vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-10-04T07:53:36+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3505CloneDB : trier la liste des résultats par pourcentage décroissant2018-10-04T07:53:36+02:00Mikaël SalsonCloneDB : trier la liste des résultats par pourcentage décroissantPour l'instant tout est mélangé et qu'on a de longues listes on a envie de trouver rapidement les plus fortes occurrences.Pour l'instant tout est mélangé et qu'on a de longues listes on a envie de trouver rapidement les plus fortes occurrences.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3504Axe cloneDB en logarithmique2019-02-11T12:28:49+01:00Mathieu GiraudAxe cloneDB en logarithmiqueDepuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2431#note_122423 :
![clonedb_trg](/uploads/6793d40c014f91c74b5b38223314f4a1/clonedb_trg.png)
![clonedb_kde](/uploads/a25d36980a3d6bd83bdf400752e530d7/clonedb_kde.png)
Indépendamment...Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2431#note_122423 :
![clonedb_trg](/uploads/6793d40c014f91c74b5b38223314f4a1/clonedb_trg.png)
![clonedb_kde](/uploads/a25d36980a3d6bd83bdf400752e530d7/clonedb_kde.png)
Indépendamment de #2431, un affichage en log serait pertinent pour CloneDB. Même sur le graphe du bas, on souhaite pouvoir distinguer les clones à 0, à 1 et à 100.
Voir #2363 : ici on s'attendrait à un axe 0 / 1 / 10 / 100 / ...
(En attendant, on pourrait transformer 0 en 0.2 pour que cela ne buggue pas, hum...)
Question secondaire : quelle est l'url / la manip pour avoir ces données ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3503Adaptation des axes GRID à un sous-ensemble de valeurs2020-06-23T15:27:51+02:00Mathieu GiraudAdaptation des axes GRID à un sous-ensemble de valeursComment faire que, quand on le souhaite (`.adapt` dans !301), l'axe X en `BAR` et `GRID`, et potentiellement l'axe Y en `GRID`, s'adapte à un sous-ensemble de valeurs (probablement les clones visibles ?). Ici on ne parle que de ce point ...Comment faire que, quand on le souhaite (`.adapt` dans !301), l'axe X en `BAR` et `GRID`, et potentiellement l'axe Y en `GRID`, s'adapte à un sous-ensemble de valeurs (probablement les clones visibles ?). Ici on ne parle que de ce point technique, les discussions sur cet ensemble, les usages ou autres solutions sont dans #2431.
Ce n'est pas facile vu #2700.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3502Avoir par CI un suivi des temps des différents tests2024-01-18T10:29:12+01:00Mathieu GiraudAvoir par CI un suivi des temps des différents tests~"dev\-gitlab" se souvient déjà du temps total d'un job. C'est peut-être suffisant, mais on aimerait parfois pouvoir comparer (et tracer) l'évolution des temps d'exécution, comme ce que permet de faire Jenkins, mais aussi en comparant de...~"dev\-gitlab" se souvient déjà du temps total d'un job. C'est peut-être suffisant, mais on aimerait parfois pouvoir comparer (et tracer) l'évolution des temps d'exécution, comme ce que permet de faire Jenkins, mais aussi en comparant des branches / MR.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3501Aho : retirer les hack2024-03-26T12:09:05+01:00Mikaël SalsonAho : retirer les hack5bc753eeae et 5ccd2ec7345bc753eeae et 5ccd2ec734Heuristique 2.0https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3500Stats : bikeshedding nom des colonnes2018-10-08T11:01:44+02:00Mathieu GiraudStats : bikeshedding nom des colonnes#3436.#3436.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3499Stats et animation2018-10-05T19:24:45+02:00Mathieu GiraudStats et animationL'animation est un peu curieuse, cela saute... quelque chose de plus régulier, ou bien l'enlever tout simplement ?L'animation est un peu curieuse, cela saute... quelque chose de plus régulier, ou bien l'enlever tout simplement ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3498Stats sur le genescan et hover2018-10-05T19:16:52+02:00Mathieu GiraudStats sur le genescan et hoverIdéalement, mettre quelque chose de type "24% at 340 bp" ou bien simplement "340 bp" (c'est pas évident de voir ce que les pourcentages représentent).
En attendant, on peut tout simplement commenter et ne pas avoir de hover.Idéalement, mettre quelque chose de type "24% at 340 bp" ou bien simplement "340 bp" (c'est pas évident de voir ce que les pourcentages représentent).
En attendant, on peut tout simplement commenter et ne pas avoir de hover.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3497Stats : commenter les champs booléens2018-10-05T19:16:46+02:00Mathieu GiraudStats : commenter les champs booléensIls serviront lors d'une prochaine itération, après la première mise en prod.Ils serviront lors d'une prochaine itération, après la première mise en prod.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3496qc-stats (via le serveur) : vérification et mise en prod2020-12-03T12:42:36+01:00Mathieu Giraudqc-stats (via le serveur) : vérification et mise en prod@flothoni, pourrais-tu uploader deux-trois samples sur `dev`, en mettre un également dans un run, et regarder si le "stats" fait par @RyanHerb (Compare Samples > Ctrl-A > stats) est pertinent ? Est-ce que le Genescan semble correct ?
A...@flothoni, pourrais-tu uploader deux-trois samples sur `dev`, en mettre un également dans un run, et regarder si le "stats" fait par @RyanHerb (Compare Samples > Ctrl-A > stats) est pertinent ? Est-ce que le Genescan semble correct ?
Attendre pour cela quelques jours que @RyanHerb finisse les issues en cours #3454 #3455 #3456 #3493 #3497. On peut en parler par exemple vendredi à l'audio ensemble.
Après la mise en prod, on pourra aussi tester des choses type #3409 ou autre.Web 2020.122020-10-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3495Stats : pour l'instant en gris2018-10-08T11:01:25+02:00Mathieu GiraudStats : pour l'instant en grisOn réfléchira ensuite sur les couleurs, sur une repasse globale de #3407. Pour une première mise en prod, tout gris.On réfléchira ensuite sur les couleurs, sur une repasse globale de #3407. Pour une première mise en prod, tout gris.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3494URL pour stats (serveur)2018-10-02T18:08:16+02:00Mathieu GiraudURL pour stats (serveur)Comme les url pour `compare`, on aimerait avoir des urls pour stats.
Mais pas tout de suite, avant c'est plus important de faire #2793.
cc @RyanHerbComme les url pour `compare`, on aimerait avoir des urls pour stats.
Mais pas tout de suite, avant c'est plus important de faire #2793.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3493Stats et icône de relance2024-02-14T10:49:13+01:00Mathieu GiraudStats et icône de relanceÀ terme, il faudra
- si les stats sont déjà présents, ne pas la mettre
- et, à l'appui, avoir un retour utilisateur, idéalement `RUNNING` (peut-être sous forme d'icône #3324)
En attendant, il apparait sage de la mettre en commentair...À terme, il faudra
- si les stats sont déjà présents, ne pas la mettre
- et, à l'appui, avoir un retour utilisateur, idéalement `RUNNING` (peut-être sous forme d'icône #3324)
En attendant, il apparait sage de la mettre en commentaire.
Vérifier aussi qu'elle fait un ~"server\-fuse" en sortie.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3491Numerotation samples lors de l'ajout2018-10-01T16:19:56+02:00Anne de SeptenvilleNumerotation samples lors de l'ajoutJe veux ajouter les patients de mon run (dans un run nouvellement créé).
Si je supprime un sample, sa ligne disparait, mais les numéro des autres samples ne sont pas mis à jour.
En revanche si j'ajoute un nouveau sample par la suite, cel...Je veux ajouter les patients de mon run (dans un run nouvellement créé).
Si je supprime un sample, sa ligne disparait, mais les numéro des autres samples ne sont pas mis à jour.
En revanche si j'ajoute un nouveau sample par la suite, celui-ci prend en compte la suppression.
Pour les 2 samples qui ont le même numéro, je peux leur choisir des fastq différents, mettre des informations différentes, mais pas les associer à des patients/sets/runs différents dans le dernier champ de la ligne. Quand je clique dans le champ du 2e sample, cela fait revenir le pointeur dans la case du 1er sample.
![Sample_list](/uploads/a177762ce4e44368ba6f7c120f4a9cf6/Sample_list.png)
Visiblement si la numérotation n'est pas correcte, une fenêtre "error" s'ouvre et l'import ne se fait pas.
(c'est bête vu le temps que j'ai passé à remplir toutes les lignes !!)
J'ai supprimé toutes les lignes mal numérotées (à partir du sample 6 pour mon run) et redemandé l'import -> cette fois les fastq sont bien importés. Mais j'ai 5 samples "fantômes" qui sont apparus dans le run. Je les ai supprimé mais le merge des R1 et R2 semble toujours en pause...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3490Afficher les codons sur les séquences2018-09-27T18:47:36+02:00Mathieu GiraudAfficher les codons sur les séquencesSuite à #3325/!296, on aimerait pouvoir afficher les codons même quand on a n'a pas mis les germline genes... et peut-être sur plusieurs séquences, pas uniquement sur la premièreSuite à #3325/!296, on aimerait pouvoir afficher les codons même quand on a n'a pas mis les germline genes... et peut-être sur plusieurs séquences, pas uniquement sur la premièrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3489L'édition d'un sample le retire du run2018-11-07T15:56:38+01:00Mikaël SalsonL'édition d'un sample le retire du runMail de AC du 21/09 ~"LIL\-Lille".
Un sample avait été créé et mis dans un run mais des infos avaient été oubliées. Il a été édité et n'apparaissait plus dans le run.
/cc @flothoniMail de AC du 21/09 ~"LIL\-Lille".
Un sample avait été créé et mis dans un run mais des infos avaient été oubliées. Il a été édité et n'apparaissait plus dans le run.
/cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3488Décalage de la séquence du CDR3 et de la jonction dans la fenêtre info2019-05-23T14:41:02+02:00Mikaël SalsonDécalage de la séquence du CDR3 et de la jonction dans la fenêtre infoDans #3333 j'avais un doute sur le fait que le CDR3 était souligné correctement. Et je viens d'être encore pris du même doute. En fait c'est à cause de la fenêtre info qui indique un `cdr3` et une `junction` dont la séquence me semble dé...Dans #3333 j'avais un doute sur le fait que le CDR3 était souligné correctement. Et je viens d'être encore pris du même doute. En fait c'est à cause de la fenêtre info qui indique un `cdr3` et une `junction` dont la séquence me semble décalée d'un nucléotide (elle commence un nucléotide trop tôt).
Par exemple ici : http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32&clone=1,33
La jonction commence à TGTGCA (d'après IMGT et d'après notre soulignement) mais notre séquence, dans la fenêtre info, débute à **C**TGTGCA.
Dans le JSON on a les séquences en AA mais pas en nt. Donc ces séquences doivent être extraites avec une erreur de positionnement.Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3487L'affichage sur CDR3 est coché par défaut sous Chrome, pas FF2020-09-14T10:31:48+02:00Mikaël SalsonL'affichage sur CDR3 est coché par défaut sous Chrome, pas FFSuite à #3330 j'ai l'impression que l'affichage du CDR3 se fait par défaut sous Chrome. Vous confirmez ?
Pas sûr que ce soit souhaitable : si on clique sur CDR3 et qu'on voit le soulignement apparaître on comprend ce qui se passe, si on ...Suite à #3330 j'ai l'impression que l'affichage du CDR3 se fait par défaut sous Chrome. Vous confirmez ?
Pas sûr que ce soit souhaitable : si on clique sur CDR3 et qu'on voit le soulignement apparaître on comprend ce qui se passe, si on a un truc souligné dès le départ on ne sait pas d'où il sort.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3486segmenter.js: typo dans highlightToString2018-09-26T21:33:53+02:00Mathieu Giraudsegmenter.js: typo dans highlightToString`highlightToString`: une typo `tooltipe` et non pas `tooltip` dans `if(typeof h.tooltipe != 'undefined') ``highlightToString`: une typo `tooltipe` et non pas `tooltip` dans `if(typeof h.tooltipe != 'undefined') `https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3485Si on ajoute des pixels à droite/gauche des spans, alors mauvais affichage de...2018-09-27T18:16:26+02:00Mathieu GiraudSi on ajoute des pixels à droite/gauche des spans, alors mauvais affichage des highlights et donc du CDR3?set=28989&config=2&clone=27
On dirait qu'il manque un nucléotide au CDR3 souligné.
Se voit mieux avec !296?set=28989&config=2&clone=27
On dirait qu'il manque un nucléotide au CDR3 souligné.
Se voit mieux avec !296CLL-2018-septembre