vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-07-10T17:01:30+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1131Filtrage dynamique des patients2017-07-10T17:01:30+02:00Vidjil TeamFiltrage dynamique des patientsLa table des patients risque d'être longue. Il sera utile de pouvoir filtrer par nom, par info. Ajouter une barre en haut pour pouvoir conserver (dynamiquement) les patients qui matchent.
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Je pensais aussi à un tri (par nom ? par date...La table des patients risque d'être longue. Il sera utile de pouvoir filtrer par nom, par info. Ajouter une barre en haut pour pouvoir conserver (dynamiquement) les patients qui matchent.
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Je pensais aussi à un tri (par nom ? par date ?), mais le filtrage est bien mieux.
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5a3dddb. Merci Marc, excellent
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2037Pagination de la requête patient/sample_set2017-07-10T17:01:30+02:00Ryan HerbertPagination de la requête patient/sample_setLa requête patient est lente (#1542).
Une solution est de paginer les résultats.
Les problèmes relevés sont que les données supplémentaires sont calculés dans des requêtes secondaires, et donc les fonctions de filtre et de sort ne ...La requête patient est lente (#1542).
Une solution est de paginer les résultats.
Les problèmes relevés sont que les données supplémentaires sont calculés dans des requêtes secondaires, et donc les fonctions de filtre et de sort ne peuvent pas fonctionner correctement avec la pagination.
La solution proposée était de désactiver la pagination lors du filtre ou du sort des résultats
@RyanHerb @magiraud @mikael-s Web 2017.03Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1046fuse.py trop lent : améliorer l'algo2017-07-10T17:01:30+02:00Vidjil Teamfuse.py trop lent : améliorer l'algo20 min pour le jeu de Necker sur une trentaine de points
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old version 30 fichiers => 17min
avec filtrage => 2min27
l'algo n'est plus quadratique (chaque point supplémentaire était plus long a fuse que le precedent du au fait que le f...20 min pour le jeu de Necker sur une trentaine de points
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old version 30 fichiers => 17min
avec filtrage => 2min27
l'algo n'est plus quadratique (chaque point supplémentaire était plus long a fuse que le precedent du au fait que le fused file devenait de plus en plus gros apres chaque fuse).
le fuse en lui même est quasi instantané, c'est le filtrage qui prend un peu de temps maintenant.
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yeah
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1053Filtrage des clones : affichage du nombre et limite max2017-07-10T17:01:30+02:00Vidjil TeamFiltrage des clones : affichage du nombre et limite maxAfficher le nombre de clones ? ou la valeur du top ?
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Limite max : garder celle du top et ne pas en avoir une en dur ?
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On tranche, on va afficher pour l'instant les deux : "215 clones (top 20)"
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@DuezAfficher le nombre de clones ? ou la valeur du top ?
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Limite max : garder celle du top et ne pas en avoir une en dur ?
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On tranche, on va afficher pour l'instant les deux : "215 clones (top 20)"
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1392filter pourrait aussi reconnaître un "-"2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil Teamfilter pourrait aussi reconnaître un "-"La nouveauté "multi words" dans le champ filter m'a fait penser à un truc :
Le champ filter dans les tableaux (patients, log, ...) pourrait accepter "-blabla" pour n'afficher que les lignes sans "blabla". Et on voudrait pouvoir faire "bl...La nouveauté "multi words" dans le champ filter m'a fait penser à un truc :
Le champ filter dans les tableaux (patients, log, ...) pourrait accepter "-blabla" pour n'afficher que les lignes sans "blabla". Et on voudrait pouvoir faire "bli blo -blabla -blublu"
En fait, cela vient du log, sur le serveur je fais quasiment toujours un "grep -v team" et puis d'autres "grep -v" pour filtrer ce que je connais.
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merci !
(et Marc, tu peux fermer les tâches quand c'est le cas)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2064Sélectionner un rectangle sur une vue histogramme2017-07-10T17:01:29+02:00Mathieu GiraudSélectionner un rectangle sur une vue histogrammeSur la grid, on peut simplement sélectionner plusieurs clones par un rectangle (modulo #971).
Ce serait fantastique de pouvoir faire la même chose sur un histogramme. Soit directement sur les clones, soit éventuellement en cliquant sur ...Sur la grid, on peut simplement sélectionner plusieurs clones par un rectangle (modulo #971).
Ce serait fantastique de pouvoir faire la même chose sur un histogramme. Soit directement sur les clones, soit éventuellement en cliquant sur l'axe x.
On pourrait ainsi, dans une vue "à la GeneScan", sélectionner / filtrer (par `focus`) un pic et analyser des choses dessus.
Voir aussi #2059.
@aurelBZH @flothoni @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1054Filtrage par nom, par séquence en nt2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil TeamFiltrage par nom, par séquence en ntNécessite déjà d'avoir calculé la séquence en aa…
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Une boite 'filter' unique dans #list_menu, qui permet de temporairement filtrer (même chose que tag visibiliter) tous les clones (que ce soit dans la liste, le scatter ou le graphe)
...Nécessite déjà d'avoir calculé la séquence en aa…
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Une boite 'filter' unique dans #list_menu, qui permet de temporairement filtrer (même chose que tag visibiliter) tous les clones (que ce soit dans la liste, le scatter ou le graphe)
Idéalement, il faudrait pouvoir rentrer dans la boîte un texte libre (pas besoin d'autocomplétion), qui filtre en même temps sur tous les champs.
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merci Marc, vive le travail en gare !
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(par AA, mis dans une autre tâche)
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Juste pour chipoter : on peut avoir un filtrage en temps réel ? (sans besoin de valider ?)
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hihihi, Marc le voulait aussi, c'est moi qui était pas super partant (que se passe-t-il si cela rame (balayage de tous les clones pour chaque caractère) ?
Scénario : cela rame, on entre 10 caractères... et on le voit ramer pour filtrer 1 caractère après l'autre Ou serait-il capable d'interrompre les trucs précédents ?
Je m'incline si cela ne rame vraiment pas (sur l'ordi de Nathalie :)
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#1055, #1056, #1057, #1058
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1055Filtrage par nom "V5"2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil TeamFiltrage par nom "V5"
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#1054
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#1054https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1056Filtrage par nom customisé "stand"2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil TeamFiltrage par nom customisé "stand"
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#1054
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#1054https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1057Filtrage par séquence nt "ATATACAGT"2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil TeamFiltrage par séquence nt "ATATACAGT"
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#1054
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#1054https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1058Filtrage par séquence aa "KVIL" (plus tard, quand on aura les AA)2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil TeamFiltrage par séquence aa "KVIL" (plus tard, quand on aura les AA)
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#1054
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#1054https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1176Algo: mode "filter"2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil TeamAlgo: mode "filter"Qui sera presque notre mode principal.
On prend un fasta, on renvoie un fasta.
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Intéressés :
- Galaxy
- ... et peut-être même IMGT... évoqué avec VG : un filtre pour lancer avant (High)VQ ? Rêvons. #1442
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`out/...Qui sera presque notre mode principal.
On prend un fasta, on renvoie un fasta.
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Intéressés :
- Galaxy
- ... et peut-être même IMGT... évoqué avec VG : un filtre pour lancer avant (High)VQ ? Rêvons. #1442
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`out/clones.vdj.fa` est déjà presque ce qu'on veut, sauf qu'il y a le FineSegmenter et pas tout
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`/vidjil -G germline/TRG ~/vdj/data/runs/12-09/Lec_10-5.cut_100000.fa -r 1`
À chaque fois, les 12000 windows toujours sorties, et pas de SimilarityMatrix
```
& 20 clones & 1000 clones & tous les 12000
representative + finesegmenter & 7,0 s & 54s & :-)
representative & 1,5 s & 2,1s & 6,3s
representative + out all windows & 2,1 s & 3,3s & 6,3s
```
Q: Est-ce que cela vaut la peine de lancer representative sur tous les 12000 windows ? En gros 2x plus lent.
Pour la MRD, inutile, la representative suffit.
On peut s'arrêter à 100 ou 1000 représentatives par défaut, avec option pour en avoir plus (par défaut, vidjil doit aller vite)
Et c'est presque transparent : dans le fichier de sortie on aura :
```
>clone-099----0000015--0.0604%--BF7RV:268:1192--1-[20,160]
GTGGAGGCAAGAAAGAATTCTCAAACTCTCACTTCAATCCTTACCATCAAGTCCGTAGAGAAAGAAGACATGGCCGTTTACTACTGTGCTGCGTGGGATCCTCCCGACTTATTATAAGAAACTCTTTGGCAGTGGAACAAC
>clone-100----0000015--0.0604%--BF7RV:101:1096--1-[0,143]
GTTGTTCCACTGCCAAAGAGTTTCTTATAATAATGGAGATCCCACGCAGCACAGTAGTAAACGGCCATGTCTTCTTTCTCTACGGACTTGATGGTAAGGATTGAAGTGAGAGTTTGAGAATTCTTTCTTGCCTCCACTTTGTTG
>clone-101----0000015--0.0604%--window
CCGTTTACTACTGTGCTGCGTACCACTGGTTGGTTCAAGA
>clone-102----0000015--0.0604%--window
ACTGTGCTGCGTGGGATTATAAACCACTGGTTGGTTCAAG
```
***
739a4e3
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2054Pouvoir filtrer ou sélectionner les clones productifs/non-productifs2017-07-10T17:01:29+02:00Mathieu GiraudPouvoir filtrer ou sélectionner les clones productifs/non-productifsDemande explicite d'Aurélie, à plusieurs reprises. Aussi pour Stéphanie.
Serait très utile pour la CLL.
Par exemple appuyer sur les pastilles de couleur, comme pour les tags, pour afficher/cacher certains.
Serait-ce généralisable ? Li...Demande explicite d'Aurélie, à plusieurs reprises. Aussi pour Stéphanie.
Serait très utile pour la CLL.
Par exemple appuyer sur les pastilles de couleur, comme pour les tags, pour afficher/cacher certains.
Serait-ce généralisable ? Lien avec #1471 ?
@flothoni @RyanHerb @mikael-s https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/953segmenter: visualiser Cys, Phe/Trp, séquence en AA (IMGT-)CDR3 depuis .clntab2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil Teamsegmenter: visualiser Cys, Phe/Trp, séquence en AA (IMGT-)CDR3 depuis .clntabFrom http://www.imgt.org/FAQ/#question39 :
The CDR3 is delimited by (but does not include) the anchor positions 2nd-CYS 104 and J-PHE or J-TRP 118.
***
- déjà identifier Cys, Phe/Trp, à condition que ce soit plus ou moins à la bonne ...From http://www.imgt.org/FAQ/#question39 :
The CDR3 is delimited by (but does not include) the anchor positions 2nd-CYS 104 and J-PHE or J-TRP 118.
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- déjà identifier Cys, Phe/Trp, à condition que ce soit plus ou moins à la bonne position (disons dans la window)
- et la séquence en AA entre ces deux bornes (si mod 3 ok)
***
et si on a la séquence en AA, la rajouter dans la recherche de filtre
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Remonté suite à discussion à Necker.
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Indépendamment de notre code c++, on peut déjà afficher les données venant du .clntab.
- sequence.JUNCTION.raw nt seq
- sequence.JUNCTION.aa seq
Il ne donne pas encore la position, mais on peut chercher sequence.JUNCTION.raw nt seq dans la séquence complète
Ce serait bien de le faire avant Prague.
***
Au fait, on parle bien de IMGT-JUNCTION ? ou -CDR3 ?
http://www.imgt.org/PDF/Bioinformatics/20_i379-i385_2004.pdf
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On peut désormais mettre en highlight tout les champs du model qui contiennent une sequence de nucleotide ou un objet du type { 'start' : xx; 'stop' : yy }, ca fonctionne deja pour "sequence.JUNCTION.raw nt seq" sans modifier le fuse.
-a étendre pour fonctionner avec les séquences en AA
-detecter automatiquement les champs du model pouvant etre utilisés
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merci beaucoup Marc, c'est bien comme cela !
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#954, #955, #956, #957, #958
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1523Quatre fichiers de résultats (sur une même config) mais seulement deux fichie...2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil TeamQuatre fichiers de résultats (sur une même config) mais seulement deux fichiers fusésPatient 394 (chercher rna-s dans le filtre) et consulter les résultats. J'ai relancé un vidjil hier pour regénérer le fuse mais le fuse ne se fait que sur deux fichiers.
***
>082071
le fuse essayait d'utiliser les 4 premiers results file...Patient 394 (chercher rna-s dans le filtre) et consulter les résultats. J'ai relancé un vidjil hier pour regénérer le fuse mais le fuse ne se fait que sur deux fichiers.
***
>082071
le fuse essayait d'utiliser les 4 premiers results file produit (dont 2 ont fail et n'avaient pas de resultat)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1810Le nombre de clones affiché sur le slider top n'est pas le bon2017-07-10T17:01:28+02:00Vidjil TeamLe nombre de clones affiché sur le slider top n'est pas le bonhttp://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1507&config=26
Il y a 14 séquences, pourtant on voit "25 clones (top 14)".
Est-ce un problème de virtual clones ? Autre chose ?
***
Mikaël, tu disais qu'il n'y a finalement pas de problème, tu conf...http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1507&config=26
Il y a 14 séquences, pourtant on voit "25 clones (top 14)".
Est-ce un problème de virtual clones ? Autre chose ?
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Mikaël, tu disais qu'il n'y a finalement pas de problème, tu confirmes ?
***
Oui, ce sont les clones mergés ou le filtrage qui peuvent donner cette impression là (à voir si le top devrait être dynamique sinon ?)
J'ai ajouté des tests pour vérifier que le nombre de clones affichés est bien correct : 1b49b87
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2521Mettre les noms de famille dans les logs2017-07-07T15:46:09+02:00Mikaël SalsonMettre les noms de famille dans les logsDans les logs, les actions des utilisateurs sont enregistrées avec leur prénom. Mais c'est ambigu (cf. #2518 où il y avait ambiguité sur Aurélie).Dans les logs, les actions des utilisateurs sont enregistrées avec leur prénom. Mais c'est ambigu (cf. #2518 où il y avait ambiguité sur Aurélie).Web 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2016Charger des fichiers BAM2017-07-07T15:46:09+02:00Vidjil TeamCharger des fichiers BAMLes fichiers BAM sont directement générés par les séquenceurs Ion apparemment, cela éviterait de passer par le FASTQ. Le fichier BAM est une version compressée du fichier SAM. Il vaut mieux passer par une bibliothèque externe pour les li...Les fichiers BAM sont directement générés par les séquenceurs Ion apparemment, cela éviterait de passer par le FASTQ. Le fichier BAM est une version compressée du fichier SAM. Il vaut mieux passer par une bibliothèque externe pour les lire… Il existe par exemple htslib mais elle fait plein d'autres choses https://github.com/samtools/htslib (il y en a probablement d'autres)
***
@magiraud @mikael-sAlgo 2017.07Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2481Téléchargement des fichiers produits par les logiciels : le lien arrive trop tôt2017-07-05T11:09:04+02:00Mikaël SalsonTéléchargement des fichiers produits par les logiciels : le lien arrive trop tôtSuite à #2141 on a accès aux fichiers, mais le lien arrive dès la soumission de la requête, alors que cliquer dessus provoque une erreur serveur.
Il faut attendre que le job soit terminé pour que le lien apparaisse.Suite à #2141 on a accès aux fichiers, mais le lien arrive dès la soumission de la requête, alors que cliquer dessus provoque une erreur serveur.
Il faut attendre que le job soit terminé pour que le lien apparaisse.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2524Fichiers "network": 404 avec le lien "dl" dans sample_set/index.html2017-07-05T10:46:36+02:00Mathieu GiraudFichiers "network": 404 avec le lien "dl" dans sample_set/index.htmlÉvoqué avec Aurélie ce matin (qui voulait vérifier que son fichier était bien pris en compte, voir aussi #2523).
On a actuellement un 404 lorsqu'on souhaite télécharger un fichier "network".
À corriger, ou sinon retirer ce lien pour ce ...Évoqué avec Aurélie ce matin (qui voulait vérifier que son fichier était bien pris en compte, voir aussi #2523).
On a actuellement un 404 lorsqu'on souhaite télécharger un fichier "network".
À corriger, ou sinon retirer ce lien pour ce type de fichiers.prod-server-lilRyan HerbertRyan Herbert