vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-09-24T15:02:03+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1113Login ne met pas d'erreur si mauvais login/mot de passe2020-09-24T15:02:03+02:00Vidjil TeamLogin ne met pas d'erreur si mauvais login/mot de passe
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1104http://app.vidjil.org/browser/lille pourrait remplir le champ de login par dé...2017-10-23T11:33:43+02:00Vidjil Teamhttp://app.vidjil.org/browser/lille pourrait remplir le champ de login par défaut***
@Duez***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1070Envoi d'un mail lorsque le job est terminé2023-03-02T08:41:01+01:00Vidjil TeamEnvoi d'un mail lorsque le job est terminéCe serait relativement faisable. Mais est-ce souhaitable ? L'interaction est habituellement plus rapide. On pourrait par exemple recevoir un mail lors des rares cas où cela dure plus de 10-15 minutes.
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@nobodyCe serait relativement faisable. Mais est-ce souhaitable ? L'interaction est habituellement plus rapide. On pourrait par exemple recevoir un mail lors des rares cas où cela dure plus de 10-15 minutes.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1041courbes visualisées en "stack plot"2020-12-11T12:56:36+01:00Vidjil Teamcourbes visualisées en "stack plot"linéaire, donc écrasé pour petits clones (c'est en particulier pour cela que le other par paquet pourrait être intéressant)
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@Duezlinéaire, donc écrasé pour petits clones (c'est en particulier pour cela que le other par paquet pourrait être intéressant)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1020Multi-threader les parties critiques de vidjil.cpp2021-04-27T17:14:08+02:00Vidjil TeamMulti-threader les parties critiques de vidjil.cppNotons que cela ne changera pas le temps quand on envoie plusieurs fichiers (voire un "relaunch all"), comme il y a déjà les workers...
... mais ce sera très utile pour le lancement au coup par coup sur nos machines
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Ping Wu (London):...Notons que cela ne changera pas le temps quand on envoie plusieurs fichiers (voire un "relaunch all"), comme il y a déjà les workers...
... mais ce sera très utile pour le lancement au coup par coup sur nos machines
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Ping Wu (London): "Does vidjil programme support multiple-core run? I am looking ways to speed things up, as It still takes a couple of hours when running something like (...) on our cluster."
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@nobodyAlgo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1017model.js, select germline: warning si système pas connu2021-06-24T15:49:10+02:00Vidjil Teammodel.js, select germline: warning si système pas connuEt faut-il un endroit unique (c++/browser/fuse) où sont décrits les germlines (voir autres tâches "germline") ?
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@DuezEt faut-il un endroit unique (c++/browser/fuse) où sont décrits les germlines (voir autres tâches "germline") ?
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1009Voir les séquences manquantes par rapport à un fichier d'intérêt2020-12-11T12:55:06+01:00Vidjil TeamVoir les séquences manquantes par rapport à un fichier d'intérêt
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#1007
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#1007https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1008Nommer des séquences d'intérêt (super utile pour pool de patients, pour stand...2021-11-19T11:06:57+01:00Vidjil TeamNommer des séquences d'intérêt (super utile pour pool de patients, pour standards, pour clones connus)
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#1007
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#1007https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1007Uploader un fichier FASTA avec des séquences d'intérêt, les nommer, identifie...2020-12-11T12:55:06+01:00Vidjil TeamUploader un fichier FASTA avec des séquences d'intérêt, les nommer, identifier les manquantesPlutôt que d'avoir un fichier .analysis contenant des fenêtres à mettre en valeur, on pourrait avoir des séquences complètes à mettre en valeur. À l'interface de chercher si elle trouve des fenêtres connues dans les séquences d'intérêt. ...Plutôt que d'avoir un fichier .analysis contenant des fenêtres à mettre en valeur, on pourrait avoir des séquences complètes à mettre en valeur. À l'interface de chercher si elle trouve des fenêtres connues dans les séquences d'intérêt. Ça éviterait de devoir rentrer les fenêtres dans les fichiers .analysis (qui peuvent changer avec des modifs dans l'algo) et ça permet de traîter directement les séquences d'intérêt que nous donnent nos amis bios.
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scénario : on a un fichier fasta donnant des clones connus pour des patients, pour des standards, et on veut le visualiser rapidement
voir déjà vdj/progs/utils/generate-analysis.py fait par Mikaël (ece856d)
il faudrait faire cela directement dans l'interface, et voir les séquences manquantes par rapport au fichier fourni
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être aussi capable d'afficher complètement cette séquence dans l'aligneur
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ces séquences doivent passer au fuse.py, malgré le top
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À discuter ensemble.
Solution 1:
- server : transformer le .fa en fichier de labels
- c++ : prend ce fichier (-l, existe déjà), marque les séquences ("top: 0" marcherait out-of-the box, mais crade, disons "label")
- fuse.py : traite spécialement les clones "label"
Solution 2:
- server: transformer ce fichier en .analysis (certains
- pas de modif c++
- fuse.py : prend un .analysis en plus, et tient compte de ce qu'il y a dedans
La solution 1 est la plus simple, mais la 2 permettrait de renforcer le rôle central d'un fichier ".analysis" (et on pourrait presque avoir un fuse.py qui fusionnerait deux .analysis).
Dans les deux cas :
- browser : afficher les séquences manquantes
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Il y avait une tâche doublon "Conserver les séquences d'intérêt dans le fuse" :
- Soit avoir un tag dans le fichier clntab ou data disant qu'on veut conserver la séquence
- Soit avoir un fichier FASTA contenant les séquences d'intérêt à conserver
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Les deux solutions demandent de toute façon de lancer le c++ sur le .fa pour récupérer les fenêtres. Autant le faire comme pour les autres fichiers.
Solution mixte proposée :
- server : pouvoir rentrer un fichier .fa spécial (soit faire une boite dédiée à cela, soit rajouter un champ aux fichiers .fasta pour qu'ils soient tous soit "reads" soit "known clones")
- c++ : lancé sur le .fa spécial, avec -y all -z all + un flag faisant qu'il prend le nom des fichiers fasta comme "name" dans le .vidjil (et sort "top: 0", ou, mieux, un nouveau flag ?)
- c++ : lancé sur les n fichiers de reads, comme d'habitude
- fuse : prend tous ces .vidjil (mais différencie les "known clones" des "reads")
- browser :devra aussi indiquer les manquantes
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remarque de Mikaël : il peut y avoir des N dans séquences données.
Bref, la prédiction de fenêtre ne sera peut-être pas la bonne méthode, plutôt une recherche a posteriori comme dans vdj/progs/utils/generate-analysis.py
À rediscuter encore.
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évoqué aussi hier avec Rennes... Alice a des séquences identifiées comme à enlever, on ne veut pas le faire manuellement...
Déjà si cela taggait automatiquement, ce serait bon.
N'est-ce pas proche de charger un fichier .analysis ?
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Rando 2016: Marc voit comment faire cela simplement en transformant (côté client ? serveur ?) le fichier FASTA en fichier .analysis.
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Limite : si la séquence d'intérêt n'est pas dans le top 100 on ne la verra pas (cf. mail de Jona 21/09/2016)
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#1008, #1009
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/996k-mers interdits, distance 12021-04-06T14:59:34+02:00Vidjil Teamk-mers interdits, distance 1Ping. Une des plus anciennes tâches ouvertes (2014).
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@nobodyPing. Une des plus anciennes tâches ouvertes (2014).
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/988Dégradé gris léger "résolution d'affichage" pour chaque sample2020-02-25T19:30:46+01:00Vidjil TeamDégradé gris léger "résolution d'affichage" pour chaque sampleAfficher une zone grise se terminant au plus bas du clone « top » (dépendant donc du nb de clones affichés).
(Et donc on comprend mieux comment fonctionne le slider : tout clone qui est à un point en dehors de ces zones grises est affic...Afficher une zone grise se terminant au plus bas du clone « top » (dépendant donc du nb de clones affichés).
(Et donc on comprend mieux comment fonctionne le slider : tout clone qui est à un point en dehors de ces zones grises est affiché.)
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Priorité remontée (question Alice de Rennes)
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Celle-là est moins facile. On t'expliquera demain.
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Ping aussi : comment faire cela si le top est par système ? #1382
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@Cyanael @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/965fuse.py, autres prog python: PEP82019-08-20T11:31:19+02:00Vidjil Teamfuse.py, autres prog python: PEP8https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/960Offline mode2018-11-20T08:49:02+01:00Vidjil TeamOffline modeDeux scénarios: réunion patients, conférences
On doit pouvoir visualiser et se ballader dans les données en offline, en ayant récupéré les données nécessaires (.json ?) juste avant
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Version cheap : les patients présents dans « l'histo...Deux scénarios: réunion patients, conférences
On doit pouvoir visualiser et se ballader dans les données en offline, en ayant récupéré les données nécessaires (.json ?) juste avant
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Version cheap : les patients présents dans « l'historique » pourraient être stockés en local. Pas possible de stocker dans les cookies (limités à 4ko — <hs>d'ailleurs taper limit size cookie dans Google, donne un résultat étonnant : il livre la réponse en gros et gras, extraite de StackOverflow </hs>).
- Stocker dans l'espace local de stockage (dont j'ai oublié comment il s'appelle) ?
→ Dans ce cas est-ce bien compatible avec différents navigateurs et différentes plateformes ?
- Stocker directement dans des variables ? (avoir une liste de modèles)
→ inconvénient : si on recharge la page/ferme le navigateur, c'est mort.
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http://en.wikipedia.org/wiki/Web_storage
Je ne connaissais pas, je ne sais pas si c'est usuel d'utiliser cela...
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(suppression tache doublon) crée un package avec tout les .data/.analysis de l'user
(+ une version du vidjil browser offline ?)
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#961, #962
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/943mapper les windows les moins abondantes sur les plus abondantes2017-11-23T17:10:50+01:00Vidjil Teammapper les windows les moins abondantes sur les plus abondantes- DBscan avec ratio (en fait, on fait un seul niveau, petit autour de gros, pas transitif) ?
- à partir des k-mers conservés ?)
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@nobody- DBscan avec ratio (en fait, on fait un seul niveau, petit autour de gros, pas transitif) ?
- à partir des k-mers conservés ?)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/942utiliser position Cys pour recaler la window2021-10-21T19:06:31+02:00Vidjil Teamutiliser position Cys pour recaler la windowà voir...
- si au coeur de l'heuristique, peut ralentir beaucoup
- si à la fin, on ne connait plus le contexte (sauf si on stocke 42-44 au lieu de 40)
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@nobodyà voir...
- si au coeur de l'heuristique, peut ralentir beaucoup
- si à la fin, on ne connait plus le contexte (sauf si on stocke 42-44 au lieu de 40)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/925sortie couleur sur console ? (must degrade gracefully)2017-03-14T04:29:59+01:00Vidjil Teamsortie couleur sur console ? (must degrade gracefully)
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@nobody
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/924Améliorer l'affichage des multi-systèmes dans la boîte d'info2023-03-02T08:38:15+01:00Vidjil TeamAméliorer l'affichage des multi-systèmes dans la boîte d'info-afficher TRG (40%) IGH (10%) ?
-barre façon github ?
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@Duez-afficher TRG (40%) IGH (10%) ?
-barre façon github ?
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/916Bit-parallelism everywhere in the heuristics2016-11-30T20:37:20+01:00Vidjil TeamBit-parallelism everywhere in the heuristicshahaha
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@nobodyhahaha
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/886attraper toute les exceptions (=> flash message)2021-06-24T16:00:45+02:00Vidjil Teamattraper toute les exceptions (=> flash message)
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#885
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#885https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/864Nomenclature Intron/KDE ?2018-11-20T12:15:33+01:00Vidjil TeamNomenclature Intron/KDE ?avoir un vocabulaire cohérent sur l'ensemble + concepts
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CDR3 / JUNCTION : maintenant on sait :)
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Discuté avec MP au petit-déj : il y a une nomenclature pour Intron et KDEavoir un vocabulaire cohérent sur l'ensemble + concepts
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CDR3 / JUNCTION : maintenant on sait :)
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Discuté avec MP au petit-déj : il y a une nomenclature pour Intron et KDE