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Created Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

Fichiers compressés pour le c++

Proposition pour faire simple : si un fichier est en .gz / .zip / .bz2, au moment où il est sauvegardé, on le décompresse.

(En fait ce n'est pas si simple, cela demande de vérifier qu'il ne fait bien qu'un seul fichier et qu'il ne va pas pourrir le répertoire d'upload : est-ce que cela peut être vérifié)

(On pourrait ensuite réfléchir à une compression du reste et à tout sauvegarder, mais ce n'est pas urgent du tout.)


Bingo : Salamanca nous a envoyé deux fichiers en .gz. Ce que j'ai fait, à la main : décompresser (dans /mnt/upload/uploads), puis un lien symbolique ln -s xxxxx.fa xxxxx.fa.gz (la DB croit toujours que le fichier s'appelle .gz)


Rebelote, nouvel envoi de Salamanca 3a44cbc1, gunzip-sequences.py, à lancer par www-data.

Quelle sera la bonne solution ? à discuter :

  • soit le serveur lance gunzip-sequences.py
  • ou bien décompression de chaque fichier
  • soit traité par vidjil.cpp ?

se linker à <zlib.h> (optionnel, avec #ifdef)


gzstream : http://www.cs.unc.edu/Research/compgeom/gzstream/


header-only version of gstream : https://gist.github.com/piti118/1508048 peut-être trop confidentiel ?


27e8474f..ef122dab


@magiraud @mikael-s

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