vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-07-06T11:10:44+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3338100% d'alignements sont récupérés lors de certaines exécutions2018-07-06T11:10:44+02:00Cyprien Borée100% d'alignements sont récupérés lors de certaines exécutions(observé sur #3259)
Sur certaines commandes, le taux de séquences aligné est de 100% malgré l'utilisation du filtrage.
Quelques commandes pour s'en rendre compte :
* `./vidjil-algo -c segment -g germline/homo-sapiens.g -2 -3 -X 100 ...(observé sur #3259)
Sur certaines commandes, le taux de séquences aligné est de 100% malgré l'utilisation du filtrage.
Quelques commandes pour s'en rendre compte :
* `./vidjil-algo -c segment -g germline/homo-sapiens.g -2 -3 -X 100 -Z 1 demo/LIL-L4.fastq.gz` (**IGH** et **TRD+** à 100%)
* `./vidjil-algo -c segment -g germline/homo-sapiens.g -x 100 -Z 5 demo/LIL-L4.fastq.gz` (**IGH** et **IGK+** à 100%)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/19332 commits prod-server non mergés2016-11-29T14:42:18+01:00Vidjil Team2 commits prod-server non mergésCoucou Ryan,
Sur rbx/prod-server, les deux commits ci-dessous ne s'appliquent plus depuis que j'ai mis tout dev :
e96a9f5b4c controllers/config.py Config permissions check
0f7276697 views/file/add.html fix slow upload
peux-tu rega...Coucou Ryan,
Sur rbx/prod-server, les deux commits ci-dessous ne s'appliquent plus depuis que j'ai mis tout dev :
e96a9f5b4c controllers/config.py Config permissions check
0f7276697 views/file/add.html fix slow upload
peux-tu regarder et éventuellement les remettre ?
merci
Mathieu
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0f7276697 c'est ce qui permettait à Sarah d'uploader (et plus généralement aux gros fichiers…). Ça veut dire que l'application n'est pas utilisable si on uploade de gros fichiers en ce moment…
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Aïe. Il faut donc réussir à remettre cela dans dev, cela doit être jouable.
Et cela confirme que, à chaque fois qu'on fait un commit hotfix, il faut qu'il soit dans dev aussi :-)
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3af8ea7bbe3e2663 ne pose pas de probleme de slow upload (les inputs de type file n'ont pas de nom pour qu'ils soient ignorés par la balise form) pas besoin de remettre 0f7276697
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ok merci pour l'info
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merci Marc. Ryan, on te laisse vérifier si cela te convient.
Et il reste le deuxième : e96a9f5b4c controllers/config.py Config permissions check
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Hello, en fait j'ai vérifié, les commits avaient bien, été mergés dans dev, mais avec des messages de commit différents (si je me souviens bien j'avais fait une fausse manip de merge et j'ai réécrit les commits à la main au lieu de juste rebase la branch hotfix dans dev comme je le fait d'habitude :).
j'ai regardé sur rbx et ca m'a l'air bon.
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merci Ryan !
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5249502 server error when trying to download .vidjil or .analysis from samples pa...2024-02-21T14:10:24+01:00CHESNIN Clement502 server error when trying to download .vidjil or .analysis from samples page on app## Description
When trying to download a .vidjil or a .analysis from the samples page, we get a 502 error
## Reproducibility ?
Systematic
To reproduce:
1. Open app.vidjil.org
2. Open a patient with analyses
3. Click on the link `.vidji...## Description
When trying to download a .vidjil or a .analysis from the samples page, we get a 502 error
## Reproducibility ?
Systematic
To reproduce:
1. Open app.vidjil.org
2. Open a patient with analyses
3. Click on the link `.vidjil` or `.analysis` on the bottom right
--> a 502 server error is displayed
NB: the same workflow works correctly on db.vidjil.org
## fix clue
Since it works on vdb, this is likely a cors issue or something similar.
Actually, in nginx `error.log` on gre, we get the following error :
```
2024/02/12 09:57:20 [error] 101#101: *17104 uwsgi could not be resolved (3: Host not found), client: 131.254.16.96, server: ba9f2ecbe902, request: "GET /vidjil/default/get_data?sample_set_id=62221&config=49&filename=07-_IKZF1/ERG.vidjil HTTP/1.1", host: "app.vidjil.org", referrer: "https://app.vidjil.org/"
```
## Priority
TBDWeb hotfix 2024.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/124251 clones sur un point, top 502016-11-29T14:33:39+01:00Vidjil Team51 clones sur un point, top 50>>22684c4fe69aa92
***
@Duez>>22684c4fe69aa92
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1916AAP Hétérogénéité clonale2016-11-29T14:42:06+01:00Vidjil TeamAAP Hétérogénéité clonalehttps://www.producteev.com/workspace/t/563b22a4b0fa09b34d000003 ?
***
Tu as raison. Je pensais que c'est différent...
***
@magiraud @mikael-shttps://www.producteev.com/workspace/t/563b22a4b0fa09b34d000003 ?
***
Tu as raison. Je pensais que c'est différent...
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1590Accéder à la fenêtre d'info de chaque clone depuis le segmenter2016-11-29T14:38:18+01:00Vidjil TeamAccéder à la fenêtre d'info de chaque clone depuis le segmenterOn aimerait, dans le segmenter, avoir le lien "i" à droite de l'étoile de la même manière que dans la liste des clones.
***
fait par Marc
***
@flothoniOn aimerait, dans le segmenter, avoir le lien "i" à droite de l'étoile de la même manière que dans la liste des clones.
***
fait par Marc
***
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4629Accélérer la procédure d'upload des fastq2021-01-12T16:47:13+01:00Anne de SeptenvilleAccélérer la procédure d'upload des fastqBonjour à tous et bonne année,
Je viens vous embêter pour vous demande de faire quelque chose pour accélérer la procédure d'upload des fastq.
Comme vous le savez déjà, notre activité de séquençage du BCR pour le statut mutation...Bonjour à tous et bonne année,
Je viens vous embêter pour vous demande de faire quelque chose pour accélérer la procédure d'upload des fastq.
Comme vous le savez déjà, notre activité de séquençage du BCR pour le statut mutationnel est en constante augmentation. Les runs comportent de plus en plus d'échantillons. C'est vraiment super de pouvoir créer tous nos patients par copier-coller, c'est vraiment une nette amélioration pour nous et un gros gain de temps. Maintenant il faudrait vraiment pouvoir faire le même genre de chose sur le page d'upload des fastq, au moins pour la sélection des fichiers qui est très laborieuse.
77 patients à entrer ce matin, soit 154 fichiers qu'il faut rechercher manuellement dans la fenêtre de sélection, associer au bon patient etc... cela prend facilement 1h ou 2h pour tout bien faire sans erreur (et ce n'est pas très enrichissant).
Merci encore pour tout ce que vous faites pour nous !https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/920accélérer le FineSegmenter en utilisant des infos provenant des k-mers ou des...2018-06-13T16:12:51+02:00Vidjil Teamaccélérer le FineSegmenter en utilisant des infos provenant des k-mers ou des gènesen utilisant :
- les informations données par un KmerStringAffect
- l'information de la position des k-mers trouvés (seed and extend)
- l'information de la partie qui est discriminante dans le gène (et qu'il est utile d'align...en utilisant :
- les informations données par un KmerStringAffect
- l'information de la position des k-mers trouvés (seed and extend)
- l'information de la partie qui est discriminante dans le gène (et qu'il est utile d'aligner) [un peu à la manière des tags dans Decombinator] (et Cys)
***
Re-discuté cette semaine. Pourquoi pas... on pourrait faire alors -z 10000, voire -z all, mais il reste à savoir comment on récuperait des stats agrégées... et, même très accéléré, cela va plomber notre temps de calcul. À voir... cela ne m'a l'air le plus urgent.
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Pas sûr que ça augmente le temps de calcul. IMSEQ et MiXCR font bien le calcul sur tous les reads sans être lents. On doit avoir les capacités de le faire aussi. C'est quelque chose fréquemment demandé par les utilisateurs, de savoir ce qui se cache dans les « others ».
Les stats agrégées sont une tâche indépendante (utile aussi quand on intègrera IMSEQ, MiXCR ou d'autres).
Pour accélérer le FineSegmenter une piste est la librairie SSW (utilisée par SortMeDNA) : https://github.com/mengyao/Complete-Striped-Smith-Waterman-Library
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Notre cœur de métier c'est l'algo du texte, c'est quand même ballot de laisser tomber cette partie-là.
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Le KmerStringAffect peut déjà fortement restreindre le nombre de gènes à aligner (plusieurs centaines à la base pour IGHV), d'un ou deux ordres de grandeur. Ensuite il peut être intéressant de savoir quelles sont les parties à aligner préférentiellement dans les gènes. Ils font 300/400bp mais certaines parties sont très communes et apportent peu d'information.
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Oui. et si on réduit d'un ordre de grandeur, ce sera déjà très bien :)
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SortMeRNA utilise maintenant libSSA : https://github.com/RonnySoak/libssa (plus rapide que SSW)
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à moyen terme, faire du k-band...
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k-band (en fait non, moitié de la matrice) : 513a047.
35% plus vite.
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Voir aussi "KmerSegmenter++ juste avant le FineSegmenter"
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Jenkins confirme une amélioration sur les temps totaux après 513a047 :
- pour Stanford S22, entre 20% et 40%
- pour testPr1.fastq.gz, entre 5% et 10%
https://ci.inria.fr/bonsai/job/Vidjil-benchmark/
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Il y a aussi Parasail : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4748600/
(pas trop fait pour de l'ADN a priori)
https://github.com/jeffdaily/parasail/
Cyprien BoréeCyprien Boréehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4844Accepter à la fois -V/-D/-J et -g (et --align) et les prendre en compte2021-10-15T09:55:57+02:00Mathieu GiraudAccepter à la fois -V/-D/-J et -g (et --align) et les prendre en compte`./vidjil-algo -g germline/homo-sapiens.g -V toto.fa -J titi.fa demo/Demo-X5.fa`
ne provoque pas d'erreur (même si `toto.fa` n'existe pas) mais ignore le `-V` car il y a un `-g`.
Plutôt que de rajouter des erreurs, cela devrait être p...`./vidjil-algo -g germline/homo-sapiens.g -V toto.fa -J titi.fa demo/Demo-X5.fa`
ne provoque pas d'erreur (même si `toto.fa` n'existe pas) mais ignore le `-V` car il y a un `-g`.
Plutôt que de rajouter des erreurs, cela devrait être pris en compte de manière cumulative (de la même manière qu'on accepte plusieurs `-g`). On en parlait presque il y a 5+ ans dans #1137 :)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1803Accepter plusieurs -g dans la ligne de commande2016-11-29T14:40:48+01:00Vidjil TeamAccepter plusieurs -g dans la ligne de commandemulti_germline::build_from_json devrait pouvoir être appelé plusieurs fois,
pour pouvoir faire des choses du type :
-g germline/germlines.data -g germline/classes.data
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4dbb40c
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@nobodymulti_germline::build_from_json devrait pouvoir être appelé plusieurs fois,
pour pouvoir faire des choses du type :
-g germline/germlines.data -g germline/classes.data
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4dbb40c
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1258accepter si on segmente des reads en plus2018-11-20T12:11:16+01:00Vidjil Teamaccepter si on segmente des reads en plus
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#1257
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#1257https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1122Accès pour Necker sur le serveur, diagnostic multi-systèmes2016-11-29T14:32:06+01:00Vidjil TeamAccès pour Necker sur le serveur, diagnostic multi-systèmesNecker veut passer en routine au diagnostic multi-système avec Vidjil.
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@magiraud @mikael-sNecker veut passer en routine au diagnostic multi-système avec Vidjil.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3889Actualiser régulièrement la CloneDB2023-04-03T12:00:21+02:00Anne de SeptenvilleActualiser régulièrement la CloneDBJ'ai ajouté un nouveau run hier, et quand je recherche un clone (qui vient manifestement d'une contamination par le patient voisin), il n'est pourtant pas retrouvé dans CloneDB. Peut-être est-ce simplement parce qu'il faut attendre une a...J'ai ajouté un nouveau run hier, et quand je recherche un clone (qui vient manifestement d'une contamination par le patient voisin), il n'est pourtant pas retrouvé dans CloneDB. Peut-être est-ce simplement parce qu'il faut attendre une actualisation de Clone DB ?
C'est dommage car cela ne me permet pas de contrôler certains clones dans l'immédiat.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4376Adaptation de l'axe des X pour les histogrammes2021-09-15T19:33:09+02:00Mikaël SalsonAdaptation de l'axe des X pour les histogrammesDepuis !301 quand on focusait sur des clones dans un histogramme, l'axe des abscisses s'adaptait pour ne concerner que les clones affichés.
Ce n'est plus le cas maintenant. @duez est-ce que cela peut être en lien avec des modifications ...Depuis !301 quand on focusait sur des clones dans un histogramme, l'axe des abscisses s'adaptait pour ne concerner que les clones affichés.
Ce n'est plus le cas maintenant. @duez est-ce que cela peut être en lien avec des modifications que tu as faites sur le client ?
C'est d'autant plus utile maintenant qu'on a les clones de distribution qui s'affichent dans l'histogramme. L'histogramme porte donc sur un intervalle plus large et les vrais clones sont sur une plage plus écrasée.
Voici ce que donne l'histogramme chez moi par défaut pour L3 par exemple : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=clone%20average%20read%20length,size,bar
Ne serait-ce que sélectionner est difficile sans pouvoir focus sur certains clones.
![Demo_LIL-L3__tutorial___25736___default_+_distribution_](/uploads/e69a369f979f5e1dc3429c35f32bf3fb/Demo_LIL-L3__tutorial___25736___default_+_distribution_.png)
Voir aussi #2431 #3503https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4171Adapter les paramètres de FLASH2020-09-23T10:04:09+02:00Mikaël SalsonAdapter les paramètres de FLASH
Un exemple de warning dans une sortie récente de FLASH.
```
[FLASH] WARNING: An unexpectedly high proportion of combined pairs (99.81%)
overlapped by more than 65 bp, the --max-overlap (-M) parameter. Consider
increasing this param...
Un exemple de warning dans une sortie récente de FLASH.
```
[FLASH] WARNING: An unexpectedly high proportion of combined pairs (99.81%)
overlapped by more than 65 bp, the --max-overlap (-M) parameter. Consider
increasing this parameter. (As-is, FLASH is penalizing overlaps longer than
65 bp when considering them for possible combining!)
```
Il y a peut-être d'autres paramètres, il faudrait regarder précisément ce qu'il y a pour adapter au mieux à notre problématique.Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1106« Add file » ne fonctionne pas toujours/pas tout de suite lorsqu'on est en tr...2016-11-29T14:31:52+01:00Vidjil Team« Add file » ne fonctionne pas toujours/pas tout de suite lorsqu'on est en train d'uploader un fichier sour FF 32toujours d'actualité ?
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?
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Non reproduit. Fermé.
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@Dueztoujours d'actualité ?
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?
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Non reproduit. Fermé.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2487addGermlineToSegmenter: créer et utiliser un m.germline_sequences2017-08-30T12:12:56+02:00Mathieu GiraudaddGermlineToSegmenter: créer et utiliser un m.germline_sequenceshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1228add/+= pour Fasta2016-11-29T14:33:28+01:00Vidjil Teamadd/+= pour FastaIl faudrait un opérateur pour ajouter à un Fasta un autre Fasta.
Soit en mode '+=', soit en recontruisant une autre séquence.
Mikaël, est-ce déjà possible par une combinaison magique de '>>' et '<<' ?
Utilisation : en entrée, plusieurs ...Il faudrait un opérateur pour ajouter à un Fasta un autre Fasta.
Soit en mode '+=', soit en recontruisant une autre séquence.
Mikaël, est-ce déjà possible par une combinaison magique de '>>' et '<<' ?
Utilisation : en entrée, plusieurs répertoires V pour un même germline (TRDV et TRDD) (que ce soit donné par plusieurs -V en ligne de commande ou par le germline.data), et on veut stocker tout cela dans un seul germline->rep_5
***
096ab90, merci Mikaël
***
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3045Add sample multiple : ne pas pouvoir supprimer le set sélectionné par défaut2018-03-21T19:04:39+01:00Mathieu GiraudAdd sample multiple : ne pas pouvoir supprimer le set sélectionné par défautEn attendant #2727, on pourrait ne pas permettre la suppression du set par défaut dans le "add sample".En attendant #2727, on pourrait ne pas permettre la suppression du set par défaut dans le "add sample".Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3044Add sample multiple + Network : fenêtre modale ?2018-03-21T19:04:39+01:00Mathieu GiraudAdd sample multiple + Network : fenêtre modale ?Discuté ensemble :
- une seule fenêtre pour toutes les sélections de fichiers ?
- quand un fichier est sélectionné, on affiche juste son nom ?
Permettrait en plus #2208 ?
Pas le plus urgent : le premier déploiement sera sur `app`Discuté ensemble :
- une seule fenêtre pour toutes les sélections de fichiers ?
- quand un fichier est sélectionné, on affiche juste son nom ?
Permettrait en plus #2208 ?
Pas le plus urgent : le premier déploiement sera sur `app`Ryan HerbertRyan Herbert