vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:41:22+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1854VDJ-IMGT : trouver le nom2016-11-29T14:41:22+01:00Vidjil TeamVDJ-IMGT : trouver le nom3db3310
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@magiraud3db3310
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1852"Save analysis" sur app.vidjil.org/beta donne une serveur erreur2016-11-29T14:41:21+01:00Vidjil Team"Save analysis" sur app.vidjil.org/beta donne une serveur erreurmerci Ryan, cela fonctionne parfaitement !
J'en ai profité pour commenter Demo L3
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@RyanHerbmerci Ryan, cela fonctionne parfaitement !
J'en ai profité pour commenter Demo L3
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1851Bikeshedding : couleurs segmenter2016-11-29T14:41:21+01:00Vidjil TeamBikeshedding : couleurs segmenterHomogénéiser :
1) les couleurs des spans V / D / J
2) les couleurs des soulignés VDJ-IMGT renvoyés par IMGT
Peut-être en mettant le Green/IMGT et Yellow/IMGT, à défaut du Black/Kapoor
1) doit être lisible (hum pour Yellow), 2) = 1...Homogénéiser :
1) les couleurs des spans V / D / J
2) les couleurs des soulignés VDJ-IMGT renvoyés par IMGT
Peut-être en mettant le Green/IMGT et Yellow/IMGT, à défaut du Black/Kapoor
1) doit être lisible (hum pour Yellow), 2) = 1) plus clair ?
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1850"upload list" : mettre "uploading icon-spin4" tant qu'il y a des uploads en c...2022-06-20T11:55:05+02:00Vidjil Team"upload list" : mettre "uploading icon-spin4" tant qu'il y a des uploads en cours
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@RyanHerb @Duez
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1849sample_set_run : API URL cassée2016-11-29T14:41:20+01:00Vidjil Teamsample_set_run : API URL casséeOn voit des choses comme cela :
http://test.vidjil.org/browser/?sample_set_id=undefined&config=3
http://app.vidjil.org/beta/browser/?sample_set_id=undefined&config=26
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merci Marc, cela fonctionne (sur app) ! app est testable.
Sur tes...On voit des choses comme cela :
http://test.vidjil.org/browser/?sample_set_id=undefined&config=3
http://app.vidjil.org/beta/browser/?sample_set_id=undefined&config=26
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merci Marc, cela fonctionne (sur app) ! app est testable.
Sur test, il reste un micro-truc: Vue sample_set_id/index.html, bouton en bas : renvoie une URL sample_set_id, mais devrait plutôt retourner une URL patient quand c'est le cas.
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ok, cela ira
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1848Icones, jenkins et autres2020-08-27T11:34:00+02:00Vidjil TeamIcones, jenkins et autresPour ne pas mettre de binaire dans le git, j'ai mis un "make" dans css/icons.
J'ai du faire :
~bonsai-ci/test/vidjil/browser/css/icons> sudo -u bonsai-ci make
(+ idem sur git/beta-browser).
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@nobodyPour ne pas mettre de binaire dans le git, j'ai mis un "make" dans css/icons.
J'ai du faire :
~bonsai-ci/test/vidjil/browser/css/icons> sudo -u bonsai-ci make
(+ idem sur git/beta-browser).
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1847Afficher le SHA1 du git browser et server quelque part depuis le web2019-11-22T18:19:15+01:00Vidjil TeamAfficher le SHA1 du git browser et server quelque part depuis le webCe serait utile pour la prod, pour beta, pour test...
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@nobodyCe serait utile pour la prod, pour beta, pour test...
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@nobodyMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1846save analysis cassé2016-11-29T14:41:18+01:00Vidjil Teamsave analysis casséC'est de ma faute : je me suis mis à merger un certain nombre de choses, et le save analysis de analysis-annotaiton n'est pas rétro-compatible. Ryan est dessus.
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merci !
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@magiraud @RyanHerbC'est de ma faute : je me suis mis à merger un certain nombre de choses, et le save analysis de analysis-annotaiton n'est pas rétro-compatible. Ryan est dessus.
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merci !
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@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1844should-vdj : syntaxe pour les alternatives / ambiguïtés2018-04-16T16:19:42+02:00Vidjil Teamshould-vdj : syntaxe pour les alternatives / ambiguïtésBrainstorming Mathieu+Mikaël :
>IGHV3-74 (4//7, 5//6, 6//5) IGHJ1
>(IGHV3-74*02, IGHV3-4*01)
et éventuellement
>(IGHV3-74*02 7/, IGHV3-4*01 9/) /CCGCGGT/6
>(TRGV2 0/6/6 TRGJ1-1, TRGV1 0//0 TRGJ1-2)
→ branche alt
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5b6fe33, o...Brainstorming Mathieu+Mikaël :
>IGHV3-74 (4//7, 5//6, 6//5) IGHJ1
>(IGHV3-74*02, IGHV3-4*01)
et éventuellement
>(IGHV3-74*02 7/, IGHV3-4*01 9/) /CCGCGGT/6
>(TRGV2 0/6/6 TRGJ1-1, TRGV1 0//0 TRGJ1-2)
→ branche alt
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5b6fe33, ok pour les cas simples, un seul terme par choix.
On verra une autre fois pour les autres cas.
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1843/README.org : mettre à jour2018-11-20T08:56:11+01:00Vidjil Team/README.org : mettre à jour?
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/README.org est le fichier affiché par github lorsqu’on va sur git.vidjil.org, bref c’est une « landing page ».
On l’a modifié récemment, mais il n’est peut-être pas exactement à jour ou le plus pertinent possible.
Parfois je me d...?
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/README.org est le fichier affiché par github lorsqu’on va sur git.vidjil.org, bref c’est une « landing page ».
On l’a modifié récemment, mais il n’est peut-être pas exactement à jour ou le plus pertinent possible.
Parfois je me dis qu'on a trop de landing pages.
Priorité baissée.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1842imseq2022-06-20T14:43:10+02:00Vidjil Teamimseq- est fourni avec TRA, TRB IGH, IGK, IGL (et donc pas TRG, TRD)
- on ne peut lancer qu'un locus à la fois
Rien d'urgent.
./imseq -r -ref Homo.Sapiens.IGH.fa -o output.tsv LIL-L3-0.fastq
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@nobody- est fourni avec TRA, TRB IGH, IGK, IGL (et donc pas TRG, TRD)
- on ne peut lancer qu'un locus à la fois
Rien d'urgent.
./imseq -r -ref Homo.Sapiens.IGH.fa -o output.tsv LIL-L3-0.fastq
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1840Réuploader un fichier existant ne fonctionne pas2017-01-11T15:41:42+01:00Vidjil TeamRéuploader un fichier existant ne fonctionne pasPrendre n'importe quel Sample, "e", rechosir un fichier à uploader. Boum (et laisse l'onglet base de données dans un état curieux).
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@RyanHerb @DuezPrendre n'importe quel Sample, "e", rechosir un fichier à uploader. Boum (et laisse l'onglet base de données dans un état curieux).
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1839VidjilInfoWriter: "total" doit être le nombre de reads d'entrée2016-11-29T14:41:14+01:00Vidjil TeamVidjilInfoWriter: "total" doit être le nombre de reads d'entréeCe qui est calculé comme somme sur les locus est "segmented".
"total" devrait être le nombre de reads en entrée.
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mergé dans dev mais pas encore a jour sur prod-server => cd34ebf164
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@RyanHerbCe qui est calculé comme somme sur les locus est "segmented".
"total" devrait être le nombre de reads en entrée.
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mergé dans dev mais pas encore a jour sur prod-server => cd34ebf164
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1838MiXCR : compilation, tests2023-06-28T16:38:24+02:00Vidjil TeamMiXCR : compilation, testsMikaël fait un
mvn clean install -DskipTests
pour installer. Est-ce bien la bonne commande ? Est-ce que les tests loupent à cause de nous ou c'était déjà le cas avant ?
On pourra voir cela après le workshop.
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Les tests ne passaient...Mikaël fait un
mvn clean install -DskipTests
pour installer. Est-ce bien la bonne commande ? Est-ce que les tests loupent à cause de nous ou c'était déjà le cas avant ?
On pourra voir cela après le workshop.
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Les tests ne passaient pas d'office. Je ne sais pas si c'est une question de configuration d'environnement ou autre. Mais oui le -DskipTests est ce que je lance également
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ok, rien d'urgent
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1835VidjilInfoWriter, putReads : gestion des locus2016-11-29T14:41:11+01:00Vidjil TeamVidjilInfoWriter, putReads : gestion des locus.getAllele().getName().substring(0, 3)
→ plutôt .getGeneGroup().getLocus() ?
Regarde en particulier reference/LociLibrary.java : n’y a-t-il pas déjà quelque part une liste des locus ?
Ce serait bien de ne pas avoir ici la liste des ....getAllele().getName().substring(0, 3)
→ plutôt .getGeneGroup().getLocus() ?
Regarde en particulier reference/LociLibrary.java : n’y a-t-il pas déjà quelque part une liste des locus ?
Ce serait bien de ne pas avoir ici la liste des locus en dur dans VidjilInfoWriter, mais de faire une map/array s’appuyant sur les locus existants.
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Même remarque pour le field "Export clone germline (locus)" dans VidjilExtractFields
bestHit.getAllele().getName().substring(0, 3))
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Très bonne remarque. J'étais passé à côté de l'enum Locus donc ca donne un meilleur code maintenant :)
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1834VidjilInfoWriter, close ? "log" de MiXCR2016-11-29T14:41:11+01:00Vidjil TeamVidjilInfoWriter, close ? "log" de MiXCRCouou Ryan, avais-tu pu récupérer les deux fichiers de log de MiXCR ? Il faudrait qu'ils soient dans le champ "log" du .vidjil.
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Au temps pour moi, tu le fais dans task.py, et cela marche bien. merci !
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@RyanHerbCouou Ryan, avais-tu pu récupérer les deux fichiers de log de MiXCR ? Il faudrait qu'ils soient dans le champ "log" du .vidjil.
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Au temps pour moi, tu le fais dans task.py, et cela marche bien. merci !
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1833VidjilInfoWriter, close: informations sur le lancement de MiXCR2016-11-29T14:41:10+01:00Vidjil TeamVidjilInfoWriter, close: informations sur le lancement de MiXCRcommandline, run_timestamp : il faudrait remplir correctement ces champs
producer : « miXCR » (si possible avec le numéro de version
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Ok pour commandline et run_timestamp. pour le producer, je ne sais pas trop pour la version. On po...commandline, run_timestamp : il faudrait remplir correctement ces champs
producer : « miXCR » (si possible avec le numéro de version
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Ok pour commandline et run_timestamp. pour le producer, je ne sais pas trop pour la version. On pourra en parler demain ?
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./mixcr -v
(util/VersionInfoProvider.java)
Ce ne serait pas choquant de reprendre toute cette chaîne sur plusieurs lignes.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1832Meilleur monitoring2021-02-09T16:24:12+01:00Vidjil TeamMeilleur monitoringUne vue par utilisateur ? Utilisateur loggués, qu'est-ce que chacun fait en nb de tâches ?
Un résumé des % de segmentation ? D'autres trucs ?
La question se pose pour le Vidjil morning comme pour l'onglet "admin".
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@nobodyUne vue par utilisateur ? Utilisateur loggués, qu'est-ce que chacun fait en nb de tâches ?
Un résumé des % de segmentation ? D'autres trucs ?
La question se pose pour le Vidjil morning comme pour l'onglet "admin".
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1831Vidjil morning : le mettre dans les scripts d'install2017-10-27T12:25:34+02:00Vidjil TeamVidjil morning : le mettre dans les scripts d'install
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@nobody
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1830Vidjil morning : /etc/update-motd.d/50-landscape-sysinfo2018-04-16T16:29:15+02:00Vidjil TeamVidjil morning : /etc/update-motd.d/50-landscape-sysinfoOn a perdu /etc/update-motd.d/50-landscape-sysinfo au passage
Voir si on peut changer des permissions / un sudo pour le récupérer.
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@nobodyOn a perdu /etc/update-motd.d/50-landscape-sysinfo au passage
Voir si on peut changer des permissions / un sudo pour le récupérer.
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@nobody