vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-03-15T17:04:14+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3803Passer en HTML52019-03-15T17:04:14+01:00Thonier FlorianPasser en HTML5En recherchant comment renommer le nom du fichier obtenu par get_reads, je me suis creusé la tête, avant de comprendre que nous n'étions pas en html5 (d'après le doctype).
Or, l'attribut pour changer le nom du fichier n'est compatible q...En recherchant comment renommer le nom du fichier obtenu par get_reads, je me suis creusé la tête, avant de comprendre que nous n'étions pas en html5 (d'après le doctype).
Or, l'attribut pour changer le nom du fichier n'est compatible qu'avec le html5.
Je souhaiterais donc en faire l'usage, mais je ne sais aps encore si cela change beaucoup de chose.
A évaluer, pas forcement nécessaire pour une première itération de get_reads.
cc @magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3802Quelques problèmes de CSS - div tronquée/cachée2019-03-15T10:49:57+01:00Thonier FlorianQuelques problèmes de CSS - div tronquée/cachée![Screenshot_20190315_104429](/uploads/f0260c5a04481625b6782b62a2190f4f/Screenshot_20190315_104429.png)
On a plusieurs div qui me semble être mal placées et qui se retrouvent tronquées. Ici l'exemple concerne la pagination, mais je croi...![Screenshot_20190315_104429](/uploads/f0260c5a04481625b6782b62a2190f4f/Screenshot_20190315_104429.png)
On a plusieurs div qui me semble être mal placées et qui se retrouvent tronquées. Ici l'exemple concerne la pagination, mais je crois qu'il y a plusieurs endroits ou l'on peut retrouver ce problème.
Faire une passe sur ces petits points d'aspect HTLM/CSS.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3801Tutorial : traduire les nouveautés en français2020-12-04T12:06:09+01:00Mathieu GiraudTutorial : traduire les nouveautés en françaisSuite à #3718/#3800.
Vendredi après 17h.Suite à #3718/#3800.
Vendredi après 17h.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3800Tutoriel serveur2020-09-28T00:23:46+02:00Mathieu GiraudTutoriel serveurdepuis #3718 :
> Est-ce qu'on fait une partie serveur (pour les personnes ayant un compte évidemment) où on leur dit de créer des patients, un run, comment tout uploader, de bien tagger, etc ?
- multi-upload
- tags
- ~"server\-pre\-pro...depuis #3718 :
> Est-ce qu'on fait une partie serveur (pour les personnes ayant un compte évidemment) où on leur dit de créer des patients, un run, comment tout uploader, de bien tagger, etc ?
- multi-upload
- tags
- ~"server\-pre\-process" R1/R2, custom
- run quality (non)
- compare samples
Clé usb ou fichiers sur vidjil.org à uploader.
Comptes jouets ? (pff, pas sûr)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3799Que se passe-t-il si on supprime une config ?2019-03-14T14:45:17+01:00Mikaël SalsonQue se passe-t-il si on supprime une config ?J'ai souvenir que ce n'est pas à faire mais sans en retrouver trace.
Perd-t-on l'accès à tous les résultats avec cette config ?
À clarifier et à documenter.J'ai souvenir que ce n'est pas à faire mais sans en retrouver trace.
Perd-t-on l'accès à tous les résultats avec cette config ?
À clarifier et à documenter.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3798clang++-4.0 pas présent2019-03-19T18:58:28+01:00Mathieu Giraudclang++-4.0 pas présenthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/281089 : `clang++-4.0: Command not found`
mais hier cela passait: https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/278964
toujours sur "Debian testing with several compilers (gcc and clang)"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/281089 : `clang++-4.0: Command not found`
mais hier cela passait: https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/278964
toujours sur "Debian testing with several compilers (gcc and clang)"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3797Docker vidjil/client : les fichiers de configuration de l'hôte sont-ils pris ...2021-02-09T18:01:40+01:00Mikaël SalsonDocker vidjil/client : les fichiers de configuration de l'hôte sont-ils pris en compte ?J'ai mis à jour ce matin le conteneur `vidjil/client` sur `vdb` avec un `docker pull vidjil/client:latest`. Problème : le conteneur ne se relançait plus à cause d'une erreur Nginx :
```
BIO_new_file("/etc/nginx/ssl/web2py.crt") failed (...J'ai mis à jour ce matin le conteneur `vidjil/client` sur `vdb` avec un `docker pull vidjil/client:latest`. Problème : le conteneur ne se relançait plus à cause d'une erreur Nginx :
```
BIO_new_file("/etc/nginx/ssl/web2py.crt") failed (SSL: error:02001002:system library:fopen:No such file or directory:fopen('/etc/nginx/ssl/web2py.crt','r') error:2006D080:BIO routines:BIO_new_file:no such file)
```
Le conteneur cherchait à charger les certificats par défaut alors que notre config sur `vdb` dans `docker-compose.yml` indique un autre répertoire où charger les certificats :
```yaml
nginx:
image: vidjil/client:latest
depends_on:
- uwsgi
(…)
volumes:
- /opt/vidjil/log/nginx:/var/log/nginx
- /etc/letsencrypt:/etc/nginx/ssl
```
Cela ne semblait donc pas pris en compte, ce qui ne me semble pas normal.
J'ai dû reconstruire le conteneur en local sur la machine pour que cela fonctionne :
```bash
docker build --no-cache -t 'vidjil/client:latest' vidjil-client
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3796Les icones du IGH n'apparaissent pas sur ce sample/patient2019-03-14T11:06:55+01:00Thonier FlorianLes icones du IGH n'apparaissent pas sur ce sample/patientJe ne sais pas pourquoi, mais quand j'ouvre ce [patient](https://app.vidjil.org/browser/?set=29207&config=2), je ne vois pas l'icône `H` correspondant aux IGH.
Si j'ouvre n'importe quel autre échantillon, je peux les voir.
Pas d'idée...Je ne sais pas pourquoi, mais quand j'ouvre ce [patient](https://app.vidjil.org/browser/?set=29207&config=2), je ne vois pas l'icône `H` correspondant aux IGH.
Si j'ouvre n'importe quel autre échantillon, je peux les voir.
Pas d'idée sur la raison pour le moment.
Pas d'urgence, mais observez-vous le même comportement ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3794Comment modifier le owner d'un sample/patient/run ?2019-03-13T14:32:46+01:00Thonier FlorianComment modifier le owner d'un sample/patient/run ?Je ne me souviens pas si nous avions offert cette possibilité depuis l'interface mais il me semblait que oui. Mais je ne retrouve pas la méthodologie pour le faire.
L'autre solution est de passer par la base de données depuis web2py po...Je ne me souviens pas si nous avions offert cette possibilité depuis l'interface mais il me semblait que oui. Mais je ne retrouve pas la méthodologie pour le faire.
L'autre solution est de passer par la base de données depuis web2py pour changer le groupe d'appartenance, mais il s'agit de 5 runs, autant de patients et environ 50 samples à faire migrer entre deux groupes perso vers un groupe commun.
Je peux déjà économiser quelques étapes en prenant le plus rempli comme compte principal.
Ça vous semble la bonne manière de procéder ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3793A quoi sert la div data de la div liste2019-03-13T15:27:10+01:00Thonier FlorianA quoi sert la div data de la div listeIl semble que nous ayons en ce moment un souci avec la div data presente dans `list`. Je ne comprend pas à quoi elle sert.
~lille semble avoir un souci dans son rendu avec chrome. Elle prend toute la place. Il s'agit probablement d'une ...Il semble que nous ayons en ce moment un souci avec la div data presente dans `list`. Je ne comprend pas à quoi elle sert.
~lille semble avoir un souci dans son rendu avec chrome. Elle prend toute la place. Il s'agit probablement d'une erreur d'interpretation de règle CSS mais je n'arrive pas a reproduire le bug.
Cependant, dans mon cas, elle est toujours présente en fin de liste, mais toujours vide.
Peux-t-on envisager de la supprimer ou tout du moins de la mettre en hidden/dev tant qu'il n'y a pas d'informations à l'intérieur ?
cc @magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3792valgrind-functional et representative-random-read-chooser.should-get2019-03-14T18:46:27+01:00Mathieu Giraudvalgrind-functional et representative-random-read-chooser.should-gethttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/278963https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/278963https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3791Tester les configs d'un serveur2019-03-15T20:02:33+01:00Mathieu GiraudTester les configs d'un serveurSuite à #3778, mais aussi d'autres changements plus anciens, certaines ~"server\-config" peuvent ne plus fonctionner.
Pouvoir récupérer sur un serveur live la liste des configs, et les tester ? (Au moins que `vidjil-algo` finisse sans e...Suite à #3778, mais aussi d'autres changements plus anciens, certaines ~"server\-config" peuvent ne plus fonctionner.
Pouvoir récupérer sur un serveur live la liste des configs, et les tester ? (Au moins que `vidjil-algo` finisse sans erreur).
Voir aussi #3790.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3790Tester les configs par défaut de modules/vidjil_utils.py2019-03-12T14:53:48+01:00Mathieu GiraudTester les configs par défaut de modules/vidjil_utils.py589a44b6a montre qu'on peut laisser des configs inutilisables longtemps.
Il faudrait tester les configs par défaut.
Voir aussi #1944.589a44b6a montre qu'on peut laisser des configs inutilisables longtemps.
Il faudrait tester les configs par défaut.
Voir aussi #1944.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3788Avoir plus de jeux de données réels complets, montrant différentes situations...2020-12-09T15:42:35+01:00Mathieu GiraudAvoir plus de jeux de données réels complets, montrant différentes situations bioPour #2723 et d'autres choses, étendre `demo/get-sequences` pour récupérer plusieurs jeux de données publics avec une variété de situations :
- ~"bio\-amplicons", ~"bio\-capture"
- ~"sequencers\-Illumina", ~"sequencers\-Ion", ~"sequ...Pour #2723 et d'autres choses, étendre `demo/get-sequences` pour récupérer plusieurs jeux de données publics avec une variété de situations :
- ~"bio\-amplicons", ~"bio\-capture"
- ~"sequencers\-Illumina", ~"sequencers\-Ion", ~"sequencers\-Nanopore"
- ~"patho\-ALL" ~"patho\-LLC", mais aussi d'autres, et aussi du ~"bio\-immuno"
- des longueurs de reads / des qualités différentees
- des locus différents, des ~"bio\-germlines\-pseudo"
- des ~"bio\-species"
Sources :
- ce qu'on a déjà, L4 ?
- OAS vdj#677 ?
- ... ?
mais #3597
cc @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3786Combos ?2019-03-11T04:45:55+01:00Mathieu GiraudCombos ?Est-ce que d'autres combos type #1582 seraient utiles ?
Par exemple des choses toute prêtes pour préfiltrage d'autre outils #xxx ?Est-ce que d'autres combos type #1582 seraient utiles ?
Par exemple des choses toute prêtes pour préfiltrage d'autre outils #xxx ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3784should-vdj-to-tap: est-ce que `--ignore_N` fonctionne correctement ?2019-10-24T18:37:10+02:00Mikaël Salsonshould-vdj-to-tap: est-ce que `--ignore_N` fonctionne correctement ?Exemple de sortie de `should-vdj-to-tap.py --ignore_N` sur les données de vdj@1f916871 :
```
#! not ok - (IGKV1-39*01, IGKV1D-39*01) IGKJ1*01 - found instead 1 253 254 272 IGKV1D-39*01 1//2 IGKJ1*01
```
Pourtant la désignation...Exemple de sortie de `should-vdj-to-tap.py --ignore_N` sur les données de vdj@1f916871 :
```
#! not ok - (IGKV1-39*01, IGKV1D-39*01) IGKJ1*01 - found instead 1 253 254 272 IGKV1D-39*01 1//2 IGKJ1*01
```
Pourtant la désignation donnée par Vidjil a l'air correcte. Mais la regex est
```
[[:space:]]*(IGKV1-39[*]01.*|IGKV1D-39[*]01)[[:space:]]*IGKJ1[*]01
```
et au milieu il ne semble pas y avoir la place pour un N dans la regex.
Mais pourtant une désignation `IGKV1D-39*01 1//2 IGKJ1*01` est vue correcte malgré une regex qui ne laisse pas plus de place à du N : `[[:space:]]*(IGKV1D-39([*][[:digit:]]*)?.*|IGKV1-39([*][[:digit:]]*)?)[[:space:]]*IGKJ2([*][[:digit:]]*)?`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3783Une séquence vide peut générer un bad_alloc ?2019-03-07T18:37:06+01:00Mathieu GiraudUne séquence vide peut générer un bad_alloc ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3782Options courtes -x/-X/-y/-z : supprimer, renommer ?2019-03-20T18:20:05+01:00Mathieu GiraudOptions courtes -x/-X/-y/-z : supprimer, renommer ?Extrait de !245 et de #3295 :
Les garder ?
> - systématisme x/X => y => z
> - https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3295#note_98391 : -x, -y et -z ont été les options les plus utilisées par un développeur a un moment (peut être b...Extrait de !245 et de #3295 :
Les garder ?
> - systématisme x/X => y => z
> - https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3295#note_98391 : -x, -y et -z ont été les options les plus utilisées par un développeur a un moment (peut être biaisé par le moment / le dev en question)
Les supprimer ?
> - #3295: « est obscure toute option dont la lettre du nom court ne se retrouve pas dans le nom long » (par exemple `-z`, `-y`, `-x`, `-X`, `-Z`…).
>
> - !245: x et y sont (quasi ?) réservées au debug, bloquer un nom court pour elles me paraît un peu overkill
>
> - https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3295#note_98439 : Notre utilisation n'est pas représentative d'une utilisation normale. En routine je ne pense pas que grand monde utilise du `-x` par exemple.
Autre solution, renommer ?
> (mais au pire on doit pouvoir trouver un nom un peu plus parlant). Pour `-z` on pourrait imaginer un `-n` (le `-d` étant déjà pris).
Proposition : voir cela la prochaine fois.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3781Association de samples à sample sets : documenter, mieux indiquer2020-01-23T17:47:24+01:00Mathieu GiraudAssociation de samples à sample sets : documenter, mieux indiquerÉditer le texte du bouton pour dire que cela permet de changer les associations d'un set.
Documenter dans `user.md` comment gérer ces associations.Éditer le texte du bouton pour dire que cela permet de changer les associations d'un set.
Documenter dans `user.md` comment gérer ces associations.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3780FineSegmenter donne Unexpected +TRBV/+TRBJ+down au lieu de VJ2019-03-06T19:44:59+01:00Mathieu GiraudFineSegmenter donne Unexpected +TRBV/+TRBJ+down au lieu de VJVient d'un rapport de ~"LIL\-Immuno".
Dans quelles conditions peut-on produire cela ? #2596 ? N'arrive plus avec le hack dans !78 ?Vient d'un rapport de ~"LIL\-Immuno".
Dans quelles conditions peut-on produire cela ? #2596 ? N'arrive plus avec le hack dans !78 ?