vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-04-23T14:02:53+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4671Erreurs Javascript sur le scatterplot : Cannot set property 's' of undefined2021-04-23T14:02:53+02:00Mikaël SalsonErreurs Javascript sur le scatterplot : Cannot set property 's' of undefinedDe nombreux utilisateurs ont eu ces derniers temps l'erreur suivante :
```
/client/: TypeError: Cannot set property 's' of undefined
at ScatterPlot.updateCloneSize (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:890:16)
at ScatterPlo...De nombreux utilisateurs ont eu ces derniers temps l'erreur suivante :
```
/client/: TypeError: Cannot set property 's' of undefined
at ScatterPlot.updateCloneSize (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:890:16)
at ScatterPlot.updateClone (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:914:22)
at ScatterPlot.updateClones (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:827:18)
at ScatterPlot.update (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:791:18)
at ScatterPlot.resize (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:567:14)
at https://app.vidjil.org/js/view.js:318:22
```
Première occurrence du message le 13/10 (peut-être existait-il avant sous une forme légèrement différente). Elle est survenue chez 14 utilisateurs différents de différents labos.
/cc @duezmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4812Pouvoir supprimer les amorces (avant envoi vers service tiers)2021-11-22T16:38:41+01:00Thonier FlorianPouvoir supprimer les amorces (avant envoi vers service tiers)Une utilisatrice me demande si on peut supprimer les séquences d'amorces avant envoie vers IMGT par exemple.
Avec le travail qui a été fait pour le genescan, on devrait pouvoir imaginer la détection automatique des amorces, puis leur s...Une utilisatrice me demande si on peut supprimer les séquences d'amorces avant envoie vers IMGT par exemple.
Avec le travail qui a été fait pour le genescan, on devrait pouvoir imaginer la détection automatique des amorces, puis leur soustraction au besoin. Cela devrait être testé, voir comment ça fonctionne par exemple avec les séquences consensus par exemple.
On peut déjà faire quelques tests avec même temps que #3152.
Il faudrait proposer ça comme une option ? Le faire de manière automatique ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4708Axes : régressions suite au refactor de 20202021-10-08T11:45:01+02:00Mathieu GiraudAxes : régressions suite au refactor de 2020
Repassé sur les issues ~"client-axis".
Je pense que ce qui tombe dans le champ de Marc sont les issues suivantes:
- Régressions: #4094, #4323, #4342, à verifier: #4200
- Nouvelles fonctionalités, certaines devraient être désormais jou...
Repassé sur les issues ~"client-axis".
Je pense que ce qui tombe dans le champ de Marc sont les issues suivantes:
- Régressions: #4094, #4323, #4342, à verifier: #4200
- Nouvelles fonctionalités, certaines devraient être désormais jouables:
- valeurs/log #2364 ==> possible, #4446 #3508 ==> à voir (mais ~"priority-1-low")
- couleur #3678 #2370 ==> lié à légende #2059
- légende/filtres #2059 ==> en cours, #2369 ==> à voir
- ordre de tri #4756 ==> ok, déjà possible, documenté
- ~~responsive #4757 ==> non pour l'instant~~
- Zoom/adaptation #2431/#4376 (discuter) ==> #4808 #4809
/label ~"client-axis"marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4523Refonte de l'aligneur2021-04-08T08:39:05+02:00Mathieu GiraudRefonte de l'aligneur
@duez, nous discutons en ce moment d'une refonte globale de l'aligneur. J'imagine que tu as déjà regardé pas mal d'issues ~"client-aligner", je me permets ici de remettre une liste qui pourra éclairer notre réflexion.
- Inspirations: r...
@duez, nous discutons en ce moment d'une refonte globale de l'aligneur. J'imagine que tu as déjà regardé pas mal d'issues ~"client-aligner", je me permets ici de remettre une liste qui pourra éclairer notre réflexion.
- Inspirations: revoir les solutions existantes de #2137
- Fonctionalités
- highlights/infos sur séquence #2135 #4409 #3814 #2599 #3537 #2356 #1412 #4522 ou à l'extérieur #2049, y compris quantitatives #2313
- modes d'affichage de séquence #2140 #3164 (à fusionner avec point précédent ?)
- séquences annexes (#1408 #2354 #2355 #3731) ou virtuelles #3960
- colonnes d'info/métadonnées #2392 #3543 #2388 #2066
- contrôles #2664 #2136 #4522
- export #2068
- ajax (align, imgt...)
- Bugs (qui pourraient tomber d'eux-mêmes sur version nouvelle) #4144 #4235 #4062 #1982 #1565 #3835
- Désagréments/efficacité (idem) #4117 #4085 #2676 (je ne retrouve pas les expériences de Ryan, où sont-elles ?)
- Formats de données et modèle #2174, et ce qui est déjà dans [vidjil-format.md](http://www.vidjil.org/doc/vidjil-format/#clones-list-with-read-count-tags-vdj-designation-and-other-sequence-features)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4665Nouvelles germlines, clustérisation S22 et fenêtre décalée : k-mer commun ent...2023-10-20T12:27:43+02:00Mathieu GiraudNouvelles germlines, clustérisation S22 et fenêtre décalée : k-mer commun entre V et DDepuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/885#note_441064.
L'extrait d'une read de S22 (c'est pareil pour 4 autres reads) :
```
>extract-from-lcl|FLN1FA002P88J7
AGAGCCGAGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGATCGACATTGTAGTGGTG...Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/885#note_441064.
L'extrait d'une read de S22 (c'est pareil pour 4 autres reads) :
```
>extract-from-lcl|FLN1FA002P88J7
AGAGCCGAGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGATCGACATTGTAGTGGTGGTAGTTGCCGAGGCCTCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAG
```
`vidjil-algo -r 1`, les affects (la seule chose qui change est les germlines) :
```
dev 52 + VJ 1 38 72 106 (...)+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+V+V+V ? _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
!885 53 + VJ 1 60 72 106 (...)+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+V+V+V ?+H _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
```
Un `+H` (J) décale la fenêtre de 11bp, ce qui mène à un clone qui passe à 5 reads avec la nouvelle germline (avant ? 4 ?)
Avant de parler de la clustérisation, j'aimerais comprendre d'où vient ce k-mer et si l'un des deux affects est "le bon".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1693Recherche de séquence avec des caractères dégénérés2021-04-16T22:39:11+02:00Vidjil TeamRecherche de séquence avec des caractères dégénérésPermettre une recherche approchée par le search, par exemple à 1 ou 2 nucléotides près. Mais peut-être pas par défaut ?
***
list.js:710, fonction filter
1) Faire (ou récupérer) une fonction approximateIndexOf(seq, pattern, max_erreurs)...Permettre une recherche approchée par le search, par exemple à 1 ou 2 nucléotides près. Mais peut-être pas par défaut ?
***
list.js:710, fonction filter
1) Faire (ou récupérer) une fonction approximateIndexOf(seq, pattern, max_erreurs), ou bien même approximateMatch(...)
2) Avoir un bouton / préférence pour lancer cela sur les séquences quand on lance filter()
***
Quelques librairies pour « approximate matching javascript » :
http://glench.github.io/fuzzyset.js/ algo sérieuse, k-mers, vue « index »
https://gist.github.com/Yaffle/1336740 programmation dynamique
http://unamatasanatarai.github.io/FuzzyMatch/test/index.html RegExp de jquery ?
https://github.com/javve/list.fuzzysearch.js/blob/master/src/fuzzy.js ?
En utiliser une, ou bien réimplémenter un truc léger pour autoriser 1-2 erreurs ?
***
pas pour le workshop, mais pour info ça en était où ?
***
@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2494La liste des fichiers pour un compare patients/sets met trop de temps à s'aff...2018-04-13T12:36:06+02:00Ryan HerbertLa liste des fichiers pour un compare patients/sets met trop de temps à s'afficher.Lorsqu'on veut faire un compare patients/sets en tant qu'admin, il y a vraiment beaucoup de données à traiter (et actuellement prend environ 60s).
Il est donc très facile de saturer les threads du serveur car on a l'impression que rien n...Lorsqu'on veut faire un compare patients/sets en tant qu'admin, il y a vraiment beaucoup de données à traiter (et actuellement prend environ 60s).
Il est donc très facile de saturer les threads du serveur car on a l'impression que rien ne se passe alors que le thread lui n'est pas libéré au bout de 10s comme l'est le browser.
cc @flothoniRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2326Export csv avec clusters2018-07-20T19:02:36+02:00Mathieu GiraudExport csv avec clustersMichael Svaton ~"PRA-Prague" se sert régulièrement de l'export csv (et fait du R ensuite).
L'export ne tient pas compte des clusters/merges : il aimerait avoir une colonne de plus pour les clusters.
cc @mikael-s @RyanHerbMichael Svaton ~"PRA-Prague" se sert régulièrement de l'export csv (et fait du R ensuite).
L'export ne tient pas compte des clusters/merges : il aimerait avoir une colonne de plus pour les clusters.
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2202Ajouter un clone: n'ajouter que les séquences des germlines qui sont dans m.s...2018-07-20T19:02:21+02:00Mathieu GiraudAjouter un clone: n'ajouter que les séquences des germlines qui sont dans m.system_availablePour l'instant, cela ne marche pas si on ajoute un clone qui n'est pas dans les germlines déjà affichées.
cc @mikael-s @RyanHerbPour l'instant, cela ne marche pas si on ajoute un clone qui n'est pas dans les germlines déjà affichées.
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2153Supprimer GERMLINES_REGULAR / _INCOMPLETE suite à -i ?2019-02-12T13:57:51+01:00Mathieu GiraudSupprimer GERMLINES_REGULAR / _INCOMPLETE suite à -i ?Dans ce qui arrive bientôt :
```
-c clones -g germline/homo-sapiens.g -i -2 -3 data/Stanford_S22.fasta # (basic usage, detect the locus for each read, including unusual/unexpected recombinations)
-c clones -g germline/hom...Dans ce qui arrive bientôt :
```
-c clones -g germline/homo-sapiens.g -i -2 -3 data/Stanford_S22.fasta # (basic usage, detect the locus for each read, including unusual/unexpected recombinations)
-c clones -g germline/homo-sapiens.g:IGH -3 data/Stanford_S22.fasta # (restrict to IGH complete locus)
```
J'aimerais supprimer `-i` (le mettre par défaut) : le mécanisme de filter est plus générique (`:IGH` ou `:IGH,IGH+`) , et l'interaction entre `-i` et le filter est confuse (actuellement `:IGH,IGH+` ne sélectionne pas `IGH+` si on ne met pas `-i`...)
Dans mes rêves les plus fous, je voudrais même supprimer `-2` et le mettre par défaut, mais non, ce n'est pas raisonnable et c'est une porte-dans-le-nez. @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2486Supprimer les fichiers fused si aucun résultat n'existe plus avec cette config2018-07-12T10:10:36+02:00Mikaël SalsonSupprimer les fichiers fused si aucun résultat n'existe plus avec cette configSuite à !49 (et #2478 ainsi que #1631) les fichiers fused sont bien mis à jour après suppression des résultats. En revanche les liens vers les visualisations (sur la liste des samples sets ou au sein d'un sample set) restent même s'il n'...Suite à !49 (et #2478 ainsi que #1631) les fichiers fused sont bien mis à jour après suppression des résultats. En revanche les liens vers les visualisations (sur la liste des samples sets ou au sein d'un sample set) restent même s'il n'y a plus de fichier résultat avec cette config.
Cela signifierait supprimer les fichiers fused correspondant, j'imagine (ce que l'on ne fait pas pour l'instant).
Ce n'est pas critique : cela ne provoque pas d'erreur et la visualisation des résultats indique bien que le fichier a été supprimé.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2213Killer les processus en timeout2023-01-09T11:48:15+01:00Mikaël SalsonKiller les processus en timeoutÀ l'heure actuelle, quatre processus Vidjil tournent sur le serveur, certains depuis plus d'un jour (je soupçonne très fortement un bug dans l'algo, mais ce n'est pas le sujet), mais les quatre workers sont libres. La raison : on libère ...À l'heure actuelle, quatre processus Vidjil tournent sur le serveur, certains depuis plus d'un jour (je soupçonne très fortement un bug dans l'algo, mais ce n'est pas le sujet), mais les quatre workers sont libres. La raison : on libère le worker après le timeout (ou il se libère tout seul, je ne sais pas), mais le processus n'est pas achevé pour autant.
La méthode à adopter peut avoir un lien avec ce qui est discuté dans #2165
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2071Faire fonctionner segmenter.py lorsqu'il reçoit un fichier2021-11-08T12:12:26+01:00Mikaël SalsonFaire fonctionner segmenter.py lorsqu'il reçoit un fichierPour l'instant [segmenter.py](server/web2py/applications/vidjil/server/controllers/segmenter.py) ne fonctionne que lorsqu'on lui envoie un texte, pas avec un fichier.
@magiraud @RyanHerbPour l'instant [segmenter.py](server/web2py/applications/vidjil/server/controllers/segmenter.py) ne fonctionne que lorsqu'on lui envoie un texte, pas avec un fichier.
@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1791Notifications zombies2021-11-16T16:05:37+01:00Vidjil TeamNotifications zombiesJ'ai parfois des notifications qui refont surface (en l'occurrence là j'ai le workshop et la successful maintenance). Dès que je fais une action j'en ai une ou les deux qui s'en vont. Pas de problème particulier au niveau réseau ou JS…
*...J'ai parfois des notifications qui refont surface (en l'occurrence là j'ai le workshop et la successful maintenance). Dès que je fais une action j'en ai une ou les deux qui s'en vont. Pas de problème particulier au niveau réseau ou JS…
***
Il se pourrait qu'il s'agisse du méchanisme de cache (un dépassement de quota qui entraine l'écrasement des données d'un autre utilisateur?)
***
@RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1374Plot submenu: pas lisible sous Safari2017-11-21T19:07:50+01:00Vidjil TeamPlot submenu: pas lisible sous SafariAvoir un toggle "Grid / bar plot" à côté du choix des axes du scatterplot.
Si on affiche un histogramme "bar plot", alors l'axe Y est simplement l'ordre dans lequel les boites élémentaires sont stackées.
Oui, comme c'est proportionnel...Avoir un toggle "Grid / bar plot" à côté du choix des axes du scatterplot.
Si on affiche un histogramme "bar plot", alors l'axe Y est simplement l'ordre dans lequel les boites élémentaires sont stackées.
Oui, comme c'est proportionnel, certaines boites seront trop petites pour qu'on clique dessus ou qu'on les :hover, mais ce n'est pas grave, on pourra déjà faire plein de choses avec les grosses boites. Couplé à la longueur du CDR3, c'est quasiment une demande explicite de Fred ~"Paris-Pitié".
(Au passage, l'effet serait vraiment saisissant si c'était les bulles des clones qui se transforment en boite en se déplaçant.)
(Dans certains cas il y aura une boite en plus, "other", mais on n'a pas l'info pour l'instant.)
(Et pour le faire il faut que l'axe X soit une valeur discrète, donc pas pour abondance dans un premier temps.)
***
Confirmé que c'est intéressant. On voit ici plein de visualisation de ce type, que ce soit par Nikos par d'autres moyens.
***
merci ! C'est bien.
Un seul truc bloquant : sous Safari : la boîte 'settings' n'est pas lisible
Je mets mes autres commentaires sur d'autres tâches.
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Pb toujours confirmé sous Safari
***
toujours confirmé sous Safari
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2393print() à la python32022-01-26T11:44:23+01:00Mathieu Giraudprint() à la python3Discussion avec @aurelBZH et @RyanHerb : sans attendre #1345, faire un `from __future__ import print_function`Discussion avec @aurelBZH et @RyanHerb : sans attendre #1345, faire un `from __future__ import print_function`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2268Compare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récente...2019-02-28T14:30:15+01:00Thonier FlorianCompare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récentes par configSeconde partie du mail d'Aurélie ~"LIL-Lille" du jour :
>>>
2 . Du coup, pour avoir quand même la comparaison avec ce 17ème échantillon, nous sommes passés par le Compare sample. Et là surprise, tous les échantillons sont dupliqués ...Seconde partie du mail d'Aurélie ~"LIL-Lille" du jour :
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2 . Du coup, pour avoir quand même la comparaison avec ce 17ème échantillon, nous sommes passés par le Compare sample. Et là surprise, tous les échantillons sont dupliqués voire en 3 exemplaires. Nous avons effectivement relancé les analyses ce matin car nous avons fait des modifications dans les attributions fichiers FastQ-patients mais je n’avais pas remarqué les fois précédentes que Vidjil conservait les analyses précédentes. Est-ce normal ? N’alourdissons nous pas inutilement l’espace disque ? Nous avons volontairement écrasés l’analyse précédente et je trouve du coup que cela est plutôt source de confusion.
>>>
Pour ce point, à savoir le fait d'avoir plusieurs entrées lors d'un compare sample pour un même point, c'est exacte aussi.
Je ne sais pas si c'est un comportement souhaité ou non. En regardant dans la doc, il y a bien une mention d'un tel comportement, mais je ne sais pas si ça rentre dans cette catégorie, sachant que lorsque une nouvelle analyse est effectuée, l'ancienne reste.
> Note that even when the input sequences are deleted, the server is still able to display the results of previous analyses
Si c'est un comportement souhaité, ne peut-on pas imaginé un bouton filtre pour n'afficher que la dernière analyse pour un set de données et rendre la selection plsu aisé dans la majorité des cas ?
Dans le cas contraire, je n'ai pas encore cherché l'origine du bug.
cc @RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2146Filtrer la liste des sample_sets par groupe2019-02-28T14:30:15+01:00Mikaël SalsonFiltrer la liste des sample_sets par groupeLorsqu'une personne appartient à plusieurs groupes, elle peut vouloir filtrer les résultats en fonction d'un groupe.
Demande de Jona, mais peut s'appliquer à d'autres.
cc @magiraud @RyanHerbLorsqu'une personne appartient à plusieurs groupes, elle peut vouloir filtrer les résultats en fonction d'un groupe.
Demande de Jona, mais peut s'appliquer à d'autres.
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2039Le créateur de la notification ne l'a pas visitée2021-03-17T14:54:36+01:00Mikaël SalsonLe créateur de la notification ne l'a pas visitéeActuellement lorsqu'on crée une notification, le créateur est considéré comme ayant vu la notification (ce qui n'est pas faux). Mais en fait c'est frustrant et trompeur, car on a envie de voir la notification « en action » pour se rendre...Actuellement lorsqu'on crée une notification, le créateur est considéré comme ayant vu la notification (ce qui n'est pas faux). Mais en fait c'est frustrant et trompeur, car on a envie de voir la notification « en action » pour se rendre compte que cela a bien fonctionné.
Il faudrait donc marquer la notification comme non vue par son créateur (idem si on modifie la notification).
@RyanHerb @magiraudmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1951Légende sur l'export svg2020-08-04T10:09:29+02:00Vidjil TeamLégende sur l'export svgRando 2016: suggéré par un anonyme. Des détails ?
***
@nobodyRando 2016: suggéré par un anonyme. Des détails ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1945Tooltips riches dans la webapp : implémentation2019-01-10T15:21:23+01:00Vidjil TeamTooltips riches dans la webapp : implémentationDescription un peu complète et lien vers la doc. Si la tooltip apparaît plus rapidement qu'un "title" c'est mieux aussi. Exemple, sans bibliothèque JS (à part JQuery) : https://codepen.io/jamilhijjawi/pen/lIwbK
***
Remarque de Marc duran...Description un peu complète et lien vers la doc. Si la tooltip apparaît plus rapidement qu'un "title" c'est mieux aussi. Exemple, sans bibliothèque JS (à part JQuery) : https://codepen.io/jamilhijjawi/pen/lIwbK
***
Remarque de Marc durant la rando : on crée beaucoup de contenu dynamiquement, bref cela impose de relancer le .js (soit sur tout, soit sur l'objet nouvellement créé).
Solution purement CSS dans features/tooltip (ce qu'avait fait François), simplification/re-travail en cours.
***
@magiraud @mikael-sWeb 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1944Clarifier ce que fait chaque config, éventuellement les renommer2021-05-25T10:05:29+02:00Vidjil TeamClarifier ce que fait chaque config, éventuellement les renommerÉventuellement renommer certaines configs (`multi++` ? `Vidjil multi++` ?)
Penser aussi à `controller/defaults.py`.
Éventuellement renommer certaines configs (`multi++` ? `Vidjil multi++` ?)
Penser aussi à `controller/defaults.py`.
Déploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1253Se souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?2023-03-28T16:11:50+02:00Vidjil TeamSe souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?On pourrait gérer plus proprement les amorces, avec
- des listes d'amorces (Biomed ? nouvelles EC ? d'autres ?)
- en fonction des amorces sélectionnées, les confisg (ou les stats) sont différents, ou d'autres features
- et certains...On pourrait gérer plus proprement les amorces, avec
- des listes d'amorces (Biomed ? nouvelles EC ? d'autres ?)
- en fonction des amorces sélectionnées, les confisg (ou les stats) sont différents, ou d'autres features
- et certains réglages permettraient de chosir directement un "kit" d'amorces
Ce n'est pas facile, que cela soit au niveau de la db, du browser derrière, et même de la conception / de ce qu'on veut. Vraiment pas la priorité pour l'instant.
***
mis dans la demande d'ADT, 2016Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1616Changer germline/genes : voir changements de stats induits2017-05-22T15:25:49+02:00Vidjil TeamChanger germline/genes : voir changements de stats induits(mis sur tâche à part, autant segmenter les tâches)
***
Quelles sont les stats qui varient ?
le nombres de locus, les pourcentages, la evalue ? Lesquels sont automatiques ou lesquelles faut-ils traitées ?
***
Le plus visible sont les inf...(mis sur tâche à part, autant segmenter les tâches)
***
Quelles sont les stats qui varient ?
le nombres de locus, les pourcentages, la evalue ? Lesquels sont automatiques ou lesquelles faut-ils traitées ?
***
Le plus visible sont les infos à haut à gauche :
total 764 757 reads
segmented 634 014 reads (82.90%)
selected locus 634 014 reads (82.90%) <--- cela peut changer
On les voit aussi quand on sélectionne des clones, en bas à droite (8 clones, 4534 reads, X.X%) et quand on fait export fasta ou bien export report. Mais normalement toutes ces choses prennent leurs infos au même endroit ?
regarde en particulier :
- model.js:update_selected_system
- clone.js:getPrintableSize et les autres fonctions appelées
(On ne change pas la evalue, c'est donné en amont par le C++)
***
ok
Je trouve les infos du log auss ia changer. C'est une seul variable texte, générée directement par vidjil.
Question d'approche : Pour modifier ses valeurs, il vaut mieux parser ça dans un objet, changer la/les valeurs, recalculer la répartition/stats, et resortir le résultat sous forme de string ?
***
Changement fait, mais pas encore les tests (je galère encore un peu).
***
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1520Liste des sets : info si les calculs sont finis ou pas2019-02-28T12:39:27+01:00Vidjil TeamListe des sets : info si les calculs sont finis ou pasLorsqu'on a lancé beaucoup de calculs (disons sur 70 patients par exemple), on aimerait savoir si c'est fini ou pas, ou au moins quels patients on pourrait consulter. Une manière simple de visualiser cela serait d'avoir un petit indicate...Lorsqu'on a lancé beaucoup de calculs (disons sur 70 patients par exemple), on aimerait savoir si c'est fini ou pas, ou au moins quels patients on pourrait consulter. Une manière simple de visualiser cela serait d'avoir un petit indicateur dans la liste des configs de chaque patient lorsque la config est en train de tourner.
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1473Axes génériques, depuis .json (coverage, evalue...)2021-07-12T16:09:41+02:00Vidjil TeamAxes génériques, depuis .json (coverage, evalue...)Être capable d'afficher n'importe quelle donnée passée dans le .json.
Notons que l'auto-découverte (comme pour le segmenter) peut ne pas être toujours très robuste et faire du bruit dans certains cas. Une solution acceptable pourrait êt...Être capable d'afficher n'importe quelle donnée passée dans le .json.
Notons que l'auto-découverte (comme pour le segmenter) peut ne pas être toujours très robuste et faire du bruit dans certains cas. Une solution acceptable pourrait être de demander à l'utilisateur de fournir une liste "axis" indiquant les axes à considérer (et en profiter pour demander le type entier / flottant / ..., ce qui peut être difficile à deviner).
***
Après réflexion, oui, il faudrait vraiment un mécanisme générique pour qu'on puisse spécifier quels axes on veut et ce qu'ils signifient (et on peut en profiter pour passer une chaîne d'aide) :
En ce moment, on aimerait pouvoir afficher
_coverage, en float, entre 0 et 1, "Coverage of the representative"
seg._evalue, en float, en échelle log, "E-value (number of k-mers)"
***
ping
***
Revenu au goût du jour le mois dernier avec "productive".
"Axes" veut dire x, y, et aussi couleur.
***
@nobodyRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2479Mettre un verrou tant que des fichiers sont en cours de run/upload pour ne pa...2021-11-26T11:38:50+01:00Mikaël SalsonMettre un verrou tant que des fichiers sont en cours de run/upload pour ne pas lancer fuse ?Comme l'illustre #2472 : on lance beaucoup fuse.py, et inutilement.
@RyanHerb se demande si on ne pourrait pas poser un verrou pour ne pas lancer fuse tant que des fichiers sont encore en train d'être analysés (voire en cours d'upload)....Comme l'illustre #2472 : on lance beaucoup fuse.py, et inutilement.
@RyanHerb se demande si on ne pourrait pas poser un verrou pour ne pas lancer fuse tant que des fichiers sont encore en train d'être analysés (voire en cours d'upload). Cela permettrait de ne lancer qu'un seul fuse, une bonne fois pour toute plutôt que de lancer un fuse à la suite de chaque lancement (c'est aussi une réponse possible à #2011).
Inconvénient : on ne peut pas commencer à voir des résultats partiels.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2483Mettre à disposition les reads non-segmentés2021-11-23T16:49:46+01:00Mathieu GiraudMettre à disposition les reads non-segmentésSuite à #1671 (fermée), souhaite-t-on avoir d'autres configs pour rendre disponibles d'autres fichiers ?
À voir si ~"user-request".Suite à #1671 (fermée), souhaite-t-on avoir d'autres configs pour rendre disponibles d'autres fichiers ?
À voir si ~"user-request".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2484Donner accès aux fichiers dans des sous-répertoires du répertoire temporaire2017-11-29T13:54:40+01:00Mathieu GiraudDonner accès aux fichiers dans des sous-répertoires du répertoire temporaireSuite à #2141, j'ai l'impression qu'on ne peut pas donner accès aux fichiers dans des sous-répertoires (typiquement le répertoire `out/seq` de Vidjil). Le problème si l'on met tout cela à plat est qu'on peut avoir beaucoup de fichiers......Suite à #2141, j'ai l'impression qu'on ne peut pas donner accès aux fichiers dans des sous-répertoires (typiquement le répertoire `out/seq` de Vidjil). Le problème si l'on met tout cela à plat est qu'on peut avoir beaucoup de fichiers...
à voir si cela vaut le coup (notamment pour #1703), mais rien d'urgent
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2489Initialiser la position des germlines V/D/J au bon endroit approximatif2020-08-04T09:28:11+02:00Mathieu GiraudInitialiser la position des germlines V/D/J au bon endroit approximatifcc @RyanHerbcc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2491Segmenter : ordre des germlines/séquences2021-11-26T11:42:12+01:00Mathieu GiraudSegmenter : ordre des germlines/séquencesRemarque de @aurelBZH : dans quel ordre ?
Actuellement clones + tous les germlines.
Peut-être les V + clones + les J ? Les V/J autour de chaque clone ? Comment fait-on pour les clones qui partagent un même V/J ?
Remarque de @RyanHerb ...Remarque de @aurelBZH : dans quel ordre ?
Actuellement clones + tous les germlines.
Peut-être les V + clones + les J ? Les V/J autour de chaque clone ? Comment fait-on pour les clones qui partagent un même V/J ?
Remarque de @RyanHerb : une possibilité serait `.insertAfter` en prenant l'id du clone.
À voir plus tard, rien d'urgent.
cc @aurelBZH @RyanHerb @hetohttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2499Lignes des axes noires/grises2018-08-09T14:28:40+02:00Mathieu GiraudLignes des axes noires/grises> Bonjour,
>
> J’ai vu qu’hier vous avez effectué une maintenance et je ne sais pas si c’est en lien ou non mais je trouve que les lignes du graphe sont bizarres, grises ou noires. Est-ce lié ? Cela n’empêche évidemment pas l’analyse...> Bonjour,
>
> J’ai vu qu’hier vous avez effectué une maintenance et je ne sais pas si c’est en lien ou non mais je trouve que les lignes du graphe sont bizarres, grises ou noires. Est-ce lié ? Cela n’empêche évidemment pas l’analyse, ce n’est qu’esthétique J !
>
> Aurélie
cc @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2506Pas assez de clones pour des études de répertoire2019-04-08T13:24:29+02:00Mathieu GiraudPas assez de clones pour des études de répertoireK. Tarte de ~"REN-Rennes", sur des jeux de TRB, trouve qu'il n'y a pas assez de clones pour étudier la diversité et l'overlap entre des répertoires.
cc @flothoni
Pour une fois ce n'est pas #1382 (car ici un seul locus), mais #2236, ou ...K. Tarte de ~"REN-Rennes", sur des jeux de TRB, trouve qu'il n'y a pas assez de clones pour étudier la diversité et l'overlap entre des répertoires.
cc @flothoni
Pour une fois ce n'est pas #1382 (car ici un seul locus), mais #2236, ou des choses sur ~"server-fuse".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2508Vh pas trouvé, uniquement Dh-Jh2018-06-27T18:53:42+02:00Mathieu GiraudVh pas trouvé, uniquement Dh-JhAurélie ~"LIL-Lille" :
> I have a question on the results I obtain on the following sample: http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23852&config=25
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHD2-2*02 2/TGA/5 IGHJ5*02 362 nt, 148 52...Aurélie ~"LIL-Lille" :
> I have a question on the results I obtain on the following sample: http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23852&config=25
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHD2-2*02 2/TGA/5 IGHJ5*02 362 nt, 148 525 reads (10.64%, 53.45% of IGH/IGH+, 2042% of IGH+)
> GGAGTCGGGGGAGGCTTGGTCCAGCCTGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGATTCACCTTCAGTGACTACTACATGAGCTGGGTCCGCCAGGCTCCCGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTAGGTTTCATTAGAAACAAAGCTAATGGTGGGACAACAGAATAGACCACGTCTGTGAAAGGCAGATTCACAATCTCAAGAGATGATTCCAAAAGCATCACCTATCTGCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCCGTGTATCAAGGGGCATTTATTGTAGTAGTACCAGCTGCTAT
>
> ATG
> ATGGTTCGACCCCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAGGTAAG
>
>
>
> Bonjour,
>
> Ce clone est mal nommé, il ne reconnaît pas le VH, bien présent puisque nous avons pu merger des clones qui étaient VDJ. Cela m’embête car ce clone étant majoritaire, le merge ne permet pas de corriger la séquence.
>
> Pourriez-vous y regarder et me dire pourquoi le VH n’a pas été reconnu ?
>
> Merci
>
> AurélieAlgo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2509Aligneur : paramétrer pour que les alignements soient jolis2023-01-25T09:41:58+01:00Mathieu GiraudAligneur : paramétrer pour que les alignements soient jolisSuite à #2501, mieux paramétrer pour que l'alignement soit joli. Pas urgent.
cc @aurelBZHSuite à #2501, mieux paramétrer pour que l'alignement soit joli. Pas urgent.
cc @aurelBZHhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2514Que devient l'auto-expansion du segmenteur en responsive ?2017-06-07T13:44:43+02:00Mathieu GiraudQue devient l'auto-expansion du segmenteur en responsive ?Discuté avec @heto et @mikael-s tout à l'heure. À revoir après #2500 / #1740 : utiliser tel quel le même mécanisme, le recoder si besoin, utiliser quelque chose de plus générique qui pourrait aussi concerner d'autres vues ?Discuté avec @heto et @mikael-s tout à l'heure. À revoir après #2500 / #1740 : utiliser tel quel le même mécanisme, le recoder si besoin, utiliser quelque chose de plus générique qui pourrait aussi concerner d'autres vues ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2837Casser un cluster devrait faire hériter aux clones la sélection et le focus2018-04-18T09:01:34+02:00Ghost UserCasser un cluster devrait faire hériter aux clones la sélection et le focusQuand on fait un focus sur un cluster et qu'on dégroupe les clones contenus dans le cluster, ils n'apparaissent pas car ils ne sont pas considerés comme focus. Devrait on considerer les clones contenus dans le cluster dans le focus ?Quand on fait un focus sur un cluster et qu'on dégroupe les clones contenus dans le cluster, ils n'apparaissent pas car ils ne sont pas considerés comme focus. Devrait on considerer les clones contenus dans le cluster dans le focus ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2526Discordance de productivité2024-02-06T16:46:02+01:00Mathieu GiraudDiscordance de productivitéAurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=3...Aurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=35
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHV3-7*01 1/GGAAGCCC/21 IGHJ6*01 338 nt, 607 958 reads (89.48%)
> AGGAGTCGGGGGGAGGCTTGGTCCAGGCCGGGGGGTCCCTGAGACTCTCATGCGTCGGCCACGGATTGAGTTTGAAGAAGGATTGGATGAGTTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGGAGGGGCTGGAGTGGGTGGCCTACATAAAGGAAGATGGAAATGGGAAACACTATGTGGACTCTGTGAAGGGCCGATTCATCATCTTCAGAGACGACGCCAAGAACTCACTATATCTGGAAATGAACAGCCTGAGAGTCGAGGACACGGCTATGTATTATTGTGTGAGA
>
> GGGAAGCC
> CTGGGCGTTTGGGGGCCAAGGGACATCGGTCACCGTCTCCTCAGGTAAG
cc @flothoniLille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2527Suppression de vue2017-10-13T12:43:02+02:00Mathieu GiraudSuppression de vuePeut-être afficher une croix/poubelle lorsqu'on est en édition de vues
@heto: quand on affiche les overlays, quelque chose en bas du menuPeut-être afficher une croix/poubelle lorsqu'on est en édition de vues
@heto: quand on affiche les overlays, quelque chose en bas du menuhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2529Simple clic : une vue à sa bonne place2017-10-13T12:43:02+02:00Mathieu GiraudSimple clic : une vue à sa bonne placeDans le panel par défaut, ou sinon dans le dernier panel mis.Dans le panel par défaut, ou sinon dans le dernier panel mis.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2530Geste pour l'édition des vues2020-06-23T09:35:05+02:00Mathieu GiraudGeste pour l'édition des vuesPour l'instant double clic (#2529).
On verra plus tard quel sera le geste exact: appui long ? drag/drop ? clic+shift ? et sur tablette/mobile ?Pour l'instant double clic (#2529).
On verra plus tard quel sera le geste exact: appui long ? drag/drop ? clic+shift ? et sur tablette/mobile ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2531Lorsque finalement on n'ajoute pas de nouvelle vue2017-10-13T12:43:02+02:00Mathieu GiraudLorsque finalement on n'ajoute pas de nouvelle vueRe-clic sur le numéro de la vue (voire mêem sur le menu), il ne se passe rien.Re-clic sur le numéro de la vue (voire mêem sur le menu), il ne se passe rien.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2532Mettre en valeur la vue en cours d'ajout2017-10-13T12:43:01+02:00Mathieu GiraudMettre en valeur la vue en cours d'ajoutVoir aussi #2531Voir aussi #2531https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2533Nombre maximum de vues par panel lors de l'édition overlay2017-10-13T12:43:01+02:00Mathieu GiraudNombre maximum de vues par panel lors de l'édition overlayNb de vues maximales en dur ?
@heto : "non, cela dépend de la hauteur"
On moment où on peut rajouter une vue, si la somme des hauteurs minimales/souhaitées est supérieur par panel (vu par media queries ?), on n'affiche pas l'overlay ...Nb de vues maximales en dur ?
@heto : "non, cela dépend de la hauteur"
On moment où on peut rajouter une vue, si la somme des hauteurs minimales/souhaitées est supérieur par panel (vu par media queries ?), on n'affiche pas l'overlay dessus / on interdit de rajouter ici.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2534Remplacement automatique de vue lors du simple clic2017-10-13T12:43:01+02:00Mathieu GiraudRemplacement automatique de vue lors du simple clicVoir #2533.
En simple clic, on pourrait enlever automatiquement la vue la plus ancienne du panel.Voir #2533.
En simple clic, on pourrait enlever automatiquement la vue la plus ancienne du panel.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2541L'infobox peut être trop large en mode utilisateur2017-11-29T09:16:25+01:00Mikaël SalsonL'infobox peut être trop large en mode utilisateurQuand on va [à cette adresse](http://app.vidjil.org/?custom=26319&custom=26320&custom=26321&custom=26322) en tant qu'administrateur, l'infobox est normale.
![Screenshot_20170628_091558](/uploads/688b31b2f2953832e443a67e5e63f4a1/Screensh...Quand on va [à cette adresse](http://app.vidjil.org/?custom=26319&custom=26320&custom=26321&custom=26322) en tant qu'administrateur, l'infobox est normale.
![Screenshot_20170628_091558](/uploads/688b31b2f2953832e443a67e5e63f4a1/Screenshot_20170628_091558.png)
En revanche quand on y va en tant qu'utilisateur (102), celle-ci est trop large car le nom du fichier est trop long.
![Screenshot_20170628_091544](/uploads/366e00505e28aa6f0eae0496eb5300fd/Screenshot_20170628_091544.png)
La différence s'explique probablement par le fait qu'on ajoute l'identifiant dans le nom du fichier, quand on est admin. Mais le nom du fichier ne devrait pas prendre autant de place en mode utilisateur. Ici cela prend quasiment la moitié de mon écran.Web 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2544Développement de la nouvelle interface (vmi) et intégration dans Vidjil2018-11-20T12:29:12+01:00Ghost UserDéveloppement de la nouvelle interface (vmi) et intégration dans Vidjil### Notes et documentation
Le module développé pour la nouvelle interface est actuellement appelé vmi, pour View Management Interface. Il est composé des fichiers `vmi.js` et `vmi.css`.
Une variable `vmi` est définie et contient ...### Notes et documentation
Le module développé pour la nouvelle interface est actuellement appelé vmi, pour View Management Interface. Il est composé des fichiers `vmi.js` et `vmi.css`.
Une variable `vmi` est définie et contient les attributs/fonctions nécessaires à la gestion des vues, notamment le constructeur `vmi.View`. La documentation des différentes fonctions a été ajoutée dans `vmi.js`.
Les fichiers `vmi_mocker` (js et css) ne font pas partie du module à proprement parler, mais regroupent le code JavaScript et les règles CSS utilisés pendant la conception du prototype -notamment les "fausses" vues/blocs de couleur- et ne devraient à terme plus avoir d'utilité.
Le module est voulu indépendant de Vidjil et son contenu ne doit pas y être lié, les valeurs particulières et les besoins de l'application doivent figurer dans l'utilisation du module par celle-ci.
Il est en revanche dépendant de jQuery.
- Les media queries présentes dans `vmi.css` sont certainement plus liée à Vidjil qu'à vmi. Par extension, cet aspect du responsive est sans doute différent de l'objectif de vmi ; et pourrait se retrouver dans d'autres fichiers (accompagné des changements de taille de police et d'autres adaptations nécessaires à une bonne lisibilité sur de petits écrans).
D'autre part, les valeurs actuellement présentes dans ces media queries sont amenées à changer, elles ont pour l'instant permis de tester le fonctionnement attendu mais ne seront sans doute pas les plus judicieuses une fois l'interface prête.
- Le travail sur le remplissage des panels et redimensionnement des vues est à compléter (je l'avais mis de côté pour passer aux interactions avec le menu), en témoignent les espaces blancs qui apparaissent avec les vues 5 et 6 (`solid`) du mocker.
- Dans certains cas, et pour une raison que je n'ai pas encore pu déterminer, le mode "edit" (actuellement déclenché par ctrl+clic sur une vue dans le menu) ne s'active pas. Le comportement se rétablit généralement après suppression(s)/rétablissement(s) des vues.. Ca reste mystérieux, à surveiller
- Le `menu-container` est pour l'instant copié dans `index2.html`, pour permettre au chargement des données de fonctionner et de donner des choses à afficher aux vues. C'est une solution temporaire puisque d'après ce que j'ai compris, le menu actuel est amené à bouger ou disparaître
- Les dernières modifications sur la branche `feature-c/prototype2` portent sur le problème décrit ici en commentaire et sur 2d446f4d4. Les choses à surveiller à ce sujet sont les accès au DOM dans les `init`, `update`, `resize`, et certaines réactions d'affichage entre les vues (par exemple le highlight des clones entre la liste, le scatterplot et le graphe).
Les commits liés à l'implémentation du booléen `vmi.View.on`, càd l'autre solution, ont été annulés sur cette branche mais sont toujours accessibles dans `feature-c/prototype-vmi_View_on` si besoin
- Les emplacements (`parentId`) donnés dans les appels à `vmi.View` sont "arbitraires", et correspondent à l'interface actuelle, ils pourront changer
- Une fonctionnalité intéressante, une fois l'intégration de vmi au point, serait de pouvoir stocker les choix d'affichage comme "préférences utilisateur"
- Avancement au moment d'écrire ces notes : les vues apparaissent dans le bon panel, mais leur contenu n'est pas encore opérationnel, le blocage semble venir de la récupération des données (voir les erreurs en console au chargement)
Je crois que l'essentiel y est, j'éditerai si d'autres choses me reviennent. Par ailleurs, je me tiens à votre disposition ici ou par mail, si certains points concernant vmi restent obscurs notamment, ou pour toute autre chose !Web 2018.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2546Comment retravailler sur vmi indépendamment de Vidjil ?2023-06-29T10:47:37+02:00Mathieu GiraudComment retravailler sur vmi indépendamment de Vidjil ?Le `index2.html` contient désormais Vidjil, comment travailler sur `vmi.js` sans avoir Vidjil dedans ?Le `index2.html` contient désormais Vidjil, comment travailler sur `vmi.js` sans avoir Vidjil dedans ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2547Générer des QR-codes pour les URLs2017-12-04T08:19:04+01:00Mathieu GiraudGénérer des QR-codes pour les URLsUtilisations possibles
- Côté recherche ou com, sur présentations/posters/pubs...
- Côté clinique, sur les rapports patients imprimés
Faire d'abord #2095.
Utilisations possibles
- Côté recherche ou com, sur présentations/posters/pubs...
- Côté clinique, sur les rapports patients imprimés
Faire d'abord #2095.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1443ajouter les tests fonctionnels dans make release_browser2017-11-18T12:29:30+01:00Vidjil Teamajouter les tests fonctionnels dans make release_browseril faut au moins doc/analysis_example... (à mettre plutôt dans data ?)
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@nobodyil faut au moins doc/analysis_example... (à mettre plutôt dans data ?)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2113Moteur physique : on peut bloquer un petit clone derrière un ensemble de gros...2021-11-08T16:13:30+01:00Mathieu GiraudMoteur physique : on peut bloquer un petit clone derrière un ensemble de gros cloneshttp://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=4022&config=35
Plot x `by productivity`, color `by productivity`. Prendre un petit clone vert et le mettre à gauche du gros clone rose. Il peut tenir chez moi (facilement) à la mauvaise...http://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=4022&config=35
Plot x `by productivity`, color `by productivity`. Prendre un petit clone vert et le mettre à gauche du gros clone rose. Il peut tenir chez moi (facilement) à la mauvaise place. Je m'en suis rendu compte car, en changeant des axes, cette situation est arrivée toute seule.
![bloc](/uploads/e4641c8043323d1bb547783209fea946/bloc.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1915Graîne pour xxx2020-08-27T12:47:39+02:00Vidjil TeamGraîne pour xxxLa graîne utilisé pour xxx est plus courte que pour d'autres locus (IGH, TRA, TRB, IGH+, TRA+D, TRD+), du coup une séquence ne passant pas dans un locus normal (à cause d'erreurs ou hypermutations) pourrait passer en xxx alors que la rec...La graîne utilisé pour xxx est plus courte que pour d'autres locus (IGH, TRA, TRB, IGH+, TRA+D, TRD+), du coup une séquence ne passant pas dans un locus normal (à cause d'erreurs ou hypermutations) pourrait passer en xxx alors que la recombinaison n'a rien d'extraordinaire. Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=1655&config=25
***
Bien vu. Je me demandais ce que faisait ces séquences.
Que doit-on faire ?
1) allonger la graine de xxx (ou les seuils de e-valeur) pour ne plus avoir cela
2) interdire que xxx retourne un V/J d'un autre locus
3) ou... "sauver" ces séquences et les remettre (même dans le C++) dans le locus d'origine. **Si** on a confiance dans nos calculs d'e-valeur, ce serait la bonne chose à faire : une séquence xxx qui passe est pertinente.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1647Surveiller périodiquement les erreurs / tickets sur le serveur + nettoyer2024-01-19T18:42:33+01:00Vidjil TeamSurveiller périodiquement les erreurs / tickets sur le serveur + nettoyerJe viens de faire une passe sur les tickets de juin 2015. J'ai supprimé tous les tickets qui me semblent être résolus (ou au moins pour lesquels il y a un message d'erreur maintenant plus explicite, qui sera en log.error()) et donc qui a...Je viens de faire une passe sur les tickets de juin 2015. J'ai supprimé tous les tickets qui me semblent être résolus (ou au moins pour lesquels il y a un message d'erreur maintenant plus explicite, qui sera en log.error()) et donc qui apparaitront dans le log et non pas en erreur serveur.
On devrait le faire peut-être plus systématiquement :-)
***
Fait aussi manuellement pour mai, et pour 15-30 avril. -> depuis le 15 avril, il reste moins de 10 tickets sans explication
En passant, je suis tombé sur *beaucoup* d'erreurs venant directement de nos tests (moi y compris). Quand on n'est pas propre et qu'on provoque des erreurs sur le serveur (hum...)... on doit ensuite effacer sa forfaiture dans les erreurs :-)
Pour les trucs plus vieux, j'ai tout simplement... supprimé. Rien ne sert d'avoir des tickets si on ne les regarde pas, et cela gène la "vue par exception" si on a des vieux trucs qui n'arrivent pas.
***
Pas beaucoup d'erreurs en oct/nov 2015.
Juste "patients.py: can't compare datetime.date to NoneType" qui revient de temps en temps.
***
Ormis les erreurs de taille de fichier, ou d'indispo de BDD, les erreurs qui semblent revenir sont:
Une (ou des) délétion(s) de patients qui n'existent pas (=> mettre un controle)
can't compare datetime.date to NoneType
***
merci Ryan d'avoir regardé cela !
***
De rien. Je n'ai pas encore nettoyé les tickets car je ne savais pas si quelqu'un voudrait faire une passe dessus :)
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-s @DuezRyan HerbertRyan Herbert2024-03-01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1836VidjilFieldExtractor, extract : positions 5/4/32020-12-04T12:07:46+01:00Vidjil TeamVidjilFieldExtractor, extract : positions 5/4/3pos.put("5start", 0);
pos.put("5end", 10);
pos.put("4start", 11);
...
→ récupérer les bonnes valeurs.
Peut-être un truc dans VDJCAHit.
.getPosition(ReferencePoint.JBeginTrimmed) ?
Pas facile, demande à...pos.put("5start", 0);
pos.put("5end", 10);
pos.put("4start", 11);
...
→ récupérer les bonnes valeurs.
Peut-être un truc dans VDJCAHit.
.getPosition(ReferencePoint.JBeginTrimmed) ?
Pas facile, demande à comprendre plein d'objets.
Proposition : on demandera à M. Shugay.
Pour l’instant, *commenter ces pos.put* pour ne pas mettre de fausses infos.
***
Mikaël: JBeginTrimmed ne donne pas les délétions du J, mais le début du J, comme 167.
Mais bon, on pourrait le mettre dans un
"J": { "start": 167 } (pas besoin de stop).
Voir https://mixcr.readthedocs.org/en/latest/export.html#default-anchor-point-positions
***
Pour avoir directement les délétions fin V / début J :
https://mixcr.readthedocs.org/en/latest/appendix.html#alignment-and-mutations-encoding
... mais bon, longueurs curieuses. Si déjà on a les JBeginTrimmed / VEndTrimmed ce sera pas mal.
***
Pas sûr que j'ai bien compris la demande quant au JBeginTrimmed / VEndTrimmed.
ces valeurs sont actuellement insérées en utilisant le SequencePartitioning sous le nom 3start / 5end (pour correspondre avec la sortie de Vidjil)
***
Vu avec Ryan, on s'est bien compris maintenant :)
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1798Gary2020-12-04T12:07:46+01:00Vidjil TeamGarypython should-vdj-to-tap.py should-vdj-tests/gary.should-vdj.fa
tested passed failed (todo)
IGH 47 7 40
IGH+ 16 6 10
===== 63 13 ...python should-vdj-to-tap.py should-vdj-tests/gary.should-vdj.fa
tested passed failed (todo)
IGH 47 7 40
IGH+ 16 6 10
===== 63 13 50 (0)
python should-vdj-to-tap.py -N should-vdj-tests/gary.should-vdj.fa
tested passed failed (todo)
IGH 47 26 21
IGH+ 16 8 8
===== 63 34 29 (0)
python should-vdj-to-tap.py -NA should-vdj-tests/gary.should-vdj.fa
tested passed failed (todo)
IGH 47 29 18
IGH+ 16 11 5
===== 63 40 23 (0)
***
Bref, sur 63 séquences:
- 13 passent
- 21 ont juste des différences sur les régions N
(il faudrait voir si c'est significatif ou pas...)
- 6 différences sur régions N + allèles
- il en reste 23
Au moins 14 de ces 23 sont des soucis sur le D:
- 5: Gary VDJ / Vidjil VDDJ
- 3: Gary VDJ / Vidjil VJ
- 1: Gary DDJ / Vidjil DJ
***
Retour fait. Attendre sa réponse pour mettre cela dans dev.
***
À un moment il faudra merger cela dans dev. J'ai mis des TODO un peu partout.
On devrait au moins réussir à faire passer la majorité des TODO-N et TODO-A, il faut prendre le temps de passer sur les séquences et de mettre les alternatives si c'est le cas.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1692DDJ en TRD+ / kmers 4 écrasent 52020-12-04T12:07:46+01:00Vidjil TeamDDJ en TRD+ / kmers 4 écrasent 5Autant le VDDJ demande certaines modifs, le DDJ pourrait être traité avec ce qu'on a actuellement : Florian, pourrais-tu regarder cela ?
Commencer par mettre les deux séquences 0897-lil-TRD+ en test should-vdj.
***
DD2-DJ trouvé préfére...Autant le VDDJ demande certaines modifs, le DDJ pourrait être traité avec ce qu'on a actuellement : Florian, pourrais-tu regarder cela ?
Commencer par mettre les deux séquences 0897-lil-TRD+ en test should-vdj.
***
DD2-DJ trouvé préférentiellement. problème de eVal.
>TRDD2*01 0/5/0 TRDD3*01 1/13/3 TRDJ1*01 [TRD+] + VDJ 0 85 91 102 116 160 TRDD2*01 0/GCGTA/0 TRDD3*01 1/CGGCCTTTGCGCG/3 TRDJ1*01 TRD+ SEG_+ 6.341215e-23 5.951294e-23/3.899217e-24
>TRDD2*01 0/5/0 TRDD3*01 1/13/3 TRDJ1*01 [TRD+] + VJ 0 85 116 160 TRDD2*01 0/GCGTAACTGGGGGATACCGGCCTTTGCGCG/3 TRDJ1*01 TRD+ SEG_+ 2.137854e-23 1.747932e-23/3.899217e-24
***
sur branche DDJ, merci Florian, c'est à moi de voir maintenant (pb quand même rep en 5 et 4)
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1400Heuristique i.0 : être capable d'inférer des germlines "inconnus"2017-07-05T09:15:56+02:00Vidjil TeamHeuristique i.0 : être capable d'inférer des germlines "inconnus"Suite à la discussion en janvier à Necker.
On voudrait segmenter des séquences... à la découverte de ce qu'on ne connaît pas. But : 100% des reads ont une explication, TOO_SHORT, ou sinon on dit ce qu'il y a dedans.
1) Cas relativement ...Suite à la discussion en janvier à Necker.
On voudrait segmenter des séquences... à la découverte de ce qu'on ne connaît pas. But : 100% des reads ont une explication, TOO_SHORT, ou sinon on dit ce qu'il y a dedans.
1) Cas relativement simple :
+V+V+V+V+V+V+V__________________________
À distinguer du cas TOO_FEW_J / trop court. Ici, c'est probablement autre chose, et on pourrait extraire une fenêtre centrée sur la fin du V
2) Et cas plus dur : idem... sans les +V. Bref, être capable de deviner le point de jonction... on se souvient de ce qui avait été fait avec David. On pourrait tout à fait rentrer cela dans le Vidjil actuel : avoir un CountSegmenter qui prédit un point de cassure... (Question subsidiaire : que donne CRAC si on lui donne un jeu de reads V(D)J ?)
***
Séquences de Prague, sur rbx, collegues/pragues/IGH-UNSEG.affects
Il y a des trop petits... mais il y a aussi d'autres choses...
***
Si on infère des choses bizarres, il faudra mettre des checks sur la representative et/ou de gros warnings partout (on est pas sûr que la fenêtre est pertinente, qu'autour c'est pareil...)
***
b9994d1 et 196acbc
Sur Pee (217, Rennes)
- -g -i : 48% (110s)
- après max12: 85%
- après sortLeftRight : 99.1% (42s, car pas de -i)
Attention, est-on sûr de ce qu'on trouve ? Les longueurs des représentatives ont l'air plutôt bonnes, mais il faudrait quelque chose pour en être plus sûr et vérifier qu'on ne clustérise pas des bouts de V.
***
http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=1442&custom=1443&custom=1568&custom=1569&
À gauche, multi+inc, à droite, multi+xxx.
***
Changements légers ce matin, marche avec -i, pas segmenté si < 5 kmers (DETECT_THRESHOLD)
http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=1442&custom=1585&custom=1443&custom=1586&
***
ok pour "xxx"... mais il faudrait pouvoir avoir des choses plus méchantes, en devinant des germlines (à la David ?)
***
12bcb3c: MAX1U, -4. Modèle de proba à discuter ensemble, pour l'instant c'est trop méchant.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2413Se passer de Object.assign ?2017-11-16T08:57:17+01:00Mikaël SalsonSe passer de Object.assign ?Suite à #2391 on sait qu'on utilise `Object.assign` qui est dans ES 2015. [Chrome 45 est le premier Chrome](https://developer.mozilla.org/en/docs/Web/JavaScript/Reference/Global_Objects/Object/assign) à le gérer, il date de sept. 2015.
...Suite à #2391 on sait qu'on utilise `Object.assign` qui est dans ES 2015. [Chrome 45 est le premier Chrome](https://developer.mozilla.org/en/docs/Web/JavaScript/Reference/Global_Objects/Object/assign) à le gérer, il date de sept. 2015.
@magiraud : Voir discussion, ci-dessous, en fait pour FF c'est décembre 2014, et pour Chrome, quasiment tous nos utilisateurs ont un Chrome... à jour.
Je ne pense pas qu'il soit raisonnable d'attendre des utilisateurs qu'ils aient tous un navigateur de moins de 2 ans.
@RyanHerb peut-on simplement remplacer `Object.assign` par autre chose ? Y a-t-il d'autres choses qui sont ES 2015 ?Web 2018.01Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1171Tous les ans, mettre à jour les librairies .js2022-04-22T08:29:40+02:00Vidjil TeamTous les ans, mettre à jour les librairies .jsEt d'autres librairies si besoin...
S'assurer que `browser/js/lib/info.txt` est à jour
***
Marc, 9a8c272d6 (septembre 2014) :
* d3js updated
* jquery updated (use jquery 2)
* jquery.form updated
* jspdf updated
* canvg ...Et d'autres librairies si besoin...
S'assurer que `browser/js/lib/info.txt` est à jour
***
Marc, 9a8c272d6 (septembre 2014) :
* d3js updated
* jquery updated (use jquery 2)
* jquery.form updated
* jspdf updated
* canvg removed (never used)
* less.js removed (we don't compil css in the browser anymore)
***
merci !
***
Ping. Cela fait presque 18 mois que certaines librairies n'ont pas été mises à jour. On peut vivre avec, mais...
***
Marc, est-ce que c'est quelque chose que tu pourrais faire avant ton départ ? Merci.
***
@Duez2016-12-12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2143Donner accès aux fichiers produits par les pre-process2019-01-08T15:11:22+01:00Mathieu GiraudDonner accès aux fichiers produits par les pre-processDe la même manière que #2141, on pourrait vouloir donner accès aux fichiers éventuellement produits par un pre-process (pour l'instant uniquement PEAR), dans `DIR_PRE_VIDJIL_ID`.
Tâche vraiment pas prioritaire (on a déjà les logs de PEA...De la même manière que #2141, on pourrait vouloir donner accès aux fichiers éventuellement produits par un pre-process (pour l'instant uniquement PEAR), dans `DIR_PRE_VIDJIL_ID`.
Tâche vraiment pas prioritaire (on a déjà les logs de PEAR...) pour l'instant.
@RyanHerb @mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2550Être plus fin dans le choix du parseur BAM ou Fasta/Fastq2017-07-07T15:07:43+02:00Mathieu GiraudÊtre plus fin dans le choix du parseur BAM ou Fasta/FastqSuite à #2016 et c02b2b5 par @mikael-s :
> OnlineBAM instantiation is based on the file extension.
Pour l'instant cela ira !
> It could be based on the first bytes of the file (which would be more reliable).
Et/ou une option en dur p...Suite à #2016 et c02b2b5 par @mikael-s :
> OnlineBAM instantiation is based on the file extension.
Pour l'instant cela ira !
> It could be based on the first bytes of the file (which would be more reliable).
Et/ou une option en dur pour forcer tel ou tel parseur ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1541La représentative couvre mal certains jeux de clones2023-10-18T13:07:37+02:00Vidjil TeamLa représentative couvre mal certains jeux de clonesJeu de données IGH de Cristina http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=527&config=27 (voire les clones en fonction de clone length/GC content). Tous les reads font 250 bp, on a des représentatives autour de 50bp.
Même chose ave...Jeu de données IGH de Cristina http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=527&config=27 (voire les clones en fonction de clone length/GC content). Tous les reads font 250 bp, on a des représentatives autour de 50bp.
Même chose avec ce jeu de données (F. ~"Paris-Pitié") : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=510&config=26 (certains clones sont autour de 70bp alors que les reads font 300bp)
***
Dans les deux jeux de données, même raison : il s'agit d'une séquence normale, suivie d'une série de A de longueur variable, suivie d'une séquence quelconque. On avait déjà eu ça dans un jeu de données. Rennes ? Exemples en pièce jointe (clone.fa-4 c'est pour le patient 527 et clone.fa-18 c'est pour le patient 510).
***
Oui c'était bien Rennes (mail du 18/03/2015, 18h10).
***
La représentative couvre donc mal ces jeux, mais c'est normal. Ce qu'on aimerait c'est récupérer les reads du clone depuis Vidjil :)
***
(écrit il y a deux heures, grr producteev)
On va bien sûr essayer d'améliorer cela, mais on aura toujours des séquences bizarres.
- un filtre côté c++ pour éjecter ces séquences
- + côté browser les warnings
***
hmm… qu'entends-tu par « éjecter ces séquences » ? Si la séquence amont accroche (avec les seuils de e-valeur), a-t-on vraiment envie de la virer ?
***
Il se trouve d'ailleurs qu'au niveau du polyA, la qualité chute dans le FASTQ : c'est le séquenceur qui se tape un délire ?
***
Problème lorsqu'on a un fort taux d'erreur sur R2, même avec la nouvelle heuristique, il y a des cas qui se passent mal :
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=11808&config=26
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=11812&config=35 (sur le 2è clone)
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2040Ajout d'une fonction clipborad pour les graph pour exporter dans le rapport2021-11-26T11:42:42+01:00Thonier FlorianAjout d'une fonction clipborad pour les graph pour exporter dans le rapportL'équipe de Debré souhaite pourvoir sauvegarder dans un clipborad différents graphiques qu'ils génèrent, et que ceux-ci soit automatiquement ajoutés aux rapports, avec si possible j'imagine un champs texte qu'ils peuvent renseigner sur l...L'équipe de Debré souhaite pourvoir sauvegarder dans un clipborad différents graphiques qu'ils génèrent, et que ceux-ci soit automatiquement ajoutés aux rapports, avec si possible j'imagine un champs texte qu'ils peuvent renseigner sur le contenu et la signification du graphique.
A minima cela passerait par un boutton permettant d'enregistrer le graphique, et de l'exporter au format image non ?
Pour ma part, je pense qu'il faudrait en plus sauvegarder/exporter des informations permettant de regénérer la figure (type locus choisi, filtre, nb clones, ...) à inclure dans le rapport.
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1544Exploiter les qualités des .fastq ?2019-09-16T16:58:44+02:00Vidjil TeamExploiter les qualités des .fastq ?Difficile, pas de standard... et pour faire quoi ? Si c'est juste pour implémenter un filtre, il doit y avoir cela en sortie des séquenceurs.
Après, cela pourrait être mieux (calcul e-valeur en fonction, k-mots en fonction ?), mais bof...Difficile, pas de standard... et pour faire quoi ? Si c'est juste pour implémenter un filtre, il doit y avoir cela en sortie des séquenceurs.
Après, cela pourrait être mieux (calcul e-valeur en fonction, k-mots en fonction ?), mais bof.
***
Disons que ce qu'on a vu sur les problèmes de représentative (https://www.producteev.com/workspace/t/553e1de8b1fa09d063000007) montrent plutôt qu'on s'en sort déjà bien sans regarder la qualité.
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2378Axes: ne pas afficher "?" s'il n'y a pas de clones concernés2021-11-23T15:58:18+01:00Mathieu GiraudAxes: ne pas afficher "?" s'il n'y a pas de clones concernésMais peut-être faudrait-il prendre en compte *tous* les clones, y compris ceux possiblement filtrés ?
Voir aussi #2364.Mais peut-être faudrait-il prendre en compte *tous* les clones, y compris ceux possiblement filtrés ?
Voir aussi #2364.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2246En mode histogramme, afficher aussi, de manière globale, les smaller clones p...2019-10-08T10:35:13+02:00Mathieu GiraudEn mode histogramme, afficher aussi, de manière globale, les smaller clones pas top / filtrés ?Pourquoi a-t-on un réglage `filter / top` ? C'est en particulier pour que cela ne rame pas (voir #2236), mais aussi pour que, dans sur un ~"client-grid" , ce soit lisible.
Sur un ~"client-bar" , la question est différente. On avait év...Pourquoi a-t-on un réglage `filter / top` ? C'est en particulier pour que cela ne rame pas (voir #2236), mais aussi pour que, dans sur un ~"client-grid" , ce soit lisible.
Sur un ~"client-bar" , la question est différente. On avait évoqué, à un moment, d'afficher en gris des boites "smaller clones" qui seraient non sélectionnables. Voir #1048, mais aussi on pourrait le faire dès maintenant, sur les clones cachés par `filter / top`.
Le souci, si on fait cela sans #1048, est qu'on va afficher qu'une partie des smaller clones, ce qui est peu compréhensible. Et comment interagir entre les smaller clones et les clones filtrés (on ne veut pas afficher les clones filtrés dans l'histogramme !) ? C'est peut-être donc une mauvaise idée tant qu'on n'a pas #1048.
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2159Filtre plus flexible sur les germlines choisies par -g2017-07-10T17:01:29+02:00Mathieu GiraudFiltre plus flexible sur les germlines choisies par -gSuite à #2134, on aimerait avoir des filtres plus flexibles pour choisir les germlines dans l'algo, peut-être même des regexp (mais en faisant attention à ne pas demander trop d'échappements, `+` est un caractère qui nous sert dans les l...Suite à #2134, on aimerait avoir des filtres plus flexibles pour choisir les germlines dans l'algo, peut-être même des regexp (mais en faisant attention à ne pas demander trop d'échappements, `+` est un caractère qui nous sert dans les locus).
* [ ] Discuter sur ce que l'on voudrait `:IG*`, `:IGH*`, `:*+`, peut-être `:!*+` ?
* [ ] Comment l'implémenter ?
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1702focus sur des reads avec une certaine séquence (approchée)2021-04-16T22:41:49+02:00Vidjil Teamfocus sur des reads avec une certaine séquence (approchée)Jona/Marleen, survey: "Is it possible to track down related clones, with for instance similar DJ stem sequences (not only searching in top hundred but in complete list)?"
Pouvoir lancer Vidjil avec un filtre, pour zoomer sur un ensembl...Jona/Marleen, survey: "Is it possible to track down related clones, with for instance similar DJ stem sequences (not only searching in top hundred but in complete list)?"
Pouvoir lancer Vidjil avec un filtre, pour zoomer sur un ensemble de reads ? Ou un "get reads" amélioré ?
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1515SortMeVDJ : extraction/tri de reads suivant les locus2021-01-19T10:27:12+01:00Vidjil TeamSortMeVDJ : extraction/tri de reads suivant les locusCommande -c sort pour trier les reads, même non segmentés, suivant les différents locus. Est-ce que ce serait utile ?
Peut-être avec des seuils (IGH pour ceux qui ont significativement plus de k-mers IGH que d'autres).
Ou utiliser tout ...Commande -c sort pour trier les reads, même non segmentés, suivant les différents locus. Est-ce que ce serait utile ?
Peut-être avec des seuils (IGH pour ceux qui ont significativement plus de k-mers IGH que d'autres).
Ou utiliser tout simplement SortMeRNA ?
***
Et le filtre capture comme le filtre IMGT ne sont pas si loins...
***
FS a battu cette nuit un record : 1.97 GB, 22 M reads, pour... 3 reads segmentées
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=606&config=2
***
(lien avec place sur le serveur, virer tout sauf les séquences qui ont un peu de k-mers VDJ)
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2002Configuration trop stringeante sur la recherche du D2022-05-12T11:42:47+02:00Vidjil TeamConfiguration trop stringeante sur la recherche du DExemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3837&config=2
On prend le gros clone et les petits clones autour. La moitié a un D trouvé, pas l'autre moitié. Le D fait 22bp il n'est pas trouvé dès qu'il y a une erreur/mutati...Exemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3837&config=2
On prend le gros clone et les petits clones autour. La moitié a un D trouvé, pas l'autre moitié. Le D fait 22bp il n'est pas trouvé dès qu'il y a une erreur/mutation.
***
Alors il y a bien un problème mais il n'a rien à voir. Voir « Le résultat de la segmentation change selon le contexte » #2003
***
Notons que toutes les séquences ici ont normalement le même "multiplier" de E-value (nb de clones analysés).
... et effectivement, il y a bien un problème (de calcul de p-valeur) : cela semble gros qu'une seule mutation sur 22pb fasse tout louper.
***
Surtout qu'il y a une séquence avec une mutation dans le D, où le D est bien trouvé...
***
Seuil de e-valeur pour le D : .05
J'imagine qu'il y a une raison pour cette faible valeur, mais les D sont courts et atteindre de très faibles e-valeur est compliqué (à l'inverse de ce qu'on a avec le kmer segmenteur). Pourquoi le seuil est-il à 0,05 ?
***
@magiraud @mikael-sThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2171Permettre des OR dans les requêtes de recherche de sample sets ou samples2024-02-21T14:18:07+01:00Mathieu GiraudPermettre des OR dans les requêtes de recherche de sample sets ou samplesVoir dicussion soulevée par @flothoni dans #2170.
On souhaiterait éventuellement accepter des `OU` logiques dans requêtes (`advanced_filter` dans `modules/vijdil_utils.py`). Et d'autres choses (parenthèses ?) ? Discuter déjà de la syntax...Voir dicussion soulevée par @flothoni dans #2170.
On souhaiterait éventuellement accepter des `OU` logiques dans requêtes (`advanced_filter` dans `modules/vijdil_utils.py`). Et d'autres choses (parenthèses ?) ? Discuter déjà de la syntaxe.
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1007Uploader un fichier FASTA avec des séquences d'intérêt, les nommer, identifie...2020-12-11T12:55:06+01:00Vidjil TeamUploader un fichier FASTA avec des séquences d'intérêt, les nommer, identifier les manquantesPlutôt que d'avoir un fichier .analysis contenant des fenêtres à mettre en valeur, on pourrait avoir des séquences complètes à mettre en valeur. À l'interface de chercher si elle trouve des fenêtres connues dans les séquences d'intérêt. ...Plutôt que d'avoir un fichier .analysis contenant des fenêtres à mettre en valeur, on pourrait avoir des séquences complètes à mettre en valeur. À l'interface de chercher si elle trouve des fenêtres connues dans les séquences d'intérêt. Ça éviterait de devoir rentrer les fenêtres dans les fichiers .analysis (qui peuvent changer avec des modifs dans l'algo) et ça permet de traîter directement les séquences d'intérêt que nous donnent nos amis bios.
***
scénario : on a un fichier fasta donnant des clones connus pour des patients, pour des standards, et on veut le visualiser rapidement
voir déjà vdj/progs/utils/generate-analysis.py fait par Mikaël (ece856d)
il faudrait faire cela directement dans l'interface, et voir les séquences manquantes par rapport au fichier fourni
***
être aussi capable d'afficher complètement cette séquence dans l'aligneur
***
ces séquences doivent passer au fuse.py, malgré le top
***
À discuter ensemble.
Solution 1:
- server : transformer le .fa en fichier de labels
- c++ : prend ce fichier (-l, existe déjà), marque les séquences ("top: 0" marcherait out-of-the box, mais crade, disons "label")
- fuse.py : traite spécialement les clones "label"
Solution 2:
- server: transformer ce fichier en .analysis (certains
- pas de modif c++
- fuse.py : prend un .analysis en plus, et tient compte de ce qu'il y a dedans
La solution 1 est la plus simple, mais la 2 permettrait de renforcer le rôle central d'un fichier ".analysis" (et on pourrait presque avoir un fuse.py qui fusionnerait deux .analysis).
Dans les deux cas :
- browser : afficher les séquences manquantes
***
Il y avait une tâche doublon "Conserver les séquences d'intérêt dans le fuse" :
- Soit avoir un tag dans le fichier clntab ou data disant qu'on veut conserver la séquence
- Soit avoir un fichier FASTA contenant les séquences d'intérêt à conserver
***
Les deux solutions demandent de toute façon de lancer le c++ sur le .fa pour récupérer les fenêtres. Autant le faire comme pour les autres fichiers.
Solution mixte proposée :
- server : pouvoir rentrer un fichier .fa spécial (soit faire une boite dédiée à cela, soit rajouter un champ aux fichiers .fasta pour qu'ils soient tous soit "reads" soit "known clones")
- c++ : lancé sur le .fa spécial, avec -y all -z all + un flag faisant qu'il prend le nom des fichiers fasta comme "name" dans le .vidjil (et sort "top: 0", ou, mieux, un nouveau flag ?)
- c++ : lancé sur les n fichiers de reads, comme d'habitude
- fuse : prend tous ces .vidjil (mais différencie les "known clones" des "reads")
- browser :devra aussi indiquer les manquantes
***
remarque de Mikaël : il peut y avoir des N dans séquences données.
Bref, la prédiction de fenêtre ne sera peut-être pas la bonne méthode, plutôt une recherche a posteriori comme dans vdj/progs/utils/generate-analysis.py
À rediscuter encore.
***
évoqué aussi hier avec Rennes... Alice a des séquences identifiées comme à enlever, on ne veut pas le faire manuellement...
Déjà si cela taggait automatiquement, ce serait bon.
N'est-ce pas proche de charger un fichier .analysis ?
***
Rando 2016: Marc voit comment faire cela simplement en transformant (côté client ? serveur ?) le fichier FASTA en fichier .analysis.
***
Limite : si la séquence d'intérêt n'est pas dans le top 100 on ne la verra pas (cf. mail de Jona 21/09/2016)
***
#1008, #1009
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1879Seuil pour les D, e-valeur2020-10-14T11:25:55+02:00Vidjil TeamSeuil pour les D, e-valeurVW16: deux écoles.
* 4nt (Hélène ~"PAR-Debré" ), pour éviter de faire un primer qui tombe dedans
* 8nt (c'est bien cela ?), (Frédéric ~"Paris-Pitié" , "vieux papiers")
Et nous, on a dit "euh, 5nt". Sommes-nous confiant dans notre c...VW16: deux écoles.
* 4nt (Hélène ~"PAR-Debré" ), pour éviter de faire un primer qui tombe dedans
* 8nt (c'est bien cela ?), (Frédéric ~"Paris-Pitié" , "vieux papiers")
Et nous, on a dit "euh, 5nt". Sommes-nous confiant dans notre calcul de e-valeur pour les D ?
***
Oui c'est bien cela. Le seuil de 8nt correspond à un seuil immuno pour avoir un D qui ait du sens.
***
segment.cpp, FineSegmenter::FineSegmentD
`float evalue_D = multiplier * (r-l) * germline->rep_4.totalSize() * segment_cost.toPValue(box_DD->score[0].first);`
Ouf, `(r-l) `est bien la taille de la zone considérée.
Calcul à priori correct... sauf qu'il dépend de` .toPValue`, donc de `K` et `lambda` qui sont fixés à la légère (mais qui ne devraient pas changer l'ordre de grandeur)
***
Depuis 2016.08, on peut jouer avec `-E`.
Avec e6ffb91, on a perdu 6 séquences de .should-vdj VDDJ.
Retravailler là-dessus, voir s'il faut des seuils différents pour premier D et D suivants, peut-être retravailler sur le score et/ou K/lambda.
***
ping, voir "Configuration trop stringeante sur la recherche du D" #2002
***
@magiraud @mikael-sAlgo -- ImportantThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2072Recherche des recombinaisons DDH2021-09-08T17:15:26+02:00Mikaël SalsonRecherche des recombinaisons DDHMail de @flothoni du 01/12 : le germlines.data actuel ne recherche pas de D dans le cas d'une recombinaison DJ. C'est effectivement le cas :
```
"recombinations": [ {
"5": ["IGHD_upstream.fa"],
"3": ["IGHJ...Mail de @flothoni du 01/12 : le germlines.data actuel ne recherche pas de D dans le cas d'une recombinaison DJ. C'est effectivement le cas :
```
"recombinations": [ {
"5": ["IGHD_upstream.fa"],
"3": ["IGHJ.fa"]
}],
```
Est-on d'accord qu'on voudrait le rajouter ? Ou alors seulement si l'option `-d` (recherche de D multiples) est passée ? Mais dans ce cas c'est difficile car impose d'avoir un germline qui dépend d'une option.
@magiraudThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1780Pouvoir chercher dans la liste des utilisateurs2021-02-09T16:09:48+01:00Vidjil TeamPouvoir chercher dans la liste des utilisateursCe serait utile d'avoir une boîte de recherche sur l'onglet "Users" (comme pour les patients et les logs), sur le nom, le prénom et le mail. On commence à avoir du monde, on pourrait par exemple rechercher "Marc" ou "ucl.ak".
***
@RyanH...Ce serait utile d'avoir une boîte de recherche sur l'onglet "Users" (comme pour les patients et les logs), sur le nom, le prénom et le mail. On commence à avoir du monde, on pourrait par exemple rechercher "Marc" ou "ucl.ak".
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2557Intégrer ou lier Premier BioSoft2021-11-23T15:53:28+01:00Mathieu GiraudIntégrer ou lier Premier BioSoftPremier BioSoft accès gratuit à un outil : on donne amorce (sens, antisens), donne probabilités.
Aurélie ~"LIL-Lille" va nous envoyer cas d'utilisation. Voir si on peut lier ou intégrer (mais philosophie, on lie vers des trucs commercia...Premier BioSoft accès gratuit à un outil : on donne amorce (sens, antisens), donne probabilités.
Aurélie ~"LIL-Lille" va nous envoyer cas d'utilisation. Voir si on peut lier ou intégrer (mais philosophie, on lie vers des trucs commerciaux ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2558Remettre l'amorce par patient dans le client2021-11-23T15:55:02+01:00Mathieu GiraudRemettre l'amorce par patient dans le clientUne fois qu'on désigne une amorce, la remettre dans le client ?
Nathalie : "Pour ne plus faire de TaqMan, montrer que amorce est dedans."
Ils vont déjà essayer de mettre l'amorce (20-25) dans le champ "search" #1693
#1253 #1681 #2557Une fois qu'on désigne une amorce, la remettre dans le client ?
Nathalie : "Pour ne plus faire de TaqMan, montrer que amorce est dedans."
Ils vont déjà essayer de mettre l'amorce (20-25) dans le champ "search" #1693
#1253 #1681 #2557https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2561data_test2017-07-28T12:51:03+02:00Ghost Userdata_testLes noms des germlines correspondant aux séquences des clones dans data_test.js ne correspondent pas à des germlines présentes dans la liste des germlines (germline.js)
j'ai changé les germlines du clone 2 pour mes tests mais pas les aut...Les noms des germlines correspondant aux séquences des clones dans data_test.js ne correspondent pas à des germlines présentes dans la liste des germlines (germline.js)
j'ai changé les germlines du clone 2 pour mes tests mais pas les autres ne sachant pas si vous vouliez les garder.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2563lisibilité liste clone2021-11-26T13:46:14+01:00Ghost Userlisibilité liste cloneLorsqu'on clic sur le symbole étoile d'un clone de la liste un pop up apparait. Si on quite le pop up il ne disparait pas et il n'y a aucun lien visuel entre le pop up et le clone dans la liste. IL peut donc etre dificile de faire un lie...Lorsqu'on clic sur le symbole étoile d'un clone de la liste un pop up apparait. Si on quite le pop up il ne disparait pas et il n'y a aucun lien visuel entre le pop up et le clone dans la liste. IL peut donc etre dificile de faire un lien entre le pop up et un clone de la liste.Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2571Logout n'affiche pas de message2020-09-23T17:32:47+02:00Mathieu GiraudLogout n'affiche pas de messageVu par @RyanHerb, en lien avec #1113.Vu par @RyanHerb, en lien avec #1113.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2572CrossDomain, web2py et login2021-03-10T19:57:22+01:00Mathieu GiraudCrossDomain, web2py et loginVu par @RyanHerb
Patcher web2py (puis pull request) ?
Voir #1113, #2525, #2571Vu par @RyanHerb
Patcher web2py (puis pull request) ?
Voir #1113, #2525, #2571Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2574-2 dans preset 72017-08-22T17:18:31+02:00Mathieu Giraud-2 dans preset 7Demo L3, preset 7, plein écran : Un "-2" à la fin.
Voir aussi #2548.
@RyanHerb : "compileBarLabels"Demo L3, preset 7, plein écran : Un "-2" à la fin.
Voir aussi #2548.
@RyanHerb : "compileBarLabels"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2575Doit on ajouter le créateur du groupe au groupe en question ?2017-12-19T08:47:20+01:00Ryan HerbertDoit on ajouter le créateur du groupe au groupe en question ?Lorsque l'on créé un groupe dans vidjil, l'utilisateur qui a créé le groupe est ajouté dans le groupe par défaut.
La plupart du temps ce n'est pas désiré, mais parfois c'est utile...Lorsque l'on créé un groupe dans vidjil, l'utilisateur qui a créé le groupe est ajouté dans le groupe par défaut.
La plupart du temps ce n'est pas désiré, mais parfois c'est utile...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2576La vue user/info n'a pas de liens fonctionnels2019-02-28T14:30:16+01:00Ryan HerbertLa vue user/info n'a pas de liens fonctionnels@flothoni : On s'attendrai à pouvoir être redirigé vers la page du groupe et de pouvoir retirer l'utilisateur du groupe en question.
Sans ces liens, la page n'a qu'une fonction indicative.@flothoni : On s'attendrai à pouvoir être redirigé vers la page du groupe et de pouvoir retirer l'utilisateur du groupe en question.
Sans ces liens, la page n'a qu'une fonction indicative.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2578Supprimer un fichier sans results ne doit pas proposer de conserver les résults2019-01-10T15:21:23+01:00Ryan HerbertSupprimer un fichier sans results ne doit pas proposer de conserver les résultsLorsqu'on supprime un sample qui ne possède pas de résults, l'interface propose de ne pas supprimer les résults, et donc peut porter à confusion. Si on sélectionne de conserver les résults, le sample reste en grisé.
@flothoniLorsqu'on supprime un sample qui ne possède pas de résults, l'interface propose de ne pas supprimer les résults, et donc peut porter à confusion. Si on sélectionne de conserver les résults, le sample reste en grisé.
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2579Supprimer un process ne supprime pas le scheduler_task associé2020-08-07T15:43:41+02:00Ryan HerbertSupprimer un process ne supprime pas le scheduler_task associéDepuis l'interface d'un sample_set, si on supprime un `run`, on s'attendrait à ce que je le scheduler ne lance pas la tâche associée. Or je constate qu'après avoir supprimé des tâches qui étaient en `QUEUED` ou en `ASSIGNED`, les entrées...Depuis l'interface d'un sample_set, si on supprime un `run`, on s'attendrait à ce que je le scheduler ne lance pas la tâche associée. Or je constate qu'après avoir supprimé des tâches qui étaient en `QUEUED` ou en `ASSIGNED`, les entrées dans la table `scheduler_task` ne sont pas supprimées.
Je dirais même que l'on pourrait s'attendre à ce que la tâche soit complètement killée si elle est déjà en cours d'exécution.
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2584Config séletionnée quand on arrive sur la page d'un sample set2021-11-23T15:27:43+01:00Mathieu GiraudConfig séletionnée quand on arrive sur la page d'un sample setDans quelques situations, aucune config n'est sélectionnée alors qu'on pourrait en choisir une:
- aucun run `COMPLETED`, mais des `QUEUED`/`RUNNING` (-> config la plus probable)
- lien `open patient` (-> config du set visualisé)
cc @R...Dans quelques situations, aucune config n'est sélectionnée alors qu'on pourrait en choisir une:
- aucun run `COMPLETED`, mais des `QUEUED`/`RUNNING` (-> config la plus probable)
- lien `open patient` (-> config du set visualisé)
cc @RyanHerb
Discussion ensemble : @mikael-s "par contre, quand un sample set est nouvellement créé, on ne veut pas de sélection par défaut".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2585haml2023-03-01T16:42:41+01:00Mathieu Giraudhaml@RyanHerb a présenté à Douai haml : http://haml.info
Implémentation python ? https://github.com/mikeboers/PyHAML ?@RyanHerb a présenté à Douai haml : http://haml.info
Implémentation python ? https://github.com/mikeboers/PyHAML ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2589Nouvelle vue pour remplacer getHTMLinfo(), information d'un clone responsif2020-12-04T14:18:26+01:00Mathieu GiraudNouvelle vue pour remplacer getHTMLinfo(), information d'un clone responsifVu à Douai : la boîte info d'un clone (`.info-container`) n'est pas responsive, en particulier si on enlève les bandeaux de gauche. Mettre directement cela comme une vue de ~"vmi-responsive" ?
Discussion : cela pourrait être même une v...Vu à Douai : la boîte info d'un clone (`.info-container`) n'est pas responsive, en particulier si on enlève les bandeaux de gauche. Mettre directement cela comme une vue de ~"vmi-responsive" ?
Discussion : cela pourrait être même une vue au sens Vidjil. À voir ce que cela pourrait être si plusieurs clones sont sélectionnés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2590Tableaux responsifs2019-01-17T14:28:00+01:00Mathieu GiraudTableaux responsifsVu à Douai. En particuliers pour ce qui est renvoyé par le serveur.
Utiliser des classes plus responsives.Vu à Douai. En particuliers pour ce qui est renvoyé par le serveur.
Utiliser des classes plus responsives.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2593Lien vers app-analyze depuis le client ?2021-11-23T15:16:26+01:00Mathieu GiraudLien vers app-analyze depuis le client ?Pour l'instant, le lien http://app.vidjil.org/analyze est présent uniquement sur la page d'accueil du serveur.
Je ne vois pas où le mettre. Dans `help`, dans `import/export` ?Pour l'instant, le lien http://app.vidjil.org/analyze est présent uniquement sur la page d'accueil du serveur.
Je ne vois pas où le mettre. Dans `help`, dans `import/export` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2595Segmentation avec un seul k-mer avec Aho-Corasick2019-02-28T20:52:32+01:00Mikaël SalsonSegmentation avec un seul k-mer avec Aho-CorasickLa version de Vidjil avec Aho-Corasick échoue sur un test dans `chimera-fake.should-get` sur cette séquence (qui est un faux mélange de TRG/TRD) :
> TCTTCCAACTTGGAAGGGAGAACGAAGTCAGTCACCAGGCTGACTGGGTCATCTGCTGAAGCCCAGAAGGTTACTCAAGCCCAGTCAT...La version de Vidjil avec Aho-Corasick échoue sur un test dans `chimera-fake.should-get` sur cette séquence (qui est un faux mélange de TRG/TRD) :
> TCTTCCAACTTGGAAGGGAGAACGAAGTCAGTCACCAGGCTGACTGGGTCATCTGCTGAAGCCCAGAAGGTTACTCAAGCCCAGTCATCAGTATCCATGCCAGTGAGGAAAGCAGTCACC
Or Vidjil segmente cette séquence en IGK et la chaîne d'affectations ressemble à cela :
```
# 11 - VJ 1 79 108 120 seed IGK SEG_- 1.858802e-01 1.858801e-01/1.009101e-07 _ _-k ? _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+K _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-K-K-K-K _ _ _ _ _ _-K-K _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-K-K-K _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
```
Il n'y a qu'un seul `-k`, et la e-valeur est très haute, mais ça passe tout juste. Pourquoi ?
1. L'index load est faible sur les J (0,013%), contre 1,048% auparavant (il n'y avait pas de distinction entre l'index load des V et des J).
2. La séquence est relativement courte (120nt).
3. Il a peu de séquences dans le fichier.
Bref, que faire ? On est (à peu près) contents de notre calcul de e-valeur. Avoir un index load séparé pour les V et les J semble plus pertinent. Faut-il allonger la séquence pour tricher et refaire passer la e-valeur au dessus du seuil fatidique ?Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2596[Aho] Meilleure e-valeur avec xxx qu'avec une recombinaison classique2019-03-06T09:57:28+01:00Mikaël Salson[Aho] Meilleure e-valeur avec xxx qu'avec une recombinaison classiqueSur `should-vdj-tests/BRI_multi.should-vdj.fa` (par exemple) une séquence est segmentée en xxx au lieu de l'être en TRA+D. La e-valeur en xxx est 10^-109 contre 10^-100 en TRA+D.
Pourtant l'index load du xxx est bien plus élevé (3,7% con...Sur `should-vdj-tests/BRI_multi.should-vdj.fa` (par exemple) une séquence est segmentée en xxx au lieu de l'être en TRA+D. La e-valeur en xxx est 10^-109 contre 10^-100 en TRA+D.
Pourtant l'index load du xxx est bien plus élevé (3,7% contre 0,004%).
La séquence est :
```
>TRDV2*01 3/CGGAGG/19 TRAJ48*01 [TRA+D]
TGCAAAGAACCTGGCTGTACTTAAGATACTTGCACCATCAGAGAGAGATGAAGGGTCTTACTACTGTGCCTGTGACCGGAGGGAAATTAACCTTTGGGACTGGAACAAGACTCACCATCATACCCAGTAAGTTCTTCATCCTTGGTCAGGAAATCAGCCTGCATAAGATTCTGGGGA
```Heuristique 2.0Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2599segmenteur, alignement avec gènes VDJ: griser les parties supprimées des gènes2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu Giraudsegmenteur, alignement avec gènes VDJ: griser les parties supprimées des gènesDiscussion avec @mikael-s dans le métro: sans aller jusqu'à #2601, mettre les parties à droite du V calculé (et ...) en gris.
Via un `highlight` ?
Voir aussi #2356.Discussion avec @mikael-s dans le métro: sans aller jusqu'à #2601, mettre les parties à droite du V calculé (et ...) en gris.
Via un `highlight` ?
Voir aussi #2356.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2601Retravailler un alignement global en détectant les parties mal alignées2019-02-13T08:57:29+01:00Mathieu GiraudRetravailler un alignement global en détectant les parties mal alignéesPour aller plus loin que #2599, on souhaite détecter, dans un alignement, des parties mal alignées et mes remplacer par un bloc non aligné (typiquement le bloc grisé de #2599).
Mais plus simplement, on pourrait lancer un `SemiGlobalTran...Pour aller plus loin que #2599, on souhaite détecter, dans un alignement, des parties mal alignées et mes remplacer par un bloc non aligné (typiquement le bloc grisé de #2599).
Mais plus simplement, on pourrait lancer un `SemiGlobalTrans` (ou ...) comme il le faut et compléter en collant le bloc.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2602Ajouter un clone et relance de fuse2021-11-26T13:45:56+01:00Mathieu GiraudAjouter un clone et relance de fuseEn discutant de #1921 avec Aurélie ~"LIL-Lille", une motivation pour ajouter un clone serait de voir s'il n'est pas plus loin que le top 100... on voit bien l'intérêt côté bio, vérifier si un séquence Sanger est bien absente ou pas.
Cel...En discutant de #1921 avec Aurélie ~"LIL-Lille", une motivation pour ajouter un clone serait de voir s'il n'est pas plus loin que le top 100... on voit bien l'intérêt côté bio, vérifier si un séquence Sanger est bien absente ou pas.
Cela impliquerait de relancer ~"server-fuse" avec des séquences forcées. Pas facile... et surtout #1921 pouvait sinon se voir comme une fonctionnalité sans connexion à la ~"server-database".
Faire déjà #1921 sans cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2603Affichage des clone ajoutés2020-02-25T19:36:29+01:00Mathieu GiraudAffichage des clone ajoutésNathalie ~"LIL-Lille" : "il faudra bien identifier les clones virtuels #1921, qu'on ne les confonde pas et qu'on s'en souvienne lors d'une prochaine visite".
Voir aussi #2212.
Afficher ces clones en carré (pivoté de 45°) dans le scatte...Nathalie ~"LIL-Lille" : "il faudra bien identifier les clones virtuels #1921, qu'on ne les confonde pas et qu'on s'en souvienne lors d'une prochaine visite".
Voir aussi #2212.
Afficher ces clones en carré (pivoté de 45°) dans le scatterplot ? Comment les mettre dans les autres vues ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2604Ajouter plusieurs clones virtuels d'un coup2017-09-08T11:29:48+02:00Mathieu GiraudAjouter plusieurs clones virtuels d'un coupAurélie ~"LIL-Lille" : "On voudra coller plusieurs séquences d'un coup".
#1921.
Aurélie ~"LIL-Lille" : "On voudra coller plusieurs séquences d'un coup".
#1921.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2608N'afficher que les patients avec des mise à jours non encore visualisées par ...2017-10-17T16:49:57+02:00Thonier FlorianN'afficher que les patients avec des mise à jours non encore visualisées par l'utilisateurOriginalement dans #2607 :
> - toutes les analyses non encore visualisées.
>
> - un mix des trois (au choix les XXX dernier jobs ou bien si ca dépasse les jobs depuis XXX jours, avec e nplus une colonne qui indique si il reste un jobs ...Originalement dans #2607 :
> - toutes les analyses non encore visualisées.
>
> - un mix des trois (au choix les XXX dernier jobs ou bien si ca dépasse les jobs depuis XXX jours, avec e nplus une colonne qui indique si il reste un jobs en attente sur ce patient.
Je me demande si il ne serait aps possible de filtrer la liste des patients avec uniquement les patients (ou runs/sets, comme d'hab) qui ont reçu une update non encore vue par l'utilisateur.
@RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2618Status : FUSING en plus de RUNNING ?2018-02-16T15:56:14+01:00Mathieu GiraudStatus : FUSING en plus de RUNNING ?Discussion lors de l'audio à propos de #2605/#2606.Discussion lors de l'audio à propos de #2605/#2606.Ryan HerbertRyan Herbert