vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:37:13+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1505On ne voit plus les "runs" relancés quand il y a eu déjà d'autres résulats sa...2016-11-29T14:37:13+01:00Vidjil TeamOn ne voit plus les "runs" relancés quand il y a eu déjà d'autres résulats sans schedulerSur tous les patients existants (résultat existant, mais plus de scheduler), cliquer sur 'run' ne met pas toujours la tache en 'QUEUED'. Il ne se passe rien parfois...
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En fait c'est vraiment bloquant : on ne sait pas si on a relancé ...Sur tous les patients existants (résultat existant, mais plus de scheduler), cliquer sur 'run' ne met pas toujours la tache en 'QUEUED'. Il ne se passe rien parfois...
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En fait c'est vraiment bloquant : on ne sait pas si on a relancé des runs pour les patients (voir par exemple Demo LIL-L3). Marc, tu as une idée ?
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résolu, un probleme avec mysql/sqlite qui ne repondent pas tout a fait de la même façon pour une même requete
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cela a l'air subtil effectivement :)
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@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1504On n'arrive pas à visualiser des .data quand il manque des fichiers ?2016-11-29T14:37:12+01:00Vidjil TeamOn n'arrive pas à visualiser des .data quand il manque des fichiers ?Il manque les fichiers de séquence -0.gz et -3.gz
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Pourquoi http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=7 ne fonctionne pas ? Il n'y a pas de lien avec les fichiers de séquence
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Peut-être des fichiers de résultat ont...Il manque les fichiers de séquence -0.gz et -3.gz
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Pourquoi http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=7 ne fonctionne pas ? Il n'y a pas de lien avec les fichiers de séquence
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Peut-être des fichiers de résultat ont été aussi supprimés ?
En tout cas, c'est bon, j'ai retrouvé les deux .fa sur mon ordi. Plus que 95 :)
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Ce n'est pas spécifique à ce patient. Ex : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=2&config=1
En regardant dans l'activité réseau on voit que le .data arrive bien. On peut même le télécharger depuis le serveur et l'afficher en local
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En tout cas, pour L3, c'est définitivement bon, marche après relance de Vidjil.
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fixé temporairement.
laisser ouvert
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>a02837965d2
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1503Autodelete, maintenance, et gestion de crise2021-02-05T13:07:26+01:00Vidjil TeamAutodelete, maintenance, et gestion de crisehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1499Mise en prod de l'evalue (printemps 2015)2017-09-20T08:48:13+02:00Vidjil TeamMise en prod de l'evalue (printemps 2015) - mettre une e-valeur par défaut
- dans le multi, comparer les `KmerSegmenter` par leur e-value
- prise en compte de la longueur de la séquence
ae1ac52
- mettre une e-valeur par défaut
- dans le multi, comparer les `KmerSegmenter` par leur e-value
- prise en compte de la longueur de la séquence
ae1ac52
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1498nb_sequences_in_fasta : pareil en heuristique2016-11-29T14:37:07+01:00Vidjil Teamnb_sequences_in_fasta : pareil en heuristiqueLire le premier Mb, compter les séquences, extrapoler sur la taille du fichier
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f8a4008
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@magiraud @mikael-sLire le premier Mb, compter les séquences, extrapoler sur la taille du fichier
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f8a4008
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1497Valgrind: lancer sur meccano avant de lancer sur tout le monde2016-11-29T14:37:06+01:00Vidjil TeamValgrind: lancer sur meccano avant de lancer sur tout le mondeNe suffirait-il pas de rajouter Valgrind à vidjil-coverage ?
(Si le build plante pour d'autres raisons, j'imagine qu'il ne lancera pas Valgrind...)
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ah... mais je viens de voir qu'il y a déjà Vidjil-valgrind.
Ne faut-il pas alors plut...Ne suffirait-il pas de rajouter Valgrind à vidjil-coverage ?
(Si le build plante pour d'autres raisons, j'imagine qu'il ne lancera pas Valgrind...)
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ah... mais je viens de voir qu'il y a déjà Vidjil-valgrind.
Ne faut-il pas alors plutôt mettre Vidjil (all slaves) après valgrind ?
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ah non, je me mêle les pinceaux, valgrind c'est plus gros.
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C'est déjà le cas. C'est valgrind-unit. Ce sont « juste » les seuils auxquels les builds râlent qui n'étaient pas uniformisés.
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ok, merci
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1496Valgrind: avoir la raison d'un build loupé dans le mail2020-12-11T13:06:01+01:00Vidjil TeamValgrind: avoir la raison d'un build loupé dans le mailC'est à eux qu'il faut demander : https://wiki.jenkins-ci.org/display/JENKINS/Valgrind+Plugin
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@mikael-sC'est à eux qu'il faut demander : https://wiki.jenkins-ci.org/display/JENKINS/Valgrind+Plugin
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1495avoir une version plus heuristique de nb_sequences_in_fasta2016-11-29T14:37:05+01:00Vidjil Teamavoir une version plus heuristique de nb_sequences_in_fasta
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#1494
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#1494https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1494E-value, multiplier par le nombre de reads2016-11-29T14:37:05+01:00Vidjil TeamE-value, multiplier par le nombre de readsOn multiplie déjà par le nombre de germlines... je suis très tenté de multiplier par le nombre de reads.
L'effet du paramètre dépendra alors de la taille, mais on pourra fixer quelque chose comme -e 1 ou -e 0.01 par défaut. C'est plus ou...On multiplie déjà par le nombre de germlines... je suis très tenté de multiplier par le nombre de reads.
L'effet du paramètre dépendra alors de la taille, mais on pourra fixer quelque chose comme -e 1 ou -e 0.01 par défaut. C'est plus ou moins ce qui se passe pour BLAST.
(Cela permettra aussi de faire passer des tests limites sur une séquence, mais c'est une autre histoire, et on pourra très bien tester à très faible e-valeur si c'est notre souhait.)
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ok, à faire en appelant nb_sequences_in_fasta (ou une meilleure version)
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#1495
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1493P-value / E-value du segmenter (nb de k-mers gauche + droite)2016-11-29T14:37:03+01:00Vidjil TeamP-value / E-value du segmenter (nb de k-mers gauche + droite)C'est clairement ce qu'il nous faut.
Cela permettrait d'aller essayer de nouvelles germlines bizarres, des translocations, le MAX12...
Pour simplifier, supposons que le point de segmentation est fixé.
Version simple : e-valeur d'avoir ...C'est clairement ce qu'il nous faut.
Cela permettrait d'aller essayer de nouvelles germlines bizarres, des translocations, le MAX12...
Pour simplifier, supposons que le point de segmentation est fixé.
Version simple : e-valeur d'avoir le nb de V à gauche, et le nb de J à droite. Juste deux appels à ce qui existe déjà. Cela permettra déjà d'enlever les cas où il y a un pauvre V tout seul qui traîne.
Version mieux : On se rapproche de la e-valeur d'une recombinaison. A gauche, on regarde aussi le nb de J, et il ne doit pas être gros. (mais finalement, notre heuristique pour trouver le point de seg garantit déjà qu'il n'y a pas trop de J à gauche).
Dans les deux cas, on pourrait avoir le index_load pour V et J différents, mais, bon, on peut prendre le même dans un premier temps. (et dans les deux cas, on pourrait itérer sur le point de seg pour avoir une formule exacte ? euh, pas sûr)
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34068e0, version simple. À un moment, j'ai pensé combiner gauche et droite, mais cela ne marche tout simplement pas (on peut avoir 1e-60 à droite, et du bruit à gauche).
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+ e17174a
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1492Translocations, régions aval/amont2018-04-10T12:27:08+02:00Vidjil TeamTranslocations, régions aval/amontFaut-il rentrer des gènes entiers où il pourrait y avoir des translocations ? et/ou autre structure d'index pour stocker cela ?
(Voir tâche "BCL2 / JH")
Même sans parler de translocation, c'est très tentant de mettre quelque part le lo...Faut-il rentrer des gènes entiers où il pourrait y avoir des translocations ? et/ou autre structure d'index pour stocker cela ?
(Voir tâche "BCL2 / JH")
Même sans parler de translocation, c'est très tentant de mettre quelque part le locus IGH complet.... ou au moins les régions aval/amont des gènes D... ou bien, dans une autre germline, les régions aval/amont, **sans** les gènes D & co, bref des choses qui normalement ne sont pas là.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1490P-value / E-value du segmenter (nb de k-mers)2016-11-29T14:37:01+01:00Vidjil TeamP-value / E-value du segmenter (nb de k-mers)merci Mikaël !
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Comparaison entre multi+inc et multi+inc+e-val (1e-6) :
http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=1846&custom=2065&
Il n'y a que 67 reads segmentés en moins
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Sur le jeu de Patrick : http://rbx.vidjil.org/browser/?custo...merci Mikaël !
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Comparaison entre multi+inc et multi+inc+e-val (1e-6) :
http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=1846&custom=2065&
Il n'y a que 67 reads segmentés en moins
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Sur le jeu de Patrick : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=2063&custom=1988&custom=2064&custom=1989&
Les séquences qui disparaissent avec le 1e-6 s'alignent toutes de manière contigue sur le génome sur toute la longueur de la représentative, d'après Ensembl.
En faisant la même chose avec les séquences communes aux deux configs, on a quelques surprises. Il y a encore des alignements contigus sur le génome. La raison : des gènes J non recombinés. On a plein de J à droite et juste un V à gauche (par hasard). Ça passe haut la main la e-valeur (et c'est normal).
Donc il faut bien faire une e-valeur à droite et à gauche, mais pour être plus strict en fait (une e-valeur juste sur le nombre d'affectations dans la partie gauche (sans distinguer V et J) et même chose sur la partie droite ?).
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La probabilité est calculée sur toute la longueur de la séquence (sauf les derniers nucléotides) mais on ne peut pas avoir de k-mers non plus au niveau de la jonction… Faut-il corriger cela ? (facile : en supposant que le nombre d'insertions est nul, dur : en ayant un modèle sur le nombre d'insertions, qui dépend du locus…)
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J'ai lancé le jeu de données de Larisa en multi+inc et multi+inc+e-val → seule différence un clone TRG (le seul, le reste est du TRB) mis de côté par la e-value. Plutôt positif donc.
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On va dire que cette tâche est terminée, merci !
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1489Les propriétaires des patients ne voient plus le nom complet dans la liste de...2016-11-29T14:37:00+01:00Vidjil TeamLes propriétaires des patients ne voient plus le nom complet dans la liste des patientsOk… le terme « propriétaire de patient » est maladroit. En revanche la fiche du patient indique bien le nom complet
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revenu à 789edec pour la prod
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@DuezOk… le terme « propriétaire de patient » est maladroit. En revanche la fiche du patient indique bien le nom complet
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revenu à 789edec pour la prod
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1488Mettre en prod les tests server2016-11-29T14:36:59+01:00Vidjil TeamMettre en prod les tests serverPar ma faute (d12f33b), l'upload de fichiers a été down durant une quinzaine d'heures. Oui, c'était le week-end, pas très grave.
mais... on n'a pas été prevenu autre que par mail d'une utilisatrice quelques heures plus tard.
J'imagine q...Par ma faute (d12f33b), l'upload de fichiers a été down durant une quinzaine d'heures. Oui, c'était le week-end, pas très grave.
mais... on n'a pas été prevenu autre que par mail d'une utilisatrice quelques heures plus tard.
J'imagine qu'on l'aurait su plus tôt si les tests server que Marc a mis en place étaient en prod :)
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Je suis tout ému, j'ai réussi à lancer pour la première fois les tests server sur ma machine :-) merci à vous deux !
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1487Le nombre de fichiers affiché sur le serveur est un multiple de 3342016-11-29T14:36:58+01:00Vidjil TeamLe nombre de fichiers affiché sur le serveur est un multiple de 334Sur la page patient par défaut, tous les nombres de fichiers sont des multiples de 334.
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>>bfa129f46
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@DuezSur la page patient par défaut, tous les nombres de fichiers sont des multiples de 334.
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>>bfa129f46
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1484Export fasta : une idée de la segmentation avec des retours à la ligne2016-11-29T14:36:56+01:00Vidjil TeamExport fasta : une idée de la segmentation avec des retours à la ligne27a99f6
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@magiraud27a99f6
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1483Export fasta : meilleurs pourcentages, par système2016-11-29T14:36:55+01:00Vidjil TeamExport fasta : meilleurs pourcentages, par systèmeC'est déjà le cas : si on est sur une conf multi(+inc), l'export fasta est détaillé comme dans le rapport :
>IGKV3-20*02 -0/0/-17 KDE 267 reads (0.808%, 1.863% of IGK+/IGK, 2.179% of IGK+)
CCAGACGCATGTCACCATTCACCTTGGACAGTGGGGCAGATTGG...C'est déjà le cas : si on est sur une conf multi(+inc), l'export fasta est détaillé comme dans le rapport :
>IGKV3-20*02 -0/0/-17 KDE 267 reads (0.808%, 1.863% of IGK+/IGK, 2.179% of IGK+)
CCAGACGCATGTCACCATTCACCTTGGACAGTGGGGCAGATTGGTTCCAATTGGGTTTCTCATCCTTGTCCACCGAAGATCCCTTTG
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1482Surligner le clone vu dans la fenêtre d'info détaillée2018-02-23T10:04:51+01:00Vidjil TeamSurligner le clone vu dans la fenêtre d'info détailléeYann, 26 mars
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Surligner partout (list, graph, sp, segmenter) le clone pour lequel on voit les infos détaillées
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ok
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@DuezYann, 26 mars
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Surligner partout (list, graph, sp, segmenter) le clone pour lequel on voit les infos détaillées
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ok
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1481L'afficher dans le browser2016-11-29T14:36:54+01:00Vidjil TeamL'afficher dans le browser
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#1478
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#1478https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1480Vérifier qu'elle passe au fuse2016-11-29T14:36:54+01:00Vidjil TeamVérifier qu'elle passe au fuse
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#1478
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#1478