vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-01-17T15:38:29+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3512Export FASTA sur des séquences unexpected2019-01-17T15:38:29+01:00Mikaël SalsonExport FASTA sur des séquences unexpectedCela provoque une erreur Javascript
```
TypeError: this.germline[germName] is undefined
```Cela provoque une erreur Javascript
```
TypeError: this.germline[germName] is undefined
```Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3513Export vers IMGT et IgBlast avec séquences unexpected2018-12-04T12:30:51+01:00Mikaël SalsonExport vers IMGT et IgBlast avec séquences unexpectedIl y a certains cas où on ne peut pas décider si on doit lancer IMGT/IgBlast en TR ou IG (si on a un mélange des deux) mais d'autres cas sont très clairs et devraient être gérés correctement.Il y a certains cas où on ne peut pas décider si on doit lancer IMGT/IgBlast en TR ou IG (si on a un mélange des deux) mais d'autres cas sont très clairs et devraient être gérés correctement.Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3521Docker : mettre germline.js au même endroit que conf.js (/etc ?)2018-10-16T11:02:04+02:00Mathieu GiraudDocker : mettre germline.js au même endroit que conf.js (/etc ?)Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3522Docker : choses à changer dans .yml2019-11-22T12:04:17+01:00Mathieu GiraudDocker : choses à changer dans .ymlRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3523Suppression des images Docker échoue le build (dans certains cas ?)2019-11-22T12:05:23+01:00Mikaël SalsonSuppression des images Docker échoue le build (dans certains cas ?)The following discussion from !305 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/305#note_123377):
> Sur `dev` le pipeline dit cela :
>
> ```
> Error...The following discussion from !305 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/305#note_123377):
> Sur `dev` le pipeline dit cela :
>
> ```
> Error response from daemon: conflict: unable to remove repository reference "vidjil/server:test" (must force) - container cb085cbafdb5 is using its referenced image d1aa7cbe4ed6
> Error response from daemon: conflict: unable to remove repository reference "vidjil/client:test" (must force) - container 1b70d95aef53 is using its referenced image 4f48f02d2a14
> ```Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3524Stats et affichage des sample sets : valeurs dupliquées2018-10-05T19:17:50+02:00Mathieu GiraudStats et affichage des sample sets : valeurs dupliquéesDepuis #3496, vu par @flothoni
> > Oui, exactement. Le but est d'avoir, par exemple quand on compare les samples d'un patient, l'info sur les runs et autres sets auxquels il appartient. Est-ce que ce n'est pas clair ?
> Non, dans mon c...Depuis #3496, vu par @flothoni
> > Oui, exactement. Le but est d'avoir, par exemple quand on compare les samples d'un patient, l'info sur les runs et autres sets auxquels il appartient. Est-ce que ce n'est pas clair ?
> Non, dans mon cas, j'ai fait le compare depuis le run, qui contient 3 fichiers. J'ai pour un sample son patient de ratacchement, et 3 fois le run (en répétition). Il doit s'agir d'une bug dasn uen itération.
Oui, confirmé. dev, runs, premier run, on compare tout, les samples apparaissent trois fois.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3525Stats et affichage des sample sets : mettre les liens pour réatterrir sur les...2018-10-05T19:09:17+02:00Mathieu GiraudStats et affichage des sample sets : mettre les liens pour réatterrir sur les pages des runs/patients/sets concernésRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3526Stats et genescan : ne pas décaler les valeurs2018-10-05T19:08:24+02:00Mathieu GiraudStats et genescan : ne pas décaler les valeursVu par @mikael\-s : les genescan sont pour l'instant décalés... On veut voir les valeurs de 0 à 500
cc @flothoniVu par @mikael\-s : les genescan sont pour l'instant décalés... On veut voir les valeurs de 0 à 500
cc @flothoniRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3527Genescan et position y2018-10-05T19:24:07+02:00Mathieu GiraudGenescan et position yhttps://stackoverflow.com/questions/526035/how-can-i-position-my-div-at-the-bottom-of-its-container
cc @RyanHerb @mikael\-shttps://stackoverflow.com/questions/526035/how-can-i-position-my-div-at-the-bottom-of-its-container
cc @RyanHerb @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3528StatsQC : Le genescan est vide parfois (lorsque des valeurs sont undefined ?)2018-10-05T18:19:40+02:00Mikaël SalsonStatsQC : Le genescan est vide parfois (lorsque des valeurs sont undefined ?)Sur `dev` pour le run 26863Sur `dev` pour le run 26863https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3531Le spinner disparaît au bout de 2 (ou 3 ?) secondes2018-11-12T13:50:39+01:00Mikaël SalsonLe spinner disparaît au bout de 2 (ou 3 ?) secondesSur le serveur, le spinner d'attente disparaît assez rapidement même si la requête n'est pas finie. Pour l'observer il suffit de cliquer sur l'onglet users qui met une bonne dizaine de secondes à se charger normalement.
Est-ce que cela ...Sur le serveur, le spinner d'attente disparaît assez rapidement même si la requête n'est pas finie. Pour l'observer il suffit de cliquer sur l'onglet users qui met une bonne dizaine de secondes à se charger normalement.
Est-ce que cela peut avoir un lien avec !291 ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3533Utiliser `set_token` dans les listes et les fiches2018-11-09T12:19:41+01:00Mathieu GiraudUtiliser `set_token` dans les listes et les fichesAvec les récentes utilisations de `set_token`, et bientôt #2728, on aimerait être encore plus systématique et voir un `set_token` dès qu'on parle d'un set. Je vois deux endroits :
- dans les listes de patients/runs/sets (cela va certes...Avec les récentes utilisations de `set_token`, et bientôt #2728, on aimerait être encore plus systématique et voir un `set_token` dès qu'on parle d'un set. Je vois deux endroits :
- dans les listes de patients/runs/sets (cela va certes être beaucoup coloré... si c'est trop on éclairciera encore la couleur)
- dans le `<h3>` en titre de chaque fiche de patient/run/setRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3534CloneDB : Axe par le nombre de sample sets ayant des clones2019-11-21T17:22:35+01:00Mikaël SalsonCloneDB : Axe par le nombre de sample sets ayant des clonesActuellement on a le nombre de clones trouvés dans la cloneDB mais on pourrait très bien avoir 50 clones dans un même sample ou dans 50 samples différents (on peut le voir en allant dans la fenêtre info). Il peut être bien d'avoir aussi ...Actuellement on a le nombre de clones trouvés dans la cloneDB mais on pourrait très bien avoir 50 clones dans un même sample ou dans 50 samples différents (on peut le voir en allant dans la fenêtre info). Il peut être bien d'avoir aussi sous le coude un axe avec le nombre de samples ayant cette séquence.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3535Information progressive avant timeout plus long2019-11-04T11:10:02+01:00Mikaël SalsonInformation progressive avant timeout plus long(Utilité du timeout ?)
C'est plus frustrant pour l'utilisateur qu'autre chose. On pourrait éventuellement mettre un message au bout de 15/30 secondes distant que la requête semble prendre du temps ou qu'il y a un problème de réseau.
Ma...(Utilité du timeout ?)
C'est plus frustrant pour l'utilisateur qu'autre chose. On pourrait éventuellement mettre un message au bout de 15/30 secondes distant que la requête semble prendre du temps ou qu'il y a un problème de réseau.
Mais à l'heure actuelle je pense que ça a plus pour effet de surcharger le serveur qu'autre chose (car lorsque le timeout arrive la requête n'est pas arrêtée mais l'utilisateur va relancer la requête pour avoir sa réponse).Lille-LAL-next2019-03-06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3542Clusteriser sur la CDR3 en acides aminées2020-09-25T10:03:31+02:00Thonier FlorianClusteriser sur la CDR3 en acides aminéesUne remarque faite par @Anne aujourd'hui. Arrest permet de faire un afichage des clones par leurs acides aminées, et donc quand il le fait, il clusterise implicitement toutes les séquences qui vont présenter la même seqeunce d'acides ami...Une remarque faite par @Anne aujourd'hui. Arrest permet de faire un afichage des clones par leurs acides aminées, et donc quand il le fait, il clusterise implicitement toutes les séquences qui vont présenter la même seqeunce d'acides aminés.
Je ne sais pas si c'est souhaitable, mais je présume qu'il y a des cas ou ce serait pratique pour l'utilisateur (plus côté recherche je pense).Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4167Mettre en place des environnements de review server / Docker2020-04-07T18:32:12+02:00Mathieu GiraudMettre en place des environnements de review server / Dockercc @RyanHerb
Voir aussi vdj#679cc @RyanHerb
Voir aussi vdj#679Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3546make -j 42018-10-15T18:37:49+02:00Mathieu Giraudmake -j 4Devrions-nous mettre par défaut une option pour compiler en parallèle quand c'est possible ?Devrions-nous mettre par défaut une option pour compiler en parallèle quand c'est possible ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3548Test serveurs unitaires cassés depuis 2 mois : 'init_db_helper' is not defined2020-10-20T14:12:29+02:00Mikaël SalsonTest serveurs unitaires cassés depuis 2 mois : 'init_db_helper' is not definedDepuis environ 2 mois les tests unitaires serveurs plantent mais sans mettre le build en échec
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/gitlab-runner/builds/b8d876c1/0/vidjil/vidjil/server/web2py/gluon/shell.py", line 276, i...Depuis environ 2 mois les tests unitaires serveurs plantent mais sans mettre le build en échec
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/gitlab-runner/builds/b8d876c1/0/vidjil/vidjil/server/web2py/gluon/shell.py", line 276, in run
execfile(startfile, _env)
File "testRunner.py", line 59, in <module>
init_db_helper()
NameError: name 'init_db_helper' is not defined
```
Exemple [d'échec ici, il y a 2 mois](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/150764) et de [succès ici](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/150414), quelques heures avantMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3549tests algo : should-get doit être avant should-vdj2018-11-20T09:09:52+01:00Mathieu Giraudtests algo : should-get doit être avant should-vdjAu moins dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/pipelines/44028, les should-get sont lancés après shoyld-vdj... ce qui n'est pas souhaité. Cela doit être une conséquence des derniers déplacements.
Ping #1491.Au moins dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/pipelines/44028, les should-get sont lancés après shoyld-vdj... ce qui n'est pas souhaité. Cela doit être une conséquence des derniers déplacements.
Ping #1491.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3551Tags pour docker : d'abord la date2018-10-15T17:45:12+02:00Mathieu GiraudTags pour docker : d'abord la dateSi l'on souhaite pouvoir trier les tags, il faudrait mieux qu'ils soient de type `2018-10-08-c35e3ab7b`
cc @RyanHerbSi l'on souhaite pouvoir trier les tags, il faudrait mieux qu'ils soient de type `2018-10-08-c35e3ab7b`
cc @RyanHerb