Erreur d'affectation en multi-système
Sur certains patients (par exemple Leu en multi-système virtuel), on a un clone en IGL. Il devrait être séquencé en TRG mais la séquence est chimérique : plein de V, puis des J puis à nouveau des V. Elle est classée en tant que too few J. Elle devrait être notée ambigue/chimérique : ce qui signifierait que le germline est bon, mais qu'on ne peut rien faire. Il n'y a donc pas à continuer à chercher une affectation avec un autre germline.
diff /mnt/result/tmp/out-00053[48]/*.vidjil.log
- ==> segmented 1452687 reads (58%)
- ==> segmented 1421376 reads (56.8%)
La différence vient bien de AMBIGUOUS :
- UNSEG ambiguous -> 1950 193.4
- UNSEG ambiguous -> 327571 189.4
Mais... il reste toujours du IGL (moins) :
- IGL -> 47730 194.1
- IGL -> 17081 191.9
(et quelques pouillèmes d'autres systèmes)
Youpi. 41b4f071 Le problème ne venait pas que TOO_FEW_J/V. Mais aussi STRAND, DELTA_MIN/MAX...
diff /mnt/result/tmp/out-0005[34]4//000*.vidjil.log
- ==> segmented 1452687 reads (58%)
-
==> segmented 1400617 reads (55.9%)
TRG -> 320591 194.8
- IGH -> 1081421 319.8
- TRA -> 45 186.7
- TRB -> 1602 197.2
- TRD -> 991 196.9
- IGK -> 307 185.9
- IGL -> 47730 194.1
- IGH -> 1078450 319.7 *** on en a perdu un peu, ok ***
- TRA -> 39 185.2
- TRB -> 217 193.0
- TRD -> 914 193.3
- IGK -> 220 185.7
- IGL -> 186 172.3 *** youpi ****
Plus de IGL (ou à peine, en tout cas rien dans le top 100). Vérifié les 10 premiers clones à la main, les résultats sont conservés.