vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:37:34+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1534Sélection par ligne/Y : désactiver quand bar plot2016-11-29T14:37:34+01:00Vidjil TeamSélection par ligne/Y : désactiver quand bar plotQuand on est en bar plot, la sélection Y ne signifie pas grand chose, il faut désactiver cette possibilité.
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commit : d57422c
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@CyanaelQuand on est en bar plot, la sélection Y ne signifie pas grand chose, il faut désactiver cette possibilité.
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commit : d57422c
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1533Sélection par colonne/ligne et clone 'other'2016-11-29T14:37:33+01:00Vidjil TeamSélection par colonne/ligne et clone 'other'Le clone 'other' se sélectionne de temps en temps (si on clique sur '0', sur '?'). Ce n'est pas un vrai clone, il ne doit pas être sélectionné.
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C'est toujours le cas ??
Si oui, quelle est la procédure pour voir ce bug ?
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Effectiv...Le clone 'other' se sélectionne de temps en temps (si on clique sur '0', sur '?'). Ce n'est pas un vrai clone, il ne doit pas être sélectionné.
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C'est toujours le cas ??
Si oui, quelle est la procédure pour voir ce bug ?
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Effectivement, je n'arrive pas à le reproduire... pas de bug donc :-)
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1532Sélection par colonne/ligne : '?' sélectionne trop de choses2016-11-29T14:37:33+01:00Vidjil TeamSélection par colonne/ligne : '?' sélectionne trop de chosesbug vu par Mikaël : cliquer sur '?' sélectionne aussi les clones d'autres locus, ce qui n'est pas souhaitable.
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commit : 0f455c2
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@Cyanaelbug vu par Mikaël : cliquer sur '?' sélectionne aussi les clones d'autres locus, ce qui n'est pas souhaitable.
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commit : 0f455c2
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1531Avec FF37, problèmes de chargement complet du browser2016-11-29T14:37:32+01:00Vidjil TeamAvec FF37, problèmes de chargement complet du browserC'est très reproductible sur un slave Jenkins. Ça m'est arrivé chez moi (mais exceptionnellement, d'ailleurs je n'ai pas FF37). C'est aussi arrivé chez Mathieu. Si on charge des données avec un seul point (scatterplot only) cela donne ce...C'est très reproductible sur un slave Jenkins. Ça m'est arrivé chez moi (mais exceptionnellement, d'ailleurs je n'ai pas FF37). C'est aussi arrivé chez Mathieu. Si on charge des données avec un seul point (scatterplot only) cela donne ce qui est dans l'image attachée. Dans ce cas on peut sélectionner des clones mais rien ne s'affichera dans le segmenteur. Cela peut aussi arriver avec plusieurs points de suivi, mais c'est beaucoup moins reproductible (sur Jenkins). Dans ce cas le graphe de suivi ne s'affiche pas (il reste un rectangle blanc à la place). Dans tous les cas un update du model permet de revenir à la situation normale.
L'erreur (que l'on peut voir dans la capture d'écran) provient de model.js : « TypeError: this.view[i].update is not a function model.js:834:12 ». On dirait en fait qu'une des vues n'est pas complètement construite lorsqu'il essaie de faire un update dessus (mais c'est juste une impression).
Ceci est un bug trouvé grâce aux tests fonctionnels.
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c872e75 : super, Marc, les tests fonctionnels disent qu'ils sont contents !
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1530L'accès à la config n'est pas vérifié : bug ou feature ?2017-01-31T17:37:21+01:00Vidjil TeamL'accès à la config n'est pas vérifié : bug ou feature ?Dans la fonction get_data (controllers/default.py): on vérifie que l'utilisateur a les droits sur le patient, mais pas sur la config. Je pose juste la question. Si c'est un bug ne pas le corriger juste me le dire : je vais bientôt pousse...Dans la fonction get_data (controllers/default.py): on vérifie que l'utilisateur a les droits sur le patient, mais pas sur la config. Je pose juste la question. Si c'est un bug ne pas le corriger juste me le dire : je vais bientôt pousser des choses autour du module d'authentification (et je pourrais corriger…).
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idem, à fermer ?
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À vue de nez l'accès à la config ne m'a pas l'air vérifié dans get_data. Mais est-un bug ou une feature ? Ça permet de montrer des résultats à des utilisateurs (en leur donnant le lien) sur des configs auxquelles ils n'ont normalement pas accès.
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Au lancement d'un run on vérifie bien que l'utilisateur ai le droit d'utiliser la config, de même à l'affichage dans la vue du sample-set.
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Au lancement d'un run on vérifie bien que l'utilisateur ai le droit d'utiliser la config, de même à l'affichage dans la vue du sample-set.
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merci. (Le fait d'avoir recrée un compte pour Marc fait que plein de "vieilles tâches" sont remontées, on peut nettoyer et fermer bcp de trucs sans trop se prendre la tête)
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1529should_get : * est parfois shell-étendu2016-11-29T14:37:30+01:00Vidjil Teamshould_get : * est parfois shell-étendu$ ok
1: bla.* 0
$ fait une extension (shell) du .*
1: bla .* 0
est-ce normal ?
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Tu l'as corrigé par 83167c9 ?
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Oui, d'ailleurs c'était une extension uniquement dans l'output (ça n'impactait pas la regex).
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@mikael-s$ ok
1: bla.* 0
$ fait une extension (shell) du .*
1: bla .* 0
est-ce normal ?
***
Tu l'as corrigé par 83167c9 ?
***
Oui, d'ailleurs c'était une extension uniquement dans l'output (ça n'impactait pas la regex).
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1528Positions dans les séquences commençant à 12021-10-21T19:00:56+02:00Vidjil TeamPositions dans les séquences commençant à 1À plusieurs endroits, on fait débuter la position par 0.
- bornes dans représentative
- infos de segmentation VJ
(Y-a-t-il un endroit où on fait commencer par 1 ?)
Vérifier que la pratique est 1 (que fait IMGT, que fait IgBlast...À plusieurs endroits, on fait débuter la position par 0.
- bornes dans représentative
- infos de segmentation VJ
(Y-a-t-il un endroit où on fait commencer par 1 ?)
Vérifier que la pratique est 1 (que fait IMGT, que fait IgBlast ?).
Et regarder un peu partout dans notre code... :(
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1525Pertinence du “day after first sample” par défaut ?2016-11-29T14:37:27+01:00Vidjil TeamPertinence du “day after first sample” par défaut ?On a plein de jeux de données pour lesquels les dates de sample sont bidons. Du coup l'échelle donnée sur le graph n'est pas informative et un utilisateur ne connaissant pas bien le browser ne saura pas à quoi correspondent ces points. E...On a plein de jeux de données pour lesquels les dates de sample sont bidons. Du coup l'échelle donnée sur le graph n'est pas informative et un utilisateur ne connaissant pas bien le browser ne saura pas à quoi correspondent ces points. Exemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=394&config=25 on a trois +3 ce qui nous donne zéro information.
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Mmm... mais pour nos utilisateurs MRD (Lille, Rennes), c'est le bon choix par défaut.
Ne faudrait-il pas plutôt rendre la date optionnelle, et ne faire que "day after first sample" que s'il y a des dates ? (Comme d'hab, cela pose le pb de la transition, mais c'est un autre pb)
***
Enfin nos utilisateurs MRD ne font pas de la MRD (pour l'instant)… Quel pourcentage des patients avec au moins 2 points sont en MRD ? à part nos patients pour l'article, je ne suis pas sûr qu'on en ait. Les patients de Rennes non plus n'ont pas l'info : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=219&config=11 ou http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=214&config=22
On peut toujours changer le statut obligatoire de la date mais maintenant que les utilisateurs sont habitués à la mettre, ils risquent de continuer.
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J'ai l'impression que c'est fait, non ?
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depuis 9aa52e6, s'il manque une date, ce n'est plus "day after first sample"
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Hmm… non même s'il y a une date (qui semble bidon) il y a des cas où on affiche le nom du sample. Ex : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=481&config=26 (il y a bien des dates de sample, mais ce sont les deux mêmes). Perso, ça me convient. Et on a toujours le day after first sample dans les cas où les dates sont bien renseignées : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=7
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C'était déjà le cas avant : si les différences de dates sont < 2 jours, c'est que c'est bidon, on n'affiche pas les dates (et on ne time-scale pas l'axe X)
graph.js :
/* only if there are enough different dates */
if ((deltas.min >= 0) && (deltas.max >= 2))
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Aaah… ce qui avait motivé ma tâche c'était ce jeu : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=394&config=25
La différence est de 3 jours :)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1524web2py reste bloqué et ne répond plus2016-11-29T14:37:26+01:00Vidjil Teamweb2py reste bloqué et ne répond pluscf. mon message d'hier sur la tâche « Avoir une méthode non bloquante pour 'compare patient' » :
Serait-ce plus général ? Il y a en ce moment uwsgi qui tourne à 80% et mysql à 15% (depuis une dizaine de minutes) et rbx est complètement ...cf. mon message d'hier sur la tâche « Avoir une méthode non bloquante pour 'compare patient' » :
Serait-ce plus général ? Il y a en ce moment uwsgi qui tourne à 80% et mysql à 15% (depuis une dizaine de minutes) et rbx est complètement bloqué. J'ai lancé plusieurs Vidjil d'affilée mais rien d'autre sur le serveur. dev.vidjil.org continue à répondre.
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uptime robot nous dit que rbx/web2py est resté dans les choux mercredi 15/04 entre 18h01 et 18h10 puis entre 18h16 et 18h30 (j'avais lancé plusieurs vidjil). Les requêtes que j'avais lancé (accéder à la page patients) sont visiblement restées bloquées sur le serveur et ont été exécutées à 18h30 (je n'étais plus au bureau, mon ordinateur était déconnecté). Mais il ne s'est rien passé entre 18h20 et 18h30…
[19664] 2015-04-15 18:20:34,535 INFO - task.py:313 None [2657] c26: 'fuse' finished - /mnt/result/tmp/out-002657//002657.fused
[19115] 2015-04-15 18:30:33,890 DEBUG - patient.py:411 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient list (0.366s)
[19116] 2015-04-15 18:30:33,950 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[19114] 2015-04-15 18:30:34,092 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[19115] 2015-04-15 18:30:34,291 DEBUG - default.py:221 134.206.11.64/team/LIFL <Marc> get_data (394) c25 -> /mnt/result/results//fused_file.fused_file.a2c399ebfcb9feba.3030323430382e6675736564.fused
[19116] 2015-04-15 18:30:34,415 DEBUG - default.py:221 134.206.11.64/team/LIFL <Marc> get_data (394) c25 -> /mnt/result/results//fused_file.fused_file.a2c399ebfcb9feba.3030323430382e6675736564.fused
[20576] 2015-04-15 18:30:34,538 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[20572] 2015-04-15 18:30:34,579 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[20574] 2015-04-15 18:30:34,658 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[19114] 2015-04-15 18:30:34,679 DEBUG - patient.py:411 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient list (0.558s)
[20574] 2015-04-15 18:30:34,802 DEBUG - patient.py:94 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient (394)
[19115] 2015-04-15 18:30:34,911 DEBUG - patient.py:411 134.206.11.64/team/LIFL <Marc> patient list (0.438s)
[19117] 2015-04-15 18:30:35,235 DEBUG - patient.py:411 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient list (0.329s)
[19057] 2015-04-15 18:30:35,451 DEBUG - default.py:221 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> get_data (394) c25 -> /mnt/result/results//fused_file.fused_file.a2c399ebfcb9feba.3030323430382e6675736564.fused
[19114] 2015-04-15 18:30:35,669 DEBUG - patient.py:411 134.206.11.64/team/LIFL <Marc> patient list (0.482s)
[19057] 2015-04-15 18:30:35,799 DEBUG - default.py:221 134.206.11.64/team/LIFL <Marc> get_data (394) c25 -> /mnt/result/results//fused_file.fused_file.a2c399ebfcb9feba.3030323430382e6675736564.fused
[19057] 2015-04-15 18:30:36,165 DEBUG - patient.py:94 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient (474)
***
Ce matin, rebelote, je visualise plusieurs patients de Fred et rbx/web2py est de nouveau dans les choux. Pendant ce temps dev.vidjil.org répond (c'est donc juste l'instance web2py qui rame, ce n'est pas le serveur physique). Même chose que hier uwsgi est ~85% et mysql ~15% du CPU
***
Reproduit sous dev. À partir des log on peut voir que la consultation ne posait pas problème mais ce qui posait problème ce sont les get_data apparemment. Visiblement web2py n'était pas complètement bloqué puisqu'il continuait à faire des « Creating logger » dans db.py toutes les 20 minutes :
[19112] 2015-04-16 17:50:46,357 DEBUG - patient.py:94 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient (435)
[19112] 2015-04-16 17:50:46,483 DEBUG - patient.py:94 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient (435)
[19112] 2015-04-16 17:50:46,778 DEBUG - patient.py:94 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient (436)
[19112] 2015-04-16 17:50:47,263 DEBUG - patient.py:94 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient (437)
[19112] 2015-04-16 17:50:47,667 DEBUG - patient.py:94 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient (438)
[19112] 2015-04-16 17:50:48,342 DEBUG - patient.py:94 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient (439)
[19112] 2015-04-16 17:50:48,952 DEBUG - patient.py:94 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient (440)
[2250] 2015-04-16 18:10:51,326 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[3624] 2015-04-16 18:30:53,367 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[5082] 2015-04-16 18:50:55,571 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[6679] 2015-04-16 19:10:57,785 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[8030] 2015-04-16 19:30:59,971 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[9394] 2015-04-16 19:51:01,214 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[11057] 2015-04-16 20:11:03,395 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[12409] 2015-04-16 20:31:05,566 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[13773] 2015-04-16 20:51:08,579 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[15375] 2015-04-16 21:11:09,977 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[16730] 2015-04-16 21:31:11,276 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[18096] 2015-04-16 21:51:13,396 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[19711] 2015-04-16 22:11:15,589 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[21074] 2015-04-16 22:31:17,812 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[22440] 2015-04-16 22:51:20,011 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[24037] 2015-04-16 23:11:21,230 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[24037] 2015-04-16 23:11:21,339 DEBUG - default.py:221 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> get_data (440) c2 -> /mnt/result/results-dev//fused_file.fused_file.af34bae840fa5459.3030323235392e6675736564.fused
[24037] 2015-04-16 23:11:21,447 DEBUG - default.py:221 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> get_data (440) c1 -> /mnt/result/results-dev//fused_file.fused_file.9fecdb93375410bd.3030323236312e6675736564.fused
[24037] 2015-04-16 23:11:21,523 DEBUG - default.py:221 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> get_data (440) c2 -> /mnt/result/results-dev//fused_file.fused_file.af34bae840fa5459.3030323235392e6675736564.fused
[24037] 2015-04-16 23:11:21,591 DEBUG - default.py:221 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> get_data (440) c2 -> /mnt/result/results-dev//fused_file.fused_file.af34bae840fa5459.3030323235392e6675736564.fused
[24037] 2015-04-16 23:11:21,661 DEBUG - default.py:221 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> get_data (440) c2 -> /mnt/result/results-dev//fused_file.fused_file.af34bae840fa5459.3030323235392e6675736564.fused
[24037] 2015-04-16 23:11:21,729 DEBUG - default.py:221 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> get_data (440) c2 -> /mnt/result/results-dev//fused_file.fused_file.af34bae840fa5459.3030323235392e6675736564.fused
[24037] 2015-04-16 23:11:21,810 DEBUG - default.py:221 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> get_data (440) c1 -> /mnt/result/results-dev//fused_file.fused_file.9fecdb93375410bd.3030323236312e6675736564.fused
***
Mais charger plein de data d'un coup ne semble pas lui poser problème. En revanche ce qui semble poser problème c'est bourriner le lien « prev » (sur une fiche patient) alors qu'on est déjà au bout.
***
Ah ben oui…
while db.patient[new_id] is None and int(new_id) > 0:
new_id = str(int(new_id)+int(request.vars["next"]))
Une jolie boucle infinie (next > 0)
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merci et désolé :)
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@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1523Quatre fichiers de résultats (sur une même config) mais seulement deux fichie...2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil TeamQuatre fichiers de résultats (sur une même config) mais seulement deux fichiers fusésPatient 394 (chercher rna-s dans le filtre) et consulter les résultats. J'ai relancé un vidjil hier pour regénérer le fuse mais le fuse ne se fait que sur deux fichiers.
***
>082071
le fuse essayait d'utiliser les 4 premiers results file...Patient 394 (chercher rna-s dans le filtre) et consulter les résultats. J'ai relancé un vidjil hier pour regénérer le fuse mais le fuse ne se fait que sur deux fichiers.
***
>082071
le fuse essayait d'utiliser les 4 premiers results file produit (dont 2 ont fail et n'avaient pas de resultat)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1519Lancer une config sur beaucoup de patients/fichiers2023-06-29T10:28:18+02:00Vidjil TeamLancer une config sur beaucoup de patients/fichiersIl arrive qu'on veuille lancer (ou relancer) une config sur beaucoup de patients / fichiers. Avec le patient précédent/suivant, c'est plus facile, mais cela reste très manuel :)
Il faudrait une page où on voit tous les fichiers (celle d...Il arrive qu'on veuille lancer (ou relancer) une config sur beaucoup de patients / fichiers. Avec le patient précédent/suivant, c'est plus facile, mais cela reste très manuel :)
Il faudrait une page où on voit tous les fichiers (celle de "compare patients" par exemple) ou bien tous les patients, on sélectionne ceux qu'on veut, et on lance une config. Peut-être qu'une confirmation serait la bienvenue avant de lancer des centaines de Vidjil :)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1518Patient précédent/suivant (pour tous les utilisateurs)2016-11-29T14:37:22+01:00Vidjil TeamPatient précédent/suivant (pour tous les utilisateurs)Quand on veut se ballader dans 70 patients, on n'a pas toujours envie de revenir à chaque fois sur la liste des patients.
J'ai fait un hack rapide dans 3377438.
Il y a peut-être une meilleure manière de faire, et aussi de le faire march...Quand on veut se ballader dans 70 patients, on n'a pas toujours envie de revenir à chaque fois sur la liste des patients.
J'ai fait un hack rapide dans 3377438.
Il y a peut-être une meilleure manière de faire, et aussi de le faire marcher pour tous les utilisateurs.
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ae80f06
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1517stats : segmenté ou avec window ?2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil Teamstats : segmenté ou avec window ?reads av. len clones av. rds
IGH -> 185469 125.9 31516 5.6
Mais 5.6 = (quelque chose de plus petit que 185469) / 31516.
La faible différence vient des reads segmentées mais sans window.
Jusqu'à maintenan...reads av. len clones av. rds
IGH -> 185469 125.9 31516 5.6
Mais 5.6 = (quelque chose de plus petit que 185469) / 31516.
La faible différence vient des reads segmentées mais sans window.
Jusqu'à maintenant, on insiste sur les reads "segmentées", mais bon, pour l'utilisateur c'est les reads avec window qui sont intéressante.
" = SEG, no window " devrait devenir "UNSEG_NO_WINDOW", c'est une cause parmi d'autre de non-analyse.
Bref, dans core/windowExtractor.cpp, j'ai très envie de déplacer la ligne "seg->segmented_germline->stats_reads.insert(read_length);"
juste en-dessous. Et de changer d'autres trucs à coté.
Ce serait donc l'occasion d'afficher dans le browser plutôt le nombre de reads "avec window". Et peut-être mettre "analyzed" au lieu de "segmented", cela fait longtemps que cela me trotte dans la tête.
***
C'est acté, on change.
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77113c1
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1516Color by locus2016-11-29T14:37:21+01:00Vidjil TeamColor by locusMarc, dans 1fcc4967, tu avais commenté "color by locus". Y-avait-il une raison particulière ?
Je l'ai remis, et cela a l'air de bien fonctionner.
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et aussi cluster ? à voir
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On va dire que c'est bon
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@DuezMarc, dans 1fcc4967, tu avais commenté "color by locus". Y-avait-il une raison particulière ?
Je l'ai remis, et cela a l'air de bien fonctionner.
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et aussi cluster ? à voir
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On va dire que c'est bon
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1513Les raccourcis clavier pavé numérique ne fonctionnent plus2016-11-29T14:37:19+01:00Vidjil TeamLes raccourcis clavier pavé numérique ne fonctionnent plusvu par Yann, 10 avril
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corrigé, d63e854
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@magiraudvu par Yann, 10 avril
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corrigé, d63e854
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1512liste des patients : pb sur le droit 'anon' ?2016-11-29T14:37:18+01:00Vidjil Teamliste des patients : pb sur le droit 'anon' ?Si on se loggue comme un utilisateur normal, on ne voit pas l'identité complète de "Demo LIL L4", alors que le groupe public a bien le droit anon
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confirmé pour la liste des patients (par contre, sur la page patient, on voit bien Demo...Si on se loggue comme un utilisateur normal, on ne voit pas l'identité complète de "Demo LIL L4", alors que le groupe public a bien le droit anon
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confirmé pour la liste des patients (par contre, sur la page patient, on voit bien Demo LIL-L4 )
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1508Avoir une méthode non bloquante pour 'compare patient'2018-02-23T10:04:51+01:00Vidjil TeamAvoir une méthode non bloquante pour 'compare patient'Si vraiment cela bloque tout (les autres utilisateurs aussi ?), c'est un bug gênant :)
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Par exemple, pour s'amuser à bloquer les autres, aller sur cette URL : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=2008&custom=2005&custom=2002&custom=1...Si vraiment cela bloque tout (les autres utilisateurs aussi ?), c'est un bug gênant :)
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Par exemple, pour s'amuser à bloquer les autres, aller sur cette URL : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=2008&custom=2005&custom=2002&custom=1912&custom=1901&custom=1904&custom=1898&custom=1895&custom=1891&custom=1889&custom=1877&custom=1874&custom=1871&custom=1867&custom=1865&custom=1862&custom=1857&custom=1854&custom=1840&custom=1834&custom=1705&custom=1927& (euh… pas trop souvent quand même)
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Pourtant le nombre de processes est à 4 dans /etc/uwsgi/web2py.ini. Si un est bloqué ça ne devrait pas gêner les autres. Qu'est-ce qui les bloque ?
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Serait-ce plus général ? Il y a en ce moment uwsgi qui tourne à 80% et mysql à 15% (depuis une dizaine de minutes) et rbx est complètement bloqué. J'ai lancé plusieurs Vidjil d'affilée mais rien d'autre sur le serveur. dev.vidjil.org continue à répondre.
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Et réfléchir aussi à comment faire "grep reads" en non-bloquant...
Cela doit passer par task.py, avec création d'un objet Scheduler, non ?
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à discuter ensemble. Même solution que le "get reads" ou pas ?
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Le compare patient a son propre worker (sans utiliser le scheduler, pour ne pas rentrer en concurrence avec les autres tasks, on veut pas attendre 20 minutes ou interrompre une tache pour faire un compare patient).
le probleme actuel c'est que le serveur attend que le worker ai fini pour envoyer la réponse au browser.
2 solutions:
-le worker renvoie la réponse lui même au browser. (pas encore trouvé comment faire ...)
-le browser fait une 2eme requete pour récupérer le résultat stocké temporairement.
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Rando 2016: Marc, ok depuis longtemps
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1506Mathieu n'avait pas le bouton 'run'2016-11-29T14:37:14+01:00Vidjil TeamMathieu n'avait pas le bouton 'run'Au fait, quand je n'avais pas le bouton run, c'était... un manque place horizontal. Et je ne voyais pas d'ascenseur :-)
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@magiraudAu fait, quand je n'avais pas le bouton run, c'était... un manque place horizontal. Et je ne voyais pas d'ascenseur :-)
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1505On ne voit plus les "runs" relancés quand il y a eu déjà d'autres résulats sa...2016-11-29T14:37:13+01:00Vidjil TeamOn ne voit plus les "runs" relancés quand il y a eu déjà d'autres résulats sans schedulerSur tous les patients existants (résultat existant, mais plus de scheduler), cliquer sur 'run' ne met pas toujours la tache en 'QUEUED'. Il ne se passe rien parfois...
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En fait c'est vraiment bloquant : on ne sait pas si on a relancé ...Sur tous les patients existants (résultat existant, mais plus de scheduler), cliquer sur 'run' ne met pas toujours la tache en 'QUEUED'. Il ne se passe rien parfois...
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En fait c'est vraiment bloquant : on ne sait pas si on a relancé des runs pour les patients (voir par exemple Demo LIL-L3). Marc, tu as une idée ?
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résolu, un probleme avec mysql/sqlite qui ne repondent pas tout a fait de la même façon pour une même requete
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cela a l'air subtil effectivement :)
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@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1504On n'arrive pas à visualiser des .data quand il manque des fichiers ?2016-11-29T14:37:12+01:00Vidjil TeamOn n'arrive pas à visualiser des .data quand il manque des fichiers ?Il manque les fichiers de séquence -0.gz et -3.gz
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Pourquoi http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=7 ne fonctionne pas ? Il n'y a pas de lien avec les fichiers de séquence
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Peut-être des fichiers de résultat ont...Il manque les fichiers de séquence -0.gz et -3.gz
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Pourquoi http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=7 ne fonctionne pas ? Il n'y a pas de lien avec les fichiers de séquence
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Peut-être des fichiers de résultat ont été aussi supprimés ?
En tout cas, c'est bon, j'ai retrouvé les deux .fa sur mon ordi. Plus que 95 :)
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Ce n'est pas spécifique à ce patient. Ex : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=2&config=1
En regardant dans l'activité réseau on voit que le .data arrive bien. On peut même le télécharger depuis le serveur et l'afficher en local
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En tout cas, pour L3, c'est définitivement bon, marche après relance de Vidjil.
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fixé temporairement.
laisser ouvert
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>a02837965d2
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@magiraud