vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-10-17T16:04:31+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3567should_results_from_vidjil() pourrait utiliser le .vidjil ou bien le .tsv2018-10-17T16:04:31+02:00Mathieu Giraudshould_results_from_vidjil() pourrait utiliser le .vidjil ou bien le .tsvActuellement, should_results_from_vidjil, utilisé par ~"dev\-tests\-curated\-vdj", prend ses infos dans le header fasta qui est faiblement structuré #3566.
Lui faire prendre les infos dans le .vidjil ?Actuellement, should_results_from_vidjil, utilisé par ~"dev\-tests\-curated\-vdj", prend ses infos dans le header fasta qui est faiblement structuré #3566.
Lui faire prendre les infos dans le .vidjil ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3566Supprimer / rationaliser le format .vdj des headers ?2018-10-24T16:27:47+02:00Mathieu GiraudSupprimer / rationaliser le format .vdj des headers ?On l'a peut-être oublié, nous disons sur stdout et dans la ~doc que le `.vdj.fa` est (l'un des) "main output file"(s).
Voir aussi http://www.vidjil.org/doc/vidjil-algo/#main-output-files
```
>clone-001--IGH--0000008--0.0608%--lcl|FLN1FA...On l'a peut-être oublié, nous disons sur stdout et dans la ~doc que le `.vdj.fa` est (l'un des) "main output file"(s).
Voir aussi http://www.vidjil.org/doc/vidjil-algo/#main-output-files
```
>clone-001--IGH--0000008--0.0608%--lcl|FLN1FA001CPAUQ.1|-[106,232]-#2 - 127 bp (54% of 232.0 bp) + VDJ 1 54 73 84 85 127 IGHV3-23*05 6/ACCCGGGAGGAACAATAT/9 IGHD6-13*01 0//5 IGHJ4*02 IGH SEG_+ 1.952469e-18 1.644625e-18/3.078448e-19 {52(45)96 p CTREEQYSSWYFDFW}
CTGTACCTGCAAATGAACAGCCTG ...
```
Une fois que l'on a #2828, on peut se demander ce qu'on doit conserver.
Est-ce que ces headers sont utiles ? Oui pour ~"dev\-tests\-curated\-vdj", mais qui pourrait utiliser autre chose #3567.
On garde bien sûr la sortie `.vdj.fa`... mais :
- cas extrême : on vire ce header, ou tout ce qui est après l'espace
- ou, après la partie sans espace, on met directement le ` .tsv` AIRR #2828 (problème: trop long)
- ou au moins le *début* du .tsv, à supposer qu'on ait un ordre intelligent - (!xxx essaie de faire cela)
Dans tout les cas, au minimum, mettre la génération de tout cela dans une sous-classe de `CloneOutput` #3592.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3565Docker : Pas de connection à la DB ?2019-01-10T12:43:05+01:00Mathieu GiraudDocker : Pas de connection à la DB ?@flothoni : "pas d'accès à la base de données depuis mon installation sur la nouvelle version ~"server\-docker", alors qu'avant cela fonctionnait"
Plus généralement, savoir quelle commande lancer pour regarder / débugguer cela.
cc @Rya...@flothoni : "pas d'accès à la base de données depuis mon installation sur la nouvelle version ~"server\-docker", alors qu'avant cela fonctionnait"
Plus généralement, savoir quelle commande lancer pour regarder / débugguer cela.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3564Certificats et installation locale Docker2018-10-16T18:47:54+02:00Mathieu GiraudCertificats et installation locale DockerVoir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/issues/732#note_126032 (internal link).
Ryan, si tu as un moyen simple de faire que cela marche pour une installation locale en copiant des certificats, vas-y... sinon tu peux changer la ~doc, merci.Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/issues/732#note_126032 (internal link).
Ryan, si tu as un moyen simple de faire que cela marche pour une installation locale en copiant des certificats, vas-y... sinon tu peux changer la ~doc, merci.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3563Use a fasta file for -l ?2018-10-16T18:39:26+02:00Mathieu GiraudUse a fasta file for -l ?Do we have a reason to have a specific format for `-l` ?Do we have a reason to have a specific format for `-l` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3562No horizontal scroll bar in the information panel2019-06-24T18:03:04+02:00Mathieu GiraudNo horizontal scroll bar in the information panelSeen by @meidanis.Seen by @meidanis.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3561Export fasta non fonctionnels pour des données hors des germlines par défaut ...2018-10-16T14:49:46+02:00Thonier FlorianExport fasta non fonctionnels pour des données hors des germlines par défaut (ex: IKZF1/ERG)Dans la même veine que #3512; les export fasta ne marche pas sur des configurations particulières, comme par exemple les IKZF1 et ERG, car ces données ne sont pas existantes dans le germline.
Il s'agit encore d'un cas particulier, Il f...Dans la même veine que #3512; les export fasta ne marche pas sur des configurations particulières, comme par exemple les IKZF1 et ERG, car ces données ne sont pas existantes dans le germline.
Il s'agit encore d'un cas particulier, Il faut donc au moins avoir un système de résilience pour récupérer les clones au format fasta, et un second pour trouver les séquences particulières.
Cette issue va de pair avec #3560 et s'attache aux mécanismes pour retrouver ces séquences germlines particulièreshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3560Résilience de l'export fasta au données manquantes2019-01-17T15:38:28+01:00Thonier FlorianRésilience de l'export fasta au données manquantesDans la même veine que #3512; les export fasta ne marche pas sur des configurations particulières, comme par exemple les IKZF1 et ERG, car ces données ne sont pas existantes dans le germline.
Il s'agit encore d'un cas particulier, Il f...Dans la même veine que #3512; les export fasta ne marche pas sur des configurations particulières, comme par exemple les IKZF1 et ERG, car ces données ne sont pas existantes dans le germline.
Il s'agit encore d'un cas particulier, Il faut donc au moins avoir un système de résilience pour récupérer les clones au format fasta, et un second pour trouver les séquences particulières.
Cette issue est dédiée à la résilience du système.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3559Avoir explicitement un test valgrind dans les should-get2018-10-16T13:37:44+02:00Mathieu GiraudAvoir explicitement un test valgrind dans les should-getOn a certes des tests valgrind poussés dans le stage qu'il faut, mais cela fait du bien d'avoir un test valgrind simple qui tourne tout le temps et décèle des erreurs en amont, quand on fait des tests sur nos machines. Actuellement `bugs...On a certes des tests valgrind poussés dans le stage qu'il faut, mais cela fait du bien d'avoir un test valgrind simple qui tourne tout le temps et décèle des erreurs en amont, quand on fait des tests sur nos machines. Actuellement `bugs/bug20141024.should-get` joue ce rôle, mais ce n'est pas très explicite.
Il pourrait y avoir un test ~"dev\-tests\-should\-get" qui fait cela.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3558Scheduler : Error cleaning up2019-08-22T13:37:33+02:00Ryan HerbertScheduler : Error cleaning upOn a des erreurs régulières dans nos workers de la forme `ERROR:web2py.scheduler.28fe17984f96#17:Error cleaning up`.
De ce que j'ai compris [ici](https://groups.google.com/d/msg/web2py/opWFUcDMCyc/pMD0wFPkz9UJ), celà veut dire que le sc...On a des erreurs régulières dans nos workers de la forme `ERROR:web2py.scheduler.28fe17984f96#17:Error cleaning up`.
De ce que j'ai compris [ici](https://groups.google.com/d/msg/web2py/opWFUcDMCyc/pMD0wFPkz9UJ), celà veut dire que le scheduler n'arrive pas à agir sur ses propre tables.
Se pourrait-il que cette erreur de se produise sur une partie des workers de manière quasi-continue, et de temps en temps sur la totalité des workers (ce qui entraine l'erreur avec tous les jobs en `QUEUED`).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3557Un nom de branche trop long peut casser les tests2024-01-18T11:04:15+01:00Mathieu GiraudUn nom de branche trop long peut casser les testsVu par @flothoni dans !328.
Enquêter pour comprendre ce qu'il peut se passer.Vu par @flothoni dans !328.
Enquêter pour comprendre ce qu'il peut se passer.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3556Docker : documenter l'installation de programmes externes dans `/opt` ou aill...2022-03-08T12:05:24+01:00Mathieu GiraudDocker : documenter l'installation de programmes externes dans `/opt` ou ailleursSuite à 9ce7a54c51
cc @RyanHerb @flothoniSuite à 9ce7a54c51
cc @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3555Erreur si clones null dans un fichier vidjil côté serveur2020-02-03T12:06:27+01:00Thonier FlorianErreur si clones null dans un fichier vidjil côté serveurLorsqu'un fichier ne retourne aucun clone, on a une valeur `null` au lieu d'une liste vide.
Cela pose problème du côté du server, et notamment dans `task.py` qui recherche la contamination.Lorsqu'un fichier ne retourne aucun clone, on a une valeur `null` au lieu d'une liste vide.
Cela pose problème du côté du server, et notamment dans `task.py` qui recherche la contamination.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3554bouton dans l'interface pour relancer le swheduler web2py2021-03-05T15:51:00+01:00Thonier Florianbouton dans l'interface pour relancer le swheduler web2pyUne petite question dont je ne suis pas certain de la pertinence: serait-il envisageable de rajouter un bouton pour relancer automatiquement la commande qui relance le scheduler ?
Techniquement, je présume que ce n'est pas si compliqué...Une petite question dont je ne suis pas certain de la pertinence: serait-il envisageable de rajouter un bouton pour relancer automatiquement la commande qui relance le scheduler ?
Techniquement, je présume que ce n'est pas si compliqué que ça. Cependant, ça risque de pérenniser un problème dont on ne connaît toujours pas l'origine (il me semble).
@magiraud @mikael\-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3553Switch pour avoir l'adaptation automatique des axes ou pas2018-10-16T09:56:10+02:00Mathieu GiraudSwitch pour avoir l'adaptation automatique des axes ou pasRendre le `.adapt` introduit par !301 (dés)activable par l'utilisateur,
par exemple par un pin au bout de l'axe.
Voir #2431 pour la discussion générale, et aussi #3503.Rendre le `.adapt` introduit par !301 (dés)activable par l'utilisateur,
par exemple par un pin au bout de l'axe.
Voir #2431 pour la discussion générale, et aussi #3503.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3552Pouvoir rafraîchir les axes2018-10-16T09:58:30+02:00Mathieu GiraudPouvoir rafraîchir les axesAvoir une méthode (incluse dans `shouldRefresh` ?) pour rafraîchir les axes.
Servira dans #2450 et #3507.Avoir une méthode (incluse dans `shouldRefresh` ?) pour rafraîchir les axes.
Servira dans #2450 et #3507.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3551Tags pour docker : d'abord la date2018-10-15T17:45:12+02:00Mathieu GiraudTags pour docker : d'abord la dateSi l'on souhaite pouvoir trier les tags, il faudrait mieux qu'ils soient de type `2018-10-08-c35e3ab7b`
cc @RyanHerbSi l'on souhaite pouvoir trier les tags, il faudrait mieux qu'ils soient de type `2018-10-08-c35e3ab7b`
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3550Docker : avoir quelque chose de distribuable2018-10-15T16:51:44+02:00Mathieu GiraudDocker : avoir quelque chose de distribuableActuellement, il faut le répertoire `docker` de notre git... plus `germline` pour générer `germline.js` .
- on s'est dit qu'on n'allait pas faire des releases de ce répertoire pour ne pas avoir quelque chose à maintenir
- mais si c'es...Actuellement, il faut le répertoire `docker` de notre git... plus `germline` pour générer `germline.js` .
- on s'est dit qu'on n'allait pas faire des releases de ce répertoire pour ne pas avoir quelque chose à maintenir
- mais si c'est par ~"dev\-ci" , création d'un .zip quelque part qui correspondrait à ce répertoire
- ou sinon... #1491 ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3549tests algo : should-get doit être avant should-vdj2018-11-20T09:09:52+01:00Mathieu Giraudtests algo : should-get doit être avant should-vdjAu moins dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/pipelines/44028, les should-get sont lancés après shoyld-vdj... ce qui n'est pas souhaité. Cela doit être une conséquence des derniers déplacements.
Ping #1491.Au moins dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/pipelines/44028, les should-get sont lancés après shoyld-vdj... ce qui n'est pas souhaité. Cela doit être une conséquence des derniers déplacements.
Ping #1491.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3548Test serveurs unitaires cassés depuis 2 mois : 'init_db_helper' is not defined2020-10-20T14:12:29+02:00Mikaël SalsonTest serveurs unitaires cassés depuis 2 mois : 'init_db_helper' is not definedDepuis environ 2 mois les tests unitaires serveurs plantent mais sans mettre le build en échec
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/gitlab-runner/builds/b8d876c1/0/vidjil/vidjil/server/web2py/gluon/shell.py", line 276, i...Depuis environ 2 mois les tests unitaires serveurs plantent mais sans mettre le build en échec
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/gitlab-runner/builds/b8d876c1/0/vidjil/vidjil/server/web2py/gluon/shell.py", line 276, in run
execfile(startfile, _env)
File "testRunner.py", line 59, in <module>
init_db_helper()
NameError: name 'init_db_helper' is not defined
```
Exemple [d'échec ici, il y a 2 mois](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/150764) et de [succès ici](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/150414), quelques heures avantMikaël SalsonMikaël Salson