vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-08-27T12:51:52+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1729TRA+D, gènes V communs A/D, VDJ ou VJ2020-08-27T12:51:52+02:00Vidjil TeamTRA+D, gènes V communs A/D, VDJ ou VJ
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@magiraud
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1728testStorage.cpp : affectation, graines espacées2018-11-20T08:44:03+01:00Vidjil TeamtestStorage.cpp : affectation, graines espacéesLes tests unitaires (testStorage.cpp) :
- ne testent pas vraiment les affectations (type .getResults())
(un chouia dans testAffectAnalyser, mais bon)
- et ne testent pas vraiment les graines espacées.
En fait la branche spac...Les tests unitaires (testStorage.cpp) :
- ne testent pas vraiment les affectations (type .getResults())
(un chouia dans testAffectAnalyser, mais bon)
- et ne testent pas vraiment les graines espacées.
En fait la branche spaced réussit presque tous les tests unitaires (sur les ArrayKmerStore), alors qu'elle ne renvoie pas du tout les bonnes affectations.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1727Export csv de la liste des clones en sortie de l'algo2020-06-19T10:28:20+02:00Vidjil TeamExport csv de la liste des clones en sortie de l'algoVoir aussi "export csv bar grid"
Marleen et Hélène veulent récupérer un fichier tableur avec autant de clones que possible, et leurs V/D/J... pour s'amuser de leur côté.
Ah oui, on l'a déjà, "export csv"... mais est-ce que cela fon...Voir aussi "export csv bar grid"
Marleen et Hélène veulent récupérer un fichier tableur avec autant de clones que possible, et leurs V/D/J... pour s'amuser de leur côté.
Ah oui, on l'a déjà, "export csv"... mais est-ce que cela fonctionne ?
Qui l'utilise ?
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Discuté lors du VW16.
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Je viens de regarder ça deux minutes.
Je ne sais pas tout ce qu'il a été dit au VW, mais voici ce que j'ai vu.
Il vous faut une sortie complète pour faire des analyses bioinfo un peu comme j'ai pu en faire sur mes TCRD ?
Déjà, il faut susurrement mettre à jour avec la détection possible des 4a et 4b si ça devient courant.
De plus, tel quel, la dénomination de sortie est V, D ou J. Or, on peut avoir des D en V ou en J (recombo DJ ou DD par exemple). J'ai résolu pour ma part ce souci par une système de jonglage récursif (si DDx en 5, déplacer en 4, si déjà D en 4, déplacer en 4a, si déjà D en 4a ,...). La détection de l’appartenance aux V,D ou J se faisant uniquement sur la lecture des char en pos 3 du segment (pas idéal).
De plus, avoir une string avec le ratio inclut dedans n'est pas pratique. Soit le bioinfo derrière le recalcul, soit il faut qu'il soit inclut dans une colonne tierce. De même, le ratio n'est pas inclue à chaque fois car il y a une valeur seuil (5reads, suffisant pour les MRD, pas pour les répertoires). C'est compréhensible mais un peu embrouillant quand on a beaucoup de clones et que 90% ne passe pas le filtre.
Dernier point : pour le moment, on a "ratio_$i" en nom de colonne, mais ce n'est pas parlant, surtout si archivé. On gagne peut-être en compréhension si on avait le nom du point ? Bioinformatiquement, ce n'est peut-être pas non plus le plus pratique. Un mix "ratio_0 (prélèvement XXX)" ?
En bonus, possible d'inclure un outil de sélection des colonnes voulues, un peu comme l'obtention des refseq sur le table browser de ucsc ?
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Rando 2016: Marc peut s'y coller, merci!
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1724SEG_METHOD_ONE : séquences non recombinées, usages2022-02-25T18:21:15+01:00Vidjil TeamSEG_METHOD_ONE : séquences non recombinées, usages
Utilisations :
- (voir Sarah) détecter les `IGHC=*.fa` (même si le read n'est pas assez long) + quantification relative
- détecter les V / J sans détecter les recombinaisons
- détecter en RNA-Seq ou capture d'autres choses : CD, ......
Utilisations :
- (voir Sarah) détecter les `IGHC=*.fa` (même si le read n'est pas assez long) + quantification relative
- détecter les V / J sans détecter les recombinaisons
- détecter en RNA-Seq ou capture d'autres choses : CD, ... #1801
- détecter des adaptateurs mal enlevés #1669
- standards / spikes ? ~"user-request"
(Anciens commentaires ci-dessous, implémenté depuis... 2018 !)
> Cela me tente très fort d'avoir une méthode expérimentale pour retrouver des reads matchant *une* séquence dans une germline de référence, non recombinée.
>
> Implémentation proposée (temps estimé : moins qu'un chapitre d'HdR :)
> - en KmerSegmenter, récupérer simplement le k-mer maximum + test e-valeur + extraction d'une fenêtre *centrée* les k-mers détectés. Selon ce qu'on prend comme taille de fenêtre, on fera plus ou moins n'importe quoi. (edit: mieux, minimizers, voir #2643)
> - éventuellement continuer en FineSegmenter avec une DP standard pour identifier la séquence.
>
> On s'éloigne du dogme, "Vidjil analyse les recombinaisons"... mais on reste focus sur choses immuno. Mais il ne faut pas recoder Blast/Yass :-)Algo 2022.01Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1722Joli message d'erreur si parse de germlines.data loupé2017-11-29T13:53:09+01:00Vidjil TeamJoli message d'erreur si parse de germlines.data loupéPour l'instant :
libc++abi.dylib: terminating with uncaught exception of type std::invalid_argument: parse error - unexpected '}' (}); expected string literal
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@magiraud @mikael-sPour l'instant :
libc++abi.dylib: terminating with uncaught exception of type std::invalid_argument: parse error - unexpected '}' (}); expected string literal
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1721Sauvegarde du tri de la liste des patients2021-08-26T14:02:05+02:00Vidjil TeamSauvegarde du tri de la liste des patients
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraud
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1720installation via binaire statique et doc/algo.org2021-04-15T12:52:40+02:00Vidjil Teaminstallation via binaire statique et doc/algo.orgMême avec un binaire, on doit avoir fait make germline.
96f8eb1 explique cela (pas testé, j'espère que cela fonctionne :-)
On pourrait faire mieux, peut-être un "make static-download" qui charge ce qu'il faut.
Et/ou, dans doc/algo.org, ...Même avec un binaire, on doit avoir fait make germline.
96f8eb1 explique cela (pas testé, j'espère que cela fonctionne :-)
On pourrait faire mieux, peut-être un "make static-download" qui charge ce qu'il faut.
Et/ou, dans doc/algo.org, faire un paragraphe "quick installation" et un autre "build".
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(fait cela pour envoyer à Michaela)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1714Avoir un mécanisme flexible pour prévenir les utilisateurs2016-11-29T14:39:47+01:00Vidjil TeamAvoir un mécanisme flexible pour prévenir les utilisateurs(Évoqué avec Ryan mardi dernier). On aimerait prévenir les utilisateurs au changement de version, lors d'opérations de maintenance, de bugs (et peut-être même en temps réel si on intervient sur le serveur) ... Jusqu'à maintenant, on fait...(Évoqué avec Ryan mardi dernier). On aimerait prévenir les utilisateurs au changement de version, lors d'opérations de maintenance, de bugs (et peut-être même en temps réel si on intervient sur le serveur) ... Jusqu'à maintenant, on fait cela à la main en modifiant les *.html sur le serveur de production, mais ce n'est pas très robuste.
On ne va pas transformer Vidjil en serveur mail/news/..., mais on pourrait tout de même avoir un meilleur système !
Option légère :
- juste un moyen à l'admin, par un formulaire, de définir un message qui va être mis sur la page de login et/ou dans le bandeau div.menu et/ou ailleurs en fonction de l'urgence. On peut cliquer dessus, et on arrive sur une page avec éventuellement plus de détails
Option plus flexible :
- une table de plus, voire deux tables, pour avoir une liste des messages et savoir quel utilisateur a vu quel message. Pour certains messages importants, on demande explicitement que l'utilisateur clique sur le message pour qu'il soit vu comme "lu". Certains messages (opérations de maintenance) ont des dates d'expiration et se mettraient "lus" tous seuls à un certain moment.
À discuter avant toute implémentation.
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L'option flexible a l'avantage de ne pas "polluer" l'interface de l'utilisateur avec des informations dont il a déjà pris connaissance. En revanche l'option légère permet de maintenir les informations à disposition (je pense notamment aux dates importantes : maintenances par ex.).
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1713fuse.py plante s'il n'y a pas de clone.2016-11-29T14:39:46+01:00Vidjil Teamfuse.py plante s'il n'y a pas de clone.Éric a eu plusieurs soucis…
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Déjà corrigé apparemment.
Ajout d'un test unitaire : 0894761
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merci Florian !
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@flothoniÉric a eu plusieurs soucis…
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Déjà corrigé apparemment.
Ajout d'un test unitaire : 0894761
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merci Florian !
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1712Install serveur propre www-data + utilisateur normal2018-11-20T09:02:09+01:00Vidjil TeamInstall serveur propre www-data + utilisateur normalPremière version de doc d'installation manuelle détaillée dans /home/www-data ajoutée à /doc/server.org
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@RyanHerbPremière version de doc d'installation manuelle détaillée dans /home/www-data ajoutée à /doc/server.org
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1711Faire fonctionner -X et -x sur -c segment2016-11-29T14:39:45+01:00Vidjil TeamFaire fonctionner -X et -x sur -c segmentPlus précisément, déplacer la gestion de -X/-x dans fasta.cpp, pour que cela fonctionne pour toutes les commandes.
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8170f55
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@magiraudPlus précisément, déplacer la gestion de -X/-x dans fasta.cpp, pour que cela fonctionne pour toutes les commandes.
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8170f55
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1710Envoyer des séquences à Arrest : plus joli2022-06-20T11:31:36+02:00Vidjil TeamEnvoyer des séquences à Arrest : plus joliFaire ce qu'il faut en AJAX pour que crossDomain.js : sendtoArrest mette le résultat dans une page avec un <pre>, et potentiellement d'autres choses.
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@nobodyFaire ce qu'il faut en AJAX pour que crossDomain.js : sendtoArrest mette le résultat dans une page avec un <pre>, et potentiellement d'autres choses.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1709Menu filter : les tags n'apparaissent plus2017-04-03T11:12:46+02:00Vidjil TeamMenu filter : les tags n'apparaissent plus
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@nobody
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1705Vérifier comment le FineSegmenter gère les séquences en revcomp2016-11-29T14:39:41+01:00Vidjil TeamVérifier comment le FineSegmenter gère les séquences en revcompJuste pour être sûr. J'aimerais voir une fois la sortie des .should-vdj rev-compés.
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Sur 68 tests, seulement 4 ne passent pas en revcomp :
python should-vdj-to-tap.py -r should-vdj-tests/*vdj.fa
<== should-vdj-tests/0000-nck-TRB.shou...Juste pour être sûr. J'aimerais voir une fois la sortie des .should-vdj rev-compés.
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Sur 68 tests, seulement 4 ne passent pas en revcomp :
python should-vdj-to-tap.py -r should-vdj-tests/*vdj.fa
<== should-vdj-tests/0000-nck-TRB.should-vdj.fa.rc
not ok 2 - TRBV7-2*02 0/0/3 TRBJ2-3*01 - found instead 0 200 201 257 TRBV7-2*02 159//13 TRBJ2-3*01 TRB SEG_- 1.939202e-25 0.000000e+00/1.939202e-25
<== should-vdj-tests/0119-lil-IGK+-TRA+D-TRD+-TRG.should-vdj.fa.rc
not ok 2 - Intron 2/0/9 KDE - found instead 0 153 154 277 Intron 116//11 KDE IGK+ SEG_- 0.000000e+00 0.000000e+00/0.000000e+00
<== should-vdj-tests/0122-lil-TRG.should-vdj.fa.rc
not ok 1 - TRGV5*01 4/2/5 TRGJP2*01 - found instead 0 175 177 235 TRGV5*01 104/G/24 TRGJP2*01 TRG SEG_- 1.196297e-29 0.000000e+00/1.196297e-29
<== should-vdj-tests/0169-lil-TRA+D.should-vdj.fa.rc
not ok 2 - TRDD2*01 13//8 TRAJ29*01 - found instead 0 70 72 211 TRDD2*01 21/A/6 TRAJ29*01 TRA+D SEG_- 2.796024e-13 2.796024e-13/7.091547e-23
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Le D fonctionnait bien (ainsi que les overlap potentiels V/D et D/J), et j’ai retrouvé pourquoi : FineSegmentD travaille sur
string str = getSequence().sequence.substr(l, r-l);
getSequence() renvoyant déjà la séquence éventuellement rev-comp.
Le bug ne portait donc que sur l’overlap V/J, c’est corrigé par cd28a56
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1704"in frame only", CDR32016-12-06T10:24:55+01:00Vidjil Team"in frame only", CDR3
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@magiraud
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1703grep_reads2020-02-13T17:19:04+01:00Vidjil Teamgrep_readsFaire un outil indépendant, en c++, qui fait un grep sur .fa / .fa.gz / .fq.
Avec options approché, reverse complement, count, filtres qualité...
Cela nous servirait pour nous... et peut-être même cela serait utile, via le serveur, pour...Faire un outil indépendant, en c++, qui fait un grep sur .fa / .fa.gz / .fq.
Avec options approché, reverse complement, count, filtres qualité...
Cela nous servirait pour nous... et peut-être même cela serait utile, via le serveur, pour une version du "get reads".
... et ... cela existe déjà sûrement.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1698Envoyer des séquences à Arrest2016-11-29T14:39:37+01:00Vidjil TeamEnvoyer des séquences à Arresthttp://tools.bat.infspire.org/cgi-bin/arrest/compile.junctions.online.pl#
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0124-lil-TRA+D.should-vdj.fa
→ ne trouve pas le D
0216-ren-IGH+.should-vdj.fa
→ se trompe de IGHD (celui à trouver est court)
trd-dd2-dd3.should-vdj.fa
→ nos s...http://tools.bat.infspire.org/cgi-bin/arrest/compile.junctions.online.pl#
***
0124-lil-TRA+D.should-vdj.fa
→ ne trouve pas le D
0216-ren-IGH+.should-vdj.fa
→ se trompe de IGHD (celui à trouver est court)
trd-dd2-dd3.should-vdj.fa
→ nos séquences TODO ne passent pas non plus
0000-nck-TRD+.should-vdj.fa
→ ne gère pas les double DD (avec un V ou un J), ne trouve que du VJ dans ce cas.
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f419e70
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1697Mettre les séquences de Gary en .should-vdj2016-11-29T14:39:36+01:00Vidjil TeamMettre les séquences de Gary en .should-vdjavec le format should-vdj
Garry (?) était prêt à nous faire du .should-vdj.
garry.wright@ nhs (?)
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Fait.
Gary Wright <gary.wright@gosh.nhs.uk>.
Il attend qu'on le relance par email après EC-NGS.
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Gary m'a dit bonjour au repas. Il...avec le format should-vdj
Garry (?) était prêt à nous faire du .should-vdj.
garry.wright@ nhs (?)
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Fait.
Gary Wright <gary.wright@gosh.nhs.uk>.
Il attend qu'on le relance par email après EC-NGS.
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Gary m'a dit bonjour au repas. Il envoie bientôt des séquences (mais m'a demandé si on veut les recombinaisons, je ne sais pas s'il a bien compris notre message).
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Le relancer si pas de nouvelles dans quelques temps
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Relancé 3 février.
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@nobody @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1691Test should-vdj sur IGL2016-11-29T14:39:31+01:00Vidjil TeamTest should-vdj sur IGLOn n'en a pas, et nos labos ne le font pas.
Au minimum, prendre des séquences artificielles.
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@CyanaelOn n'en a pas, et nos labos ne le font pas.
Au minimum, prendre des séquences artificielles.
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1690Transformer tests/segment_lec.should_get en test should-vdj (TRG)2016-11-29T14:39:30+01:00Vidjil TeamTransformer tests/segment_lec.should_get en test should-vdj (TRG)Transformer tests/segment_lec.should_get en should-vdj (0000-lil-lec-TRG)
Uniquement Rep-01, Junc-01, Rep-05 et Junc-05 (car revcomp testé par should-vdj)
Laisser les commentaires expliquant la segmentation dans le nouveau .should-vdj
...Transformer tests/segment_lec.should_get en should-vdj (0000-lil-lec-TRG)
Uniquement Rep-01, Junc-01, Rep-05 et Junc-05 (car revcomp testé par should-vdj)
Laisser les commentaires expliquant la segmentation dans le nouveau .should-vdj
Supprimer tests/segment_lec.should_get (mais laisser data/segment_lec.fa, utilisé par d'autres tests)
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@Cyanael