vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-01-17T15:38:29+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3512Export FASTA sur des séquences unexpected2019-01-17T15:38:29+01:00Mikaël SalsonExport FASTA sur des séquences unexpectedCela provoque une erreur Javascript
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```Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3511Utilise-t-on l'heuristique de filtrage pour le locus unexpected ?2018-10-04T11:34:57+02:00Mikaël SalsonUtilise-t-on l'heuristique de filtrage pour le locus unexpected ?Je n'ai pas l'impressionJe n'ai pas l'impressionhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3510StatsQC; afficher plus d'informations sur le clone majoritaire2022-07-26T10:04:14+02:00Thonier FlorianStatsQC; afficher plus d'informations sur le clone majoritaireL'idée serait d'ajouter un hover dessus. En profiter pour afficher son nom complet, et aussi un minimum d'info:
* nom complet (minimum)
* locus
* nombre de reads
* pourcentagesL'idée serait d'ajouter un hover dessus. En profiter pour afficher son nom complet, et aussi un minimum d'info:
* nom complet (minimum)
* locus
* nombre de reads
* pourcentageshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3509Comment afficher des axes quand ils sont disponibles ?2018-10-04T09:01:33+02:00Mathieu GiraudComment afficher des axes quand ils sont disponibles ?10c82fbc m'a fait penser que nous avons plusieurs axes qui ne sont pertinents uniquement une fois que certaines données sont disponibles. Voir les axes `hide`, dont `productivity_IMGT`.
- Avoir un mécanisme pour les afficher quand c'es...10c82fbc m'a fait penser que nous avons plusieurs axes qui ne sont pertinents uniquement une fois que certaines données sont disponibles. Voir les axes `hide`, dont `productivity_IMGT`.
- Avoir un mécanisme pour les afficher quand c'est bon ?
- et/ou faire comme pour tSNE : un preset qui les utilise, quitte à lancer quelque chose ? (pour cloneDB, lancer sur tout ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3508Axe log pouvant basculer en non-log ?2021-02-19T08:16:10+01:00Mathieu GiraudAxe log pouvant basculer en non-log ?Depuis #3504 :
> il y a d'autres données où les occurrences sont faibles et où une échelle log serait trompeuse
Mmmm... en général je trouverais cela douteux, mais oui, en particulier sur des valeurs entières, c'est quelque chose qui p...Depuis #3504 :
> il y a d'autres données où les occurrences sont faibles et où une échelle log serait trompeuse
Mmmm... en général je trouverais cela douteux, mais oui, en particulier sur des valeurs entières, c'est quelque chose qui peut arriver. Un log pour des valeurs entières entre 1 et 10 n'est pas très joli.
On pourrait avoir un axe qui soit log en général et, non-log tant que c'est, par exemple, entre 0 et 20.
Voir aussi #2363.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3507CloneDB : après la réponse du serveur le plot est remis à zéro2019-04-02T18:04:41+02:00Mikaël SalsonCloneDB : après la réponse du serveur le plot est remis à zéroLorsqu'on clique sur le bouton et que la réponse est reçue, le plot revient dans son état initial (c-à-d avec les axes x/y sur les gènes V/J).
Peut-être un `refresh` un peu trop fort dans la fonction qui appelle CloneDB.Lorsqu'on clique sur le bouton et que la réponse est reçue, le plot revient dans son état initial (c-à-d avec les axes x/y sur les gènes V/J).
Peut-être un `refresh` un peu trop fort dans la fonction qui appelle CloneDB.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3506CloneDB : demander les infos des sample sets en une seule fois2018-11-07T14:27:32+01:00Mikaël SalsonCloneDB : demander les infos des sample sets en une seule foisLorsqu'il y a de nombreuses occurrences `CloneDB` prend du temps mais c'est surtout à cause des requêtes faites au serveur pour savoir si on a les droits sur le sample set et pour récupérer des infos (nom du sample set, tags).
Il faudra...Lorsqu'il y a de nombreuses occurrences `CloneDB` prend du temps mais c'est surtout à cause des requêtes faites au serveur pour savoir si on a les droits sur le sample set et pour récupérer des infos (nom du sample set, tags).
Il faudrait faire tout cela en un nombre constant de requêtes, plutôt que de faire un nombre constant de requête pour chaque sample set : il peut y avoir des centaines de samples sets qui correspondent.
Si cela reste trop lent on pourra aussi limiter la taille de la liste des résultats.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3505CloneDB : trier la liste des résultats par pourcentage décroissant2018-10-04T07:53:36+02:00Mikaël SalsonCloneDB : trier la liste des résultats par pourcentage décroissantPour l'instant tout est mélangé et qu'on a de longues listes on a envie de trouver rapidement les plus fortes occurrences.Pour l'instant tout est mélangé et qu'on a de longues listes on a envie de trouver rapidement les plus fortes occurrences.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3504Axe cloneDB en logarithmique2019-02-11T12:28:49+01:00Mathieu GiraudAxe cloneDB en logarithmiqueDepuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2431#note_122423 :
![clonedb_trg](/uploads/6793d40c014f91c74b5b38223314f4a1/clonedb_trg.png)
![clonedb_kde](/uploads/a25d36980a3d6bd83bdf400752e530d7/clonedb_kde.png)
Indépendamment...Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2431#note_122423 :
![clonedb_trg](/uploads/6793d40c014f91c74b5b38223314f4a1/clonedb_trg.png)
![clonedb_kde](/uploads/a25d36980a3d6bd83bdf400752e530d7/clonedb_kde.png)
Indépendamment de #2431, un affichage en log serait pertinent pour CloneDB. Même sur le graphe du bas, on souhaite pouvoir distinguer les clones à 0, à 1 et à 100.
Voir #2363 : ici on s'attendrait à un axe 0 / 1 / 10 / 100 / ...
(En attendant, on pourrait transformer 0 en 0.2 pour que cela ne buggue pas, hum...)
Question secondaire : quelle est l'url / la manip pour avoir ces données ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3503Adaptation des axes GRID à un sous-ensemble de valeurs2020-06-23T15:27:51+02:00Mathieu GiraudAdaptation des axes GRID à un sous-ensemble de valeursComment faire que, quand on le souhaite (`.adapt` dans !301), l'axe X en `BAR` et `GRID`, et potentiellement l'axe Y en `GRID`, s'adapte à un sous-ensemble de valeurs (probablement les clones visibles ?). Ici on ne parle que de ce point ...Comment faire que, quand on le souhaite (`.adapt` dans !301), l'axe X en `BAR` et `GRID`, et potentiellement l'axe Y en `GRID`, s'adapte à un sous-ensemble de valeurs (probablement les clones visibles ?). Ici on ne parle que de ce point technique, les discussions sur cet ensemble, les usages ou autres solutions sont dans #2431.
Ce n'est pas facile vu #2700.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3502Avoir par CI un suivi des temps des différents tests2024-01-18T10:29:12+01:00Mathieu GiraudAvoir par CI un suivi des temps des différents tests~"dev\-gitlab" se souvient déjà du temps total d'un job. C'est peut-être suffisant, mais on aimerait parfois pouvoir comparer (et tracer) l'évolution des temps d'exécution, comme ce que permet de faire Jenkins, mais aussi en comparant de...~"dev\-gitlab" se souvient déjà du temps total d'un job. C'est peut-être suffisant, mais on aimerait parfois pouvoir comparer (et tracer) l'évolution des temps d'exécution, comme ce que permet de faire Jenkins, mais aussi en comparant des branches / MR.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3501Aho : retirer les hack2024-03-26T12:09:05+01:00Mikaël SalsonAho : retirer les hack5bc753eeae et 5ccd2ec7345bc753eeae et 5ccd2ec734Heuristique 2.0https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3500Stats : bikeshedding nom des colonnes2018-10-08T11:01:44+02:00Mathieu GiraudStats : bikeshedding nom des colonnes#3436.#3436.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3499Stats et animation2018-10-05T19:24:45+02:00Mathieu GiraudStats et animationL'animation est un peu curieuse, cela saute... quelque chose de plus régulier, ou bien l'enlever tout simplement ?L'animation est un peu curieuse, cela saute... quelque chose de plus régulier, ou bien l'enlever tout simplement ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3498Stats sur le genescan et hover2018-10-05T19:16:52+02:00Mathieu GiraudStats sur le genescan et hoverIdéalement, mettre quelque chose de type "24% at 340 bp" ou bien simplement "340 bp" (c'est pas évident de voir ce que les pourcentages représentent).
En attendant, on peut tout simplement commenter et ne pas avoir de hover.Idéalement, mettre quelque chose de type "24% at 340 bp" ou bien simplement "340 bp" (c'est pas évident de voir ce que les pourcentages représentent).
En attendant, on peut tout simplement commenter et ne pas avoir de hover.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3497Stats : commenter les champs booléens2018-10-05T19:16:46+02:00Mathieu GiraudStats : commenter les champs booléensIls serviront lors d'une prochaine itération, après la première mise en prod.Ils serviront lors d'une prochaine itération, après la première mise en prod.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3495Stats : pour l'instant en gris2018-10-08T11:01:25+02:00Mathieu GiraudStats : pour l'instant en grisOn réfléchira ensuite sur les couleurs, sur une repasse globale de #3407. Pour une première mise en prod, tout gris.On réfléchira ensuite sur les couleurs, sur une repasse globale de #3407. Pour une première mise en prod, tout gris.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3494URL pour stats (serveur)2018-10-02T18:08:16+02:00Mathieu GiraudURL pour stats (serveur)Comme les url pour `compare`, on aimerait avoir des urls pour stats.
Mais pas tout de suite, avant c'est plus important de faire #2793.
cc @RyanHerbComme les url pour `compare`, on aimerait avoir des urls pour stats.
Mais pas tout de suite, avant c'est plus important de faire #2793.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3493Stats et icône de relance2024-02-14T10:49:13+01:00Mathieu GiraudStats et icône de relanceÀ terme, il faudra
- si les stats sont déjà présents, ne pas la mettre
- et, à l'appui, avoir un retour utilisateur, idéalement `RUNNING` (peut-être sous forme d'icône #3324)
En attendant, il apparait sage de la mettre en commentair...À terme, il faudra
- si les stats sont déjà présents, ne pas la mettre
- et, à l'appui, avoir un retour utilisateur, idéalement `RUNNING` (peut-être sous forme d'icône #3324)
En attendant, il apparait sage de la mettre en commentaire.
Vérifier aussi qu'elle fait un ~"server\-fuse" en sortie.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3491Numerotation samples lors de l'ajout2018-10-01T16:19:56+02:00Anne de SeptenvilleNumerotation samples lors de l'ajoutJe veux ajouter les patients de mon run (dans un run nouvellement créé).
Si je supprime un sample, sa ligne disparait, mais les numéro des autres samples ne sont pas mis à jour.
En revanche si j'ajoute un nouveau sample par la suite, cel...Je veux ajouter les patients de mon run (dans un run nouvellement créé).
Si je supprime un sample, sa ligne disparait, mais les numéro des autres samples ne sont pas mis à jour.
En revanche si j'ajoute un nouveau sample par la suite, celui-ci prend en compte la suppression.
Pour les 2 samples qui ont le même numéro, je peux leur choisir des fastq différents, mettre des informations différentes, mais pas les associer à des patients/sets/runs différents dans le dernier champ de la ligne. Quand je clique dans le champ du 2e sample, cela fait revenir le pointeur dans la case du 1er sample.
![Sample_list](/uploads/a177762ce4e44368ba6f7c120f4a9cf6/Sample_list.png)
Visiblement si la numérotation n'est pas correcte, une fenêtre "error" s'ouvre et l'import ne se fait pas.
(c'est bête vu le temps que j'ai passé à remplir toutes les lignes !!)
J'ai supprimé toutes les lignes mal numérotées (à partir du sample 6 pour mon run) et redemandé l'import -> cette fois les fastq sont bien importés. Mais j'ai 5 samples "fantômes" qui sont apparus dans le run. Je les ai supprimé mais le merge des R1 et R2 semble toujours en pause...