vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-01-17T10:22:09+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2468Changelog du prochain déploiement web2020-01-17T10:22:09+01:00Mathieu GiraudChangelog du prochain déploiement webLe déploiement web %"Web 2017.05" est imminent (lundi 22, 16h30).
Selon vdj#369, ce serait bien de faire un changelog, si possible du point de vue de l'utilisateur.
J'ai mis un brouillon directement dans le résumé de la milestone %"Web...Le déploiement web %"Web 2017.05" est imminent (lundi 22, 16h30).
Selon vdj#369, ce serait bien de faire un changelog, si possible du point de vue de l'utilisateur.
J'ai mis un brouillon directement dans le résumé de la milestone %"Web 2017.05". À éditer / compléter d'ici la release. On le stockera aussi dans un fichier quelque part.
cc @RyanHerb @flothoniWeb 2017.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4130Documenter dans locus.md des choses sur la longueur des reads2020-01-16T19:06:05+01:00Mathieu GiraudDocumenter dans locus.md des choses sur la longueur des readsExtrait de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/568#note_290631
Une proposition est sur ghent.Extrait de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/568#note_290631
Une proposition est sur ghent.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4132Export CSV inutilisable2020-01-16T16:52:45+01:00Mathieu GiraudExport CSV inutilisableCécile et Hakim ~"Créteil-INSERM" voient des exports non utilisables, des colonnes décalées (s'il n'y a pas la D, tout est décalé). Elle va nous envoyer les détails si besoin.Cécile et Hakim ~"Créteil-INSERM" voient des exports non utilisables, des colonnes décalées (s'il n'y a pas la D, tout est décalé). Elle va nous envoyer les détails si besoin.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3931Documenter config.addons2020-01-15T18:57:50+01:00Mathieu GiraudDocumenter config.addonsSuite à !481 / #3929Suite à !481 / #3929https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4125Fermer le panneau clone info lors de l'ouverture d'un nouveau sample2020-01-15T09:27:46+01:00Thonier FlorianFermer le panneau clone info lors de l'ouverture d'un nouveau sampleJ'ai remarqué que lorsque l'on change de sample, le panneau clone info ne se ferme pas, et affiche donc des informations relative à un ancien clone, d'un ancien sample.
Il faudrait s'assurer qu'il soit fermé à l'ouverture d'un (nouveau)...J'ai remarqué que lorsque l'on change de sample, le panneau clone info ne se ferme pas, et affiche donc des informations relative à un ancien clone, d'un ancien sample.
Il faudrait s'assurer qu'il soit fermé à l'ouverture d'un (nouveau) samplehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4123Tester la génération de fichiers AIRR par d'autres ?2020-01-14T12:25:27+01:00Mathieu GiraudTester la génération de fichiers AIRR par d'autres ?
@flothoni : "pour !558, j'ai pris Demo-X5, lancé avec
- vidjil-algo
- igblast (web+copier/coller, à voir si possible en ligne de commande)
- MiXCR (question de noms de colonnes, ok par hack !558)
- IMGT/V-QUEST (web) avec exp...
@flothoni : "pour !558, j'ai pris Demo-X5, lancé avec
- vidjil-algo
- igblast (web+copier/coller, à voir si possible en ligne de commande)
- MiXCR (question de noms de colonnes, ok par hack !558)
- IMGT/V-QUEST (web) avec export AIRR"
Les quatre fichiers sont déjà dans !558, mais teste-t-on la génération de ces fichiers (pour être robuste à leur évolution ?) Mais est-ce à nous à tester les autres programmes ? Ou ~doc quelque part ?
Déjà lister ici les lignes de commande pour avoir ces fichiershttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4122Petits bugs suite à la MAJ du 06.12.192020-01-14T11:45:34+01:00Aurélie CAILLAULT-VENETPetits bugs suite à la MAJ du 06.12.19Bonjour à tous,
Je suis en train de préparer la checklist pour le set de validation. J'ai pris comme point de départ la MAJ du 061219 codée si j'ai bien compris 2ef3187e5 (2019-12-06). Mais je constate 2 petits soucis et je voudrais savo...Bonjour à tous,
Je suis en train de préparer la checklist pour le set de validation. J'ai pris comme point de départ la MAJ du 061219 codée si j'ai bien compris 2ef3187e5 (2019-12-06). Mais je constate 2 petits soucis et je voudrais savoir si cela est lié ou non à la version.
- Lorsque je veux rouvrir un cas précédemment analysé via l'onglet Patient en sélectionnant dans la liste des noms qui s'affichent, cela ne fonctionne pas. On voit qu'il y a une action mais je reste tout le temps sur le cas en cours;
- quand j'aligne des séquences, d'habitude nous avions un alignement par défaut dans l'ordre croissant des % de reads. Or là c'est totalement aléatoire.
Merci
Auréliehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4120Problème lien AssignSubsets2020-01-13T15:24:19+01:00Anne de SeptenvilleProblème lien AssignSubsetsQuand je clique sur "AssignSubsets" le clone est envoyé dans IMGT ??Quand je clique sur "AssignSubsets" le clone est envoyé dans IMGT ??https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4078AIRR Example Files2020-01-10T16:26:08+01:00Mathieu GiraudAIRR Example FilesFor #3673 (and more generally #3591), put 2/3 files in our test suite
- one by vidjil-algo (Demo-X5, perhaps some clones with more than 1 reads ?)
- other from other programs (first MiXCR)For #3673 (and more generally #3591), put 2/3 files in our test suite
- one by vidjil-algo (Demo-X5, perhaps some clones with more than 1 reads ?)
- other from other programs (first MiXCR)Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4116Rapports : voir à la fois les données avec et sans les clones clusterisés2020-01-09T12:18:37+01:00Mikaël SalsonRapports : voir à la fois les données avec et sans les clones clusterisésQuand on clusterise les clones, il peut arriver qu'on clusterise trop et Aurélie aimerait voir dans les rapports les informations à la fois avec les clones clusterisés et non clusterisés (surtout que la personne qui consulte le rapport n...Quand on clusterise les clones, il peut arriver qu'on clusterise trop et Aurélie aimerait voir dans les rapports les informations à la fois avec les clones clusterisés et non clusterisés (surtout que la personne qui consulte le rapport n'est pas forcément celle qui a clusterisé).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2007Empêcher l'upload ou de lancer des jobs lorsqu'il ne reste plus assez d'espac...2020-01-08T17:39:47+01:00Vidjil TeamEmpêcher l'upload ou de lancer des jobs lorsqu'il ne reste plus assez d'espace disqueOn sait où les séquences et les résultats sont stockés. Si on passe en dessous d'un seuil d'espace libre pour un de ces emplacements, il faut empêcher l'upload ou le run (c-à-d. avoir un test en plus dans VidjilAuth ?). De cette façon on...On sait où les séquences et les résultats sont stockés. Si on passe en dessous d'un seuil d'espace libre pour un de ces emplacements, il faut empêcher l'upload ou le run (c-à-d. avoir un test en plus dans VidjilAuth ?). De cette façon on ne se retrouve jamais avec un disque plein et pas avec des jobs en failed parce qu'il n'y a plus d'espace disque.
Par contre, prévoir de spammer les admins dès que la limite est atteinte pour qu'ils fassent quelque chose (en générant un ticket web2py ?)
***
C'est en prod. On a une limite en pourcentage qui se fixe dans defs.py. Actuellement réglé sur 1%. La limite est commune pour toutes les partitions mais la vérification est spécifique (donc il peut s'avérer que l'upload soit bloqué, mais pas les runs
***
Merci Ryan.
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4040Distributions : color by clone par défaut, autre mode de couleur ?2020-01-08T15:59:52+01:00Mathieu GiraudDistributions : color by clone par défaut, autre mode de couleur ?Avec les distributions, souhaite-t-on avoir par défaut "color by clone" ? C'est ce qui donne d'un coup d'oeil des infos sur le genescan.
Ou reste-t-on au fonctionnement actuel, notamment pour profiter des tags ?
Ou bien... essaie-t-on u...Avec les distributions, souhaite-t-on avoir par défaut "color by clone" ? C'est ce qui donne d'un coup d'oeil des infos sur le genescan.
Ou reste-t-on au fonctionnement actuel, notamment pour profiter des tags ?
Ou bien... essaie-t-on un autre mode de couleur, ou on aurait à la fois un "color by clone" léger, toujours actif par défaut et qui permettrait quand même de voir les tags (quitte à avoir le "color by clone" actuel, plus visible, toujours possible)
vdj#921https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3975Lors d'un hover on reparcourt la liste des clones (updateElemStyle)2019-12-26T11:43:38+01:00Mikaël SalsonLors d'un hover on reparcourt la liste des clones (updateElemStyle)Comme indiqué dans #3903, il suffit d'un hover sur un clone pour reparcourir plusieurs fois la liste des clones. Cela ne semble pas nécessaire à priori.
Dans `focusIn` dans `model.js` on fait bien ce qu'il faut : on met à jour le clone ...Comme indiqué dans #3903, il suffit d'un hover sur un clone pour reparcourir plusieurs fois la liste des clones. Cela ne semble pas nécessaire à priori.
Dans `focusIn` dans `model.js` on fait bien ce qu'il faut : on met à jour le clone concerné :
```js
this.updateElemStyle([cloneID]);
```
C'est donc (a priori) une mise à jour légère. Sauf qu'il y a un hic dans `updateElemStyle` :
```js
this.updateModel();
```
Boum… on fait un updateModel(). Cela date de 2014, on peut essayer de le retirer mais j'ai quand même quelques doutes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4111Template pour créer les clones dans le client2019-12-19T14:09:36+01:00Mathieu GiraudTemplate pour créer les clones dans le client@duez veut faires des templates pour simplifier l'initialisation et avoir moins de `createElement*` et `addChild*`. Peut-être ~"client-speed", mais surtout plus propre !@duez veut faires des templates pour simplifier l'initialisation et avoir moins de `createElement*` et `addChild*`. Peut-être ~"client-speed", mais surtout plus propre !https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4108À quoi sert la relance du KmerMultiSegmenter avec -c clones ?2019-12-16T07:18:35+01:00Mathieu GiraudÀ quoi sert la relance du KmerMultiSegmenter avec -c clones ?Back to 2015.
- "Re-launch KmerMultiSegmenter for debug purposes", au milieu de choses pour l'export json 2315f3055
- puis e-value 4a87b4eb4
- multiplieur 000a7728d
Aujourd'hui, le `kseg` venant de cette relance est bien utilisé (sur...Back to 2015.
- "Re-launch KmerMultiSegmenter for debug purposes", au milieu de choses pour l'export json 2315f3055
- puis e-value 4a87b4eb4
- multiplieur 000a7728d
Aujourd'hui, le `kseg` venant de cette relance est bien utilisé (sur les 100 clones) pour remplir le json (donc ce n'est pas du ~"dev-dead-code")... et je crois me souvenir que c'est parce que on ne stocke pas tous les `KmerSegmenter` lors de la première passe (~"cpp-mem").
... mais j'ai l'impression que cette relance n'est pas utilisé pour le Fine suivant (qui se base sur `segmented_germline = windowsStorage->getGermline();` venant du premier lancement). Bref, le `kseg` relancé sert-il uniquement à remplir le json (quoi exactement), et est-il indispensable ? (Ah si, affects ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4107Tests .should-vdj : mots-clés plus spécifiques que BUG ?2019-12-16T07:16:58+01:00Mathieu GiraudTests .should-vdj : mots-clés plus spécifiques que BUG ?Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/538#note_279963Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/538#note_279963https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4106Stop pinging `get_active_notifications` after some time without user interaction2019-12-13T16:27:08+01:00Mathieu GiraudStop pinging `get_active_notifications` after some time without user interactionFrom https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/4101#note_284694, @mikael-s and @magiraud :
> > is it possible to detect such interaction ?
> Yes, with [`document.hidden`](https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/API/Document/hid...From https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/4101#note_284694, @mikael-s and @magiraud :
> > is it possible to detect such interaction ?
> Yes, with [`document.hidden`](https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/API/Document/hidden#Browser_compatibility).
Excellent. For example, after 60 minutes within `document.hidden`, we stop such pinging. And... we should resume it as soon as the tab is not hidden? Ideally right when we resume that ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3895Comparer dans le client beaucoup de samples d'un coup2019-12-13T12:26:11+01:00Mathieu GiraudComparer dans le client beaucoup de samples d'un coup@Anne, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3889#note_187960 :
> la visualisation par run est aussi un peu longue à ouvrir et pas très facile à manier (65 samples dans mon dernier run)
Oui ! C'est dommage. Nous avons des c...@Anne, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3889#note_187960 :
> la visualisation par run est aussi un peu longue à ouvrir et pas très facile à manier (65 samples dans mon dernier run)
Oui ! C'est dommage. Nous avons des choses en cours de développement pour avoir une vue d'ensemble sur un run via une page du ~server (~"server\-qc\-stats"), mais on pourrait se demander ce qu'on pourrait voir depuis le ~client.
L'axe `number of samples sharing each clone` peut être utile. Voir par exemple http://app.vidjil.org/?set=30982&config=2&plot=v,nbSamples,grid&clone=7,25,166 , ici au moins trois clones se trouvent dans au moins 10 samples.
Y aurait-il un moyen de mieux voir cela ?
- limiter le ~"client\-graph" ? À un moment, on n'affichait qu'au plus 20 samples (mais c'était ~"server\-fuse"). Cela pourrait être une limitation soft, ou les données sont présentes et on se contente de cacher (dans l'épingle à droite) des choses (serait-ce plus rapide ?)
- enlever complètement le ~"client\-graph" ? (mais comment indiquer clairement qu'on visualise alors un sample ? mettre en valeur le nom du sample en haut à gauche ?)
- avoir par défaut une vue ~"client\-grid" avec l'axe `nbSamples` ? (~"!\-easy") Si on enlève le ~"client\-graph", on pourrait avoir cette vue en plus de la ~"client\-grid" habituelle.
- avoir une autre vue faite pour cela, qui remplace le ~client-graph et qui donne un "résumé" lisible (type #1887) ? (~"!\-hard")
cc @flothoni @mikael\-s
~"client\-axis"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2344Stocker les informations de pairage des chaînes / de single cell2019-12-13T12:23:51+01:00Mikaël SalsonStocker les informations de pairage des chaînes / de single cell#2318 parle de données avec des chaînes pairées mais nous n'avons pas de moyen de conserver le pairage dans le fichier (et ensuite dans l'affichage).
Il faut donc réfléchir à la manière d'adapter le format dans ce but.
cc @magiraud#2318 parle de données avec des chaînes pairées mais nous n'avons pas de moyen de conserver le pairage dans le fichier (et ensuite dans l'affichage).
Il faut donc réfléchir à la manière d'adapter le format dans ce but.
cc @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4091Color by abundance total2019-12-13T11:37:14+01:00Mathieu GiraudColor by abundance total
Avoir un mode de coloration (un axe ?) par la somme de l'abondance dans tous les samples
cc @pduroux
Voir #4089.
Avoir un mode de coloration (un axe ?) par la somme de l'abondance dans tous les samples
cc @pduroux
Voir #4089.