vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-11-26T15:51:22+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4612Implement --post for fuse2021-11-26T15:51:22+01:00Mathieu GiraudImplement --post for fuseFollows #3647. In !367 we did only `--pre`
Après le `-t 100` ? Truc intermédaire avec un autre `-t` ?Follows #3647. In !367 we did only `--pre`
Après le `-t 100` ? Truc intermédaire avec un autre `-t` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4600Réflexion sur l'ensemble du client, page blanche, nouvelles vues2020-12-04T22:17:28+01:00Mathieu GiraudRéflexion sur l'ensemble du client, page blanche, nouvelles vuesDiscuté lors de la réunion ~"+-roadmap" cc @flothoni @duez.
Si Vidjil n'exisitait pas, que faudrait-il concevoir pour répondre aux besoins des usagers en hémato et en client ?
En partant d'une page blanche, que pourrions-nous imaginer ?
...Discuté lors de la réunion ~"+-roadmap" cc @flothoni @duez.
Si Vidjil n'exisitait pas, que faudrait-il concevoir pour répondre aux besoins des usagers en hémato et en client ?
En partant d'une page blanche, que pourrions-nous imaginer ?
Au final, cette réflexion *pourrait* donner lieu à de nouvelles vues
(comparaison répertoires, beaucoup échantillons, tables...) ou à d'autres changements.
Voir #2245, #4139, #1975, #4165, #2589, #4180, #1887...
Brainstorming à faire, par exemple en février ou mars 2021.2021-03-04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4594Que devrait contenir une page My Account ?2020-12-03T19:23:43+01:00Mathieu GiraudQue devrait contenir une page My Account ?
Une vraie page "my account" pourrait rappeler les infos de l'utilisateur (et lui permettre de changer son mot de passe), de fixer quelques paramètres (type des notifications...). En attendant, la page actuelle pourrait probablement s'ap...
Une vraie page "my account" pourrait rappeler les infos de l'utilisateur (et lui permettre de changer son mot de passe), de fixer quelques paramètres (type des notifications...). En attendant, la page actuelle pourrait probablement s'appeler "stats" ou quelque chose comme cela.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4579Comment relancer les fuse sur un serveur2020-11-23T13:37:35+01:00Thonier FlorianComment relancer les fuse sur un serveurJ'ai mis à jour fuse pour qu'il remonte un nouveau warning (#4566).
Ce nouveau warning peut avoir une incidence non nul sur une interprétation. Comment est-il possible de relancer les fuse sur un certain nombre d'analyses récentes ? Dan...J'ai mis à jour fuse pour qu'il remonte un nouveau warning (#4566).
Ce nouveau warning peut avoir une incidence non nul sur une interprétation. Comment est-il possible de relancer les fuse sur un certain nombre d'analyses récentes ? Dans ce cas, faut-il aussi avoir la version spécifique du fuse disponible quelque part ? Comment être certain que l'analyse que l'on regarde ait inclut cette fonction lors du fuse ?
* La technique actuellement serait possiblement de conseiller de relancer au moins une analyse puisque l'on sait que le fuse se fera automatiquement une fois celle-ci finit.
* Ne serait-il pas possible de le faire automatiquement ? Dans ce cas, on crash ou on obstrue le serveur car il y en aurait pour très longtemps (et ce n'est pas pour aller en s'améliorant.
* Ne lancer que sur les XXX analyses les plus récentes ?
* Avoir un bouton spécifique dans la page du set sans avoir a relancer une analyse ? Ce bouton ne serait disponible que si la version du fuse est différente par exemple ?
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4578Warnings, avoir un nouveau warning si un clone a plusieurs productivité sur d...2021-02-23T10:33:35+01:00Thonier FlorianWarnings, avoir un nouveau warning si un clone a plusieurs productivité sur différents samplesEn lien avec #4566. Nous avons d'autre cas pour lequel c'est la productivité qui varie.
D'une manière générale, quels sont les champs pour lesquels nous devons lever une alerte ? Quel niveau ? Pour l'instant j'ai mis `warn/jaune`, mais...En lien avec #4566. Nous avons d'autre cas pour lequel c'est la productivité qui varie.
D'une manière générale, quels sont les champs pour lesquels nous devons lever une alerte ? Quel niveau ? Pour l'instant j'ai mis `warn/jaune`, mais il faudrait possiblement mettre un niveau plus élevé pour le faire ressortir (en attendant une meilleur gestion du bruit des warnings).
De plus, comment faire ressortir que c'est le sample 3 qui présente la divergence sur les XXX présent ? E tque c'est les samples 3 et 5 sur les YYY présent ?
Il faudrait faire des fusions des warning pour permettre d'extraire l'information et la fusionner au besoin au sein d'une seule entrée plus lisible.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4561Avoir le numéro de l'échantillon lors de l'envoi d'un clone vers un service t...2022-03-30T17:54:54+02:00Thonier FlorianAvoir le numéro de l'échantillon lors de l'envoi d'un clone vers un service tiersUn utilisateur souhaite avoir le nom de l'échantillon lorsqu'un clone est envoyé vers un service tiers.
Pour le moment ce n'est pas le cas. Ce pourrait être simple, mais il y aurait des questions a trancher.
* les données sont transmis...Un utilisateur souhaite avoir le nom de l'échantillon lorsqu'un clone est envoyé vers un service tiers.
Pour le moment ce n'est pas le cas. Ce pourrait être simple, mais il y aurait des questions a trancher.
* les données sont transmissent en clair vers les service tiers, or le nom peut contenir des informations importantes
* un clone peut être présent dans plusieurs échantillon chez un même individus.
cc @magiraud @mikael-sWeb 2022.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4557Avoir un champ type "created/uploaded_time" pour les sets, les samples ?2021-04-20T10:24:36+02:00Mathieu GiraudAvoir un champ type "created/uploaded_time" pour les sets, les samples ?Évoqué ce midi, à propos de !837 : avoir un nouveau champ en BD. Que veut-on exactement ? Création, upload ?
cc @duez @flothoniÉvoqué ce midi, à propos de !837 : avoir un nouveau champ en BD. Que veut-on exactement ? Création, upload ?
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4550task.py devrait accéder à un dictionnaire pour les (pre-, post-)process, voir...2020-11-13T20:03:34+01:00Mathieu Giraudtask.py devrait accéder à un dictionnaire pour les (pre-, post-)process, voire pour les process ?Suggestion de @duez : un dictionnaire dans `defs.py`, on ne devrait pas avoir à changer `task.py` pour un nouveau pré/post-process qui est juste "une commande à trous" (possiblement avec wrapper)
Discussion avec @duez / @flothoni : les ...Suggestion de @duez : un dictionnaire dans `defs.py`, on ne devrait pas avoir à changer `task.py` pour un nouveau pré/post-process qui est juste "une commande à trous" (possiblement avec wrapper)
Discussion avec @duez / @flothoni : les tasks demandent plus de choses... mais ne faudrait-il pas un wrapper autour de vidjil-algo ou d'autres tâches pour que ~"server-task.py" ne s'occupe que du scheduling ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4538Devrait-on toujours lancer le fuse quand il y a de très nombreux échantillons ?2023-11-09T11:04:58+01:00Mathieu GiraudDevrait-on toujours lancer le fuse quand il y a de très nombreux échantillons ?Combien de temps prend un ~"server-fuse" sur 50+ échantillons qui seraient dans un même run ? Souhaite-t-on toujours le garder ? (Sinon, on ne visualise plus les résultats, mais veut-on inciter à visualiser dans le client autant de résul...Combien de temps prend un ~"server-fuse" sur 50+ échantillons qui seraient dans un même run ? Souhaite-t-on toujours le garder ? (Sinon, on ne visualise plus les résultats, mais veut-on inciter à visualiser dans le client autant de résultats ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4532Clarifier et documenter l'ajout de germlines2021-02-02T12:21:19+01:00Mathieu GiraudClarifier et documenter l'ajout de germlinesSuggestion de @flothoni dans !831 (au final !839)
Le process actuel:
- mettre des choses dans `split-germlines`
- tester en local, voire sur le serveur avec des germlines déployées à la main, paramétrer avec l'usager sur des données
- p...Suggestion de @flothoni dans !831 (au final !839)
Le process actuel:
- mettre des choses dans `split-germlines`
- tester en local, voire sur le serveur avec des germlines déployées à la main, paramétrer avec l'usager sur des données
- puis MR sur une `feature-g`
- et MR sur `feature-a` en changeant `germline_id` ? Ou non, #3919 ? Ce n'est pas très clair.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4529vmi et fenêtre serveur2020-11-13T19:34:10+01:00Mathieu Giraudvmi et fenêtre serveurLa fenêtre serveur pourrait être une vue de ~"vmi-responsive".
Derrière reflexion sur modal (cc @flothoni), que j'aimerais pouvoir éviter, mais à voir si cela fait sens.La fenêtre serveur pourrait être une vue de ~"vmi-responsive".
Derrière reflexion sur modal (cc @flothoni), que j'aimerais pouvoir éviter, mais à voir si cela fait sens.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4523Refonte de l'aligneur2021-04-08T08:39:05+02:00Mathieu GiraudRefonte de l'aligneur
@duez, nous discutons en ce moment d'une refonte globale de l'aligneur. J'imagine que tu as déjà regardé pas mal d'issues ~"client-aligner", je me permets ici de remettre une liste qui pourra éclairer notre réflexion.
- Inspirations: r...
@duez, nous discutons en ce moment d'une refonte globale de l'aligneur. J'imagine que tu as déjà regardé pas mal d'issues ~"client-aligner", je me permets ici de remettre une liste qui pourra éclairer notre réflexion.
- Inspirations: revoir les solutions existantes de #2137
- Fonctionalités
- highlights/infos sur séquence #2135 #4409 #3814 #2599 #3537 #2356 #1412 #4522 ou à l'extérieur #2049, y compris quantitatives #2313
- modes d'affichage de séquence #2140 #3164 (à fusionner avec point précédent ?)
- séquences annexes (#1408 #2354 #2355 #3731) ou virtuelles #3960
- colonnes d'info/métadonnées #2392 #3543 #2388 #2066
- contrôles #2664 #2136 #4522
- export #2068
- ajax (align, imgt...)
- Bugs (qui pourraient tomber d'eux-mêmes sur version nouvelle) #4144 #4235 #4062 #1982 #1565 #3835
- Désagréments/efficacité (idem) #4117 #4085 #2676 (je ne retrouve pas les expériences de Ryan, où sont-elles ?)
- Formats de données et modèle #2174, et ce qui est déjà dans [vidjil-format.md](http://www.vidjil.org/doc/vidjil-format/#clones-list-with-read-count-tags-vdj-designation-and-other-sequence-features)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4520visu3/sp2 : quels presets ?2020-10-13T18:51:49+02:00Mathieu Giraudvisu3/sp2 : quels presets ?Fait partie de #4513.
On a actuellement les mêmes presets... mais entre une vue plutôt "horizontale" pour sp1 (2x1 ou 3x1), ici c'est franchement "vertical" (1x2 ?).
Ne pas proposer `MODE_BAR` pour visu3/sp2 ? Vu le faible espace x dis...Fait partie de #4513.
On a actuellement les mêmes presets... mais entre une vue plutôt "horizontale" pour sp1 (2x1 ou 3x1), ici c'est franchement "vertical" (1x2 ?).
Ne pas proposer `MODE_BAR` pour visu3/sp2 ? Vu le faible espace x disponible, c'est plus dur d'avoir des choses pertinentes ?
Ou prévoir des presets adaptés ? (Ou d'autres vues :imp:)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4518vmi et raccourcis claviers2020-10-13T18:43:39+02:00Mathieu Giraudvmi et raccourcis claviers
Quels raccourcis seraient utiles après #4512/#4513 ?
Voir aussi #1227, #4517
Quels raccourcis seraient utiles après #4512/#4513 ?
Voir aussi #1227, #4517https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4511Utiliser un framework javascript ?2022-02-19T14:21:20+01:00Mathieu GiraudUtiliser un framework javascript ?Mentionné ces derniers temps à la fois avec @duez et @flothoni, et discussion qui date de plusieurs années : prend-on un jour une décision d'utiliser un framework ? (curieux qu'il n'y ait pas déjà d'autres issues là-dessus).
- Bootstra...Mentionné ces derniers temps à la fois avec @duez et @flothoni, et discussion qui date de plusieurs années : prend-on un jour une décision d'utiliser un framework ? (curieux qu'il n'y ait pas déjà d'autres issues là-dessus).
- Bootstrap (a priori non)
- Angular
- React
- Vue
- ...
Pourquoi pas, mais décision lourde à débattre / comparer les possibilités / ...
Les choses déjà actées :
- chart.js est en cours d'évaluation par ~"app-stats", on verra si on l'utilise plus largement
- pour le côté responsive/gestion des vues, en ce moment ~"vmi-responsive"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4510docker/.../defs{,_http}.py et defs.py.sample2021-10-06T17:32:00+02:00Mathieu Girauddocker/.../defs{,_http}.py et defs.py.sampleLe `defs.py.sample` se retrouve -- partiellement -- dans le `defs.py` de `docker/` sur lequel sont basés notre docker et nos tests. On ne peut pas le copier directement, il y a certains réglages... mais cela fait que `defs.py.sample` n'e...Le `defs.py.sample` se retrouve -- partiellement -- dans le `defs.py` de `docker/` sur lequel sont basés notre docker et nos tests. On ne peut pas le copier directement, il y a certains réglages... mais cela fait que `defs.py.sample` n'est pas vraiment testé, et rend plus difficile le suivi des changements Docker #XXXX.
Ne devrait-on pas plutôt conserver dans `docker/` un patch de `defs.py.sample` et l'appliquer pour générer `docker/.../defs.py` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4504Mieux fragmenter le tutorial ?2022-05-20T11:23:13+02:00Mathieu GiraudMieux fragmenter le tutorial ?
En 2019, nous avions fait "Day 1" et "Day 2", en ne donnant pas tout d'un coup. En 2020, on a donné les 11 pages, je ne suis pas sûr que cette taille incite à tout faire.
Générer deux (ou trois) .pdf indépendants, avec des noms adapté...
En 2019, nous avions fait "Day 1" et "Day 2", en ne donnant pas tout d'un coup. En 2020, on a donné les 11 pages, je ne suis pas sûr que cette taille incite à tout faire.
Générer deux (ou trois) .pdf indépendants, avec des noms adaptés, et les référencer tels quels depuis www.vidjil.org/doc ?
Derrière, penser chacun des 2-3 tutoriaux comme indépendants, pouvant être fait sans faire le reste ?
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4501Voir plusieurs échantillons sans les impacts croisés2020-09-29T17:26:38+02:00Mathieu GiraudVoir plusieurs échantillons sans les impacts croisés
Une autre manière que #2442, mais pas forcément souhaitable.
Une autre manière que #2442, mais pas forcément souhaitable.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4474clipboard.js : faire Ctrl-V dans un patient/run/set quand il y a du .csv dev...2020-09-22T09:48:51+02:00Mathieu Giraudclipboard.js : faire Ctrl-V dans un patient/run/set quand il y a du .csv devrait créer un/des patient(s)/run(s)/set(s)
Suggestion de @mikael-s
À rediscuter, peut être sympa, à voir en tout cas après !783 et déploiement/retour des usagers.
Suggestion de @mikael-s
À rediscuter, peut être sympa, à voir en tout cas après !783 et déploiement/retour des usagers.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4462browser/gitlab-ci.yml:`needs`, graphe acyclique pour pipelines plus rapides/p...2021-09-30T12:54:54+02:00Mathieu Giraudbrowser/gitlab-ci.yml:`needs`, graphe acyclique pour pipelines plus rapides/pertinents, ordre des testsDepuis #4458 :
> Voir needs : https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/#needsDepuis #4458 :
> Voir needs : https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/#needsThonier FlorianThonier Florian