vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-07-10T09:52:33+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4405Timeline, respecter les distances entre les différents timepoints2020-07-10T09:52:33+02:00Thonier FlorianTimeline, respecter les distances entre les différents timepointsJe n'ai pas trouvé d'issue qui en parle, mais je pense que l'on a déjà dû l'évoquer non ?
Il serait intéressant pour voir la dynamique des clones de parfois coller à l'échelle des temps pour une meilleur lecture.
Une nouvelle option ?Je n'ai pas trouvé d'issue qui en parle, mais je pense que l'on a déjà dû l'évoquer non ?
Il serait intéressant pour voir la dynamique des clones de parfois coller à l'échelle des temps pour une meilleur lecture.
Une nouvelle option ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4404Pouvoir donner des dates relatives entre timepoint2020-07-10T09:41:29+02:00Thonier FlorianPouvoir donner des dates relatives entre timepointJ'ai voulu manipuler des données de publications. Je n'ai pas les dates exactes d’échantillonnage, mais juste les dates relatives entre les samples (T0; t0+7j; ...)
Pour le moment nous n'avons pas moyen d'indiquer de tel informations. J...J'ai voulu manipuler des données de publications. Je n'ai pas les dates exactes d’échantillonnage, mais juste les dates relatives entre les samples (T0; t0+7j; ...)
Pour le moment nous n'avons pas moyen d'indiquer de tel informations. J'ai donc mis des dates fictives en commençant t0 au 1er janvier 2000, et essayer de calculer les autres dates en fonction de ce repère.
Je ne sais pas comment faire pour rentrer cette information. Un format spécial, un nouveau champ ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4403ajouter des traitements dans la base de données2020-07-10T09:31:38+02:00Thonier Florianajouter des traitements dans la base de donnéesJe suis en train de regarder des données de vaccination. J'aurais aimé voir les indications sur la timeline des différents points de traitement pour mieux intégrer l'effet sur ce que l'on voit.Je suis en train de regarder des données de vaccination. J'aurais aimé voir les indications sur la timeline des différents points de traitement pour mieux intégrer l'effet sur ce que l'on voit.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4402Pouvoir modifier les samples en lot2020-07-10T09:29:33+02:00Thonier FlorianPouvoir modifier les samples en lotJ'ai chargé les données d'une publication contenant 7 samples.
Après lecture de la publication, j'ai décidé de rajouter des informations qui n'étaient pas présentes dans la description des données. Malheureusement, j'ai du ouvrir un pa...J'ai chargé les données d'une publication contenant 7 samples.
Après lecture de la publication, j'ai décidé de rajouter des informations qui n'étaient pas présentes dans la description des données. Malheureusement, j'ai du ouvrir un par un les samples pour ajouter cette information. Une version ou l'on pourrait mettre à jour un ensemble de sample aurait été plus rapide.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4350Clones de distribution trop abondants ?2020-07-09T14:14:01+02:00Mikaël SalsonClones de distribution trop abondants ?Sur le patient L3, sur le 2è échantillon (http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25&plot=clone%20average%20read%20length,J/3%27%20gene,bar&clone=654) il y a un clone de distribution assez abondant (environ 120 000 reads) composé de peu d...Sur le patient L3, sur le 2è échantillon (http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25&plot=clone%20average%20read%20length,J/3%27%20gene,bar&clone=654) il y a un clone de distribution assez abondant (environ 120 000 reads) composé de peu de clones (71 clones).
Ça me semble surprenant car cela fait environ 1700 reads par clone en moyenne (avec des clones probablement plus abondants parmi cela). Or avec de telles abondances les clones ne devraient-ils pas être normalement affichés ?Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4399cluster by size2020-07-09T13:35:33+02:00Mathieu Giraudcluster by sizeEn particulier dans le preset "compare two samples", on a plein de clones arrivant au même endroit. On aimerait parfois les regrouper. Ne pourrait-on pas avoir un `cluster by size`, qui, d'un coup, regrouperait les clones de taille `[0.1...En particulier dans le preset "compare two samples", on a plein de clones arrivant au même endroit. On aimerait parfois les regrouper. Ne pourrait-on pas avoir un `cluster by size`, qui, d'un coup, regrouperait les clones de taille `[0.1%, 1%[`, `[0.01%, 0.1%[`, ... ? Ceux au-dessus de 1%, il y en a peu, on pourrait les laisser seuls.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4394loadAnalysis; erreur si l'ordre des clones diffère de l'ordre du top2020-07-09T09:36:07+02:00Thonier FlorianloadAnalysis; erreur si l'ordre des clones diffère de l'ordre du topUn bug retrouvé à ~"LIL-Lille": https://gitlab.inria.fr/vidjil/support/lille-hemato/-/issues/10
Une fois validé, il faudra déployer le hotfix.Un bug retrouvé à ~"LIL-Lille": https://gitlab.inria.fr/vidjil/support/lille-hemato/-/issues/10
Une fois validé, il faudra déployer le hotfix.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4160Pouvoir ouvrir directement la page run sans passer par patient2020-07-07T02:31:15+02:00Thonier FlorianPouvoir ouvrir directement la page run sans passer par patienthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4362Fichiers dans /results/tmp2020-07-03T19:13:46+02:00Mathieu GiraudFichiers dans /results/tmpMême remarque que pour #4333 : on a, sur un serveur de prod, beaucoup de sous-répertoires dans le même répertoire.
La différence avec #4333 est que ces fichiers ne sont pas dans la DB, c'est probablement plus facile de les stocker dans ...Même remarque que pour #4333 : on a, sur un serveur de prod, beaucoup de sous-répertoires dans le même répertoire.
La différence avec #4333 est que ces fichiers ne sont pas dans la DB, c'est probablement plus facile de les stocker dans un sous -répertoire par lots.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4390MySQL error: Access denied for user root@localhost2020-07-01T16:34:59+02:00Mikaël SalsonMySQL error: Access denied for user root@localhostErreur notée par @Nordine-Feddal sur le conteneur MySQL. Revient toutes les 30 secondes. Ce n'est pas bloquant, mais c'est juste intriguant. Qu'est-ce qui essaie de se connecter toutes les 30 secondes à la base de données ?
On a stoppé ...Erreur notée par @Nordine-Feddal sur le conteneur MySQL. Revient toutes les 30 secondes. Ce n'est pas bloquant, mais c'est juste intriguant. Qu'est-ce qui essaie de se connecter toutes les 30 secondes à la base de données ?
On a stoppé le conteneur `workers` et les tentatives de connexion se sont poursuivies.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4393Procedure pour transferer les patients d'un groupe à un autre2020-07-01T13:33:22+02:00Thonier FlorianProcedure pour transferer les patients d'un groupe à un autreJ'ai un utilisateur solo qui rejoint un groupe. Je voulais lui proposer de transférer ses données précédentes sur ce nouveau groupe.
Je ne suis pas certain de la procédure. Il y a quelques pistes dans #2485.
Je vais faire quelques test...J'ai un utilisateur solo qui rejoint un groupe. Je voulais lui proposer de transférer ses données précédentes sur ce nouveau groupe.
Je ne suis pas certain de la procédure. Il y a quelques pistes dans #2485.
Je vais faire quelques tests avant de décrire la procédure dans la doc.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4392Sample apparaissant en double dans la vue database2020-07-01T11:32:05+02:00Thonier FlorianSample apparaissant en double dans la vue databaseJ'ai cherché une issue car il me semble que c'était déjà arriver, mais je n'ai pas trouvé.
J'ai un patient (38786) dont certains sample apparaissent plusieurs fois dans la liste (config null). En revanche, si je sélectionne une config (...J'ai cherché une issue car il me semble que c'était déjà arriver, mais je n'ai pas trouvé.
J'ai un patient (38786) dont certains sample apparaissent plusieurs fois dans la liste (config null). En revanche, si je sélectionne une config (`default` par exemple), je me retrouve alors avec une seule occurrence de chaque sample.
Le nombre de fois ou un sample est visible n'est pas constant non plus. Certain apparaissent 2 fois, d'autre 3 et enfin un 4fois.
![Screenshot_20200701_105823](/uploads/db698ee347b8f5b24b250f263471905f/Screenshot_20200701_105823.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3174La colonne groups n'affiche plus rien2020-07-01T11:22:59+02:00Mikaël SalsonLa colonne groups n'affiche plus rienSur la liste des patients, cette colonne est désespérément vide alors que des utilisateurs ont uploadé des données qui appartiennent à des groupes (par exemple l'utilisateur 193).Sur la liste des patients, cette colonne est désespérément vide alors que des utilisateurs ont uploadé des données qui appartiennent à des groupes (par exemple l'utilisateur 193).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4391Effet nul du changement de permission sur un patient2020-07-01T11:22:58+02:00Thonier FlorianEffet nul du changement de permission sur un patientJ'ai un utilisateur qui a créé un patient sur son groupe perso avant de rejoindre finalement un groupe d'utilisateur commun à son équipe.
J'ai voulu changer les permissions sur ce patient pour ajouter le groupe commun (au moins en lect...J'ai un utilisateur qui a créé un patient sur son groupe perso avant de rejoindre finalement un groupe d'utilisateur commun à son équipe.
J'ai voulu changer les permissions sur ce patient pour ajouter le groupe commun (au moins en lecture). La procédure c'est bien passé, j'ai eu le bon retour du serveur (`access 'access' granted to GROUP`). Cependant, lorsque j'ouvre en impersonate d'un autre membre de ce groupe, je ne peux pas voir ce patient.
Au passage, dans la colonne groups de la page patient, je vois bien maintenant ce groupe apparaître (https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3174#note_358690).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2024Nommer plus clairement les groupes utilisateurs2020-07-01T11:12:47+02:00Vidjil TeamNommer plus clairement les groupes utilisateursOn pourrait changer "Group uniquely assigned to used 97" en "Group for user 0097 : Joe Doo", que ce soit à la création (et, si possible, rétroactivement, sur les groupes existants).
Cela permettrait de mieux comprendre, sur la page "grou...On pourrait changer "Group uniquely assigned to used 97" en "Group for user 0097 : Joe Doo", que ce soit à la création (et, si possible, rétroactivement, sur les groupes existants).
Cela permettrait de mieux comprendre, sur la page "groups", qui possède quel droits.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4382Ajout de configurations "par locus"2020-06-26T15:18:48+02:00Thonier FlorianAjout de configurations "par locus"Dites moi, la config IGH ne sort pas les IGH+ ?
J'ai quelqu'un qui souhaite voir ses IGH+, mais comme ils sont mineurs dans le fichier, en multi ca ne les ressort pas.
Il faudrait ajouter une nouvelle configuration dédiée. MAis tant q...Dites moi, la config IGH ne sort pas les IGH+ ?
J'ai quelqu'un qui souhaite voir ses IGH+, mais comme ils sont mineurs dans le fichier, en multi ca ne les ressort pas.
Il faudrait ajouter une nouvelle configuration dédiée. MAis tant qu'à faire, on pourrait imaginer une classification `splitted locus` ou quelque chose de ce genre là ? On y deplacerait la config IGH simple ?
Je crée la config (sur la base de multi), vous me confirmer avant de la mettre en accès à cet utilisateur (ou à tous).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4378Avoir un déploiement automatique de dev2020-06-25T20:35:54+02:00Mathieu GiraudAvoir un déploiement automatique de dev
Parfois certaines MR sont faites si rapidement (!742 ;-)) qu'on peut ne pas avoir eu le temps de passer sur l'environnement de review. Et même pour des MR qui prennent leur temps, cela m'arrive assez fréquemment, après merge, de re-pous...
Parfois certaines MR sont faites si rapidement (!742 ;-)) qu'on peut ne pas avoir eu le temps de passer sur l'environnement de review. Et même pour des MR qui prennent leur temps, cela m'arrive assez fréquemment, après merge, de re-pousser `feature-c/dev` uniquement pour avoir accès à l'envrionnement de review (ou de faire un pull chez moi, bien sûr).
Bref, serait-il pertinent d'avoir un déploiement complètement automatique de `dev` quelque part, qu'on ne touche pas (`vdd` joue un autre rôle) ? Il pourrait d'ailleurs être complet, serveur, client, et algo. Environnement de review ou pas, je ne sais pas quelle est la meilleure solution.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4233Avoir un contrôleur pour ajouter (ou renommer) une classification d'une config2020-06-25T20:35:22+02:00Mikaël SalsonAvoir un contrôleur pour ajouter (ou renommer) une classification d'une configSuite à #4219 il faut ajouter un contrôleur pour créer des classif.Suite à #4219 il faut ajouter un contrôleur pour créer des classif.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4383Avoir une vue sur les classifications2020-06-25T20:33:35+02:00Mathieu GiraudAvoir une vue sur les classificationsQui montre les classifications, le nombre de configs dedans ?Qui montre les classifications, le nombre de configs dedans ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2637Déployer manuellement le serveur (feature-s) via Docker2020-06-25T20:26:05+02:00Mathieu GiraudDéployer manuellement le serveur (feature-s) via DockerDiscussion lors de l'audio :
@RyanHerb : "long, plusieurs dizaines de minutes"
Un déploiement manuel, au choix.Discussion lors de l'audio :
@RyanHerb : "long, plusieurs dizaines de minutes"
Un déploiement manuel, au choix.