vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-03-30T13:41:59+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3867Seul les tableaux devrait être scrollables2020-03-30T13:41:59+02:00Thonier FlorianSeul les tableaux devrait être scrollablesJe me rend compte que l'on scrolle souvent les tableaux patients, run ou set, voir en admin les users/groupes.
On pourrait imaginer que les tableaux soient dans leur propres div et que nous n'ayons pas besoin de les scroller pour attei...Je me rend compte que l'on scrolle souvent les tableaux patients, run ou set, voir en admin les users/groupes.
On pourrait imaginer que les tableaux soient dans leur propres div et que nous n'ayons pas besoin de les scroller pour atteindre les boutons new patient/run/user/... ou même les paginations.
Le souci de la lisibilité peux être posé si on regarde une page vidjil sur un petit écran, mais je n'en suis même pas certain.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3864Permettre depuis un run de sauter au patient parent d'un sample2019-03-25T09:41:07+01:00Thonier FlorianPermettre depuis un run de sauter au patient parent d'un sampleET pour les sets on risque d'avoir beaucoup de données dans les colonnes.ET pour les sets on risque d'avoir beaucoup de données dans les colonnes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3861--no-windows, --no-vidjil, --no-airr ?2020-07-28T09:59:33+02:00Mathieu Giraud--no-windows, --no-vidjil, --no-airr ?Avoir des options pour ne pas sortir, ou pour limiter sérieusement, les sorties `.windows.fa`, `.vidjil` et `.tsv` ?
Deux applications évoquées ces derniers jours:
- avec `-c windows` #3748 ~"Paris\-Pitié", pour gagner un peu de temps ?...Avoir des options pour ne pas sortir, ou pour limiter sérieusement, les sorties `.windows.fa`, `.vidjil` et `.tsv` ?
Deux applications évoquées ces derniers jours:
- avec `-c windows` #3748 ~"Paris\-Pitié", pour gagner un peu de temps ? combien sur des gros jeux de données ?
- pour #3842 (se focaliser sur la sortie `.tsv`)
Plus généralement, #3396 (depuis la résolution de #2120, est-ce que le temps/mémoire de ces générations est négligeable ou pas ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3858Sonar ?2020-08-27T11:38:55+02:00Mathieu GiraudSonar ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3848Index pour montrer la proportion d'un répertoire à se reconstruire2021-01-27T10:44:51+01:00Thonier FlorianIndex pour montrer la proportion d'un répertoire à se reconstruireCAR-T; analyse de la diversité, et de la propension à se reconstruire (Delfau-Larue)
A part des indexes classiques, je n'ai pas d'idées révolutionnaire en tête. Lire des publications pour voir si quelques choses de particulier émerge.
...CAR-T; analyse de la diversité, et de la propension à se reconstruire (Delfau-Larue)
A part des indexes classiques, je n'ai pas d'idées révolutionnaire en tête. Lire des publications pour voir si quelques choses de particulier émerge.
Voir #3851 pour l'aspect interaction/intégration dans l'interface de ces indices.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3847clusteriser dans l'intrerface sur la séquence en acides aminés.2019-03-21T10:01:29+01:00Thonier Florianclusteriser dans l'intrerface sur la séquence en acides aminés.En lien avec #2140: esteban souhaiterait pouvoir clusteriser les clones sur la séquences en acides aminés et non pas en nucleotides.
Il me semble que l'on en a déjà parlé mais je ne retrouve pas l'issue.En lien avec #2140: esteban souhaiterait pouvoir clusteriser les clones sur la séquences en acides aminés et non pas en nucleotides.
Il me semble que l'on en a déjà parlé mais je ne retrouve pas l'issue.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3845Permettre de labeliser un set de clones2019-03-20T19:11:37+01:00Thonier FlorianPermettre de labeliser un set de clonesAujourd'hui, lors du workshop, @magiraud parle d'un "hack" pour afficher et labeliser des clones qui ne seraient jamais dans le top 100 : en rajoutant un sample avec juste les séquences d'intérêt, on devrait les voir ressortir.
Je pens...Aujourd'hui, lors du workshop, @magiraud parle d'un "hack" pour afficher et labeliser des clones qui ne seraient jamais dans le top 100 : en rajoutant un sample avec juste les séquences d'intérêt, on devrait les voir ressortir.
Je pense que ce n'est pas optimal de "polluer" la timeline avec ce genre de données.
On a préciser qu'il faudrait beaucoup de modifs sur l'interface. Ping avec #3822https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3844Exporter les clones dans un format compatible avec d'autres bases de données2019-03-19T19:36:13+01:00Thonier FlorianExporter les clones dans un format compatible avec d'autres bases de donnéesJe pense que cette issue n'a pas de raison d'être. On a déjà le fasta, et en plus maintenant le AIRR. JE ne pense pas qu'il y ai d'autre format necessaire (ou j'en loupe).
Cependant, on ne sait pas si il va réussir à être adopté aussi l...Je pense que cette issue n'a pas de raison d'être. On a déjà le fasta, et en plus maintenant le AIRR. JE ne pense pas qu'il y ai d'autre format necessaire (ou j'en loupe).
Cependant, on ne sait pas si il va réussir à être adopté aussi largement que prévu. Dans le doute, j'ouvre cette issue et fixe arbitrairement la date pour dans 2 ans, un vendredi .2021-03-19https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3843SAvoir si un clone est relié à un antigen2019-03-19T18:33:22+01:00Thonier FlorianSAvoir si un clone est relié à un antigenJe pense que cette issue devrait être relié à une équivalente à cloneDB. Ici on parle de l’interface et de la méthode de le faire remonter sur app.vidjil.
Certains clones sont connus pour être relié à un antigene (virus/bactérie/...). ...Je pense que cette issue devrait être relié à une équivalente à cloneDB. Ici on parle de l’interface et de la méthode de le faire remonter sur app.vidjil.
Certains clones sont connus pour être relié à un antigene (virus/bactérie/...). Déjà sauvegarder les informations et pouvoir l'afficher.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3841Envoyer les emails des participants du workshop2019-03-19T18:19:06+01:00Thonier FlorianEnvoyer les emails des participants du workshopEt au passage rendre aussi accessible des presentations que l'on a.Et au passage rendre aussi accessible des presentations que l'on a.2019-03-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3838Flexible strategy for MRD (and other things)2019-10-14T18:00:34+02:00Mathieu GiraudFlexible strategy for MRD (and other things)Discussed with @meidanis @mikael\-s @flothoni
- In `/spikes/spikes-A.json` :
```
'config': {
'labels': [
{ 'name': 'foobar', 'sequence': 'ACGTG...', 'copies': xxx, 'family'... }
```
- the ~"server\-config" says:
- la...Discussed with @meidanis @mikael\-s @flothoni
- In `/spikes/spikes-A.json` :
```
'config': {
'labels': [
{ 'name': 'foobar', 'sequence': 'ACGTG...', 'copies': xxx, 'family'... }
```
- the ~"server\-config" says:
- launch `vidjil-algo --label-json /spikes/spikes-A.json ....`
- launch `fuse.py --pre normalize.py`
- `vidil-algo` will understand only `name` and `sequence`, but will copy everything from `spikes-A.json`, including `copies` or other fields, to its `.vidjil` output #3837 #3839
- `normalize.py` adds `normalized_reads` where he wants (@meidanis)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3834Bug avce la fonction align sur le segmenteur2019-03-19T17:55:07+01:00Thonier FlorianBug avce la fonction align sur le segmenteurUn bug vu par les techs de ~"LIL\-Lille". Manipulations pour le reproduire
* selection d'un groupe de clones
* on lance l'alignement
* on retire le premier clone de la liste
* on relance l'alignement (le bouton n'est plus grisé, or il m...Un bug vu par les techs de ~"LIL\-Lille". Manipulations pour le reproduire
* selection d'un groupe de clones
* on lance l'alignement
* on retire le premier clone de la liste
* on relance l'alignement (le bouton n'est plus grisé, or il me semble que par defaut il devrait l'être)
* On obtient un freeze du segmenteur. On peux encore cliqué à certains endroit, mais on a des bugs qui s'acummule, peut-être d'avantage sur l'interface.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3831Avoir des icones avec les informations à divers endroits de l'intercace2019-03-19T19:37:56+01:00Thonier FlorianAvoir des icones avec les informations à divers endroits de l'intercaceJe ne sais pas dans quel mesure on pourrait/voudrait l'implémenter, mais avoir une icône pour afficher un petit cadre avec d'avantage d’information, possiblement issues du manuel par exemple.Je ne sais pas dans quel mesure on pourrait/voudrait l'implémenter, mais avoir une icône pour afficher un petit cadre avec d'avantage d’information, possiblement issues du manuel par exemple.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3830Calculer l'index de Morisita2020-08-07T17:21:38+02:00Thonier FlorianCalculer l'index de MorisitaJe pense que l'on peux le calculer assez facilement maintenant que nous conservons l'information des vidjil windows.
CEt index semble utile au immuno Lille, à Barcelonne et à Essen (Esteban).
Si il est facile de la calculer au moment d...Je pense que l'on peux le calculer assez facilement maintenant que nous conservons l'information des vidjil windows.
CEt index semble utile au immuno Lille, à Barcelonne et à Essen (Esteban).
Si il est facile de la calculer au moment du fuse, il faut cependant trouver comment l'afficher.
Tableu avec coloration en fct de la valeur (simili-heatmap)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3827Avoir une bouton pour lancer une analyse sur tous les samples2021-09-09T18:56:12+02:00Thonier FlorianAvoir une bouton pour lancer une analyse sur tous les samplesParfois, les utilisateurs posent plusieurs séquences en même temps dans un patient/run.
Il serait intéressant de pouvoir lancer en un seul click l'analyse configXXX sur tous les samples présents.Parfois, les utilisateurs posent plusieurs séquences en même temps dans un patient/run.
Il serait intéressant de pouvoir lancer en un seul click l'analyse configXXX sur tous les samples présents.Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3823Ajout de métadonnées: des traitement avec les dates associées2019-03-19T11:08:02+01:00Thonier FlorianAjout de métadonnées: des traitement avec les dates associéesDans le même genre que #3822, je parlais avec ~"LON\-Jack" et on se posait la question d'avoir un indicateur du traitement en court sur la timeline.
Je ne sais pas comment l'implémenter. Soit faire un fond coloré entre deux dates, soit...Dans le même genre que #3822, je parlais avec ~"LON\-Jack" et on se posait la question d'avoir un indicateur du traitement en court sur la timeline.
Je ne sais pas comment l'implémenter. Soit faire un fond coloré entre deux dates, soit avoir un graph secondaire avec une ligne pour chaque traitement qui suivrait les dates.
Techniquement compliqué, d'autant qu'il faudrait inclure les metadata en plus dans la base de données, ce qui est probablement compliqué.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3820Lien vers le gitlab dans le menu help2019-04-02T11:04:31+02:00Thonier FlorianLien vers le gitlab dans le menu helpSi on fait de la pub pour le gitlab, on devrait aussi avoir un lien direct qui permette d'ouvrir le gitlab, voir de créer des issues (mais attention au spam !!!).Si on fait de la pub pour le gitlab, on devrait aussi avoir un lien direct qui permette d'ouvrir le gitlab, voir de créer des issues (mais attention au spam !!!).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3816Commande pour filtrer les reads sur la taille, pour les dimers2023-06-28T18:04:19+02:00Thonier FlorianCommande pour filtrer les reads sur la taille, pour les dimersLeur envoyer déjà une ligne de commande, et pourquoi par faire un micro script avec cette commande à envoyer en pre-preprocess.Leur envoyer déjà une ligne de commande, et pourquoi par faire un micro script avec cette commande à envoyer en pre-preprocess.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3812Document diversity measures2019-03-18T17:27:31+01:00Mathieu GiraudDocument diversity measuresEsteban asks whether diversity measures are documented
http://www.vidjil.org/doc/vidjil-algo/#diversity-measures is too succint !Esteban asks whether diversity measures are documented
http://www.vidjil.org/doc/vidjil-algo/#diversity-measures is too succint !https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3798clang++-4.0 pas présent2019-03-19T18:58:28+01:00Mathieu Giraudclang++-4.0 pas présenthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/281089 : `clang++-4.0: Command not found`
mais hier cela passait: https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/278964
toujours sur "Debian testing with several compilers (gcc and clang)"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/281089 : `clang++-4.0: Command not found`
mais hier cela passait: https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/278964
toujours sur "Debian testing with several compilers (gcc and clang)"