vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-06-28T16:58:04+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3216Utilisation des séquences "cibles"2023-06-28T16:58:04+02:00Thonier FlorianUtilisation des séquences "cibles"Problème de Patrick :
> comparer le nombre de read d’un patient (pour une cible) à la moyenne des reads de cette cible sur l’ensemble des patients (ou sur une cohorte définie, par exemple 200 patients de notre site). Ceci nous permettra...Problème de Patrick :
> comparer le nombre de read d’un patient (pour une cible) à la moyenne des reads de cette cible sur l’ensemble des patients (ou sur une cohorte définie, par exemple 200 patients de notre site). Ceci nous permettra d’avoir des critères d’acceptation du run.
Pour ce faire, il faut faire une recherche de cette cible sur l’ensemble des samples sélectionnées:
* Premier point : il faut déjà pouvoir spécifier la cible.
* Pouvons-nous nous contenter de le faire sur la liste des clones disponible dans les fichiers vidjil ? Nous pourrions alors passer à côté d'une séquence qui ne correspond pas à un clone du top 100, mais qui pourrait avoir son intérêt quand même.
* Rechercher sur le fichier source de séquençage ? Certainement plus long d'un point de vue informatique, mais cela reste-t-il de l'ordre du raisonnable ?
* Faudra-t-il utiliser des séquences dégénérées ?
Autre solution: passer par cloneDB. Serait-ce plus simple d'un point de vue technique ? Cela permettrai-t-il la même granulométrie dans la recherche pour l'inclusion des divers échantillons ?
@Patrick : Aurais-tu un exemple de cible que tu cherches , les samples associés, et ce que tu as (ou t'attends) a retrouver stp ?
@magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1749Clustering par similarité – alternatives à tSNE.2023-06-28T16:41:35+02:00Vidjil TeamClustering par similarité – alternatives à tSNE.Le clustering par similarité est calculé avec tSNE. Aujourd'hui on a eu une présentation de MDS (Multi-dimensional scaling) qui pourrait être utile. Peut-être tester dans un premier temps si on a de meilleures visualisations ou pas.
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...Le clustering par similarité est calculé avec tSNE. Aujourd'hui on a eu une présentation de MDS (Multi-dimensional scaling) qui pourrait être utile. Peut-être tester dans un premier temps si on a de meilleures visualisations ou pas.
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Mmm.. Dans un premier temps, ce serait bien que tSNE soit réactivé et qu'on prenne l'habitude de regarder ce que cela donne. Je ne suis même pas sûr qu'on en ait fait la pub à nous utilisateurs.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3222vue commune pour les preprocess de merge2023-06-22T17:18:32+02:00Thonier Florianvue commune pour les preprocess de mergeUne question me vient en analysant #3219 : Laisse-t-on à terme le choix du software de merge ou l'impose-t-on ?
Si on laisse le choix; propose-t-on de conserver les reads non assemblés pour rejouer le merge avec un autre soft (ou même ...Une question me vient en analysant #3219 : Laisse-t-on à terme le choix du software de merge ou l'impose-t-on ?
Si on laisse le choix; propose-t-on de conserver les reads non assemblés pour rejouer le merge avec un autre soft (ou même simplement d'autres paramètres) ?
De plus, propose-t-on une vue unifiée entre les diverses sorties (cf revient à faire un json des log de preprocess ). On pourrait par exemple pour les merge indiquer des tableaux des percentiles sur la longueurs des reads assemblés par exemple; Cette étape serait supplémentaire au software.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5142Huge lengths in the read length distribution2023-06-21T15:20:21+02:00Mikaël SalsonHuge lengths in the read length distributionIn those samples, the read length distribution plot ranges from 0 to 6,500, which seems quite a lot: https://app.vidjil.org/57055-2?plot=Reads%20length,J/3%27%20gene,bar
The data doesn't look like 3rd generation sequencing.In those samples, the read length distribution plot ranges from 0 to 6,500, which seems quite a lot: https://app.vidjil.org/57055-2?plot=Reads%20length,J/3%27%20gene,bar
The data doesn't look like 3rd generation sequencing.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4814Axes; rajouter les evalues2023-06-14T17:24:04+02:00Thonier FlorianAxes; rajouter les evaluesAujourd'hui on aurait aimé afficher une evalue comme axe. Pour rappel, il y en a 3 par clone: evalue, et evalue_right/left.
On a un mécanisme assez simple pour rajouter ces axes en dur et ce serait probablement intéressant.Aujourd'hui on aurait aimé afficher une evalue comme axe. Pour rappel, il y en a 3 par clone: evalue, et evalue_right/left.
On a un mécanisme assez simple pour rajouter ces axes en dur et ce serait probablement intéressant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4993Pouvoir exporter un alignement dans le rapport2023-06-14T14:50:47+02:00Mathieu GiraudPouvoir exporter un alignement dans le rapportÉvoqué à ~"ec-ngs" avec des usagères. cc @duez
Pour la prochaine fois.
Et par défaut centré, #4992Évoqué à ~"ec-ngs" avec des usagères. cc @duez
Pour la prochaine fois.
Et par défaut centré, #4992Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5148Open an analysis by drag and drop2023-05-24T15:25:31+02:00THONIER FlorianOpen an analysis by drag and dropSometimes, I want to open a local vidjil file in the client. It is always frustratting to navigate to the correct file that is 10 click away from the current location but to see it in my navigator and not be able to draging it in the cli...Sometimes, I want to open a local vidjil file in the client. It is always frustratting to navigate to the correct file that is 10 click away from the current location but to see it in my navigator and not be able to draging it in the client directly.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5146Don't return to last created user when creation failed2023-05-24T11:57:36+02:00THONIER FlorianDon't return to last created user when creation failedOn the server, when we try to create an user with incomplete or invalid informations, the server return last valid created user, without notification of failed.
We must modifify it to stay on creation form and indicate error.
Don't kn...On the server, when we try to create an user with incomplete or invalid informations, the server return last valid created user, without notification of failed.
We must modifify it to stay on creation form and indicate error.
Don't know if we should work on client validation or server, probably both of them for security.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4882Supported browsers, mai 2022/20242023-05-17T16:03:06+02:00Mathieu GiraudSupported browsers, mai 2022/2024Suite à #1077, #2427, #4860, #4862, !1041
Une proposition pour fixer un cap vers où l'on va:
- mai 2022 (reporté depuis sept 2021, on attendait #4862)
- on droppe les legacy FF32 et Chrome49
- les supported FF78 et Chrome79 devi...Suite à #1077, #2427, #4860, #4862, !1041
Une proposition pour fixer un cap vers où l'on va:
- mai 2022 (reporté depuis sept 2021, on attendait #4862)
- on droppe les legacy FF32 et Chrome49
- les supported FF78 et Chrome79 deviennent les **extended support**, supportés jusqu'à au moins mai 2024 (!1051)
- les nouveaux supported deviennent FF98 ESR (ou autre si une autre sort) et Chrome XX.
- mai 2024 : nouvelle itération
Par rapport à ce qu'on avait mis l'année dernière (!802), on repousse donc les échéances de quelques mois, mais cela me semble sain, maintenant qu'il y a le warning #4862, que les utilisateurs
- aient 6 mois pour se préoccuper (et nous contacter si besoin)
- et que, en changeant vers le supported, ils savent qu'ils sont à l'abri pour plus de 2 ans (d'où !1051)
Ceci est toujours modulé par ce qu'on se rendrait compte par des stats (#2417) et/ou des retours d'usagers.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5144Large amount of memory used by Vidjil-algo2023-05-12T16:09:40+02:00Mikaël SalsonLarge amount of memory used by Vidjil-algoUn étudiant me signale que sur une machine avec 30G de RAM, Vidjil-algo utilise trop de mémoire : DRR346909, DRR346911 et DRR346910. Les jeux de données font une trentaine de Go.Un étudiant me signale que sur une machine avec 30G de RAM, Vidjil-algo utilise trop de mémoire : DRR346909, DRR346911 et DRR346910. Les jeux de données font une trentaine de Go.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5143Add D primers in the set of primers2023-05-11T17:49:33+02:00Mikaël SalsonAdd D primers in the set of primersAs requested by ~"NAN - Nantes" during 2023 Vidjil day.
Beware to the prioritization of primers (V/J primers should have the priority over D).As requested by ~"NAN - Nantes" during 2023 Vidjil day.
Beware to the prioritization of primers (V/J primers should have the priority over D).Web 2023.10THONIER FlorianTHONIER Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5138Upload: Avertir dans le client quand les noms de fichiers ne respectent pas R...2023-05-04T15:44:06+02:00Mathieu GiraudUpload: Avertir dans le client quand les noms de fichiers ne respectent pas R1/R2
Normalement, on s'attend à exactement le même nom, avec juste R1 qui est changé en R2.
Si ce n'est pas le cas, avertir.
Soucis humains possibles qui seront diagnostiqués ainsi:
- deux fois le même fichier R1 (et ensuite flash fait des ...
Normalement, on s'attend à exactement le même nom, avec juste R1 qui est changé en R2.
Si ce n'est pas le cas, avertir.
Soucis humains possibles qui seront diagnostiqués ainsi:
- deux fois le même fichier R1 (et ensuite flash fait des choses, mais on ne détecte pas d'où vient le problème)
- ou on se plante de fichier R1/R2
- ou on inverse R1/R2https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5136Warnings: documenter pour les usagers2023-05-03T14:40:26+02:00Mathieu GiraudWarnings: documenter pour les usagersOn a https://www.vidjil.org/doc/warnings/ (générée à partir de warning.md), mais c'est encore un peu cryptique
Avoir une explication orientée usager, 1-3 phrase par warning, surtout pour ceux qui sont "fréquents". D'ailleurs, lesquels s...On a https://www.vidjil.org/doc/warnings/ (générée à partir de warning.md), mais c'est encore un peu cryptique
Avoir une explication orientée usager, 1-3 phrase par warning, surtout pour ceux qui sont "fréquents". D'ailleurs, lesquels sont les plus fréquents ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4093Affichage de distance entre clones, tSNE2023-05-03T08:12:45+02:00Mathieu GiraudAffichage de distance entre clones, tSNE@pduroux ~"repseq-IMGT" aimerait afficher des distances particulières, qu'ils implémenteraient (par exemple sur la jonction) et qui seraient calculées sur les clones 2 à 2.
@duez, le tSNE prend bien en entrée ce type de distances ?@pduroux ~"repseq-IMGT" aimerait afficher des distances particulières, qu'ils implémenteraient (par exemple sur la jonction) et qui seraient calculées sur les clones 2 à 2.
@duez, le tSNE prend bien en entrée ce type de distances ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5048Image docker un peu plus complète cypress/python/gcc/clang ?2023-04-13T18:02:45+02:00Mathieu GiraudImage docker un peu plus complète cypress/python/gcc/clang ?
Proposition de @flothoni : étendre l'image cypress pour avoir aussi feature-t et code-quality sans installation
Proposition de @flothoni : étendre l'image cypress pour avoir aussi feature-t et code-quality sans installationThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5131Algo: Limit or warn clustering of sequences of too different lengths2023-04-03T12:34:58+02:00Mathieu GiraudAlgo: Limit or warn clustering of sequences of too different lengths
Very interesting cases reported by @Anne.
Some clones merged sequences with very different lengths, two peaks (biological ? artefact ?).
"no-clonality" already allows to check that, but we need some mechanism to prevent that or at leas...
Very interesting cases reported by @Anne.
Some clones merged sequences with very different lengths, two peaks (biological ? artefact ?).
"no-clonality" already allows to check that, but we need some mechanism to prevent that or at least to warn the userhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5115Problème merge de séquences de tailles très différentes2023-04-03T12:32:09+02:00Anne de SeptenvilleProblème merge de séquences de tailles très différentesLors de l'analyse de données réalisées sur des cDNA (et non des ADN comme la plupart du temps), je me suis aperçue que mes résultats sont plus ou moins parasités par des produits d'épissage aberrants plus courts que la séquence complète ...Lors de l'analyse de données réalisées sur des cDNA (et non des ADN comme la plupart du temps), je me suis aperçue que mes résultats sont plus ou moins parasités par des produits d'épissage aberrants plus courts que la séquence complète attendue. Vidjil regroupe toutes ces séquences en une seule car le CDR3 (quand il est identifié) est identique. La taille moyenne des reads sur l'image type "genescan" ne reflète pas la taille effective des reads et dans certains cas, la séquence consensus choisie par Vidjil est une version "courte" ce qui fausse le résultat.
Serait-il possible de faire en sorte que des reads avec de trop grandes différences de tailles ne soient pas regroupés ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5130Améliorer la doc sur CloneDB2023-04-03T11:02:21+02:00Mathieu GiraudAméliorer la doc sur CloneDBCe n'est plus expérimental, cela fonctionne.
Un screenshot.
Une ou deux phrases pour usage bio (surtout primers).
https://www.vidjil.org/doc/user/#detailed-information-from-clonedbCe n'est plus expérimental, cela fonctionne.
Un screenshot.
Une ou deux phrases pour usage bio (surtout primers).
https://www.vidjil.org/doc/user/#detailed-information-from-clonedbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4736Follow-up from "Feature c/genescan primer search"; add documentation2023-03-28T16:35:40+02:00Thonier FlorianFollow-up from "Feature c/genescan primer search"; add documentationThe following discussion from !930 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/930#note_498147): (+1 comment)
> Je dois encore faire de la documentation quelqu...The following discussion from !930 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/930#note_498147): (+1 comment)
> Je dois encore faire de la documentation quelques part sur cette fonction.
>
> C'est possible de la faire après cette MR pour ne pas géner le freeze mais ce serait mieux avec.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5043Roadmap été/automne 2022 suite au CST2023-03-28T16:29:19+02:00Mathieu GiraudRoadmap été/automne 2022 suite au CSTDiscuté ensemble @mikael-s @flothoni @duez, complété un peu
**More tags/colors.** Done
**API / Demo.** TODO
**Initial work towards tools for Clonal evolution (one month, first tools)**
- usages de tSNE, rafraîchir cela, documenter...Discuté ensemble @mikael-s @flothoni @duez, complété un peu
**More tags/colors.** Done
**API / Demo.** TODO
**Initial work towards tools for Clonal evolution (one month, first tools)**
- usages de tSNE, rafraîchir cela, documenter...
- :zap: **faire un point et documenter tSNE #5083**
- tSNE 1D (avec par exemple axe V) ? #5042
- extensions de tSNE
- tSNE sur toute la séquence ? sur les V ? (avec threshold si fenêtre proche ?) #5084 (pas la priorité ?)
- tSNE sur d'autres distances #3158 #4093 ~"repseq-IMGT" **CDR3/AA #5111**
- **aussi alignements #3332**
- pour tSNE comme alignements, ~"client-speed" back (ou .js): update cgi ? #2786 #5041 ?
- *On ne rentre pas dans #1726 et autres: bien trop complexe pour un mois*
**Contamination (one month)**. See and export how clonotypes may be common in several stages
- stats-qc #4539/#3171
- et/ou post-process
- affichage dans le rapport ? (afficher stats-qc dans rapport ?)
- :zap: en pur client, **#5082 et #5054**
- en pur client, via warnings **#4133, va avec #5080 / !1240**
**Profiles for diseases (one month).** This will begin by stabilizing/enhancing the reports for different diseases
- en septembre, après retours sur nouveaux rapports ~"client-rapport", rajout d'éléments...
- :zap: **#5012 serait déjà fantastique**Web 2023.10