vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-03-02T08:42:20+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1431Galaxy2023-03-02T08:42:20+01:00Vidjil TeamGalaxy?
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il faut juste que je les recontacte... Rotterdam, pas de nouvelle. Je baisse.
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@magiraud?
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il faut juste que je les recontacte... Rotterdam, pas de nouvelle. Je baisse.
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1410Gérer dans le fuse un ensemble de gènes V, D, J par clone2018-11-20T12:13:10+01:00Vidjil TeamGérer dans le fuse un ensemble de gènes V, D, J par clone
On peut avoir plusieurs gènes V, D et J pour un clone, il faut adapter le fuse à une telle situation.
On peut avoir plusieurs gènes V, D et J pour un clone, il faut adapter le fuse à une telle situation.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1408Afficher les 3 ou 5 meilleurs V/D/J dans les infos de chaque clone2022-05-12T11:42:47+02:00Vidjil TeamAfficher les 3 ou 5 meilleurs V/D/J dans les infos de chaque clone(Yann, 10 février)
On souhaite pouvoir visualiser les meilleurs V/D/J du FineSegmenter, peut-être avec leur score.
Un jour, on pourra mettre ces séquences dans le Segmenter. En attendant, proposition simple : les mettre dans la page aff...(Yann, 10 février)
On souhaite pouvoir visualiser les meilleurs V/D/J du FineSegmenter, peut-être avec leur score.
Un jour, on pourra mettre ces séquences dans le Segmenter. En attendant, proposition simple : les mettre dans la page affichée avec "info" sur chaque clone.
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Pas si facile. Peut-être qu'on arrivera avant à faire le retour IMGT, à voir.
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#1409, #1410, #1411
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1345Python 3 pour web2py / web3py2022-06-29T18:49:19+02:00Vidjil TeamPython 3 pour web2py / web3pyweb2py → non pour l'instant, et apparament il ne sont pas prêt de le faire
Il reste `fuse.py` et le reste → mais on en inclut aussi depuis le server, donc attention
Bref bof pour l'instant.
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web2py, toujours pas de nouvelles là-des...web2py → non pour l'instant, et apparament il ne sont pas prêt de le faire
Il reste `fuse.py` et le reste → mais on en inclut aussi depuis le server, donc attention
Bref bof pour l'instant.
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web2py, toujours pas de nouvelles là-dessus : https://groups.google.com/forum/#!topic/web2py/UKcWKU66qnA
(pour info, Algomus passe en python3, après 2 ans de tergiversations)
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1325Est-ce que toutes les classes CSS sont utilisées ?2021-07-01T12:05:19+02:00Vidjil TeamEst-ce que toutes les classes CSS sont utilisées ?Y aurait-il une manière générique de vérifier quelles sont les classes CSS utilisées ou non ?
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https://www.npmjs.org/package/css-coverage ? ou alors https://stackoverflow.com/questions/8762498/tool-to-check-for-unused-css-styles-and-c...Y aurait-il une manière générique de vérifier quelles sont les classes CSS utilisées ou non ?
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https://www.npmjs.org/package/css-coverage ? ou alors https://stackoverflow.com/questions/8762498/tool-to-check-for-unused-css-styles-and-coverage ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1318CSS : uniformiser les parties à mettre en couleur2016-11-29T14:34:41+01:00Vidjil TeamCSS : uniformiser les parties à mettre en couleurMême au survol ce sont les classes graph_select et circle_select qui sont utilisées (cf. test watir)
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En fait oui elles sont bien utilisées. Au temps pour moi. En revanche il n'y a pas de list_focus. La couleur pour le focus de la lis...Même au survol ce sont les classes graph_select et circle_select qui sont utilisées (cf. test watir)
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En fait oui elles sont bien utilisées. Au temps pour moi. En revanche il n'y a pas de list_focus. La couleur pour le focus de la liste est gérée dans updateColor() de clone.js. Ça serait bien d'avoir un truc uniforme entre les différentes parties à mettre en couleur (graph, scatterplot et liste) (et avoir une classe CSS est plus facilement testable qu'un changement de couleur).
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1285Ascenseur curieux qui fait partir le menu du haut2018-10-18T10:47:47+02:00Vidjil TeamAscenseur curieux qui fait partir le menu du hautDans certains cas, un ascenseur sur toute l'appli apparait, qui cache le menu principal quand il est mal positionné (alors que tout le reste de l'appli est fixed)
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toujours d'actualité ?
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@DuezDans certains cas, un ascenseur sur toute l'appli apparait, qui cache le menu principal quand il est mal positionné (alors que tout le reste de l'appli est fixed)
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toujours d'actualité ?
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1233Zéro warning à la compilation2020-06-19T20:44:01+02:00Vidjil TeamZéro warning à la compilationTu y es presque :)
J'imagine que le Level 2 demande ensuite un truc plus méchant que `-Wall`
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Il y a pas mal de warning sur des paramètres inutilisés, ce qui ne me choque pas vraiment. Par contre il y a des choses sur KmerSignals q...Tu y es presque :)
J'imagine que le Level 2 demande ensuite un truc plus méchant que `-Wall`
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Il y a pas mal de warning sur des paramètres inutilisés, ce qui ne me choque pas vraiment. Par contre il y a des choses sur KmerSignals qui ne me semble pas utilisé. On vire ?
Une idée d'options violentes : http://stackoverflow.com/a/401276
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b5820f2, ignorer localement -Wunused-parameter
2bf619e, make paranoid
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90e0102 : zéro warning chez moi
... mais pas avec make paranoid :)
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1206dynprog: allouer S, B (et aussi gap1/2/linkgap) en une seule fois2018-06-13T10:29:57+02:00Vidjil Teamdynprog: allouer S, B (et aussi gap1/2/linkgap) en une seule foisFait (partiellement) pour B qui n'est pas alloué en une fois mais de manière linéaire au lieu de quadratique. Sur un jeu avec 30 FineSegmentation, on divise le temps par 5.
-> probablement 66277bef (2014)
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Super, c'est déjà très bie...Fait (partiellement) pour B qui n'est pas alloué en une fois mais de manière linéaire au lieu de quadratique. Sur un jeu avec 30 FineSegmentation, on divise le temps par 5.
-> probablement 66277bef (2014)
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Super, c'est déjà très bien comme cela.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1190Métadonnées de runs / Valeurs par défaut des listes PCR, Sequencer, Producer2021-10-22T10:00:14+02:00Vidjil TeamMétadonnées de runs / Valeurs par défaut des listes PCR, Sequencer, ProducerJust pour info : https://github.com/lexnederbragt/developments-in-next-generation-sequencing/blob/master/developments%20in%20next%20generation%20sequencing.txt
et on ne les veut pas tous
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mécanisme actuel n'est pas parfait, mais cela...Just pour info : https://github.com/lexnederbragt/developments-in-next-generation-sequencing/blob/master/developments%20in%20next%20generation%20sequencing.txt
et on ne les veut pas tous
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mécanisme actuel n'est pas parfait, mais cela ira pour l'instant
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- Avoir quelque part une liste en dur de valeurs proposées (reprendre patients '===' de System)
- Confidentialité : ne pas remplir avec les valeurs des autres utilisateurs
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1180vidjil.cpp : modulariser selon les différentes commandes2021-04-28T07:51:49+02:00Vidjil Teamvidjil.cpp : modulariser selon les différentes commandes
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@mikael-s
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1114Login customisé2023-03-02T11:53:28+01:00Vidjil TeamLogin customiséApparament c'est pas évident... serait-ce possible de ne pas toucher à la BD mais uniquement changer le formulaire, pour avoir le controle dessus ?
http://nasko7.blogspot.fr/2011/09/web2py-tips-change-upload-folder.html
http://www.web2py...Apparament c'est pas évident... serait-ce possible de ne pas toucher à la BD mais uniquement changer le formulaire, pour avoir le controle dessus ?
http://nasko7.blogspot.fr/2011/09/web2py-tips-change-upload-folder.html
http://www.web2py.com/book/default/chapter/09#Customizing-Auth
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1070Envoi d'un mail lorsque le job est terminé2023-03-02T08:41:01+01:00Vidjil TeamEnvoi d'un mail lorsque le job est terminéCe serait relativement faisable. Mais est-ce souhaitable ? L'interaction est habituellement plus rapide. On pourrait par exemple recevoir un mail lors des rares cas où cela dure plus de 10-15 minutes.
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@nobodyCe serait relativement faisable. Mais est-ce souhaitable ? L'interaction est habituellement plus rapide. On pourrait par exemple recevoir un mail lors des rares cas où cela dure plus de 10-15 minutes.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1041courbes visualisées en "stack plot"2020-12-11T12:56:36+01:00Vidjil Teamcourbes visualisées en "stack plot"linéaire, donc écrasé pour petits clones (c'est en particulier pour cela que le other par paquet pourrait être intéressant)
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@Duezlinéaire, donc écrasé pour petits clones (c'est en particulier pour cela que le other par paquet pourrait être intéressant)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1017model.js, select germline: warning si système pas connu2021-06-24T15:49:10+02:00Vidjil Teammodel.js, select germline: warning si système pas connuEt faut-il un endroit unique (c++/browser/fuse) où sont décrits les germlines (voir autres tâches "germline") ?
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@DuezEt faut-il un endroit unique (c++/browser/fuse) où sont décrits les germlines (voir autres tâches "germline") ?
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/965fuse.py, autres prog python: PEP82019-08-20T11:31:19+02:00Vidjil Teamfuse.py, autres prog python: PEP8https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/925sortie couleur sur console ? (must degrade gracefully)2017-03-14T04:29:59+01:00Vidjil Teamsortie couleur sur console ? (must degrade gracefully)
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@nobody
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/924Améliorer l'affichage des multi-systèmes dans la boîte d'info2023-03-02T08:38:15+01:00Vidjil TeamAméliorer l'affichage des multi-systèmes dans la boîte d'info-afficher TRG (40%) IGH (10%) ?
-barre façon github ?
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@Duez-afficher TRG (40%) IGH (10%) ?
-barre façon github ?
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/886attraper toute les exceptions (=> flash message)2021-06-24T16:00:45+02:00Vidjil Teamattraper toute les exceptions (=> flash message)
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#885
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#885https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/864Nomenclature Intron/KDE ?2018-11-20T12:15:33+01:00Vidjil TeamNomenclature Intron/KDE ?avoir un vocabulaire cohérent sur l'ensemble + concepts
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CDR3 / JUNCTION : maintenant on sait :)
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Discuté avec MP au petit-déj : il y a une nomenclature pour Intron et KDEavoir un vocabulaire cohérent sur l'ensemble + concepts
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CDR3 / JUNCTION : maintenant on sait :)
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Discuté avec MP au petit-déj : il y a une nomenclature pour Intron et KDE