vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-08-27T11:50:40+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1612Mettre en place la config vidjil-dev, qui lance release-candidate2020-08-27T11:50:40+02:00Vidjil TeamMettre en place la config vidjil-dev, qui lance release-candidatePlutôt avoir une config qui lance l'algo sur la branche dev.
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@magiraud @mikael-sPlutôt avoir une config qui lance l'algo sur la branche dev.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1611tools/align.cpp pour génération de matrice de distance2017-08-28T15:56:21+02:00Vidjil Teamtools/align.cpp pour génération de matrice de distanceCoucou Marc,
Suite à notre discussion de ce matin, je te propose donc de transformer tools/align.cpp (sur branche c++11-new) pour avoir une option pour pouvoir comparer 2 à 2 toutes les séquences d'un fichier fasta et sortir la matrice ...Coucou Marc,
Suite à notre discussion de ce matin, je te propose donc de transformer tools/align.cpp (sur branche c++11-new) pour avoir une option pour pouvoir comparer 2 à 2 toutes les séquences d'un fichier fasta et sortir la matrice avec le code qui existe pour cela.
(Pour l'instant, il compare 2 séquences dans un fichier fasta, c'est plus un couteau suisse pour vérifier/tester nos procédures d'alignement.)
Les options sont gérées de manière magique par docopt.h : http://docopt.org/ https://github.com/docopt/docopt.cpp
Si tu as besoin d'explications, n'hésite pas.
(à terme, cgi/align.cpp sera aussi juste une sortie de tools/align.cpp)
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Euh… docopt ?
« Note that GCC-4.8 will not work due to its missing the regex module. »
On n'est pas en train de dire qu'il faut installer gcc 4.8 partout ?
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Discussion docopt mise aussi dans "refactorer options vidjil.cpp".
Pff... désolé je n'avais pas vu la dépendance, je ne sais pas pour tools/align.cpp. C'est un composant serveur, est-ce gênant ? (sur rbx, cela compile avec g++-4.9).
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@magiraud @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1610Rapport Activité SIRIC2016-11-29T14:38:33+01:00Vidjil TeamRapport Activité SIRICPour le 15 ? (MV absent avant)
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Le 15, c'est la DL pour l'appel, on n'est plus à un dossier près.
Pfff, plusieurs pages à faire en anglais...
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J'ai dit "demain soir" à MV... bon, on n'est pas à un jour ou deux près, mais il faut le...Pour le 15 ? (MV absent avant)
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Le 15, c'est la DL pour l'appel, on n'est plus à un dossier près.
Pfff, plusieurs pages à faire en anglais...
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J'ai dit "demain soir" à MV... bon, on n'est pas à un jour ou deux près, mais il faut le faire
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aïe, toujours pas fait
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1609Revoir la liste dans germline.js2021-11-08T16:16:22+01:00Vidjil TeamRevoir la liste dans germline.jsApparitions impromptues de différents TRD dans d'autres germlines.
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Merci Florian pour la tâche :)
N'hésite pas à nous mettre en followers au moins. Ça nous permet d'être au courant de la création de la tâche et de son évolution.
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...Apparitions impromptues de différents TRD dans d'autres germlines.
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Merci Florian pour la tâche :)
N'hésite pas à nous mettre en followers au moins. Ça nous permet d'être au courant de la création de la tâche et de son évolution.
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@nobody @mikael-s @Duez @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1608python, import et modules2022-06-20T11:10:58+02:00Vidjil Teampython, import et modulesDernier mail de P. Wu :
File "fuse.py", line 37, in <module>
from utils import *
ImportError: No module named utils
Je ne sais pas si cela vient de cela, mais avons-nous besoin d'une meilleure architecture python ? Actuellement, de...Dernier mail de P. Wu :
File "fuse.py", line 37, in <module>
from utils import *
ImportError: No module named utils
Je ne sais pas si cela vient de cela, mais avons-nous besoin d'une meilleure architecture python ? Actuellement, des scripts sont dans germline, tools, et algo/tests. Mais on aimerait pouvoir faire des import dans tous les sens.
Faut-il faire un module quelque part (juste un __init__.py ?) et que cela marche sans installation ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1607Des e-valeurs sont supérieures à 12023-03-01T17:05:07+01:00Vidjil TeamDes e-valeurs sont supérieures à 1Pour moi, elles ne pouvaient pas être supérieures à 1 pourtant quand on va ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=614&config=25 on a deux i orange et les deux e-valeurs sont supérieures à 1.
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Le patient a été supprimé....Pour moi, elles ne pouvaient pas être supérieures à 1 pourtant quand on va ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=614&config=25 on a deux i orange et les deux e-valeurs sont supérieures à 1.
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Le patient a été supprimé... à voir si on peut le refaire sur un autre fichier, et surtout sur la nouvelle version. En attendant, la séquence en question est dans notable, et elle donne une e-valeur correcte seule.
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Ici on en a aussi : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3837&config=2 : e-valeur de 568 pour le clone en J3
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1606Supprimer delta_max (et delta_min ?)2016-11-29T14:38:30+01:00Vidjil TeamSupprimer delta_max (et delta_min ?)Ils ne sont probablement pas souhaitables pour le KmerSegmenter, mais pour le FineSegmenter ?
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Ah, oui, il y a le Fine derrière. (Cela est lié avec tâche "ne pas Finesegmenter si ce n'est pas joli", titre de mémoire, bref avoir une e-...Ils ne sont probablement pas souhaitables pour le KmerSegmenter, mais pour le FineSegmenter ?
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Ah, oui, il y a le Fine derrière. (Cela est lié avec tâche "ne pas Finesegmenter si ce n'est pas joli", titre de mémoire, bref avoir une e-value pour le Fine.
On peut déjà le supprimer pour le Kmer.
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Je serais partant de ne garder que le delta_min pour le Fine. Si on a KmerSegmenté avec de grosses insertions, c'est bizarre d'empêcher le Fine de trouver le bon alignement.
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oui, ok (mais peut-être que le Fine actuel ne va pas bien se comporter, on verra...)
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fait il y a un certain temps...
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1605Germline 'xxx': on aimerait aussi avoir le FineSegmenter2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil TeamGermline 'xxx': on aimerait aussi avoir le FineSegmentermettre dans labels de kmerstore.h un lien vers un objet Germline
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et ce n'est pas si évident: certaines affectations viennent de plusieurs Germline : d (TRD+) et k (IGK+).
Il faudrait pouvoir mettre plusieurs Germline et/ou changer G...mettre dans labels de kmerstore.h un lien vers un objet Germline
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et ce n'est pas si évident: certaines affectations viennent de plusieurs Germline : d (TRD+) et k (IGK+).
Il faudrait pouvoir mettre plusieurs Germline et/ou changer Germline
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2015.12 sera une belle release :-)
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17e9c09
Voir tout de même la remarque dans le commit : si une même affectation vient de plusieurs germlines, seule une germline est renvoyée/utilisée. Bref, on risque de ne pas détecter des 'xxx' avec Intron.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1604Le calcul de la e-valeur devrait prendre en compte le -t2018-04-10T12:28:09+02:00Vidjil TeamLe calcul de la e-valeur devrait prendre en compte le -tSi on ne garde que x nucléotides pour les germlines V ou J, le calcul de la e-valeur ne doit se faire que sur une longueur inférieure ou égale à x, même si la séquence est beaucoup plus longue : il est impossible d'avoir plus de x k-mers...Si on ne garde que x nucléotides pour les germlines V ou J, le calcul de la e-valeur ne doit se faire que sur une longueur inférieure ou égale à x, même si la séquence est beaucoup plus longue : il est impossible d'avoir plus de x k-mers V (et même x - s + 1) par exemple.
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ok
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Tout doit se faire dans kmerstore.h
- en entrée, les insert() reçoivent et utilisent keep_only : à stocker
- en sortie, getProbabilityAtLeastOrAbove()
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68fef14. Quitte à prendre en compte le -t, autant être plus générique : si on n'a inséré que des choses de 200 ou moins, le calcul devrait prendre en compte ces 200.
Pour faire le changement souhaité, il faut maintenant faire quelque chose du type :
int n_max = atMostMaxSizeIndexing(length) - getS() + 1;
dans getProbabilityAtLeastOrAbove()
Mais j'ai maintenant des doutes : veut-on remplacer vraiment n par n_max dans toute cette fonction ? Est-ce que le index_load n'a pas déjà pris cela en compte ?
Bref, je te laisse voir :-)
***
Dans une séquence de longueur 200, même si on n'a inséré que des séquences de longueur 100 :
- la proba d'avoir exactement 18 k-mers est toujours la même ?
- et celle d'avoir 150 k-mers ? Elle est faible... mais pas nulle (et d'ailleurs, on trouvera des séquences chimériques avec cela). Est-ce que le but est de mettre cela à zéro ?
ou bien est-ce que cela doit être fait finalement dans affectanalyser.cpp:160 ? Qu'est-ce que cela signifie ?
***
La proba d'avoir 18 k-mers par hasard est plus élevée dans une séquence de longueur 200 que de longueur 100. De manière générale, il existe au moins une valeur t pour laquelle t k-mers dans 100nt est significatif mais pas t dans 200nt.
***
ok pour la longueur de la séquence observée, mais est-ce que cela dépend de la longueur de la séquence insérée ? (Cette dépendence ne serait-elle pas déjà dans le index_load ?)
En tout cas, si tu penses avoir la formule, vas-y :-)
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Je pense que je ne comprends pas ce que tu veux dire :)
Par exemple pour l'instant on calcule la probabilité à gauche sur toute la longueur jusqu'à first_pos_max. Ce qui est très bien puisque cela évite de prendre en compte le N (dans lequel on ne s'attend pas à avoir de k-mers). Là c'est la même chose : on ne veut pas prendre en compte le début du V puisqu'on ne s'attend pas à avoir de k-mers dedans.
Autrement dit, entre un read qui contient 100nt de V et un read qui contient 300nt du même V, on ne devrait pas avoir une e-valeur différente (avec -t 100).
***
Après réflexion collective, un segment de 200, même avec -t 100, contient aussi un certain nb de kmers "aléatoires" dans les 100 premiers nt, qui fait que le calcul de la e-valeur serait tout de même bon (à peu près).
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1603top n'affiche pas le nombre de clones attendu2016-11-29T14:38:28+01:00Vidjil Teamtop n'affiche pas le nombre de clones attenduExemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=609&config=2
Si on diminue le nombre de clones au minimum (top 5), au diag on a seulement deux clones affichés (mais le fichier .vidjil est correct et dans les top 5 on a bien 5 ...Exemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=609&config=2
Si on diminue le nombre de clones au minimum (top 5), au diag on a seulement deux clones affichés (mais le fichier .vidjil est correct et dans les top 5 on a bien 5 clones pour chacun des points de suivi).
Cela ne semble pas être un problème du fuse.py mais de la visu.
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Euh, pas reproductible ? (Ou l'exemple a changé ?) L'exemple a plein de clones mergés, c'est dur d'y voir clair, mais au Diag on voit bien plein de clones.
***
Au 4è point, on a que deux clones majoritaires et trois clones au total (en mettant le filter à 5).
***
ok
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J'insiste : au 4è point, après un "reset user clones" et un top à 5, je vois bien... 5 clones, le dernier faisant 1.442%.
***
Ah oui… le reset user clones. On va dire que c'est bon alors.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1602Sauvegarder les changements de germline et gènes dans le fichier .analysis2016-11-29T14:38:27+01:00Vidjil TeamSauvegarder les changements de germline et gènes dans le fichier .analysisLorsque les tâches « changer les gènes V/D/J d'un clone », « changer le germline d'un clone » seront faites il faudra conserver les modifications dans le fichier .analysis pour les rejouer lors du rechargement du fichier.
***
=== save
mo...Lorsque les tâches « changer les gènes V/D/J d'un clone », « changer le germline d'un clone » seront faites il faudra conserver les modifications dans le fichier .analysis pour les rejouer lors du rechargement du fichier.
***
=== save
model_loader: strAnalysis()
=== load
model_loader: parseJsonAnalysis() -> appelle initClones(), puiis model:
===> applyAnalysis() (devrait être renommé applyCloneAnalysis)
***
=== save
model_loader: strAnalysis() : fait; utilisation de la var manuallyChanged pour identifier les clones concernés.
***
Si c'est bon, tu peux fermer la tâche :-)
***
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1601Changer les gènes V(D)J d'un clone2016-11-29T14:38:26+01:00Vidjil TeamChanger les gènes V(D)J d'un cloneImportant pour faire « changer le germline d'un clone » https://www.producteev.com/workspace/t/553ffeedb2fa094517000002
***
Comme pour l'autre tâche, l'idée est d'avoir un bouton pour éditer dans getInfoHtml (qui ouvre une liste déroula...Important pour faire « changer le germline d'un clone » https://www.producteev.com/workspace/t/553ffeedb2fa094517000002
***
Comme pour l'autre tâche, l'idée est d'avoir un bouton pour éditer dans getInfoHtml (qui ouvre une liste déroulante pour choisir le bon V et le bon J)
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Vu ensemble : ok, bien, n'afficher les listes déroulantes que lorsqu'on clique sur un bouton "edit" dans la barre de titre "segmentation"
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Fait; Voir le changement de stats induit
***
super !
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1600Versions longues des gènes2020-11-13T19:27:40+01:00Vidjil TeamVersions longues des gènesRegarder en détail le ESG_Guidelines.pdf (Yann, 26 mars)
- pour TRD, avoir plus de 40
- et en général ?
***
@mikael-sRegarder en détail le ESG_Guidelines.pdf (Yann, 26 mars)
- pour TRD, avoir plus de 40
- et en général ?
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1599prev et next ne sélectionnent pas la bonne config2016-11-29T14:38:25+01:00Vidjil Teamprev et next ne sélectionnent pas la bonne configprev et next conservent la config du patient actuel, mais ce n'est pas nécessairement la config du patient précédent/suivant. Si la mauvaise config est sélectionnée on ne voit pas directement ce qui a déjà été lancé, ni quand.
***
Certes...prev et next conservent la config du patient actuel, mais ce n'est pas nécessairement la config du patient précédent/suivant. Si la mauvaise config est sélectionnée on ne voit pas directement ce qui a déjà été lancé, ni quand.
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Certes. Mais si on corrige cela :
=A c1,c2
=B c2
Passer du patient A au patient B, puis revenir au A, va faire changer la config. Quand on fait prev/next, on peut aller trop loin et revenir en arrière... et on n'aura plus la même config.
Et je me souviens aussi d'un autre cas d'utilisation : lancer une nouvelle config sur des patients sur laquelle elle n'a pas été lancée :-)
Bref, wont-fix, sauf peut-être dans le cas où l'user n'a pas de droit run ?
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1597Nombre de délétions incorrects dans le J et (surtout) incohérent avec celui d...2016-11-29T14:38:23+01:00Vidjil TeamNombre de délétions incorrects dans le J et (surtout) incohérent avec celui du gène D90776df (sur bonsai)
***
notable/0298, à comprendre, cela devrait fonctionner avec les changements récents
***
60a1562. On faisait n'importe quoi sur les jonctions J/D depuis... toujours (février 2013, dccec03).
***
@magiraud90776df (sur bonsai)
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notable/0298, à comprendre, cela devrait fonctionner avec les changements récents
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60a1562. On faisait n'importe quoi sur les jonctions J/D depuis... toujours (février 2013, dccec03).
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1595Un test ne passe pas chez Ping2016-11-29T14:38:22+01:00Vidjil TeamUn test ne passe pas chez Pingpython ../../tools/format_json.py -1
n'est pas allée jusqu'au bout. Pb de sync ? parenthésage ?
***
On dirait que la sortie standard de
!LAUNCH: ../../vidjil -z 0 -G ../../germline/IGH -w 60 -r 5 -b data ../../data/Stanford_S22.fasta ...python ../../tools/format_json.py -1
n'est pas allée jusqu'au bout. Pb de sync ? parenthésage ?
***
On dirait que la sortie standard de
!LAUNCH: ../../vidjil -z 0 -G ../../germline/IGH -w 60 -r 5 -b data ../../data/Stanford_S22.fasta ; cat out/data.vidjil
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C'était donc un pb de version python
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1594Fournir des versions précompilées ?2016-11-29T14:38:21+01:00Vidjil TeamFournir des versions précompilées ?Est-ce que cela servirait à quelque chose ? Et ce ne serait pas trop compliqué de notre côté ?
Cela peut être encore plus intéressant lorsqu'on passera à C++11.
***
Non, ce n'est pas compliqué. Il faudrait compiler avec du -static -stat...Est-ce que cela servirait à quelque chose ? Et ce ne serait pas trop compliqué de notre côté ?
Cela peut être encore plus intéressant lorsqu'on passera à C++11.
***
Non, ce n'est pas compliqué. Il faudrait compiler avec du -static -static-libstdc++ probablement (et vérifier que ce soit suffisant pour les machines qui n'ont pas zlib installé) afin que cela marche sur différentes distrib.
***
858eeb7
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L'exécutable résultant fait 4,2M contre 2,4M par défaut.
***
super !
Sur rbx, -g germline -i data/Stanford_S22.fasta
./vidjil-static 5.20s 5.23s 5.24s (2.4 MB)
./vidjil 5.34s 5.33s 5.30s (473 KB)
vidjil-static 1% plus rapide... et pas sûr que cela soit toujours le cas pour les plus gros jeux.
***
toujours sur rbx :
./vidjil-static-from-bioinfo-inria 5.35s 5.37s 5.38s (2.3 MB)
***
Bref, il ne reste plus qu'à les diffuser sur le web ;-)
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1593Format de germlines/*.g pas suffisamment souple2020-08-21T13:25:47+02:00Vidjil TeamFormat de germlines/*.g pas suffisamment soupleDans germlines.data on a deux entrées pour TRA+D mais en fait l'une va écraser l'autre. D'autre part on a TRD+ qui est défini comme :
"5": ["TRDV.fa", "TRDD2-01.fa"],
"3": ["TRDJ.fa", "TRDD3-01.fa"]
mais cela inclut le...Dans germlines.data on a deux entrées pour TRA+D mais en fait l'une va écraser l'autre. D'autre part on a TRD+ qui est défini comme :
"5": ["TRDV.fa", "TRDD2-01.fa"],
"3": ["TRDJ.fa", "TRDD3-01.fa"]
mais cela inclut le réarrangement TRDV/TRDJ qui doit être géré par ailleurs (avec un TRDD au milieu).
Bref on veut définir plusieurs listes de gènes "5", "4" et "3" au sein d'une même entrée.
"possible_recombinations": {
{ "5" : ["TRDV.fa"], "3" : ["TRDD3-01fa"]},
{ "5" : ["TRDD2-01.fa"], "3" : ["TRDD3-01.fa", "TRDJ.fa"]},
etc.
}
***
Si on le fait, cela évitera de plus de répéter les shortcut/color/description (et "recombinations" suffira)
Mais cela veut dire que tout le monde a les même "parameters". C'est loin d'être évident entre un Dd2-Dd3 et un Vd-Dd2 (même si le up/downstream aide).
***
On pourrait aussi enlever le "follows", cela avait un sens avant dans l'algo, plus maintenant.
Ou alors le renommer en un truc type "family" ou "locus".
***
d935001.
On verra plus tard pour question de "parameters"
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1591server/apache2_install.sh2020-12-11T13:15:15+01:00Vidjil Teamserver/apache2_install.shContrairement à server/ngnix_install.sh, server/apache2_install.sh n'a pas été mis a jour depuis très longtemps. Est-ce encore fonctionnel ? Garder ou supprimer ?
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@nobodyContrairement à server/ngnix_install.sh, server/apache2_install.sh n'a pas été mis a jour depuis très longtemps. Est-ce encore fonctionnel ? Garder ou supprimer ?
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1590Accéder à la fenêtre d'info de chaque clone depuis le segmenter2016-11-29T14:38:18+01:00Vidjil TeamAccéder à la fenêtre d'info de chaque clone depuis le segmenterOn aimerait, dans le segmenter, avoir le lien "i" à droite de l'étoile de la même manière que dans la liste des clones.
***
fait par Marc
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@flothoniOn aimerait, dans le segmenter, avoir le lien "i" à droite de l'étoile de la même manière que dans la liste des clones.
***
fait par Marc
***
@flothoni