279