vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-02-28T12:39:28+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3541Filtrage sur le nom uniquement par défaut2019-02-28T12:39:28+01:00Mikaël SalsonFiltrage sur le nom uniquement par défautIndépendamment de la question du timeout (#3535), se pose l question du filtre qui recherche dans plusieurs champs, ce qui peut être coûteux (de mémoire)
1. Est-ce bien le cas ?
2. Ne pourrait-on pas par défaut chercher dans le nom du s...Indépendamment de la question du timeout (#3535), se pose l question du filtre qui recherche dans plusieurs champs, ce qui peut être coûteux (de mémoire)
1. Est-ce bien le cas ?
2. Ne pourrait-on pas par défaut chercher dans le nom du sample pour accélérer le filtrage ? (cela semble être la recherche la plus fréquente) On pourrait conserver une option pour filtrer dans plus de champs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3539Export CSV de stats / qualité2024-01-18T15:28:01+01:00Mathieu GiraudExport CSV de stats / qualitéSuggestion de @Anne : pouvoir obtenir un export csv d'un run, sur tous les fihciers qui le compose
cc @RyanHerbSuggestion de @Anne : pouvoir obtenir un export csv d'un run, sur tous les fihciers qui le compose
cc @RyanHerbWeb 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3538Réflexion sur les lancements (post-)post-process2019-03-05T15:10:14+01:00Mathieu GiraudRéflexion sur les lancements (post-)post-processOn a des choses à lancer après nos process: #1469 #1744 #3181 #1567
Certaines choses (#1469, #3181 ?) pourraient se lancent via le ~"server-fuse", d'autres vraiment après, parfois non systématiquement, sur demande de l'usager (#1744, ~"...On a des choses à lancer après nos process: #1469 #1744 #3181 #1567
Certaines choses (#1469, #3181 ?) pourraient se lancent via le ~"server-fuse", d'autres vraiment après, parfois non systématiquement, sur demande de l'usager (#1744, ~"app\-clonedb" plus poussé, #1567...). On devrait discuter d'un mécanisme pour au moins ce dernier cas.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3537Colorer les mutations suivant l'impact sur l'acide aminé2021-11-19T11:06:56+01:00Mikaël SalsonColorer les mutations suivant l'impact sur l'acide aminéSuite à #2056 on affiche différemment les mutations silencieuses des mutations non silencieuses. Mais on pourrait aller plus loin en affichant les mutations en fonction du score dans une matrice de score pour la conversion d'un acide ami...Suite à #2056 on affiche différemment les mutations silencieuses des mutations non silencieuses. Mais on pourrait aller plus loin en affichant les mutations en fonction du score dans une matrice de score pour la conversion d'un acide aminé vers un autre.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3536IKZF1/ERG : Beaucoup de choses unexpected2018-10-10T09:38:44+02:00Mikaël SalsonIKZF1/ERG : Beaucoup de choses unexpected* http://app.vidjil.org/index.html?set=29057&config=49
* http://app.vidjil.org/index.html?set=29056&config=49
* http://app.vidjil.org/index.html?set=29055&config=49
* http://app.vidjil.org/index.html?set=29054&config=49
Voir pourquoi.* http://app.vidjil.org/index.html?set=29057&config=49
* http://app.vidjil.org/index.html?set=29056&config=49
* http://app.vidjil.org/index.html?set=29055&config=49
* http://app.vidjil.org/index.html?set=29054&config=49
Voir pourquoi.Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3534CloneDB : Axe par le nombre de sample sets ayant des clones2019-11-21T17:22:35+01:00Mikaël SalsonCloneDB : Axe par le nombre de sample sets ayant des clonesActuellement on a le nombre de clones trouvés dans la cloneDB mais on pourrait très bien avoir 50 clones dans un même sample ou dans 50 samples différents (on peut le voir en allant dans la fenêtre info). Il peut être bien d'avoir aussi ...Actuellement on a le nombre de clones trouvés dans la cloneDB mais on pourrait très bien avoir 50 clones dans un même sample ou dans 50 samples différents (on peut le voir en allant dans la fenêtre info). Il peut être bien d'avoir aussi sous le coude un axe avec le nombre de samples ayant cette séquence.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3533Utiliser `set_token` dans les listes et les fiches2018-11-09T12:19:41+01:00Mathieu GiraudUtiliser `set_token` dans les listes et les fichesAvec les récentes utilisations de `set_token`, et bientôt #2728, on aimerait être encore plus systématique et voir un `set_token` dès qu'on parle d'un set. Je vois deux endroits :
- dans les listes de patients/runs/sets (cela va certes...Avec les récentes utilisations de `set_token`, et bientôt #2728, on aimerait être encore plus systématique et voir un `set_token` dès qu'on parle d'un set. Je vois deux endroits :
- dans les listes de patients/runs/sets (cela va certes être beaucoup coloré... si c'est trop on éclairciera encore la couleur)
- dans le `<h3>` en titre de chaque fiche de patient/run/setRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3532Décorateur ligne : mieux centrer / afficher texte2018-10-08T11:00:44+02:00Mathieu GiraudDécorateur ligne : mieux centrer / afficher texteSuite à #3455.Suite à #3455.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3531Le spinner disparaît au bout de 2 (ou 3 ?) secondes2018-11-12T13:50:39+01:00Mikaël SalsonLe spinner disparaît au bout de 2 (ou 3 ?) secondesSur le serveur, le spinner d'attente disparaît assez rapidement même si la requête n'est pas finie. Pour l'observer il suffit de cliquer sur l'onglet users qui met une bonne dizaine de secondes à se charger normalement.
Est-ce que cela ...Sur le serveur, le spinner d'attente disparaît assez rapidement même si la requête n'est pas finie. Pour l'observer il suffit de cliquer sur l'onglet users qui met une bonne dizaine de secondes à se charger normalement.
Est-ce que cela peut avoir un lien avec !291 ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3529Versions de librairies python entre nos installations/celles des autres2018-10-05T19:26:16+02:00Ryan HerbertVersions de librairies python entre nos installations/celles des autresLors de l'installation de vdb, la version spécifiée de uWSGI ne compilait pas (changement de version d'Ubuntu?), que doit-on faire vis-à-vis de notre fichier `requirements.txt` et des versions spécifées dedans (est-il envisageable de sim...Lors de l'installation de vdb, la version spécifiée de uWSGI ne compilait pas (changement de version d'Ubuntu?), que doit-on faire vis-à-vis de notre fichier `requirements.txt` et des versions spécifées dedans (est-il envisageable de simplement retirer les versions pour demander la version la plus récente qui est compatible ?).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3528StatsQC : Le genescan est vide parfois (lorsque des valeurs sont undefined ?)2018-10-05T18:19:40+02:00Mikaël SalsonStatsQC : Le genescan est vide parfois (lorsque des valeurs sont undefined ?)Sur `dev` pour le run 26863Sur `dev` pour le run 26863https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3527Genescan et position y2018-10-05T19:24:07+02:00Mathieu GiraudGenescan et position yhttps://stackoverflow.com/questions/526035/how-can-i-position-my-div-at-the-bottom-of-its-container
cc @RyanHerb @mikael\-shttps://stackoverflow.com/questions/526035/how-can-i-position-my-div-at-the-bottom-of-its-container
cc @RyanHerb @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3526Stats et genescan : ne pas décaler les valeurs2018-10-05T19:08:24+02:00Mathieu GiraudStats et genescan : ne pas décaler les valeursVu par @mikael\-s : les genescan sont pour l'instant décalés... On veut voir les valeurs de 0 à 500
cc @flothoniVu par @mikael\-s : les genescan sont pour l'instant décalés... On veut voir les valeurs de 0 à 500
cc @flothoniRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3525Stats et affichage des sample sets : mettre les liens pour réatterrir sur les...2018-10-05T19:09:17+02:00Mathieu GiraudStats et affichage des sample sets : mettre les liens pour réatterrir sur les pages des runs/patients/sets concernésRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3524Stats et affichage des sample sets : valeurs dupliquées2018-10-05T19:17:50+02:00Mathieu GiraudStats et affichage des sample sets : valeurs dupliquéesDepuis #3496, vu par @flothoni
> > Oui, exactement. Le but est d'avoir, par exemple quand on compare les samples d'un patient, l'info sur les runs et autres sets auxquels il appartient. Est-ce que ce n'est pas clair ?
> Non, dans mon c...Depuis #3496, vu par @flothoni
> > Oui, exactement. Le but est d'avoir, par exemple quand on compare les samples d'un patient, l'info sur les runs et autres sets auxquels il appartient. Est-ce que ce n'est pas clair ?
> Non, dans mon cas, j'ai fait le compare depuis le run, qui contient 3 fichiers. J'ai pour un sample son patient de ratacchement, et 3 fois le run (en répétition). Il doit s'agir d'une bug dasn uen itération.
Oui, confirmé. dev, runs, premier run, on compare tout, les samples apparaissent trois fois.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3523Suppression des images Docker échoue le build (dans certains cas ?)2019-11-22T12:05:23+01:00Mikaël SalsonSuppression des images Docker échoue le build (dans certains cas ?)The following discussion from !305 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/305#note_123377):
> Sur `dev` le pipeline dit cela :
>
> ```
> Error...The following discussion from !305 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/305#note_123377):
> Sur `dev` le pipeline dit cela :
>
> ```
> Error response from daemon: conflict: unable to remove repository reference "vidjil/server:test" (must force) - container cb085cbafdb5 is using its referenced image d1aa7cbe4ed6
> Error response from daemon: conflict: unable to remove repository reference "vidjil/client:test" (must force) - container 1b70d95aef53 is using its referenced image 4f48f02d2a14
> ```Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3522Docker : choses à changer dans .yml2019-11-22T12:04:17+01:00Mathieu GiraudDocker : choses à changer dans .ymlRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3521Docker : mettre germline.js au même endroit que conf.js (/etc ?)2018-10-16T11:02:04+02:00Mathieu GiraudDocker : mettre germline.js au même endroit que conf.js (/etc ?)Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3520Calcul des clones supérieurs à 5%2018-10-05T19:10:28+02:00Ryan HerbertCalcul des clones supérieurs à 5%Le code dans [task.py: compute_extra](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/feature-s/more_stats_decorators/server/web2py/applications/vidjil/models/task.py#L94)
la partie qui calcule le nombre de clones supérieurs à 5% d'abondance...Le code dans [task.py: compute_extra](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/feature-s/more_stats_decorators/server/web2py/applications/vidjil/models/task.py#L94)
la partie qui calcule le nombre de clones supérieurs à 5% d'abondance ne semble pas donner le résultat que j'attendais.
Un peu d'aide serait la bienvenue :-)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3513Export vers IMGT et IgBlast avec séquences unexpected2018-12-04T12:30:51+01:00Mikaël SalsonExport vers IMGT et IgBlast avec séquences unexpectedIl y a certains cas où on ne peut pas décider si on doit lancer IMGT/IgBlast en TR ou IG (si on a un mélange des deux) mais d'autres cas sont très clairs et devraient être gérés correctement.Il y a certains cas où on ne peut pas décider si on doit lancer IMGT/IgBlast en TR ou IG (si on a un mélange des deux) mais d'autres cas sont très clairs et devraient être gérés correctement.Thonier FlorianThonier Florian