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Created Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

Erreur d'affectation en multi-système

Sur certains patients (par exemple Leu en multi-système virtuel), on a un clone en IGL. Il devrait être séquencé en TRG mais la séquence est chimérique : plein de V, puis des J puis à nouveau des V. Elle est classée en tant que too few J. Elle devrait être notée ambigue/chimérique : ce qui signifierait que le germline est bon, mais qu'on ne peut rien faire. Il n'y a donc pas à continuer à chercher une affectation avec un autre germline.


a9b4ecc4 et a8d2c873


diff /mnt/result/tmp/out-00053[48]/*.vidjil.log

  • ==> segmented 1452687 reads (58%)
  • ==> segmented 1421376 reads (56.8%)

La différence vient bien de AMBIGUOUS :

  • UNSEG ambiguous -> 1950 193.4
  • UNSEG ambiguous -> 327571 189.4

Mais... il reste toujours du IGL (moins) :

  • IGL -> 47730 194.1
  • IGL -> 17081 191.9

(et quelques pouillèmes d'autres systèmes)


Youpi. 41b4f071 Le problème ne venait pas que TOO_FEW_J/V. Mais aussi STRAND, DELTA_MIN/MAX...

diff /mnt/result/tmp/out-0005[34]4//000*.vidjil.log

  • ==> segmented 1452687 reads (58%)
  • ==> segmented 1400617 reads (55.9%)

    TRG -> 320591 194.8

  • IGH -> 1081421 319.8
  • TRA -> 45 186.7
  • TRB -> 1602 197.2
  • TRD -> 991 196.9
  • IGK -> 307 185.9
  • IGL -> 47730 194.1
  • IGH -> 1078450 319.7 *** on en a perdu un peu, ok ***
  • TRA -> 39 185.2
  • TRB -> 217 193.0
  • TRD -> 914 193.3
  • IGK -> 220 185.7
  • IGL -> 186 172.3 *** youpi ****

Plus de IGL (ou à peine, en tout cas rien dans le top 100). Vérifié les 10 premiers clones à la main, les résultats sont conservés.


@magiraud @mikael-s

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