vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-12-04T11:46:13+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2334cloneDB : ontologie des maladies2017-12-04T11:46:13+01:00Thonier FloriancloneDB : ontologie des maladiesDiscussion avec Véronique à l'aéroport :
Il existe des ontologie des maladies, et ce au niveau européen et au niveau Français. D'expérience, elle conseille d'y réfléchir en amont pour flécher le choix des champs par les praticiens/ch...Discussion avec Véronique à l'aéroport :
Il existe des ontologie des maladies, et ce au niveau européen et au niveau Français. D'expérience, elle conseille d'y réfléchir en amont pour flécher le choix des champs par les praticiens/chercheurs et ne pas flooder la DB en meta-data.
Exemple : World Health Organization et NCBO en fournissent au niveau international.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2932Histogrammes à 100%2017-12-04T11:26:27+01:00Mathieu GiraudHistogrammes à 100%Autre possibilité par rapport à #2926 : avoir des histogrammes qui font tous 100% pour voir bien comment se répartit les clones dans un axe `x` (typiquement le locus) plutôt que la taille relative des barres.
(comment appelle-t-on ce ty...Autre possibilité par rapport à #2926 : avoir des histogrammes qui font tous 100% pour voir bien comment se répartit les clones dans un axe `x` (typiquement le locus) plutôt que la taille relative des barres.
(comment appelle-t-on ce type de dessin ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2926Camemberts flexibles2017-12-04T11:26:27+01:00Mathieu GiraudCamemberts flexiblesActuellement, nous avons des camemberts dans le ~"client-rapport", montrant les locus par échantillon, peu configurables. Si cela n'apporte rien, on les retire ? Ou bien est-ce une information à mettre aussi dans nos vues princicpales ?
...Actuellement, nous avons des camemberts dans le ~"client-rapport", montrant les locus par échantillon, peu configurables. Si cela n'apporte rien, on les retire ? Ou bien est-ce une information à mettre aussi dans nos vues princicpales ?
Si oui, devrait-on 1) juste mettre la même vue dans l'appli principale ? Alors plutôt comme vue alternative du ~"client-graph" ?
2) ou bien dans le scatterplot, un `MODE_PIE` qui serait complémentaire de `MODE_BAR` et `MODE_GRID` ? L'axe `x` répartirait en camemberts différents (par exemple les locus), l'axe `y` serait la clé de répartition au sein d'un camembert. Les camemberts pourraient avoir tous le même rayon, soit avoir un rayon reflétant la taille des clones.
On pourrait avoir l'impression que cela permette d'afficher une information assez similaire de `MODE_BAR`. La pertinence bio serait surtout quand l'axe `x` n'est pas vraiment continu. Typiquement, les locus: souvent on ne veut pas comparer le nombre de reads par locus mais les étudier séparément (voir aussi #1887)...
Bof bof...
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1706Couleurs : est-ce qu'on met une coloration par défaut ?2017-12-04T11:20:35+01:00Vidjil TeamCouleurs : est-ce qu'on met une coloration par défaut ?Comparaison avec ARResT : Florian trouve plus joli le fait d'avoir déjà des colorations. A discuter.
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@Cyanael @mikael-s @magiraudComparaison avec ARResT : Florian trouve plus joli le fait d'avoir déjà des colorations. A discuter.
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@Cyanael @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2931Coloration Genescan par locus2017-12-04T11:18:47+01:00Mathieu GiraudColoration Genescan par locus@mikael-s, dans #1887 :
> (...) un Genescan ? Surtout si on le colore par locus ?
La coloration par locus est en effet jolie sur un Genescan. Aurait-on envie de la mettre par défaut (mais voir #1706) ? Tout dépend ce qu'on voit au-dess...@mikael-s, dans #1887 :
> (...) un Genescan ? Surtout si on le colore par locus ?
La coloration par locus est en effet jolie sur un Genescan. Aurait-on envie de la mettre par défaut (mais voir #1706) ? Tout dépend ce qu'on voit au-dessous dans la ~"client-grid" : actuellement, on voit bien les différents locus (et ce serait encore plus clair avec #1887).
Ou faire déjà un preset Genescan avec les couleurs #2930 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2928Un composant pour des infos login / serveur / uploads / ... toujours visibles2017-12-04T09:17:32+01:00Mathieu GiraudUn composant pour des infos login / serveur / uploads / ... toujours visiblesEssai pour #2848 et #2927.
- regrouper toutes les interactions au serveur quelque part. Certes, `open patient` est aussi de l'interaction serveur, mais là on parle d'infos plutôt de connexion / debug / monitor
- réfléchir sur une ou p...Essai pour #2848 et #2927.
- regrouper toutes les interactions au serveur quelque part. Certes, `open patient` est aussi de l'interaction serveur, mais là on parle d'infos plutôt de connexion / debug / monitor
- réfléchir sur une ou plusieurs icônes. Avoir un moyen d'indiquer qu'on est connecté et que le serveur répond. Regroupe-t-on ce qui dépend de l'upload, de requêtes en cours au même endroit ?
- quelle intégration au menu ? Vidjil(beta) ne prend-il pas trop de place ? comment faire des menus propres alignés à droite ? Ou bien ne pas trop passer du temps sur ces questions, tout risquant d'être chamboulé bientôt par ~"vmi-responsive" (et on aura alors une vue "serveur" ?)
- mis aucune couleur ici, bien que ce soit très tentant sur plusieurs éléments... garder la couleur pour les clones ?
![server-menu](/uploads/70736279d6d690ab0f6b7bb008fc5590/server-menu.png)
![server-menu.svg](/uploads/5e558e6a9551d88616ec3ee3bb7b95e8/server-menu.svg)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2547Générer des QR-codes pour les URLs2017-12-04T08:19:04+01:00Mathieu GiraudGénérer des QR-codes pour les URLsUtilisations possibles
- Côté recherche ou com, sur présentations/posters/pubs...
- Côté clinique, sur les rapports patients imprimés
Faire d'abord #2095.
Utilisations possibles
- Côté recherche ou com, sur présentations/posters/pubs...
- Côté clinique, sur les rapports patients imprimés
Faire d'abord #2095.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1651Estimer K/lambda pour le FineSegmenter: ALP ?2017-11-29T15:52:50+01:00Vidjil TeamEstimer K/lambda pour le FineSegmenter: ALP ?cost::toPvalue() devrait calculer une p-valeur.
Même calcul que Blast, avec estimation K et lambda ? Autre chose ?
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Voir ALP (utilisé par SortMeDNA) : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Spouge/html_ncbi/html/software/program.html...cost::toPvalue() devrait calculer une p-valeur.
Même calcul que Blast, avec estimation K et lambda ? Autre chose ?
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Voir ALP (utilisé par SortMeDNA) : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Spouge/html_ncbi/html/software/program.html?uid=6
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d0246c4: K/lambda, mais pas d'estimation
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ping. Ne pas oublier que nos K/lambda sont un peu olé-olé... cela doit se sentir encore plus pour les Ds.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2440Segmenteur, gènes VDJ: refactorer encore, highlights2017-11-29T15:11:37+01:00Mathieu GiraudSegmenteur, gènes VDJ: refactorer encore, highlightsÉvoqué avec @aurelBZH : ce serait bien que `toString` de `genseq` utilise les highlights. Cela permettrait de faire des choses sur les "autres séquences", et surtout de ne pas avoir de code en double.
Une solution est de couper `toStrin...Évoqué avec @aurelBZH : ce serait bien que `toString` de `genseq` utilise les highlights. Cela permettrait de faire des choses sur les "autres séquences", et surtout de ne pas avoir de code en double.
Une solution est de couper `toString` de `Sequence` en deux, pour sépararer la partie préparation des highlights de la partie affichage.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2424Avoir un meilleur retour quand on s'apprête à cacher un sample2017-11-29T15:11:35+01:00Mathieu GiraudAvoir un meilleur retour quand on s'apprête à cacher un sampleQuand on veut cacher un sample, on drag/drop son label sur le `graph_menu`.
Dans ce drag/drop, ce serait intéressant d'avoir un retour au moment où on est en `:hover` sur `graph_menu`, voir qu'on peut effectivement lâcher le sample ici. ...Quand on veut cacher un sample, on drag/drop son label sur le `graph_menu`.
Dans ce drag/drop, ce serait intéressant d'avoir un retour au moment où on est en `:hover` sur `graph_menu`, voir qu'on peut effectivement lâcher le sample ici.
cc @hetohttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2441Changer un axe du scatterplot en cliquant dessus2017-11-29T15:11:35+01:00Mathieu GiraudChanger un axe du scatterplot en cliquant dessusSans aller dans le menu plot, on pourrait souhaiter changer les axes X/Y juste en cliquant sur l'axe. À discuter.Sans aller dans le menu plot, on pourrait souhaiter changer les axes X/Y juste en cliquant sur l'axe. À discuter.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2126remplacer documentUri2017-11-29T15:11:35+01:00Mathieu Giraudremplacer documentUri@aurelBZH a vu que `documentUri` n'est pas supporté par IE (6 à 10) : http://www.w3schools.com/jsref/prop_document_documenturi.asp
Voir #2006.
@RyanHerb @mikael-s@aurelBZH a vu que `documentUri` n'est pas supporté par IE (6 à 10) : http://www.w3schools.com/jsref/prop_document_documenturi.asp
Voir #2006.
@RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2696limiter la taille des points représentant les clone dans le scatterplot2017-11-29T15:11:34+01:00Ghost Userlimiter la taille des points représentant les clone dans le scatterplotsuite a la normalisation l'abondance des clones devient superieur a 100% ce qui fait que la taille des clones dans le scatterplot devient énorme.suite a la normalisation l'abondance des clones devient superieur a 100% ce qui fait que la taille des clones dans le scatterplot devient énorme.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1511'Compare patients': afficher aussi le nom (ou le numéro) de la config dans le...2017-11-29T14:01:55+01:00Vidjil Team'Compare patients': afficher aussi le nom (ou le numéro) de la config dans le nom du point
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@nobody @RyanHerb
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@nobody @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1665minifier JS ?2017-11-29T13:56:18+01:00Vidjil Teamminifier JS ?https://github.com/mishoo/UglifyJS2 ? Autre chose ?
Utiliité ? (comme on a besoin de MB pour télécharger les .vidjil, est-ce que cela vaut le coup de compresser un peu les .js ?)
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@Duezhttps://github.com/mishoo/UglifyJS2 ? Autre chose ?
Utiliité ? (comme on a besoin de MB pour télécharger les .vidjil, est-ce que cela vaut le coup de compresser un peu les .js ?)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2484Donner accès aux fichiers dans des sous-répertoires du répertoire temporaire2017-11-29T13:54:40+01:00Mathieu GiraudDonner accès aux fichiers dans des sous-répertoires du répertoire temporaireSuite à #2141, j'ai l'impression qu'on ne peut pas donner accès aux fichiers dans des sous-répertoires (typiquement le répertoire `out/seq` de Vidjil). Le problème si l'on met tout cela à plat est qu'on peut avoir beaucoup de fichiers......Suite à #2141, j'ai l'impression qu'on ne peut pas donner accès aux fichiers dans des sous-répertoires (typiquement le répertoire `out/seq` de Vidjil). Le problème si l'on met tout cela à plat est qu'on peut avoir beaucoup de fichiers...
à voir si cela vaut le coup (notamment pour #1703), mais rien d'urgent
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2842le color by reste sur la dernière valeur selectionnée lors d'un reload de la ...2017-11-29T13:46:13+01:00Thonier Florianle color by reste sur la dernière valeur selectionnée lors d'un reload de la page (mais ne l'applique pas)Une remarque que je m'étais déjà faite (mais pas retrouvé de tâche la dessus...)
Si on choisit un `color by` et que l'on recharge la page, on reste sur cette valeur qui est selectionnée. A la rigueur ce n'est pas forcement dérangeant ( ...Une remarque que je m'étais déjà faite (mais pas retrouvé de tâche la dessus...)
Si on choisit un `color by` et que l'on recharge la page, on reste sur cette valeur qui est selectionnée. A la rigueur ce n'est pas forcement dérangeant ( cf #2836). Cependant, on montre cette valeur comme active, mais elle n'est pas appliquée.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1952Export csv générique sur toute vue grid / bar2017-11-29T13:44:21+01:00Vidjil TeamExport csv générique sur toute vue grid / barPouvoir exporter un .csv correspondant à une vue du scatterplot (clones affichés, axes X/Y/couleur utilisés). En grid comme en bar. Les bios vont adorer, grosse feature pour eux.
Rando 2016: Marc voit comment faire cela.
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@DuezPouvoir exporter un .csv correspondant à une vue du scatterplot (clones affichés, axes X/Y/couleur utilisés). En grid comme en bar. Les bios vont adorer, grosse feature pour eux.
Rando 2016: Marc voit comment faire cela.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1700Statistiques sur le sens de la segmentation de chaque clone2017-11-29T13:41:45+01:00Vidjil TeamStatistiques sur le sens de la segmentation de chaque cloneIl faudrait afficher dans le browser le strand ratio pour chaque clone (avec un warning quand c'est très biaisé).
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Et donc avant, le stocker dans le cpp et l'exporter
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@magiraud @mikael-sIl faudrait afficher dans le browser le strand ratio pour chaque clone (avec un warning quand c'est très biaisé).
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Et donc avant, le stocker dans le cpp et l'exporter
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2915Ne mettre que le upstream / amont, et pas le gène D, pour être sûr du IGH+2017-11-29T13:26:07+01:00Mathieu GiraudNe mettre que le upstream / amont, et pas le gène D, pour être sûr du IGH+Proposition baroque.Proposition baroque.