vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-03-06T17:39:26+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2714CSS et tags2018-03-06T17:39:26+01:00Mathieu GiraudCSS et tagsOn a eu avec @RyanHerb plusieurs fois des soucis de CSS pour vdj#487 (et actuellement la situation est instable, copie à la main des css sur `app`).
Pourquoi donc ? Tout n'est pas commité dans `light.css` aussi ?On a eu avec @RyanHerb plusieurs fois des soucis de CSS pour vdj#487 (et actuellement la situation est instable, copie à la main des css sur `app`).
Pourquoi donc ? Tout n'est pas commité dans `light.css` aussi ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2715Tutorial video / screencast2020-09-18T11:34:19+02:00Mathieu GiraudTutorial video / screencastNikos ~"repseq-Nikos" va préparer des tutoriels vidéos pour ARReST. Cela peut être une très bonne idée.Nikos ~"repseq-Nikos" va préparer des tutoriels vidéos pour ARReST. Cela peut être une très bonne idée.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2716Plusieurs tubes / index / fichiers pour un seul sample2023-02-08T12:21:43+01:00Mathieu GiraudPlusieurs tubes / index / fichiers pour un seul sampleMichael ~"PRA-Prague", comme ~"KIE-Kiel", uploade plusieurs fichiers pour un seul sample venant de chaque tube.
Connait-on d'autres utilisateurs qui font de même ?
C'est une manière vraiment détournée de se servir du client. Cela va enc...Michael ~"PRA-Prague", comme ~"KIE-Kiel", uploade plusieurs fichiers pour un seul sample venant de chaque tube.
Connait-on d'autres utilisateurs qui font de même ?
C'est une manière vraiment détournée de se servir du client. Cela va encore pour un échantillon de diagnostic (et encore), mais, dès qu'on a deux samples, et bien on ne voit plus rien du tout.
- Tagger ces "samples" d'une manière particulière ? Équivaudrait à changer la db pour avoir un truc plus fin que samples. Argh, trop complexe.
- Avoir un pre-process pour combiner `n` samples ?
- Le plus simple serait un `cat`, mais on perd l'info originale. Mais c'est peut-être pas grave ?
- Un pre-process qui ferait un `cat` en ajoutant l'info, et ensuite l'algo tiendrait compte de cela ?
- Et c'est encore plus complexe quand tout peut être R1/R2
(Dans l'autre sens, #1684)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2717L'autocomplete des tags ne fonctionne pas sur l'édition d'info d'un *sample*2017-10-12T10:26:37+02:00Mathieu GiraudL'autocomplete des tags ne fonctionne pas sur l'édition d'info d'un *sample*Sur `app` au moins, j'ai essayé d'éditer les samples de DemoSur `app` au moins, j'ai essayé d'éditer les samples de DemoRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2718Savoir dans quel onglet on se trouve2022-06-21T14:43:10+02:00Mathieu GiraudSavoir dans quel onglet on se trouveAvec `patient`, `runs` et `sets`, on oublie vite dans quel onglet on se trouve et on peut avoir l'impression qu'on ne voit pas des données. Pour les admins c'est pire.
On pourrait marquer par css "l'onglet" actuellement sélectionné.
c...Avec `patient`, `runs` et `sets`, on oublie vite dans quel onglet on se trouve et on peut avoir l'impression qu'on ne voit pas des données. Pour les admins c'est pire.
On pourrait marquer par css "l'onglet" actuellement sélectionné.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2719Supprimer l'association d'un sample à un patient fait une server error2021-11-09T12:00:12+01:00Mathieu GiraudSupprimer l'association d'un sample à un patient fait une server errorJe suis en train de "déplacer" les samples du "patient" Demo X5 vers un nouveau "set" Demo X5.
Éditer les infos d'un sample > lui associer un set + supprimer un patient > valider
Ticket: vidjil/81.134.19.238.2017-10-12.11-03-11.897dde...Je suis en train de "déplacer" les samples du "patient" Demo X5 vers un nouveau "set" Demo X5.
Éditer les infos d'un sample > lui associer un set + supprimer un patient > valider
Ticket: vidjil/81.134.19.238.2017-10-12.11-03-11.897dde25-a7f1-46d9-a8d9-824a16f346dd
At: /vidjil/file/edit_form
(J'ai fait autrement, en supprimant le patient ensuite.)
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2720Tester `make release`2018-01-31T10:06:47+01:00Mathieu GiraudTester `make release`Après #2255 et #1491.
On pourra avoir une règle qui teste la release. On l'avait sur Jenkins.Après #2255 et #1491.
On pourra avoir une règle qui teste la release. On l'avait sur Jenkins.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2721Pre-process : essayer VDJPipe2023-06-28T17:06:58+02:00Mikaël SalsonPre-process : essayer VDJPipehttps://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-017-1853-z
Ils font notamment du read merging (remplacer PEAR ?), et de-duplicating (intéressant pour la capture).https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-017-1853-z
Ils font notamment du read merging (remplacer PEAR ?), et de-duplicating (intéressant pour la capture).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2722Écrire un document sur la qualité logicielle2019-03-19T11:16:06+01:00Mathieu GiraudÉcrire un document sur la qualité logicielleNotre doc de dev détaille déjà les tests. Nous devrions cependant avoir un document à destination des utilisateurs décrivant la qualité et liant si possible vers des résultats de tests.
vdj#500Notre doc de dev détaille déjà les tests. Nous devrions cependant avoir un document à destination des utilisateurs décrivant la qualité et liant si possible vers des résultats de tests.
vdj#500https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2723Avoir des tests fonctionnels sur des jeux de démo complet2024-01-17T14:05:34+01:00Mathieu GiraudAvoir des tests fonctionnels sur des jeux de démo completNous devrions rajouter à la suite de tests algo des jeux complets de Démo #2635 vdj#195 avec une visée clinique. Ces tests pourraient être écrits par / validés avec nos utilisateurs. Ils seraient longs à lancer, et constitueraient un sta...Nous devrions rajouter à la suite de tests algo des jeux complets de Démo #2635 vdj#195 avec une visée clinique. Ces tests pourraient être écrits par / validés avec nos utilisateurs. Ils seraient longs à lancer, et constitueraient un stage après les ~"dev-tests-should-get" classiques.
Discuter au passage avec ~"KIE-Kiel" qui fait déjà des "re-certifications" sur nos releases ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2724Autocomplete tags : plutôt 7-8 entrées que 5 ?2017-11-18T12:24:04+01:00Mathieu GiraudAutocomplete tags : plutôt 7-8 entrées que 5 ?Rien que avec `ALL`, on voit trop peu de tags.
Un peu plus, 7-8 ? Beaucoup plus (bof, lourd ?) #2118
Quelles sont les bonnes pratiques ?
cc @RyanHerbRien que avec `ALL`, on voit trop peu de tags.
Un peu plus, 7-8 ? Beaucoup plus (bof, lourd ?) #2118
Quelles sont les bonnes pratiques ?
cc @RyanHerbWeb 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2725Pre-process: mettre avant le log la correspondance entre noms serveurs et nom...2022-06-21T14:37:17+02:00Ryan HerbertPre-process: mettre avant le log la correspondance entre noms serveurs et noms des fichiers dans le logAnne ~"Paris-Pitié" pense qu'elle et d'autres commettent parfois des erreurs en chargeant les fichier R1-R2 pour le pré-process PEAR, mais il est difficile de le savoir si l'erreur n'est pas repérée immédiatement. Elle aimerait pouvoir ...Anne ~"Paris-Pitié" pense qu'elle et d'autres commettent parfois des erreurs en chargeant les fichier R1-R2 pour le pré-process PEAR, mais il est difficile de le savoir si l'erreur n'est pas repérée immédiatement. Elle aimerait pouvoir voir le nom des fichiers dans l'output du pré-process.
Je sais que c'est relativement facile à faire, je me posais la question de si ou non celà pouvait ouvrir une faille de sécurité. A priori, je pense que non, car les noms des fichiers sont chiffrés et "salés", mais ne sait on jamais.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2726Faire un "compare" sur un seul sample2020-11-20T21:18:14+01:00Ryan HerbertFaire un "compare" sur un seul sampleAnne m'a parlé d'un cas de figure où leurs données sont analisés en NGS deux fois. Elle aimerait pouvoir ajouter les samples dans le même patient sans pour autant avoir la vue du suivi.
Une solution pourrait être de simplement réduire l...Anne m'a parlé d'un cas de figure où leurs données sont analisés en NGS deux fois. Elle aimerait pouvoir ajouter les samples dans le même patient sans pour autant avoir la vue du suivi.
Une solution pourrait être de simplement réduire le graphe et naviguer entre les samples avec les flèches. Mais un changement de sample par click ou raccourci clavier accidentel pourrait passer inappercu assez facilement. Je me demandais donc s'il serait judicieux de permettre un compare sur un seul sample. Ou encore avec des configs qui ne fusent pas (mais produirait beaucoup d'entrées dans la liste des résultats...).
Actuellement, elle créé deux patients avec le même nom et utilise la recherche texte. Je lui ai donc proposé d'utiliser des tags pour accélérer légèrement la recherche, mais la solution n'avait pas l'air satisfaisante.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2727Onglet "samples" / Un sample doit-il nécessairement appartenir à un set ?2021-02-17T11:42:18+01:00Mathieu GiraudOnglet "samples" / Un sample doit-il nécessairement appartenir à un set ?Lien surprenant entre #2726 et #2591.
#2591 :
> > @RyanHerb : et fournir une vue des sequence_file "orphelins"
>
> @magiraud : Oui, pour les admins
Ou bien pour les utilisateurs aussi ? Pourquoi un sample devrait-il appartenir à un set...Lien surprenant entre #2726 et #2591.
#2591 :
> > @RyanHerb : et fournir une vue des sequence_file "orphelins"
>
> @magiraud : Oui, pour les admins
Ou bien pour les utilisateurs aussi ? Pourquoi un sample devrait-il appartenir à un set ? Est-ce que quelque chose de plus générique ne serait pas qu'un sample puisse appartenir à 0, 1, 2, 3, ... n sets ?
Dans ce cas, on voit #2726 sous un autre angle : on devrait pouvoir visualiser un seul sample (qu'il soit ou pas dans un ou plusieurs sets). Et on pourrait faire des recherches sur les samples (typiquement de leurs infos), indépendamment de leur sets. Actuellement, c'est un peu difficile de chercher un sample si on ne sait pas dans quel patient/run/set il se trouve.
Le menu "runs / patients / sets" pourrait être alors "runs / patients / sets / samples", l'entrée "samples" remplaçant le "Compare samples", montrant tous les samples (et éventuellement, en option, uniquement les orphelins)... mais cela devrait être clair que la vue "samples" n'est pas du même niveau que les autres.
Confusion ou clarification ?
cc @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2728Pouvoir sauter depuis un sample à ses groupes patient/run/set2024-02-06T08:21:58+01:00Thonier FlorianPouvoir sauter depuis un sample à ses groupes patient/run/setUne réflexion que je me suis faite sur le tache #2727.
Il pourrait être intéressant pour l'utilisateur de switcher d'un sample seul vers le patient auquel il est associé, ou bien son run, ou bien SES sets ( cf #2727).
On peux imaginer...Une réflexion que je me suis faite sur le tache #2727.
Il pourrait être intéressant pour l'utilisateur de switcher d'un sample seul vers le patient auquel il est associé, ou bien son run, ou bien SES sets ( cf #2727).
On peux imaginer aussi pouvoir faire le switch directement depuis un patient, prendre un sample et visualiser le run/set associé par exemple.
*(Ci-dessous, pas forcément, pour l'instant on veut juste des liens)*
~~~Je n'ai pas encore d'idée clair sur la réalisation par contre. La méthode "simple" serait de pouvoir ouvrir un sample du point de vue DB et visualiser toutes ses informations :
* fichiers
* preprocess
* date d'échantillonnage
* ...
* les divers résultats en fonction de la configuration
* enfin une liste de ses implications dans les runs/set
En quelque sorte la vue d’édition d'un sample, avec quelques infos en plus, et sans les éditions.~~~
Web 2020.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2729Mieux documenter les droits d'accès et ce qui est anonymisé2017-10-17T17:21:34+02:00Mathieu GiraudMieux documenter les droits d'accès et ce qui est anonymiséLes noms des fichiers Fasta contiennent parfois des données sensibles (et certains s'en servent exprès, #1362), et à plusieurs endroits on peut afficher ce type d'information, même sans droit `anon` #2285 #2725.
@mikael-s disait sur #27...Les noms des fichiers Fasta contiennent parfois des données sensibles (et certains s'en servent exprès, #1362), et à plusieurs endroits on peut afficher ce type d'information, même sans droit `anon` #2285 #2725.
@mikael-s disait sur #2725 :
> c'est déjà un problème pour plein d'endroits puisque dans le `sequence_file.data_file....` le nom du fichier d'origine est encodé en base 16 et qu'on a accès à ce nom un peu partout (bien-sûr c'est moins immédiat en base 16 qu'en plein texte)
et même
> on a évidemment accès au nom du fichier d'origine directement dans l'interface.
Bref, on ne va pas probablement changer cela. Il s'agit donc de :
- mieux documenter dans `doc/user.org` ce que fait le droit `anon`
- de mettre un warning sur ces possibilités de fuite de données en cas de partage de données même sans droit `anon`.
- lier ces sections d'aide depuis le formulaire de changement de droitshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2730EC-NGS Lille : social / repas du mardi soir2017-10-17T17:35:15+02:00Mathieu GiraudEC-NGS Lille : social / repas du mardi soirFlore à Lille sur la grand place ? Un autre de la grand place ?
Un trip boat sur la Deule + repas au Quesnoy ou à Wambrechies ? (Je n'arrive pas à retrouver cela, sur http://www.isnor.fr/, mais je crois que c'était possible)Flore à Lille sur la grand place ? Un autre de la grand place ?
Un trip boat sur la Deule + repas au Quesnoy ou à Wambrechies ? (Je n'arrive pas à retrouver cela, sur http://www.isnor.fr/, mais je crois que c'était possible)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2731Arrondis sur les axes floats2017-11-23T14:53:50+01:00Mathieu GiraudArrondis sur les axes floatsVu par @flothoni dans #2703 :
> on a des labels de 278.15, 312,57, ...
Que l'axe soit entier ou flottant, c'est ici un mauvais affichage, 278, 312 est plus lisible (et même 280, 310, voir #2699).
Par contre, si l'axe va de 278.01 à 27...Vu par @flothoni dans #2703 :
> on a des labels de 278.15, 312,57, ...
Que l'axe soit entier ou flottant, c'est ici un mauvais affichage, 278, 312 est plus lisible (et même 280, 310, voir #2699).
Par contre, si l'axe va de 278.01 à 278.74, c'est normal d'afficher deux chiffres après la virgule.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2732Traitement des options : refactorer vidjil.cpp avec CLI112018-06-27T16:54:12+02:00Mathieu GiraudTraitement des options : refactorer vidjil.cpp avec CLI11Séparé de #926.
Demande déjà à mieux évaluer CLI (sur `align`, ou d'autres choses) en utilisant des choses plus complexes comme les groupes.Séparé de #926.
Demande déjà à mieux évaluer CLI (sur `align`, ou d'autres choses) en utilisant des choses plus complexes comme les groupes.Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2733encodeURIComponent typo dans le code2017-10-19T14:53:22+02:00Thonier FlorianencodeURIComponent typo dans le codeUne toute petit erreur de typo dans le fichier `database.js` ligne 1106Une toute petit erreur de typo dans le fichier `database.js` ligne 1106