vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-11-29T13:16:41+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2884Mieux documenter les causes de non segmentation "UNSEG"2017-11-29T13:16:41+01:00Tatiana RocherMieux documenter les causes de non segmentation "UNSEG"Les décrire plus clairement dans la doc ou faire des bulles contextuelles au passage de la souris ?Les décrire plus clairement dans la doc ou faire des bulles contextuelles au passage de la souris ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2914Grands produits de PCR, pas d'overlap entre R1 et R2, pas de CDR32017-11-29T13:16:41+01:00Mathieu GiraudGrands produits de PCR, pas d'overlap entre R1 et R2, pas de CDR3@Anne : "Certains produits de PCR sont > 700 pb. Mutés sur le J, l'amorce se pose sur le J suivant. Le séquenceur séquence 300 bp de chaque côté, pas d'overlap." Voir aussi #1971.
@Anne a regardé, on n'a pas le CDR3 ni dans R1, ni dans ...@Anne : "Certains produits de PCR sont > 700 pb. Mutés sur le J, l'amorce se pose sur le J suivant. Le séquenceur séquence 300 bp de chaque côté, pas d'overlap." Voir aussi #1971.
@Anne a regardé, on n'a pas le CDR3 ni dans R1, ni dans R2.
On aimerait savoir qu'il y a des V dedans.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2541L'infobox peut être trop large en mode utilisateur2017-11-29T09:16:25+01:00Mikaël SalsonL'infobox peut être trop large en mode utilisateurQuand on va [à cette adresse](http://app.vidjil.org/?custom=26319&custom=26320&custom=26321&custom=26322) en tant qu'administrateur, l'infobox est normale.
![Screenshot_20170628_091558](/uploads/688b31b2f2953832e443a67e5e63f4a1/Screensh...Quand on va [à cette adresse](http://app.vidjil.org/?custom=26319&custom=26320&custom=26321&custom=26322) en tant qu'administrateur, l'infobox est normale.
![Screenshot_20170628_091558](/uploads/688b31b2f2953832e443a67e5e63f4a1/Screenshot_20170628_091558.png)
En revanche quand on y va en tant qu'utilisateur (102), celle-ci est trop large car le nom du fichier est trop long.
![Screenshot_20170628_091544](/uploads/366e00505e28aa6f0eae0496eb5300fd/Screenshot_20170628_091544.png)
La différence s'explique probablement par le fait qu'on ajoute l'identifiant dans le nom du fichier, quand on est admin. Mais le nom du fichier ne devrait pas prendre autant de place en mode utilisateur. Ici cela prend quasiment la moitié de mon écran.Web 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2906Afficher mieux les infos de longueur dans l'info, _clone_average_length ?2017-11-29T08:01:22+01:00Mathieu GiraudAfficher mieux les infos de longueur dans l'info, _clone_average_length ?Suite à #2704.
Quand on fait `getHTMLInfo`, le `clone average length` est planqué, alors que le `length`, désormais non utilisé par défaut, est très visible.
Voir aussi #2814.
Transformer d'ailleurs dans le `.vidjil` le `_clone_average_...Suite à #2704.
Quand on fait `getHTMLInfo`, le `clone average length` est planqué, alors que le `length`, désormais non utilisé par défaut, est très visible.
Voir aussi #2814.
Transformer d'ailleurs dans le `.vidjil` le `_clone_average_length` en quelque chose de plus simple / visible `average_length` ? (en conservant la compatibilité) c65f2445bhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2856Plusieurs configurations pour les coûts2017-11-27T18:44:26+01:00Mathieu GiraudPlusieurs configurations pour les coûtsJ'ai une vague impression que l'on entend deux objectifs contradictoires, qui peuvent dépendre des applications :
- d'un côté, on peut vouloir détecter plus de D (et donc 'plus longs') #1879, #2002, #2298
- de l'autre, on peut préférer...J'ai une vague impression que l'on entend deux objectifs contradictoires, qui peuvent dépendre des applications :
- d'un côté, on peut vouloir détecter plus de D (et donc 'plus longs') #1879, #2002, #2298
- de l'autre, on peut préférer que les V ne soient 'pas trop longs' au niveau de la jonction, #2124, #2825 (et #1408 #1412)
Cela me semblerait bizarre d'étendre au plus les D et de restreindre les V/J.
Si nous n'arrivons pas à tout faire en un seul coup/coût, peut-être qu'une solution serait d'avoir deux configurations (que ce soit ~"cpp-options" ou ~"server-config"). On pourrait en profiter pour être, d'un côté, vraiment stringeant, et, de l'autre, vraiment tolérant.
Au passage, nouveau label ~"cpp-costs", peut-être similaire à ~"bio-e-value", mais pas toujours. En tout cas certaines issues ~"cpp-finesegmenter" / ~"cpp-finesegmenter-D" ne sont pas ~"cpp-costs".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2892clone.shortName n'est pas utilisé2017-11-24T17:01:42+01:00Mathieu Giraudclone.shortName n'est pas utilisé`client.getCode` possède un test `this.length > 100` qui ne fait rien, et donc `.shortName` n'est pas utilisé. Cette ligne date de la nuit des temps (681f539f).
`getShortName()`, bien plus récent, n'utilise pas du tout `.shortName` (mai...`client.getCode` possède un test `this.length > 100` qui ne fait rien, et donc `.shortName` n'est pas utilisé. Cette ligne date de la nuit des temps (681f539f).
`getShortName()`, bien plus récent, n'utilise pas du tout `.shortName` (mais est appelé à chaque `updateElem` de ~"client-cloneList", c'est sûrement trop souvent). Il devrait stocker son résultat dedans.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/943mapper les windows les moins abondantes sur les plus abondantes2017-11-23T17:10:50+01:00Vidjil Teammapper les windows les moins abondantes sur les plus abondantes- DBscan avec ratio (en fait, on fait un seul niveau, petit autour de gros, pas transitif) ?
- à partir des k-mers conservés ?)
***
@nobody- DBscan avec ratio (en fait, on fait un seul niveau, petit autour de gros, pas transitif) ?
- à partir des k-mers conservés ?)
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2885Changement de désignation d'un clone et nom du clone2017-11-23T16:32:19+01:00Tatiana RocherChangement de désignation d'un clone et nom du cloneLorsqu'on passe par le bouton information "i" d'un clone et qu'on change le nom d'un des gènes :
- le nom n'est pas bien affiché dans l'aligneur
- mauvais affichage dans le rapport
Vu par Aurélie lors du tuto. Je n'ai pas réussi à repro...Lorsqu'on passe par le bouton information "i" d'un clone et qu'on change le nom d'un des gènes :
- le nom n'est pas bien affiché dans l'aligneur
- mauvais affichage dans le rapport
Vu par Aurélie lors du tuto. Je n'ai pas réussi à reproduire l'erreur aujourd'hui, problème de connexion ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2887Réception d'un fichier url.js tronqué, sans loadUrl2017-11-23T15:23:20+01:00Thonier FlorianRéception d'un fichier url.js tronqué, sans loadUrlOn a un soucis avec la fonction `loadUrl`
Plus aucun fichier n'est accessible. Le browser ne trouve pas la fonction. Je n'ai pas encore cherché la source.
L'origine semble provenir du fichier url : `TypeError: myUrl.loadUrl is not a ...On a un soucis avec la fonction `loadUrl`
Plus aucun fichier n'est accessible. Le browser ne trouve pas la fonction. Je n'ai pas encore cherché la source.
L'origine semble provenir du fichier url : `TypeError: myUrl.loadUrl is not a function`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2890Erreur sur FloatAxis.getLabelText()2017-11-23T15:00:32+01:00Mathieu GiraudErreur sur FloatAxis.getLabelText()En me balladant sur les logs accessibles depuis l'onglet `admin` de `vda`, je vois une erreur qui est arrivée à plusieurs utilisateurs
```
FloatAxis.prototype.getLabelText@https://app.vidjil.org/js/numerical_axis.js:273:17
computeBarLab...En me balladant sur les logs accessibles depuis l'onglet `admin` de `vda`, je vois une erreur qui est arrivée à plusieurs utilisateurs
```
FloatAxis.prototype.getLabelText@https://app.vidjil.org/js/numerical_axis.js:273:17
computeBarLabels@https://app.vidjil.org/js/generic_axis.js:220:24
computeBarTab@https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:751:9
updateClones@https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:1185:13
update@https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:1166:13
update@https://app.vidjil.org/js/model.js:997:13
displayTop@https://app.vidjil.org/js/model.js:1096:9
onchange@https://app.vidjil.org/index.html?set=25171&config=26:1:1
```
Bloquant ou pas ?
Lien avec #2731/#2703 changé ces derniers jours ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2773Décalage dans les login de connexion2017-11-23T10:32:10+01:00Thonier FlorianDécalage dans les login de connexionUne bug étrange sur lequel je viens de tomber en utilisant l'interface internet.
Je me connecte en tant qu'utilisateur de `rennes` pour diverses manip. Je me déconnecte, et je tente de me reconnecter via mon compte `perso` : lorsque je...Une bug étrange sur lequel je viens de tomber en utilisant l'interface internet.
Je me connecte en tant qu'utilisateur de `rennes` pour diverses manip. Je me déconnecte, et je tente de me reconnecter via mon compte `perso` : lorsque je valide, je me retrouve connecté en tant qu'utilisateur de `rennes`.
Pensant à une erreur de ma part, je me déconnecte et reconnecte, pas moyen de passer sur mon compte, je suis à chaque fois connecter en tant que `rennes`, même si je prends bien soin de rentrer à la main les login/pwd.
J'ai tester de me connecter en tant que `demo`, et là je me retrouve enfin connecter en tant que `florian`
J'ai rechargé la page, et maintenant le bug a disparu. Je ne sais pas si le bug venait de mon browser ou de vidjil (server ou client).
Je met quand même une note pour archivage.
configuration : chromium; Version 62.0.3202.62 (Build officiel) Built on Ubuntu , running on Ubuntu 14.04 (64 bits)
@magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1446Priorités sur le serveur et 'Could not connect to database'2017-11-23T00:07:40+01:00Vidjil TeamPriorités sur le serveur et 'Could not connect to database'Comment faire pour que le côté database / browser fonctionne toujours bien, même quand c'est chargé ?
Faudrait-il mettre des priorités aux différentes tâches ?
Sans aller jusqu'à -20, mettre quelque chose
- pour les workers (avec le ser...Comment faire pour que le côté database / browser fonctionne toujours bien, même quand c'est chargé ?
Faudrait-il mettre des priorités aux différentes tâches ?
Sans aller jusqu'à -20, mettre quelque chose
- pour les workers (avec le serveur de dev, il peut y en avoir plus que 3 qui tournent au total)
- pour d'autre choses ?
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2873Utilisation de IGoR sur quelques séquences pour affichage dans le client2017-11-22T22:18:51+01:00Mathieu GiraudUtilisation de IGoR sur quelques séquences pour affichage dans le clientDiscuté avec Thierry.
Prendre la probabilité `--Pgen` et éventuellement les scénarios `--scenarios`, en partant des modèles qu'ils proposent (TRA, TRB, IGH).
On pourrait, soit de notre côté, soit avec eux, soit eux :
- déjà fai...Discuté avec Thierry.
Prendre la probabilité `--Pgen` et éventuellement les scénarios `--scenarios`, en partant des modèles qu'ils proposent (TRA, TRB, IGH).
On pourrait, soit de notre côté, soit avec eux, soit eux :
- déjà faire un script wrapper encodant dans un `.vidjil` et
- éventuellement, avoir directement une sortie `.vidjil` à l'intérieur de IGoR.
vdj#513
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2870Mieux expliquer le "cluster" sur le client2017-11-22T13:00:23+01:00Tatiana RocherMieux expliquer le "cluster" sur le clientLors du tuto, Aurélie a eu une petite conversation avec Sofie (Helsinki) pour lui expliquer dans quels cas elle utilisait le bouton cluster.
Lors des présentations auprès d'utilisateurs, on ne fait que leur dire que c'est à eux, biologis...Lors du tuto, Aurélie a eu une petite conversation avec Sofie (Helsinki) pour lui expliquer dans quels cas elle utilisait le bouton cluster.
Lors des présentations auprès d'utilisateurs, on ne fait que leur dire que c'est à eux, biologistes, de faire le cluster. Les nouveaux utilisateurs pourraient être perdus.
Est ce qu'on pourrait rajouter des exemples de cluster, ou demander à quelqu'un de le faire ? Ou autre idée
?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2872Tips : shift-click pour cacher tous les locus sauf un2017-11-22T12:57:04+01:00Tatiana RocherTips : shift-click pour cacher tous les locus sauf unA rajouter dans les tips.A rajouter dans les tips.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2866Tuto : le nom "read" est masculin2017-11-22T12:56:35+01:00Tatiana RocherTuto : le nom "read" est masculinChanger les accords dans la tuto.Changer les accords dans la tuto.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2407Compléter feature-c/flexible_axis_display2017-11-22T12:49:04+01:00Ghost UserCompléter feature-c/flexible_axis_displayLa nouvelle fonctionnalité est opérationnelle (-> !22), présente en dev mode pour l'instant.
Il reste cependant plusieurs choses à régler avant de la rendre 'publique'.
Problèmes connus :
- le plus important, les `.fct` (et `.prett...La nouvelle fonctionnalité est opérationnelle (-> !22), présente en dev mode pour l'instant.
Il reste cependant plusieurs choses à régler avant de la rendre 'publique'.
Problèmes connus :
- le plus important, les `.fct` (et `.pretty` selon le besoin) manquants dans `Axes`
-> comme discuté plusieurs fois, tous les axes doivent pouvoir être utilisés ; dans certains cas la `fct` voulue existe déjà mais se trouve ailleurs ; enfin cela mènera sans doute à supprimer l'utilisation `clone.axisOptions`
- déroulement de haut en bas du `segmenter_axis_menu`, dû à l'utilisation du fonctionnement du menu du haut de page (`menu-container`, classe `.selector` et fonctions associées)
-> sans doute plutôt l'inverse puisqu'ici le menu part du bas
- beaucoup de divs, parfois 'vides', pour reproduire la structure du menu et pouvoir utiliser les fonctions liées à `.selector`
- `#segmenter_axis_select.style.top` fixé arbitrairement, dans l'attente d'une solution meilleure et surtout fonctionnelle
-> j'avais essayé plusieurs choses pour obtenir `top = -height`, sans réussite
- alignement des 'colonnes' dans le segmenteur
-> en bonne partie résolu mais la solution en place mène dans certains cas à des 'rognages' de caractères (`overflow : hidden`), notamment avec Chromium
- 'disparition' de `.getPrintabeSize`
-> lire #2399, #2400
- besoin potentiel de nouveaux tests, dédiés aux modifications apportées
- valeur 'undefined' renvoyée par certains axes, transformée en '?' par `.pretty`
-> le string 'undefined' débordait dans les spans d'axisBox, mais '?' n'est pas forcément le plus pertinent ; p-ê mieux à choisir, notamment pour uniformiser si besoin
- espace pris par `list_axis_select`
-> p-ê une solution à trouver pour éviter d'augmenter la hauteur de `list_menu`
Globalement, tout ce qui concerne les contrôleurs/menus peut tout à fait bouger, il s'agissait surtout pour le moment d'avoir quelque chose d'utilisable.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2322Redémarrer les workers de manière systématique après une mise en production2017-11-22T12:48:32+01:00Mikaël SalsonRedémarrer les workers de manière systématique après une mise en productionDiscuté pendant vdj#391.
@RyanHerb :
> Il s'agirait effectivement d'une erreur au moment de la lecture des models (tels que le db.py par exemple). Peut-être faudrait-il commencer à redémarrer les workers de manière systématique après u...Discuté pendant vdj#391.
@RyanHerb :
> Il s'agirait effectivement d'une erreur au moment de la lecture des models (tels que le db.py par exemple). Peut-être faudrait-il commencer à redémarrer les workers de manière systématique après une mise en production ?
Le problème est que `vidjil-ci` n'a pas les droits pour relancer les workers (je pense). Comment pourrait-on faire ?
cc @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2110Favoriser une meilleure distribution des insertions dans le FineSegmenter2017-11-22T12:17:33+01:00Mathieu GiraudFavoriser une meilleure distribution des insertions dans le FineSegmenterTout en restant "déterministe" au sens de Th. Mora, on pourrait avoir un score pour les insertions pour ne pas avoir trop d'insertions trop courtes. "Maximum probability scenario" selon Th. Mora, fait par "Partis" (mais moins bien que "I...Tout en restant "déterministe" au sens de Th. Mora, on pourrait avoir un score pour les insertions pour ne pas avoir trop d'insertions trop courtes. "Maximum probability scenario" selon Th. Mora, fait par "Partis" (mais moins bien que "IGoR").
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2852"Satellites" et clustérisation2017-11-22T11:35:15+01:00Mathieu Giraud"Satellites" et clustérisationFred ~"Paris-Pitié" : à quel point des satellites sont-ils des artefacts ou de "intra-clonal" diversity ?
Voir aussi #1322.Fred ~"Paris-Pitié" : à quel point des satellites sont-ils des artefacts ou de "intra-clonal" diversity ?
Voir aussi #1322.