vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-12-28T11:39:43+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3662Afficher dans getHtmlInfo les valeurs normalized_reads2018-12-28T11:39:43+01:00Mathieu GiraudAfficher dans getHtmlInfo les valeurs normalized_readscc @flothonicc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3661Enlever les choix "External" et "Expected" s'il ne sont pas pertinents2018-12-31T09:15:06+01:00Mathieu GiraudEnlever les choix "External" et "Expected" s'il ne sont pas pertinentscc @flothonicc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3668Déployer prod-client sur app par gitlab2019-01-04T10:29:43+01:00Mathieu GiraudDéployer prod-client sur app par gitlabProbablement un doublon, mais je n'ai pas retrouvé l'issue.
`deploy_prod` fait une copie sur `bbi`... mais le répertoire pointé n'est probablement pas le bon.Probablement un doublon, mais je n'ai pas retrouvé l'issue.
`deploy_prod` fait une copie sur `bbi`... mais le répertoire pointé n'est probablement pas le bon.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3664Deux réglages distincts de normalisation2019-01-08T13:29:48+01:00Mathieu GiraudDeux réglages distincts de normalisationEn poussant https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3645#note_141056, on pourrait avoir deux réglages distincts : l'un qui active ou non `normalized_reads` (un préprocess externe a normalisé certaines familles), l'autre qui permet d...En poussant https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3645#note_141056, on pourrait avoir deux réglages distincts : l'un qui active ou non `normalized_reads` (un préprocess externe a normalisé certaines familles), l'autre qui permet de fixer un "expected".
Cela pourrait être en particulier utile si le préprocess n'a touché qu'à certains clones et qu'on souhaite re-normaliser derrière.
cc @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2143Donner accès aux fichiers produits par les pre-process2019-01-08T15:11:22+01:00Mathieu GiraudDonner accès aux fichiers produits par les pre-processDe la même manière que #2141, on pourrait vouloir donner accès aux fichiers éventuellement produits par un pre-process (pour l'instant uniquement PEAR), dans `DIR_PRE_VIDJIL_ID`.
Tâche vraiment pas prioritaire (on a déjà les logs de PEA...De la même manière que #2141, on pourrait vouloir donner accès aux fichiers éventuellement produits par un pre-process (pour l'instant uniquement PEAR), dans `DIR_PRE_VIDJIL_ID`.
Tâche vraiment pas prioritaire (on a déjà les logs de PEAR...) pour l'instant.
@RyanHerb @mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3374Stocker en base de données tous les accès2019-01-08T15:11:23+01:00Mikaël SalsonStocker en base de données tous les accès(on les a déjà dans les fichiers)
Que ce soit les accès à un sample set, mais aussi aux listes de samples ou aux listes d'utilisateurs, etc…
En lien avec vidjilnet#10(on les a déjà dans les fichiers)
Que ce soit les accès à un sample set, mais aussi aux listes de samples ou aux listes d'utilisateurs, etc…
En lien avec vidjilnet#10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1684Afficher séparément les tubes de PCR différents, même quand ils concernent le...2019-01-09T17:16:15+01:00Vidjil TeamAfficher séparément les tubes de PCR différents, même quand ils concernent le même locusDemande de Yann: quand on fait Vg1-9 et Vg10, on aimerait voir les % par rapport au tube de PCR.
La même question se pose pour quasiment tous les locus, en fonction des tubes utilisés.
- afficher cela comme deux locus différents ? (dan...Demande de Yann: quand on fait Vg1-9 et Vg10, on aimerait voir les % par rapport au tube de PCR.
La même question se pose pour quasiment tous les locus, en fonction des tubes utilisés.
- afficher cela comme deux locus différents ? (dans ce cas, on ne voit plus de grid avec tout le TRG)
- est-ce que le browser est bien robuste au changement de germlines.data ? (difficulté avec germlines.js) ?
- avoir un germlines.data différent par utilisateur / par patient ? ou stocker cela dans le .vidjil ?
- ou bien déjà avoir plusieurs germlines.data (un comme actuel, un Lille, un tubes BIOMED-2, ...) ?
à réfléchir
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3671QUnit: assert.pushResult2019-01-10T10:16:36+01:00Mathieu GiraudQUnit: assert.pushResulthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/237690 (#1171) :
`assert.push is deprecated and will be removed in QUnit 3.0. Please use assert.pushResult instead`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/237690 (#1171) :
`assert.push is deprecated and will be removed in QUnit 3.0. Please use assert.pushResult instead`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3565Docker : Pas de connection à la DB ?2019-01-10T12:43:05+01:00Mathieu GiraudDocker : Pas de connection à la DB ?@flothoni : "pas d'accès à la base de données depuis mon installation sur la nouvelle version ~"server\-docker", alors qu'avant cela fonctionnait"
Plus généralement, savoir quelle commande lancer pour regarder / débugguer cela.
cc @Rya...@flothoni : "pas d'accès à la base de données depuis mon installation sur la nouvelle version ~"server\-docker", alors qu'avant cela fonctionnait"
Plus généralement, savoir quelle commande lancer pour regarder / débugguer cela.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3434mauvais tri dans les labels des axes2019-01-10T14:11:27+01:00Thonier Florianmauvais tri dans les labels des axes![Screenshot_20180808_155855](/uploads/6c8c63cb556df87930e2501d8726b45c/Screenshot_20180808_155855.png)
lien : [ici](https://app.vidjil.org/browser/?set=28538&config=25&plot=averageLength,size,bar); prendre le preset 4
En cherchant a ...![Screenshot_20180808_155855](/uploads/6c8c63cb556df87930e2501d8726b45c/Screenshot_20180808_155855.png)
lien : [ici](https://app.vidjil.org/browser/?set=28538&config=25&plot=averageLength,size,bar); prendre le preset 4
En cherchant a corriger un bug lors de la sélection par les axes X, je m'aperçois d'un second bug sur la position des axes.
Le bug est issue d'une correction que j'ai faite l'an dernier qui à introduit un tri sur un tableau de nombre... qui étaient déjà transformés en string pour l'affichage.
Je suis en train de corriger ça;Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3460Mettre la seed "9c" dans les configurations2019-01-10T14:32:44+01:00Mathieu GiraudMettre la seed "9c" dans les configurationsVu par @flothoni dans #3458 :
> pour certaines configurations, il plante (erreur `seed 9s` inconnue pour "multi+inc" par exemple).
Cette seed s'appelle maintenant `9c` (d289f5b4ab2).Vu par @flothoni dans #3458 :
> pour certaines configurations, il plante (erreur `seed 9s` inconnue pour "multi+inc" par exemple).
Cette seed s'appelle maintenant `9c` (d289f5b4ab2).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1677Tests .should-vdj : couvrir tous les locus, séquences réelles2019-01-10T15:21:22+01:00Vidjil TeamTests .should-vdj : couvrir tous les locus, séquences réellesSuite à la discussion de vendredi dernier :
Dans les tests .should-vdj, si j'enlève les séquences artificielles, il reste à la louche :
TRA+D: 5 / IGK+: 3 / IGH+: 2 / TRD+: 1 / TRB+: 1
Évidemment, on a des séquences TRG comme IGH, et d'...Suite à la discussion de vendredi dernier :
Dans les tests .should-vdj, si j'enlève les séquences artificielles, il reste à la louche :
TRA+D: 5 / IGK+: 3 / IGH+: 2 / TRD+: 1 / TRB+: 1
Évidemment, on a des séquences TRG comme IGH, et d'autres, qui servent à faire du test en .should_get, mais ce serait plus robuste d'avoir plusieurs séquences "réelles" par locus pour renforcer les tests .should_vdj.
***
Je viens de creer 5 fichiers contenants chacun 3 sequences tirées d'analyse de Necker.
Il y a du TRB, TRB+, TRD, TRD+, TRG.
Par contre, avant de pusher, je me demandais si j'avais bien compris ce matin. Je laisse ma nomenclature actuelle ?
PS : en faisant la comparaison manuellement, vidjil ne trouve pas toujours la bonne nomenclature (certains cas avec des VDDJ).
***
oui, mets-les tel quels (sans noms de patients...), on va déjà voir à quoi cela ressemble.
***
070e611: des séquences fournies par Yann en février, segmentation reformalisée
***
merci Florian
***
Au fait, j'ai surement oublié de la préciser, mais dans le tas, il y a une ou deux séquences présentant un double segment D. Je crois que l'algo ne les voit pas tel quel, mais je ne sais pas si c'est des cas vraiment "particulier" ou communs. Le second induirait que l'option soit ajoutée par défaut dans germline.data.
***
Double segment D : on a une tâche "VDDJ". Cela intéresse aussi les gens de Lille, qui ont par exemple déjà eu TRDV1 9/22/0 TRDD2 4/6/0 TRDD3 2/15/1 TRDJ1
Bref, cela devrait être aussi mis dans les should_vdj.
***
Pour info, on n'a rien actuellement en IGK, IGK+ avec Intron IGL, TRA.
***
Je n'en ai pas en stock.
Je vais me renseigner voir si ici ils en ont, mais il y a des absent aujourd'hui donc j'auras une réponse demain je pense.
***
@Florian: ok. Ne t'inquiète pas, on en a ici aussi... (et, de manière générale, tous les labos ne font pas tous les locus / réarrangements.)
Bref, si de ton côté tu peux mettre une autre petite dizaine de séquences de ce que tu as déjà, cela sera très utile !
***
Je viens de rajouter 17 sequences comme la dernière fois.
Cela donne maintenant 32 sequences réelles de necker.
Sur celles ci, ils y en a 6 qui ne passent pas. 2 sont des nouveaux double DD, 3 sont difficile a arbitrer, et la derniere, je pense qu'il s'agit d'une erreur du finesegmenter. Je met plsu de détails dans la tache "un cas particulier"
***
Ce qu'il manque surtout maintenant, c'est TRA et IGL.
***
Kostas va nous envoyer du TRA.
***
@magiraud @mikael-s @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2660IgBlast : pas la même chose en direct ?2019-01-10T15:21:22+01:00Mathieu GiraudIgBlast : pas la même chose en direct ?Naïs ~"TOU-Toulouse" fait des copier/coller de ses séquences vers IgBlast, car on n'a pas la même chose que par le lien.
À explorer.
cc @flothoniNaïs ~"TOU-Toulouse" fait des copier/coller de ses séquences vers IgBlast, car on n'a pas la même chose que par le lien.
À explorer.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3145Une séquence J-D-J en TRB+ ?2019-01-10T15:21:22+01:00Mathieu GiraudUne séquence J-D-J en TRB+ ?Une des séquences qui ne passe pas pour !148 : `#target 0447GG` de `BRI-TRB.should-vdj.fa`
Annoté "TRBD2*02 1/AATG/0 TRBJ2-3*01" dans notre ref... mais Blast : https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Get&VIEW_RESULTS=FromRes&RID=C...Une des séquences qui ne passe pas pour !148 : `#target 0447GG` de `BRI-TRB.should-vdj.fa`
Annoté "TRBD2*02 1/AATG/0 TRBJ2-3*01" dans notre ref... mais Blast : https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Get&VIEW_RESULTS=FromRes&RID=CEE9GM3G01R&UNIQ_OBJ_NAME=A_SearchResults_1f4NMm_35hl_dnqsHAyu2Tn_23turP_1GhQal&QUERY_INDEX=0#alnHdr_528476628
On aurait plutôt un `TRBJ2-2 /1/ TRBD2 /1/ TRBJ2-3` (avec des up/down des J) :
```
TRBJ2-2 /1/ TRBD2 /1/ TRBJ2-3
30522..30676 29556..29691 30817..30953 (positions sur NC_018918.2, 142,4XX,XXX)
```
Le locus avec les `TRBJ2` : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/sviewer/?id=NC_000007.14&app_context=Gene&assm_context=GCF_000001405.38&v=142796588:142797171 (au passage, 100 bases d'écart entre les divers gènes, ping #3133).
Entre TRBJ2-2 et TRBJ2-3, il y a aussi `TRBJ2-2P`. Pas vérifié si le match pourrait aussi se faire sur le `-2P`.
Pas vérifié non plus la position exacte des gènes dans les régions.
cc @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3254fuse.py, et champs à merger comme diversity2019-01-10T15:21:22+01:00Mathieu Giraudfuse.py, et champs à merger comme diversityVoir ce qui a été fait dans !176 : est-ce que cela ne peut pas être transformé en quelque chose d'encore plus générique pour fusionner une liste de champs quelconques ?
cc @flothoniVoir ce qui a été fait dans !176 : est-ce que cela ne peut pas être transformé en quelque chose d'encore plus générique pour fusionner une liste de champs quelconques ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2030Supprimer un groupe pour une personne2019-01-10T15:21:22+01:00Vidjil TeamSupprimer un groupe pour une personneDans la page utilisateur, on a la liste des groupes auxquels l'utilisateur appartient, ainsi qu'une croix au bout de la ligne. En fait cette croix n'est pas un lien et n'a aucun effet. Pour supprimer l'utilisateur d'un groupe, il faut al...Dans la page utilisateur, on a la liste des groupes auxquels l'utilisateur appartient, ainsi qu'une croix au bout de la ligne. En fait cette croix n'est pas un lien et n'a aucun effet. Pour supprimer l'utilisateur d'un groupe, il faut aller sur la page groupe et retirer l'utilisateur du groupe.
Il serait bien ou de retirer les croix inactives sur la page de l'utilisateurs, ou bien de les rendre actives.
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3098Un sample peut apparaître deux fois dans un set2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudUn sample peut apparaître deux fois dans un setVu par @flothoni. Arrive en particulier lorsqu'un set est dans le "Common sets", puis dans un "specific sets". Mais on peut aussi l'ajouter deux fois dans "specific sets".
Dans tous ces cas, ne pas changer les forms, faire peut-être jus...Vu par @flothoni. Arrive en particulier lorsqu'un set est dans le "Common sets", puis dans un "specific sets". Mais on peut aussi l'ajouter deux fois dans "specific sets".
Dans tous ces cas, ne pas changer les forms, faire peut-être juste au niveau du controlleur qui reçoit qu'une seule association soit créée et pas deux.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2082findPotentialField() & autres : enlever de segmenter.js2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudfindPotentialField() & autres : enlever de segmenter.js`findPotentialField` est de la magie noire peu appropriée. C’est potentiellement lourd (appelle `isDNA` / `isPos`, qui lance des regex) . C’est certes appelé une seule fois (`segmenter.build()` → `updateHighLightMenu()`)
Au minimum, met...`findPotentialField` est de la magie noire peu appropriée. C’est potentiellement lourd (appelle `isDNA` / `isPos`, qui lance des regex) . C’est certes appelé une seule fois (`segmenter.build()` → `updateHighLightMenu()`)
Au minimum, mettre toutes ces fonctions dans un nouveau fichier (`features.js` ?) car on doit pouvoir utiliser ceci indépendamment du segmenter. Voir sinon si tout cela ne pourrait pas être supprimé : maintenant le `.json` devrait spécifier proprement les différents champs du `seg`.
@mikael-s @flothoni @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2299Afficher d'un coup les clones de plusieurs samples / d'un set2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudAfficher d'un coup les clones de plusieurs samples / d'un setÀ propos des contaminations #1744, nous avons eu la discussion suivante :
> @magiraud : Pour un run, ce serait pertinent de visualiser par défaut un grid tel que "nb of samples / locus"...
> @mikael-s : Sauf que — actuellement — la gr...À propos des contaminations #1744, nous avons eu la discussion suivante :
> @magiraud : Pour un run, ce serait pertinent de visualiser par défaut un grid tel que "nb of samples / locus"...
> @mikael-s : Sauf que — actuellement — la grille porte sur un seul échantillon. On ne verra donc que la contamination de l'échantillon courant dans les autres échantillons.
Une critique similaire (moins importante) pourrait s'appliquer à la fonctionnalité "size (other sample)". Serait-il donc souhaitable de pouvoir voir les clones de *plusieurs* samples en même temps, voire de tous les samples d'un sample set ? Outre les cas mentionnés, on pourrait aussi alors aligner/comparer des clones de samples différents. Y aurait-il d'autres applications, typiquement ~"bio-control" ?
En négatif, cela risquerait de casser fortement nos habitudes (et que deviendrait la boîte en haut à gauche ?) et donc peut-être de nuire à l'~"client-ergonomy" globale.
cc @RyanHerb @flothoni @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2629Le texte "(focus on some clones)" devrait être plus visible2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudLe texte "(focus on some clones)" devrait être plus visibleDiscussion avec @flothoni sur #2626 (pas sûr que ce soit lié).
On pourrait voir mieux qu'on est en focus, peut-être avec un fond de couleur.
Attendre #2245 ?Discussion avec @flothoni sur #2626 (pas sûr que ce soit lié).
On pourrait voir mieux qu'on est en focus, peut-être avec un fond de couleur.
Attendre #2245 ?