vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-06-11T15:06:53+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3476L'échelle utilisée pour les graphs peut être trop large2021-06-11T15:06:53+02:00Mikaël SalsonL'échelle utilisée pour les graphs peut être trop largeExemple ici : http://app.vidjil.org/?set=28977&config=25&plot=coverage,GCContent,grid
On a le coverage qui est plotté en x. Il va de 77% à un peu plus de 100% or l'échelle commence à 0% et va au delà de 150% ce qui ne permet pas du tout ...Exemple ici : http://app.vidjil.org/?set=28977&config=25&plot=coverage,GCContent,grid
On a le coverage qui est plotté en x. Il va de 77% à un peu plus de 100% or l'échelle commence à 0% et va au delà de 150% ce qui ne permet pas du tout de voir finement la répartition des clones selon leur couverture.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3474Remplir les profils / descriptions sur DockerHub, nettoyer2018-10-15T17:44:55+02:00Mathieu GiraudRemplir les profils / descriptions sur DockerHub, nettoyerhttps://hub.docker.com/r/vidjil/
Pas urgent, en tout cas bien moins que #3175.https://hub.docker.com/r/vidjil/
Pas urgent, en tout cas bien moins que #3175.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3473Avoir un tutoriel pour les amdinistrateurs2020-09-18T11:34:20+02:00Thonier FlorianAvoir un tutoriel pour les amdinistrateursPour l'instant, nous n'avons qu'un tutoriel pour les utilisateurs. Il serait intéressant de faire un petit tuto qui viendrait compléter la documentation pour les administrateurs, avec notamment les étapes pour créer un preprocess qui peu...Pour l'instant, nous n'avons qu'un tutoriel pour les utilisateurs. Il serait intéressant de faire un petit tuto qui viendrait compléter la documentation pour les administrateurs, avec notamment les étapes pour créer un preprocess qui peuvent être assez complexes et qui me semble très lourdes par la documentation.
On pourrait ainsi splitter la documentation pour qu'elle présente les étapes générales et la logique, et d'un autre côté voir les aspects plus techniques pour les preprocess et l'installation des différents algo.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3472L'image docker pose des soucis sur l'accès des configurations2018-12-20T17:45:44+01:00Thonier FlorianL'image docker pose des soucis sur l'accès des configurationsEn testant l'installation par docker, je me rends compte que les utilisateurs n'ont accès ni aux configurations ni au preprocess si l'accès ne leur a pas été *spécifiquement fourni* en tant qu'user.
Cela signifie que le configurations ...En testant l'installation par docker, je me rends compte que les utilisateurs n'ont accès ni aux configurations ni au preprocess si l'accès ne leur a pas été *spécifiquement fourni* en tant qu'user.
Cela signifie que le configurations `public` ne sont pas accessibles.
Je ne sais pas si il s'agit d'un bug car j'installe avec des erreurs ou bien si c'est la dernière image qui est buggé. A noter que l'installation par docker au Brésil présente la même anomalie.
cc @RyanHerb ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3471Artefacts JUnit .xml pour server-functional2019-11-22T19:43:05+01:00Mathieu GiraudArtefacts JUnit .xml pour server-functionalSuite à #3444.Suite à #3444.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3470Artefacts JUnit .xml pour server_unit2018-10-12T18:51:47+02:00Mathieu GiraudArtefacts JUnit .xml pour server_unitSuite à #3444.Suite à #3444.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3469Artefacts JUnit .xml pour browser-functional2019-11-22T19:43:06+01:00Mathieu GiraudArtefacts JUnit .xml pour browser-functionalSuite à #3444.Suite à #3444.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3468Artefacts JUnit .xml pour browser-unit2019-11-22T18:42:58+01:00Mathieu GiraudArtefacts JUnit .xml pour browser-unitSuite à #3444.
https://github.com/JamesMGreene/qunit-reporter-junit ?Suite à #3444.
https://github.com/JamesMGreene/qunit-reporter-junit ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3467Artefacts JUnit .xml pour algo-shouldvdj2019-11-22T18:42:58+01:00Mathieu GiraudArtefacts JUnit .xml pour algo-shouldvdjSuite à #3444.
Directement depuis `should-vdj-to-tap.py` ? Par exemple en reprenant du code de `should.py` ?
Ou via un script qui prend les `.tap` #3466 ?Suite à #3444.
Directement depuis `should-vdj-to-tap.py` ? Par exemple en reprenant du code de `should.py` ?
Ou via un script qui prend les `.tap` #3466 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3466Artefacts JUnit xml pour algo-unit2019-11-22T18:42:58+01:00Mathieu GiraudArtefacts JUnit xml pour algo-unitSuite à #3444.
Directement depuis `testing.cpp` ? Ou via un script qui prend les `.tap` ?Suite à #3444.
Directement depuis `testing.cpp` ? Ou via un script qui prend les `.tap` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3464Export SVG, et tester les exports SVG+PNG2021-03-30T09:18:28+02:00Mathieu GiraudExport SVG, et tester les exports SVG+PNGFait suite à !287.
Reverter partiellement 3eb36527ac et donner une possibilité d'export en .svg, en plus du .png.Fait suite à !287.
Reverter partiellement 3eb36527ac et donner une possibilité d'export en .svg, en plus du .png.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3463Ordre des jobs dans .gitlab-ci.yml2020-08-27T11:49:09+02:00Mikaël SalsonOrdre des jobs dans .gitlab-ci.yml40a3acfc3a et 30c30e4f47 ont mis tout à la fin les stages de tests fonctionnels pour des raisons qui m'échappent un peu. Cela signifie qu'on déploie en prod avant de lancer les tests fonctionnels.
D'ailleurs ces stages sont partagés par...40a3acfc3a et 30c30e4f47 ont mis tout à la fin les stages de tests fonctionnels pour des raisons qui m'échappent un peu. Cela signifie qu'on déploie en prod avant de lancer les tests fonctionnels.
D'ailleurs ces stages sont partagés par tous les composants, et donc cela est valable également pour les tests fonctionnels serveurs ou algos.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3462vdj_assign : out_of_range2018-09-14T15:57:54+02:00Mathieu Giraudvdj_assign : out_of_rangeL'exemple donné en usage, en enlevant les deux premiers caractères du début de la séquence, donne un `out_of_range`
```
./vdj_assign GAGGACACAGCCGTGTATTTTTTCCCCTAGTGGTTGCCCCTTTGACTACTGGGGCCAGGGAACC ../../germline/homo-sapiens/IGH V J "I...L'exemple donné en usage, en enlevant les deux premiers caractères du début de la séquence, donne un `out_of_range`
```
./vdj_assign GAGGACACAGCCGTGTATTTTTTCCCCTAGTGGTTGCCCCTTTGACTACTGGGGCCAGGGAACC ../../germline/homo-sapiens/IGH V J "IGHV3-15*01" "IGHJ4*02"
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3461Lazy_msa avec EndWithSomeDeletions2018-09-27T07:16:32+02:00Mathieu GiraudLazy_msa avec EndWithSomeDeletionsPlus général que #3332.
Pouvoir faire un alignement *multiple* avec certains blocs qui sautent.
1) Le calculer
2) Comment les afficher ? Par exemple :
```
V GACATCACGACTAGacatgctacg
read GACATCACGACTAGTTCATTCACACACATAC
J ...Plus général que #3332.
Pouvoir faire un alignement *multiple* avec certains blocs qui sautent.
1) Le calculer
2) Comment les afficher ? Par exemple :
```
V GACATCACGACTAGacatgctacg
read GACATCACGACTAGTTCATTCACACACATAC
J agtgtgagatACACACATAC
```
Cela fait furieusement penser à la sortie de `vdj_assign`.CLL-2018-septembreMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3460Mettre la seed "9c" dans les configurations2019-01-10T14:32:44+01:00Mathieu GiraudMettre la seed "9c" dans les configurationsVu par @flothoni dans #3458 :
> pour certaines configurations, il plante (erreur `seed 9s` inconnue pour "multi+inc" par exemple).
Cette seed s'appelle maintenant `9c` (d289f5b4ab2).Vu par @flothoni dans #3458 :
> pour certaines configurations, il plante (erreur `seed 9s` inconnue pour "multi+inc" par exemple).
Cette seed s'appelle maintenant `9c` (d289f5b4ab2).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3459Avoir un fichier de conf constant pour les updates de docker2021-04-15T14:46:27+02:00Thonier FlorianAvoir un fichier de conf constant pour les updates de dockerEn parlant hier avec @RyanHerb , quelques questions se sont posées autour des updates de docker.
En faisant un git pull pour mettre à jour, on risque de provoquer des erreurs si nous avons changé quelques paramètres en dur dans les fic...En parlant hier avec @RyanHerb , quelques questions se sont posées autour des updates de docker.
En faisant un git pull pour mettre à jour, on risque de provoquer des erreurs si nous avons changé quelques paramètres en dur dans les fichiers.
Il faudrait prévoir une option pour charger un fichier de conf si dispo qui remplace certaines valeurs de la conf de base.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3458Point sur les problèmes rencontré avec docker2019-01-10T15:21:23+01:00Thonier FlorianPoint sur les problèmes rencontré avec dockerPour faire une passe sur la doc et tester cette implémentation que nous proposons aux utilisateurs, j'ai joué dernièrement avec docker pour lancer un serveur vidjil. Voici mes remarques et problèmes rencontrés pour le moment.
- je n'a...Pour faire une passe sur la doc et tester cette implémentation que nous proposons aux utilisateurs, j'ai joué dernièrement avec docker pour lancer un serveur vidjil. Voici mes remarques et problèmes rencontrés pour le moment.
- je n'arrive pas a faire marcher `vidjil-algo` out-of-the-box. Il se lance bien sur certains fichier, mais il est incapable de me trouver des clones sur ceux-ci.
- pour certaines configurations, il plante (erreur `seed 9s` inconnue pour "multi+inc" par exemple). (lié à #3460)
- les configurations ne sont pas accessibles aux gens si on ne les mets pas dans la liste. Celles-ci sont pourtant bien accessible au groupe public. JE ne sais pas d'où vient l'erreur.
- je n'ai du coup pas pris le temps de chercher comment placer pear sur un volume spécifique et de le paramétrer dans les preprocess.
- Une bizarrerie inexpliqué: au premier lancement, il affichait un seul worker dispo. Maintenant il en montre 3. l'erreur ne s'est jamais représentée.
- j'ai lorsque je rafraîchi la page une erreur "files are not available" qui apparaît. Je n'ai pas encore remonté la piste (et cela semble lié aussi un modal server error).
- dernier point: sans explication ni reproductibilité, j'ai la BD qui a dû disparaître. Lors d'un relancement du docker, elle n'était plus accessible. Il a fallu que je réinitialise celle-ci (init bd). Le load backup ne fonctionnant pas non plus;
J'essaye de dégrossir ça dans la journée, et sinon je créerait les tâches qui correspondent.
cc @RyanHerb @magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3457Utilisation du format AIRR2018-11-20T09:41:01+01:00Mathieu GiraudUtilisation du format AIRRAIRR nous demande explicitement (le 17 juillet pour le 24...) si on est prêt à utiliser leur format, éventuellement amendé.
- vidjil-algo: en sortie vidjil#2828. Je pense qu'on peut s'engager raisonnablement à faire une première version...AIRR nous demande explicitement (le 17 juillet pour le 24...) si on est prêt à utiliser leur format, éventuellement amendé.
- vidjil-algo: en sortie vidjil#2828. Je pense qu'on peut s'engager raisonnablement à faire une première version pour 2018.09.
- client: conversion/entrée via fuse.py, TBD ? Cela me semble plus délicat de s'engager.
Peut-on en discuter de vive voix à 15h ?Algo 2018.09Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3456Widget liste des locus2018-10-08T10:59:19+02:00Mathieu GiraudWidget liste des locusVoir #3407.
La liste des locus qui apparaissent.
Pour l'instant en texte, "IGH TRD+ TRG".
On rediscutera pour le widget.
Probablement à faire en même temps que #3453.Voir #3407.
La liste des locus qui apparaissent.
Pour l'instant en texte, "IGH TRD+ TRG".
On rediscutera pour le widget.
Probablement à faire en même temps que #3453.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3455Décorateur ligne : avec valeur2018-10-08T11:00:58+02:00Mathieu GiraudDécorateur ligne : avec valeurhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2235#note_84725https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2235#note_84725Ryan HerbertRyan Herbert