vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-01-31T17:37:57+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2057Formulaire admin pour modifier un groupe2017-01-31T17:37:57+01:00Mikaël SalsonFormulaire admin pour modifier un groupeDiscuté avec @flothoni et @RyanHerb, ce n'est pas pratique de devoir passer par l'interface d'admin de web2py (et on peut vouloir modifier cela sans être admin web2py). Probablement similaire à #1179 dans la réalisation
@magiraudDiscuté avec @flothoni et @RyanHerb, ce n'est pas pratique de devoir passer par l'interface d'admin de web2py (et on peut vouloir modifier cela sans être admin web2py). Probablement similaire à #1179 dans la réalisation
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2077Sur la page d'un utilisateur, voir aussi le groupe "uniquely assigned to user...2017-01-31T17:37:57+01:00Mathieu GiraudSur la page d'un utilisateur, voir aussi le groupe "uniquely assigned to user Xxx"À chaque fois que l'on crée un utilisateur, on va ensuite à la pêche dans la liste des groupes (voir d'ailleurs #2024). Et le groupe de chaque utilisateur est, pour la majorité des utilisateurs, l'endroit principal où l'on va regarder / ...À chaque fois que l'on crée un utilisateur, on va ensuite à la pêche dans la liste des groupes (voir d'ailleurs #2024). Et le groupe de chaque utilisateur est, pour la majorité des utilisateurs, l'endroit principal où l'on va regarder / mettre ses droits.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1407Colonne "Last login" dans le tableau "Users"2017-01-31T17:37:21+01:00Vidjil TeamColonne "Last login" dans le tableau "Users"Ce serait pratique de savoir quand se sont loggués nos utilisateurs pour la dernière fois
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(et de pouvoir trier par cette colonne)
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pas évident: nécessite une implémentation personalisée de la méthode de login
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ok, pas grave
***...Ce serait pratique de savoir quand se sont loggués nos utilisateurs pour la dernière fois
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(et de pouvoir trier par cette colonne)
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pas évident: nécessite une implémentation personalisée de la méthode de login
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ok, pas grave
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Au temps pour moi, table auth_event permet de le savoir.
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Excellent !
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1530L'accès à la config n'est pas vérifié : bug ou feature ?2017-01-31T17:37:21+01:00Vidjil TeamL'accès à la config n'est pas vérifié : bug ou feature ?Dans la fonction get_data (controllers/default.py): on vérifie que l'utilisateur a les droits sur le patient, mais pas sur la config. Je pose juste la question. Si c'est un bug ne pas le corriger juste me le dire : je vais bientôt pousse...Dans la fonction get_data (controllers/default.py): on vérifie que l'utilisateur a les droits sur le patient, mais pas sur la config. Je pose juste la question. Si c'est un bug ne pas le corriger juste me le dire : je vais bientôt pousser des choses autour du module d'authentification (et je pourrais corriger…).
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idem, à fermer ?
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À vue de nez l'accès à la config ne m'a pas l'air vérifié dans get_data. Mais est-un bug ou une feature ? Ça permet de montrer des résultats à des utilisateurs (en leur donnant le lien) sur des configs auxquelles ils n'ont normalement pas accès.
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Au lancement d'un run on vérifie bien que l'utilisateur ai le droit d'utiliser la config, de même à l'affichage dans la vue du sample-set.
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Au lancement d'un run on vérifie bien que l'utilisateur ai le droit d'utiliser la config, de même à l'affichage dans la vue du sample-set.
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merci. (Le fait d'avoir recrée un compte pour Marc fait que plein de "vieilles tâches" sont remontées, on peut nettoyer et fermer bcp de trucs sans trop se prendre la tête)
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1536impersonate2017-01-31T17:37:21+01:00Vidjil TeamimpersonateCela serait utile de pouvoir, en tant qu'admin, prendre le rôle d'un utilisateur sans avoir à se délogguer.
De plus, cela permettrait un log plus propre.
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Priorité remontée. Avoir ce mécanisme permettrait de vérifier que tout fonction...Cela serait utile de pouvoir, en tant qu'admin, prendre le rôle d'un utilisateur sans avoir à se délogguer.
De plus, cela permettrait un log plus propre.
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Priorité remontée. Avoir ce mécanisme permettrait de vérifier que tout fonctionne avant d'envoyer des mails à nos utilisateurs.
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Il faut ajouter la permission 'impersonate' sur auth_user (fait à la main dans la DB pour le groupe admin). Faut-il l'automatiser à l'installation ?
Ensuite se rentre à l'adresse https://rbx.vidjil.org/vidjil/default/user/impersonate/ et rentrer l'identifiant de l'utilisateur dont on veut prendre le rôle. Attention les actions (et erreurs) seront loggées avec cet utilisateur.
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merci à tous les deux
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1927Sécurité : tout le monde aurait le droit de changer les configs ?2017-01-31T17:37:21+01:00Vidjil TeamSécurité : tout le monde aurait le droit de changer les configs ?En répondant à Shugay, je voulais lui dire de faire un db.call('index/configs') juste pour voir les configs... et, en essayant de mon côté en étant impersonated sur son compte, je me suis rendu compte que je peux *éditer* les configs (al...En répondant à Shugay, je voulais lui dire de faire un db.call('index/configs') juste pour voir les configs... et, en essayant de mon côté en étant impersonated sur son compte, je me suis rendu compte que je peux *éditer* les configs (alors que le droit n'est que de "read" normalement).
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Ca va meme plus loin, en creusant un peu, je m'apperçois que lancer un db.call avec les bons parametres dans la console affiche la page meme si on n'est pas connecté.
ex: db.call('sample_set/index', {'id' :'62' , 'config_id' : 5 } )
De là, je peux même télécharger le fichier results.
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J'ai rajouté des vérifications avec la méthode existante dans auth: can_modify_config et j'ai caché les boutons pour les personnes non-admin.
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Rando 2016: ok pour Ryan. merci !
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1939VidjilAuth.get_permission(): le cache est-il fonctionnel ?2017-01-31T17:37:21+01:00Vidjil TeamVidjilAuth.get_permission(): le cache est-il fonctionnel ?oui, 4f516bb
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oui, 4f516bb
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oui, 4f516bb
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@mikael-soui, 4f516bb
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oui, 4f516bb
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oui, 4f516bb
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1450Option '-X', s'arrêter après un certain nombre de clones2017-01-26T09:29:03+01:00Vidjil TeamOption '-X', s'arrêter après un certain nombre de clonesOn aimerait avoir une option "-X 100" qui dise au C++ de s'arrêter après avoir traité 100 clones. Ce serait très utile pour débugguer, en combinaison avec "-A".
rajouter un argument "stop_after" à WindowExtractor::extract", puis option ...On aimerait avoir une option "-X 100" qui dise au C++ de s'arrêter après avoir traité 100 clones. Ce serait très utile pour débugguer, en combinaison avec "-A".
rajouter un argument "stop_after" à WindowExtractor::extract", puis option dans le main.
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Merci Tatiana !
J'ai fait trois commits derrière, regarde-les (par exemple avec git log ou avec gitk)
Je réouvre la tâche, car tes commits ont fait que les tests ne passent plus.
"make test", depuis vidjil/ lance d'abord les tests unitaires
Il y a au moins un souci algo/test/testSegment.cpp
Deux principes :
- obligé : on ne doit pas casser les tests, ou si on le fait, c'est une urgence et on répare le plus vite possible (c'est le cas en ce moment). (C'est pour cela qu'un bon principe est de faire "make test" avant un push.
- souhaitable : rajouter un ou des tests quand on a une nouvelle fonctionnalité (voir la tâche suivante)
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#1451
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/928vidjil.cpp: rationaliser les options -% -R -z... et -r2017-01-26T09:28:25+01:00Vidjil Teamvidjil.cpp: rationaliser les options -% -R -z... et -ret peut-être en supprimer certaines
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et aussi -r
sortie json ne prend pas en compte -r : est-ce normal ?
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@nobodyet peut-être en supprimer certaines
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et aussi -r
sortie json ne prend pas en compte -r : est-ce normal ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/941germlines: souris2017-01-24T10:43:19+01:00Vidjil Teamgermlines: souris
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@nobody
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1865Souris IGH Limoges2017-01-24T10:42:21+01:00Vidjil TeamSouris IGH Limoges
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@magiraud @mikael-s
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2117Le soulignement des features ne fonctionne plus dans le segmenteur2017-01-23T11:26:22+01:00Mikaël SalsonLe soulignement des features ne fonctionne plus dans le segmenteurLorsqu'on sélectionne des séquences et qu'on utilise IMGT en post, les gènes/CDR3 ne sont plus soulignés quand on clique sur la checkbox.
Peut-être est-ce dû à l'apparition de la nouvelle icône sur la droite ?
@magiraud @RyanHerbLorsqu'on sélectionne des séquences et qu'on utilise IMGT en post, les gènes/CDR3 ne sont plus soulignés quand on clique sur la checkbox.
Peut-être est-ce dû à l'apparition de la nouvelle icône sur la droite ?
@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2081Indicateur de progression au "démarrage" du client, en particulier pour le li...2017-01-18T13:17:55+01:00Mathieu GiraudIndicateur de progression au "démarrage" du client, en particulier pour le lien vers la dbQuand on utilise le client en connecté, on a souvent des soucis avec un message « Cannot connect to database, retry in a few seconds ». On préfererait ne pas avoir de timeout... mais c'est déjà cela, on est au courant.
Le problème est a...Quand on utilise le client en connecté, on a souvent des soucis avec un message « Cannot connect to database, retry in a few seconds ». On préfererait ne pas avoir de timeout... mais c'est déjà cela, on est au courant.
Le problème est au "démarrage" de l'application. Il m'est arrivé plusieurs fois de vouloir accéder à https://app.vidjil.org/ et... d'attendre. L’onglet « patients » met du temps à s’afficher, et parfois, rien ne se passe.
Je ne me souviens pas de la séquence d’opérations au début (y a-t-il un timeout ou pas ?), mais en tout cas on devrait avoir un truc rapide à charger, puis "Vidjil is loading", et un message de warning/error en cas de timeout ou d'attente inhabituelle.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1978Pouvoir fixer la fenêtre du segmenter avec beaucoup de séquences2017-01-18T12:50:44+01:00Vidjil TeamPouvoir fixer la fenêtre du segmenter avec beaucoup de séquencesAurélie bosse souvent à 15-20 séquences et "cela n’arrête pas de bouger" (en particulier parce que la fenêtre de tag est en haut).
Elle voudrait pouvoir fixer la fenêtre.
C'est vrai que, dès qu'on travaille avec plein de séquences, le r...Aurélie bosse souvent à 15-20 séquences et "cela n’arrête pas de bouger" (en particulier parce que la fenêtre de tag est en haut).
Elle voudrait pouvoir fixer la fenêtre.
C'est vrai que, dès qu'on travaille avec plein de séquences, le redimensionnement automatique est vite fatiguant.
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J'avais cru que cela avait été fait dans les précédentes semaines, mais non, le comportement y est toujours, sur dev en tout cas. Marc, as-tu fait cela ou c'était juste un projet ?
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2108Ne pas avoir de séquences IMGT dans le package vidjil-germline2017-01-18T11:06:12+01:00Mikaël SalsonNe pas avoir de séquences IMGT dans le package vidjil-germlineJ'ai l'impression que le paquet debian vidjil-germline contient quelques fichiers de séquences. Quand je fais un `tar tvf /home/vidjil-ci/archive/stable/source/vidjil-germline_2016.08.1.tar.xz`, je vois les fichiers de séquences associés...J'ai l'impression que le paquet debian vidjil-germline contient quelques fichiers de séquences. Quand je fais un `tar tvf /home/vidjil-ci/archive/stable/source/vidjil-germline_2016.08.1.tar.xz`, je vois les fichiers de séquences associés à la souris et au rat. Or ils ne devraient pas y être puisque soumis aux mêmes restrictions d'IMGT que les autres données.
Par ailleurs, dans le répertoire ` vidjil/packaging/germline/debian`je ne comprends pas quel fichier indique les fichiers qui seront inclus dans le paquet.
@RyanHerb @magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1220samples.timestamp devrait correspondre à la date des prélèvements2017-01-12T12:30:35+01:00Vidjil Teamsamples.timestamp devrait correspondre à la date des prélèvementsLes dates de prélèvement de la DB ne sont pas utilisées (où cela devrait être ? dans le .data ? dans le fuse ? dans le save analysis ?). Bref, pour l'instant les options "sampling date" (et la nouvelle "days after...") ne servent à rien ...Les dates de prélèvement de la DB ne sont pas utilisées (où cela devrait être ? dans le .data ? dans le fuse ? dans le save analysis ?). Bref, pour l'instant les options "sampling date" (et la nouvelle "days after...") ne servent à rien :-)
J'ai mis "à la main" dans le .fused de UPNT715 les dates correctes pour qu'on voie ce que cela doit donner.
Pour mémoire (car si on relance fuse, écrase...) :
"timestamp": [
"2009-11-03 20:03:29",
"2009-12-14 20:03:24",
"2009-12-14 20:03:24",
"2010-01-25 20:04:00",
"2010-01-25 20:03:54",
"2010-02-10 20:03:52",
"2010-02-10 20:04:33",
"2010-03-12 20:04:27",
"2010-03-12 20:04:22",
"2010-01-06 20:05:05",
"2010-04-06 20:04:58",
"2009-11-03 20:04:57"
],
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85dd6226d92 : de manière temporaire, dates enlevées pour ne pas mettre de la confusion pour nos clients
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parfait. J'ai remis l'affichage de la date sur rbx.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2091L'axe "V distribution" ne fonctionne pas sur Stanford_S222017-01-12T10:51:28+01:00Mathieu GiraudL'axe "V distribution" ne fonctionne pas sur Stanford_S22Un `git bisect`montre que le fautif est... 0333bf016
@mikael-sUn `git bisect`montre que le fautif est... 0333bf016
@mikael-sMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2094Serveur auquel faire référence dans les fichiers Javascript2017-01-12T10:51:28+01:00Mikaël SalsonServeur auquel faire référence dans les fichiers JavascriptOn a récemment changé le fichier [conf.js.sample](browser/js/conf.js.sample) afin de retirer toute référence à rbx et tout remplacer par app pour ce qui correspond à l'adresse du serveur, des CGI ou du proxy pour IMGT (0751c33f6, 97486a8...On a récemment changé le fichier [conf.js.sample](browser/js/conf.js.sample) afin de retirer toute référence à rbx et tout remplacer par app pour ce qui correspond à l'adresse du serveur, des CGI ou du proxy pour IMGT (0751c33f6, 97486a8e8, ainsi que dans [crossDomain.js](browser/js/crossDomain.js) f2b7128ba).
Or maintenant le serveur app.vidjil.org n'offre qu'un browser (cf. vidjil/vdj#346) et donc toutes ces références à app.vidjil.org sont caduques. Vers quel nom pérenne (c'est-à-dire différent de `vda`) fait-on pointer ces adresses ?
@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1840Réuploader un fichier existant ne fonctionne pas2017-01-11T15:41:42+01:00Vidjil TeamRéuploader un fichier existant ne fonctionne pasPrendre n'importe quel Sample, "e", rechosir un fichier à uploader. Boum (et laisse l'onglet base de données dans un état curieux).
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@RyanHerb @DuezPrendre n'importe quel Sample, "e", rechosir un fichier à uploader. Boum (et laisse l'onglet base de données dans un état curieux).
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1109Il ne semble pas y avoir de message d'erreur lorsque l'upload ne fonctionne pas2017-01-11T15:37:57+01:00Vidjil TeamIl ne semble pas y avoir de message d'erreur lorsque l'upload ne fonctionne pastoujours d'actualité ?
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@Dueztoujours d'actualité ?
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@Duez