vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-11-20T09:09:52+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3549tests algo : should-get doit être avant should-vdj2018-11-20T09:09:52+01:00Mathieu Giraudtests algo : should-get doit être avant should-vdjAu moins dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/pipelines/44028, les should-get sont lancés après shoyld-vdj... ce qui n'est pas souhaité. Cela doit être une conséquence des derniers déplacements.
Ping #1491.Au moins dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/pipelines/44028, les should-get sont lancés après shoyld-vdj... ce qui n'est pas souhaité. Cela doit être une conséquence des derniers déplacements.
Ping #1491.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3548Test serveurs unitaires cassés depuis 2 mois : 'init_db_helper' is not defined2020-10-20T14:12:29+02:00Mikaël SalsonTest serveurs unitaires cassés depuis 2 mois : 'init_db_helper' is not definedDepuis environ 2 mois les tests unitaires serveurs plantent mais sans mettre le build en échec
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/gitlab-runner/builds/b8d876c1/0/vidjil/vidjil/server/web2py/gluon/shell.py", line 276, i...Depuis environ 2 mois les tests unitaires serveurs plantent mais sans mettre le build en échec
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/gitlab-runner/builds/b8d876c1/0/vidjil/vidjil/server/web2py/gluon/shell.py", line 276, in run
execfile(startfile, _env)
File "testRunner.py", line 59, in <module>
init_db_helper()
NameError: name 'init_db_helper' is not defined
```
Exemple [d'échec ici, il y a 2 mois](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/150764) et de [succès ici](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/150414), quelques heures avantMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3547Tests serveurs unitaires : un même sample set utilisé deux fois ?2018-10-15T11:20:00+02:00Mikaël SalsonTests serveurs unitaires : un même sample set utilisé deux fois ?Dans `testRunner.py` on a :
```python
fake_sample_set_id = db.sample_set.insert(sample_type = 'patient')
[…]
fake_patient_id = db.patient.insert(first_name="plop",
last_name="plop",
...Dans `testRunner.py` on a :
```python
fake_sample_set_id = db.sample_set.insert(sample_type = 'patient')
[…]
fake_patient_id = db.patient.insert(first_name="plop",
last_name="plop",
birth="1902-02-02",
info="plop",
id_label="plop",
creator=user_id,
sample_set_id=fake_sample_set_id)
[…]
fake_run_id = db.run.insert(name="foobar",
run_date="2010-10-25",
info="foobar",
id_label="foobar",
creator=user_id,
sample_set_id=fake_sample_set_id)
```
On a donc un même sample set, dont l'ID est `fake_sample_set_id`, qui est à la fois lié à un patient et à un run.
Ça ne me paraît pas normal surtout qu'on a dit que le sample set est de type `patient`.
@RyanHerb Ai-je loupé quelque chose ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3546make -j 42018-10-15T18:37:49+02:00Mathieu Giraudmake -j 4Devrions-nous mettre par défaut une option pour compiler en parallèle quand c'est possible ?Devrions-nous mettre par défaut une option pour compiler en parallèle quand c'est possible ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3544manuel; ajouter un point sur le chargement des données.2018-10-10T09:18:31+02:00Thonier Florianmanuel; ajouter un point sur le chargement des données.Une utilisatrice me pointe le fait qu'il manque une partie sur la description pour l'upload des données.
Une simple reformulation au début du paragraphe `Samples and pre-processes`.Une utilisatrice me pointe le fait qu'il manque une partie sur la description pour l'upload des données.
Une simple reformulation au début du paragraphe `Samples and pre-processes`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3543segmenteur; afficher les valeur des axes du graphique courant2020-10-14T11:29:53+02:00Thonier Floriansegmenteur; afficher les valeur des axes du graphique courantIl pourrait des fois être interessant d'afficher les valeurs du clones suivant les feutures actuelement selectionné par le graphique. Cela permettrait parfois de s'y retrouver lorsqu'il y en a plusieurs dans le segmenteru sans forcement ...Il pourrait des fois être interessant d'afficher les valeurs du clones suivant les feutures actuelement selectionné par le graphique. Cela permettrait parfois de s'y retrouver lorsqu'il y en a plusieurs dans le segmenteru sans forcement avoir à les survoler.
Et si oui, comment faire lorsqu'il y a 2 graphiques ? afficher 4 colonnes ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3542Clusteriser sur la CDR3 en acides aminées2020-09-25T10:03:31+02:00Thonier FlorianClusteriser sur la CDR3 en acides aminéesUne remarque faite par @Anne aujourd'hui. Arrest permet de faire un afichage des clones par leurs acides aminées, et donc quand il le fait, il clusterise implicitement toutes les séquences qui vont présenter la même seqeunce d'acides ami...Une remarque faite par @Anne aujourd'hui. Arrest permet de faire un afichage des clones par leurs acides aminées, et donc quand il le fait, il clusterise implicitement toutes les séquences qui vont présenter la même seqeunce d'acides aminés.
Je ne sais pas si c'est souhaitable, mais je présume qu'il y a des cas ou ce serait pratique pour l'utilisateur (plus côté recherche je pense).Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3541Filtrage sur le nom uniquement par défaut2019-02-28T12:39:28+01:00Mikaël SalsonFiltrage sur le nom uniquement par défautIndépendamment de la question du timeout (#3535), se pose l question du filtre qui recherche dans plusieurs champs, ce qui peut être coûteux (de mémoire)
1. Est-ce bien le cas ?
2. Ne pourrait-on pas par défaut chercher dans le nom du s...Indépendamment de la question du timeout (#3535), se pose l question du filtre qui recherche dans plusieurs champs, ce qui peut être coûteux (de mémoire)
1. Est-ce bien le cas ?
2. Ne pourrait-on pas par défaut chercher dans le nom du sample pour accélérer le filtrage ? (cela semble être la recherche la plus fréquente) On pourrait conserver une option pour filtrer dans plus de champs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3539Export CSV de stats / qualité2024-01-18T15:28:01+01:00Mathieu GiraudExport CSV de stats / qualitéSuggestion de @Anne : pouvoir obtenir un export csv d'un run, sur tous les fihciers qui le compose
cc @RyanHerbSuggestion de @Anne : pouvoir obtenir un export csv d'un run, sur tous les fihciers qui le compose
cc @RyanHerbWeb 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3538Réflexion sur les lancements (post-)post-process2019-03-05T15:10:14+01:00Mathieu GiraudRéflexion sur les lancements (post-)post-processOn a des choses à lancer après nos process: #1469 #1744 #3181 #1567
Certaines choses (#1469, #3181 ?) pourraient se lancent via le ~"server-fuse", d'autres vraiment après, parfois non systématiquement, sur demande de l'usager (#1744, ~"...On a des choses à lancer après nos process: #1469 #1744 #3181 #1567
Certaines choses (#1469, #3181 ?) pourraient se lancent via le ~"server-fuse", d'autres vraiment après, parfois non systématiquement, sur demande de l'usager (#1744, ~"app\-clonedb" plus poussé, #1567...). On devrait discuter d'un mécanisme pour au moins ce dernier cas.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3537Colorer les mutations suivant l'impact sur l'acide aminé2021-11-19T11:06:56+01:00Mikaël SalsonColorer les mutations suivant l'impact sur l'acide aminéSuite à #2056 on affiche différemment les mutations silencieuses des mutations non silencieuses. Mais on pourrait aller plus loin en affichant les mutations en fonction du score dans une matrice de score pour la conversion d'un acide ami...Suite à #2056 on affiche différemment les mutations silencieuses des mutations non silencieuses. Mais on pourrait aller plus loin en affichant les mutations en fonction du score dans une matrice de score pour la conversion d'un acide aminé vers un autre.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3536IKZF1/ERG : Beaucoup de choses unexpected2018-10-10T09:38:44+02:00Mikaël SalsonIKZF1/ERG : Beaucoup de choses unexpected* http://app.vidjil.org/index.html?set=29057&config=49
* http://app.vidjil.org/index.html?set=29056&config=49
* http://app.vidjil.org/index.html?set=29055&config=49
* http://app.vidjil.org/index.html?set=29054&config=49
Voir pourquoi.* http://app.vidjil.org/index.html?set=29057&config=49
* http://app.vidjil.org/index.html?set=29056&config=49
* http://app.vidjil.org/index.html?set=29055&config=49
* http://app.vidjil.org/index.html?set=29054&config=49
Voir pourquoi.Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3535Information progressive avant timeout plus long2019-11-04T11:10:02+01:00Mikaël SalsonInformation progressive avant timeout plus long(Utilité du timeout ?)
C'est plus frustrant pour l'utilisateur qu'autre chose. On pourrait éventuellement mettre un message au bout de 15/30 secondes distant que la requête semble prendre du temps ou qu'il y a un problème de réseau.
Ma...(Utilité du timeout ?)
C'est plus frustrant pour l'utilisateur qu'autre chose. On pourrait éventuellement mettre un message au bout de 15/30 secondes distant que la requête semble prendre du temps ou qu'il y a un problème de réseau.
Mais à l'heure actuelle je pense que ça a plus pour effet de surcharger le serveur qu'autre chose (car lorsque le timeout arrive la requête n'est pas arrêtée mais l'utilisateur va relancer la requête pour avoir sa réponse).Lille-LAL-next2019-03-06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3534CloneDB : Axe par le nombre de sample sets ayant des clones2019-11-21T17:22:35+01:00Mikaël SalsonCloneDB : Axe par le nombre de sample sets ayant des clonesActuellement on a le nombre de clones trouvés dans la cloneDB mais on pourrait très bien avoir 50 clones dans un même sample ou dans 50 samples différents (on peut le voir en allant dans la fenêtre info). Il peut être bien d'avoir aussi ...Actuellement on a le nombre de clones trouvés dans la cloneDB mais on pourrait très bien avoir 50 clones dans un même sample ou dans 50 samples différents (on peut le voir en allant dans la fenêtre info). Il peut être bien d'avoir aussi sous le coude un axe avec le nombre de samples ayant cette séquence.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3533Utiliser `set_token` dans les listes et les fiches2018-11-09T12:19:41+01:00Mathieu GiraudUtiliser `set_token` dans les listes et les fichesAvec les récentes utilisations de `set_token`, et bientôt #2728, on aimerait être encore plus systématique et voir un `set_token` dès qu'on parle d'un set. Je vois deux endroits :
- dans les listes de patients/runs/sets (cela va certes...Avec les récentes utilisations de `set_token`, et bientôt #2728, on aimerait être encore plus systématique et voir un `set_token` dès qu'on parle d'un set. Je vois deux endroits :
- dans les listes de patients/runs/sets (cela va certes être beaucoup coloré... si c'est trop on éclairciera encore la couleur)
- dans le `<h3>` en titre de chaque fiche de patient/run/setRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3532Décorateur ligne : mieux centrer / afficher texte2018-10-08T11:00:44+02:00Mathieu GiraudDécorateur ligne : mieux centrer / afficher texteSuite à #3455.Suite à #3455.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3531Le spinner disparaît au bout de 2 (ou 3 ?) secondes2018-11-12T13:50:39+01:00Mikaël SalsonLe spinner disparaît au bout de 2 (ou 3 ?) secondesSur le serveur, le spinner d'attente disparaît assez rapidement même si la requête n'est pas finie. Pour l'observer il suffit de cliquer sur l'onglet users qui met une bonne dizaine de secondes à se charger normalement.
Est-ce que cela ...Sur le serveur, le spinner d'attente disparaît assez rapidement même si la requête n'est pas finie. Pour l'observer il suffit de cliquer sur l'onglet users qui met une bonne dizaine de secondes à se charger normalement.
Est-ce que cela peut avoir un lien avec !291 ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3529Versions de librairies python entre nos installations/celles des autres2018-10-05T19:26:16+02:00Ryan HerbertVersions de librairies python entre nos installations/celles des autresLors de l'installation de vdb, la version spécifiée de uWSGI ne compilait pas (changement de version d'Ubuntu?), que doit-on faire vis-à-vis de notre fichier `requirements.txt` et des versions spécifées dedans (est-il envisageable de sim...Lors de l'installation de vdb, la version spécifiée de uWSGI ne compilait pas (changement de version d'Ubuntu?), que doit-on faire vis-à-vis de notre fichier `requirements.txt` et des versions spécifées dedans (est-il envisageable de simplement retirer les versions pour demander la version la plus récente qui est compatible ?).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3528StatsQC : Le genescan est vide parfois (lorsque des valeurs sont undefined ?)2018-10-05T18:19:40+02:00Mikaël SalsonStatsQC : Le genescan est vide parfois (lorsque des valeurs sont undefined ?)Sur `dev` pour le run 26863Sur `dev` pour le run 26863https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3527Genescan et position y2018-10-05T19:24:07+02:00Mathieu GiraudGenescan et position yhttps://stackoverflow.com/questions/526035/how-can-i-position-my-div-at-the-bottom-of-its-container
cc @RyanHerb @mikael\-shttps://stackoverflow.com/questions/526035/how-can-i-position-my-div-at-the-bottom-of-its-container
cc @RyanHerb @mikael\-s