vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-10-06T13:47:35+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2581Tip of the day : avoir une liste de 20 tips2017-10-06T13:47:35+02:00Mathieu GiraudTip of the day : avoir une liste de 20 tipsProposition de @Cyanael et de tous
Voir aussi #1320 / #1945Proposition de @Cyanael et de tous
Voir aussi #1320 / #1945Web 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2170Pouvoir ajouter des catégories pour des patients/samples2017-10-06T13:41:46+02:00Thonier FlorianPouvoir ajouter des catégories pour des patients/samplesDemande de Rennes qui demande refléxion.
>Est-il envisageable qu'un utilisateur ait des categories (mrd, diag, recherche, mutéXXX, ...) pour ouvoir classer ses patients, et ensuite cliquer pour filtrer sur ce champs ?
L'idée ici serait...Demande de Rennes qui demande refléxion.
>Est-il envisageable qu'un utilisateur ait des categories (mrd, diag, recherche, mutéXXX, ...) pour ouvoir classer ses patients, et ensuite cliquer pour filtrer sur ce champs ?
L'idée ici serait de filtrer les données de recherche, et restreindre l'affichage uniquement aux patients correspondant à l'une ou l'autre de ces deux categories seulement.
Seconde possibilité, une union entre ces differents filtres ?
D'un point de vue technique, il faut rajouter un champs dans la base qui servira de filtre., et adapter la requete avec cette information.
Il faut aussi prévoir une page de création/modifications des categories, et un champs supplémentaire lors de la creation/modification d'un patient
L'autre point, c'est que ça peut rallonger le délai de traitement sur le BDD.
Il s'agit d'une piste de réflexion, je ne sais pas si au vue des contraintes c'est envisageable.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2172Tags: modèle, recherches2017-10-06T13:41:46+02:00Mathieu GiraudTags: modèle, recherchesVoir la discussion initiée par @flothoni dans #2170, et la vieille tâche #1745.
Les tags (en général, hors cas particuliers comme #1555) seraient des simples mots présents dans les infos d'un sample set et/ou d'un sample. On souhaite ic...Voir la discussion initiée par @flothoni dans #2170, et la vieille tâche #1745.
Les tags (en général, hors cas particuliers comme #1555) seraient des simples mots présents dans les infos d'un sample set et/ou d'un sample. On souhaite ici mieux gérer ces tags tels que `#bla` (ou `#mrd`, en attendant #1555).
Idées en vrac, à discuter / compléter :
- (affichage d'une fiche) afficher les tags d'une certaine manière (en inline, comme ~"bio-metadata" dans gitlab ?)
- (affichage d'une liste de sample sets / samples) afficher certains tags dans la liste
- (recherche/édition) proposer une liste de tags à côté des champs de recherche
- (recherche/édition) faire de l'autocomplétion lorsqu'on saisit `#` dans ces champs
- ...
cc @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.09Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2619Tags: remplir le champ de recherche pour savoir qu'on a filtré sur le tag2017-10-05T15:11:30+02:00Mathieu GiraudTags: remplir le champ de recherche pour savoir qu'on a filtré sur le tagDiscuté lors de l'audioDiscuté lors de l'audioRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2682Segmenteur: Alignement des highlights2017-10-04T14:12:36+02:00Ryan HerbertSegmenteur: Alignement des highlightsL'alignement des highlights pose problème.
La solution actuelle, se basant sur les `em` semble ne pas pouvoir fonctionner (du moins, la solution n'a pas été trouvée)
Un post stackoverflow n'a pas donné de solution utilisant notre méthod...L'alignement des highlights pose problème.
La solution actuelle, se basant sur les `em` semble ne pas pouvoir fonctionner (du moins, la solution n'a pas été trouvée)
Un post stackoverflow n'a pas donné de solution utilisant notre méthode: https://stackoverflow.com/questions/46215419/aligning-characters-of-different-font-sizes-in-css
Un essai avec des spans semble ralentir le tout de manière conséquente.
Un autre essai avec une table (100*300) rend le segmenteur quasi inutilisable (sans qu'il n'y ai les évènements JS associés à des clones).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2659Heure des sauvegardes, check backup, +1 jour2017-09-21T17:47:47+02:00Mathieu GiraudHeure des sauvegardes, check backup, +1 jourActuellement,
- sauvegarde à 4:00 (?) sur vda, finie d'être uploadée sur bbi à 7:30 (mais bon, va s'améliorer avec #1738)
- on vérifie que la sauvegarde de la veille a fonctionné
Pourrait-on
- remonter la sauvegarde de 2h (pour qu'e...Actuellement,
- sauvegarde à 4:00 (?) sur vda, finie d'être uploadée sur bbi à 7:30 (mais bon, va s'améliorer avec #1738)
- on vérifie que la sauvegarde de la veille a fonctionné
Pourrait-on
- remonter la sauvegarde de 2h (pour qu'elle soit fini d'être uploadée à 5:30, avant que l'Europe de l'Est ne commence sa journée) ?
- et vérifier la sauvegarde du jour même (quitte à ce que soit le midi) ? Pas besoin de perdre 1 jour s'il y a un soucis ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1499Mise en prod de l'evalue (printemps 2015)2017-09-20T08:48:13+02:00Vidjil TeamMise en prod de l'evalue (printemps 2015) - mettre une e-valeur par défaut
- dans le multi, comparer les `KmerSegmenter` par leur e-value
- prise en compte de la longueur de la séquence
ae1ac52
- mettre une e-valeur par défaut
- dans le multi, comparer les `KmerSegmenter` par leur e-value
- prise en compte de la longueur de la séquence
ae1ac52
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1756Only V / Only J alors qu'il n'y a que du bruit2017-09-19T23:50:40+02:00Vidjil TeamOnly V / Only J alors qu'il n'y a que du bruitLe mail que j'ai envoyé à McGill m'a mis la puce à l'oreille : vraiment, leurs données RNA-Seq contiendraient des dizaines de % de reads en only V ou only J ?
rbx : ~/patients/u061-McGill/V03-372-1T_1.fq
Regardé quelques reads au début ...Le mail que j'ai envoyé à McGill m'a mis la puce à l'oreille : vraiment, leurs données RNA-Seq contiendraient des dizaines de % de reads en only V ou only J ?
rbx : ~/patients/u061-McGill/V03-372-1T_1.fq
Regardé quelques reads au début (-i -x 1000 -K -uU )... et non, on fait n'importe quoi :
>Bla
CTAGGCATGGCTCCTCTCCACAGGAAAACTCCACTCCAGTGCTCAGCTTGCACCCTGGCACAGGCCAGCAGTTGCTGGAAGTCAGACACCTGAGAAGAAC
# 1 ! seed IGK UNSEG only V _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-K _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
Je pensais qu'il y avait un filtre de e-value pour only V / only J...
***
5298c86.
Différence entre 2015.10.2 et 5298c86, sur V03-372-1T_1.fq
(http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1233&config=25, 10M reads) :
UNSEG strand -> 52957 99.5
- UNSEG too few V/J -> 7341235 97.5
- UNSEG only V -> 1660661 94.3
- UNSEG only J -> 1041862 94.7
- UNSEG ambiguous -> 898556 99.4
+ UNSEG too few V/J -> 10786960 96.9
+ UNSEG only V -> 108604 98.5
+ UNSEG only J -> 46512 99.5
+ UNSEG ambiguous -> 238 100.0
UNSEG too short w -> 1 100.0
Cette correction de bug peut justifier 2015.12 :-)
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2361axes: factoriser encore un peu available_axis2017-09-15T13:42:23+02:00Mathieu Giraudaxes: factoriser encore un peu available_axisVu ce matin avec @RyanHerb. En particulier pour les bar plots.
Et si possible, pour les germline pour les grids... mais tant pis si ce n'est pas possible.Vu ce matin avec @RyanHerb. En particulier pour les bar plots.
Et si possible, pour les germline pour les grids... mais tant pis si ce n'est pas possible.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2496Avoir un déploiement de prod `deploy_prod` identique à `deploy`, en prenant l...2017-09-14T11:27:01+02:00Mathieu GiraudAvoir un déploiement de prod `deploy_prod` identique à `deploy`, en prenant les artefactsDans `.gitlab-ci.yml`, `deploy_prod` pourrait être identique à `deploy`, au lieu de déploiement près.
Cela permettrait en particulier de prendre les artefacts (dont `germline.js` et `git-sha1.js`).
Mais comment gérer `conf.js` dans un d...Dans `.gitlab-ci.yml`, `deploy_prod` pourrait être identique à `deploy`, au lieu de déploiement près.
Cela permettrait en particulier de prendre les artefacts (dont `germline.js` et `git-sha1.js`).
Mais comment gérer `conf.js` dans un déploiement automatique ? (Et qu'est-ce qui est fait actuellement pour les `deploy` de review ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/929vidjil.cpp: .json doit avoir les même limites que stdout2017-09-12T18:28:05+02:00Vidjil Teamvidjil.cpp: .json doit avoir les même limites que stdoutactuellement, il faut mettre -% 0 -R 1 -z 9999, sinon on a plein de "unsegmented" dans l'interface, et les bios se demandent ce qu'il se passe
***
euh ?
***
@nobodyactuellement, il faut mettre -% 0 -R 1 -z 9999, sinon on a plein de "unsegmented" dans l'interface, et les bios se demandent ce qu'il se passe
***
euh ?
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1630Que doit renvoyer l'automate pour indexLoad ?2017-09-12T18:21:11+02:00Vidjil TeamQue doit renvoyer l'automate pour indexLoad ?hihihi
***
@magiraud @mikael-shihihi
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2519Restes de "patient" pour les sample sets2017-09-12T17:29:01+02:00Mathieu GiraudRestes de "patient" pour les sample setsSuite à #2512, est-ce que quelqu'un peut m'éclairer sur les restes de `patient` dans les vues `sample_set/` ?
---
`sample_set/all.html`
```
{{if auth.can_create_patient():}}
sample_set/all.html-<span class="button2" onclick="db....Suite à #2512, est-ce que quelqu'un peut m'éclairer sur les restes de `patient` dans les vues `sample_set/` ?
---
`sample_set/all.html`
```
{{if auth.can_create_patient():}}
sample_set/all.html-<span class="button2" onclick="db.call('{{=helper.get_add_route()}}')"> + new {{=helper.get_type_display()}} </span>
```
Le droit `create_patient` signifie-t-il bien qu'on a le droit de créer tout type de sample sets ? Il faudrait dans ce cas mettre à jour la doc et renommer ce qui est visible en "create sample sets (patients, runs, ...)"
---
`sample_set/custom.html`
```
<td class="column_200"> patient </td>
```
à changer ?
---
`sample_set/index.html`
```
<td> <a {{if row.sequence_file.data_file == None :}} {{=XML("class='inactive' title='file is missing' ")}}
{{else:}} href="{{=URL('patient','download', scheme='https',
```
Euh ?
---
`sample_set/permission.html`
```
{{if not auth.can_modify_patient(request.vars["id"]) :}}
<div>you need admin access on this patient if you want to change permission </div>
```
Euh ? Permission générique de modifier un sample_set ?
---
cc @RyanHerb, @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2518Erreur de permission dans l'utilisation du compare samples2017-09-12T14:58:39+02:00Mikaël SalsonErreur de permission dans l'utilisation du compare samplesAurélie a obtenu de nombreuses erreurs lors de l'utilisation du custom. Par exemple :
```
default/get_custom_data : you do not have permission to consult this element (16614)you do not have permission to consult this element (16614)you ...Aurélie a obtenu de nombreuses erreurs lors de l'utilisation du custom. Par exemple :
```
default/get_custom_data : you do not have permission to consult this element (16614)you do not have permission to consult this element (16614)you do not have permission to consult this element (22815)you do not have permission to consult this element (22817)you do not have permission to consult this element (22827)you do not have permission to consult this element (22829)
```
Voir un exemple ici auquel Aurélie n'accède pas : http://app.vidjil.org/?custom=22626&custom=22628& alors que les deux échantillons sont bien accessibles par Aurélie : http://app.vidjil.org/?sample_set_id=22628&config=25 et http://app.vidjil.org/?sample_set_id=22626&config=25
Quand on cherche `permission to consult` dans `vidjil-debug.log` on se rend compte que ce n'est pas la seule à avoir rencontré ce genre de problème.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1405C++11 : Jenkins et ses slaves, Travis2017-09-08T19:06:57+02:00Vidjil TeamC++11 : Jenkins et ses slaves, TravisPour l'instant tous les dév C++11 sont sur la branche c++11.
Avant de passer sur master, il faudra que nos systèmes d'intégration continue prennent tout cela...
... et ce n'est pas si facile: par exemple, sur Travis, le gcc par défaut ...Pour l'instant tous les dév C++11 sont sur la branche c++11.
Avant de passer sur master, il faudra que nos systèmes d'intégration continue prennent tout cela...
... et ce n'est pas si facile: par exemple, sur Travis, le gcc par défaut est 4.6
Voir http://gearchicken.com/wordpress/?p=105
***
(copié depuis tâche C++11)
Mikaël : CentOS 6 (maintenue jusqu'en 2017) embarque gcc 4.4 qui a un support limité de C++11 (pas de lambda fonctions par exemple) : https://gcc.gnu.org/gcc-4.4/cxx0x_status.html
Mathieu: Oui... et on trouvera plein d'autres systèmes stables sans bon support C++11. Je propose qu'on ne revienne pas sur la décision : on va basculer sur C++11. Par contre, il faut trouver un moyen correct d'avoir notre intégration continue.
Trois solutions :
- on arrive à installer un gcc correct sur CentOS 6 : http://www.necessaryandsufficient.net/2014/07/c11-on-centos/
- on met plutôt un slave CentOS 7
- on enlève CentOS des slaves !
***
Comment détecter s'il faut passer l'option -std=c++0x ou -std=c++11 au compilateur et le mettre automatiquement dans le Makefile ? Sur les différents slaves on n'aura pas forcément les mêmes versions des compilateurs (et ce n'est pas nécessairement souhaitable). Alors on pourrait, dans la config de Jenkins, mettre une option à la main. Mais ce n'est pas super portable et ça nécessite que l'utilisateur sache s'il doit passer l'option c++0x ou c++11 ce qui n'est pas gagné d'avance…
***
Bien sûr les autotools font ça :)
***
Travis: bbb0de1, 3ca2a73
***
Mmm... si tu veux faire du autotoools (autoconf suffit ?), vas-y sur une autre tâche...
Notons que, sur un système très (trop) récent, il n'y a besoin d'aucun flag, héhé.
***
Sans mettre une option à la main, on ne peut pas tout simplement définir la variable d'environnement CXXFLAGS à la main sur chaque slave une fois pour toute ? Oui c'est manuel, mais de toute façon l'installation d'un bon gcc est aussi manuelle...
***
Sur quel système récent il n'y a pas besoin de flag ? Pour gcc 9.2 (dernière version stable), il faut toujours le flag. La version par défaut est c++98.
La variable d'environnement solutionnerait le problème pour les slaves mais pas pour les utilisateurs extérieurs utilisant le programme (savoir compiler un programme ne veut pas dire savoir quelle option passer à gcc).
L'utilisation d'autotools était une boutade. Mais c'est vrai que si on peut utiliser autoconf seul ça pourrait être intéressant : ce n'est pas la seule dépendance qu'on a (zlib, c++11, unzip, wget, tar).
Pour la gestion du flag C++11, une piste peut être de tester la version de gcc dans le Makefile : http://stackoverflow.com/a/5188472/1192742
***
Le module json n'a pas seulement besoin de C++11 mais d'un gcc >= 4.8 (mars 2013). L'inconvénient c'est que c'est très récent, l'avantage c'est que l'option de compilation est forcément -std=c++11
***
Remonté. Bloquant pour parser C+11.
***
(aïe, Travis est sur gcc 4.6.3 pour l'instant)
***
non, c'est bon, sur la branche c++11-new Travis est bien sur 4.8.1
***
Ubuntu 12.04 : c'est bon !
En s'inspirant de http://askubuntu.com/questions/271388/how-to-install-gcc-4-8
```
sudo apt-get install python-software-properties
sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-toolchain-r/test
sudo apt-get update
sudo apt-get install gcc-4.8 g++-4.8
### sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-4.8 50 ### pas fait !
```
puis
make CXX=g++-4.8
(ou make CXX=g++-4.8 CXXFLAGS="-std=c++11" si on a enlevé d19e410)
Les tests should passent (après enlevage de compilation, les flags ne passent pas dans make test)
***
Les derniers développements de Marc (parser, puis matrice distance) ont lieu sur c++11-new. Il faut merger à un moment.
Proposition :
- la release 2015.06 sera la dernière non - c++11
- en contrepartie, on va diffuser ensuite des binaires
(- et... si on y tient, on pourrait toujours backporter des bugs sur 2015.06)
Implémentation :
- juste après la release 2015.06, on merge c++11-new.
- cela cassera certains slaves, on verra ce que l'on fait. Installer g++-4.8 dessus ou... supprimer des slaves. On supporte au moins les deux LTS Ubuntu en service, et on arrivera bien à supporter quelques autres.
***
« juste après la release 2015.06, on merge c++11-new. »
Non. Ne garder que des slaves ubuntu a peu d'intérêt. C'est la diversité qui apporte de l'intérêt et permet de débusquer des bugs. Ça nous est arrivés plusieurs fois d'avoir certains slaves qui plantent mais pas tous.
***
> Ne garder que des slaves ubuntu a peu d'intérêt
Tout a fait d'accord. On essaiera de mettre à jour d'autres slaves, le but est d'avoir de la diversté... Mon post d'avant n'était pas pour dire que c'était fini, juste que en y passant un peu de temps, on peut tout à fait installer g++-4.8 sur d'anciens trucs (j'ai pris la 12.04 exprès).
D'où la proposition de faire cela en *début* de mois, après la release, on a un mois, ou même plus, pour mettre à jour les slaves (on a déjà vécu avec "all slaves" qui ne foncitonne pas 2 semaines !)
Je propose la motion "on ne fera pas de release suivante tant qu'on a pas réussi à configurer des slaves sur au moins 3 distribs différentes (ubuntu, xxx, xxx)". Les 3 différentes ne seront pas nécessairement les slaves actuels, on verra.
***
Autant passer « un peu de temps » avant le merge qu'après alors. Avoir un build cassé pendant 2 semaines n'est pas une situation normale.
Il faut aussi que les distribs soient suffisamment différentes (si c'est pour avoir Ubuntu, Debian et Linux Mint, ça n'apporte pas grand chose). freebsd, centos/fedora et ubuntu/debian semble un bon compromis. Je tiens particulièrement à freebsd qui n'est pas (trop ?) GNU à l'inverse des autres. Cela permet de nous alerter quand on utilise des choses spécifiques à GNU.
Si on arrive à avoir un compilateur plus récent (gcc 4.9) sur une distrib, ça serait bien aussi.
***
Mon gcc est en fait... "Apple LLVM version 6.0 (clang-600.0.56)"
Un clang, si possible sans pomme, ce serait bien.
***
Oui ça existe aussi sous Linux, ça serait bien
***
ok. On résume :
> au moins 3 distribs suffisament différentes : freebsd, centos/fedora et ubuntu/debian
> g++-4.8
> idéalement un g++-4.9 et un clang quelque part
***
CentOS 6.3 : c'est bon, sur les deux slaves
```
wget http://people.centos.org/tru/devtools-2/devtools-2.repo -O /etc/yum.repos.d/devtools-2.repo
yum install devtoolset-2-gcc devtoolset-2-binutils devtoolset-2-gcc-c++
scl enable devtoolset-2 bash # Open a shell running devtools
```
(au passage, /etc/yum.repos/epel* ne marchaient plus, j'ai du les enlever temporairement le temps de faire cela)
***
Il y a déjà un clang (non utilisé) sur freebsd, ça peut être un bon client…
***
les nouveaux gcc installés sont-ils les compilateurs par défaut sur les slaves ?
***
non, il ne vaut mieux pas vu qu'on n'est pas les seuls à utiliser les slaves. Il faut forcer :
- CentOS : "scl enable devtoolset-2 bash"
- Ubuntu : "make CXX=g++-4.8"
***
Avec la mise à jour de freebsd (9.2) on a gcc4.8 (pas par défaut) et clang 3.3, compatibles C++11.
Au passage la mise à jour m'a affiché ce message pour gcc (à voir si c'est utile) :
« To ensure binaries built with this toolchain find appropriate versions
of the necessary run-time libraries, you may want to link using
-Wl,-rpath=/usr/local/lib/gcc48
»
***
Comment gérer le fait d'avoir des commandes différentes à rentrer pour compiler sur certains slaves ?
***
vu ensemble: suite de tests directement dans Jenkins
***
meccano: installé g++-4.8 (en suivant doc/algo.org, pas par défaut)
Essayé de lancer avec "export CXX=g++-4.8", ne marche pas récursivement partout.
***
Bon, j'ai tout cassé avant de partir en we
On a eu une après-midi où tous les jobs Jenkins refonctionnaient :-)
***
freebsd :
```
cd /builds/workspace/Vidjil (all slaves)/label/freebsd
gmake CXX='clang++ -stdlib=libc++' MAKE=gmake
gmake CXX='g++48' MAKE=gmake (ou g++49, installé aussi)
```
ne toruve pas iostream, ou d'autres choses
***
https://bugs.freebsd.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=193528
Ajouter l'option -D_GLIBCXX_USE_C99 dans les CXXFLAGS
***
debian squeeze : ok
***
doc/algo.org reflète ce qu'on a actuellement.
à voir si on supprime / déplace vers un autre job Jenkins les 2 slaves qui ne fonctionnent pas...
***
« Je propose la motion "on ne fera pas de release suivante tant qu'on a pas réussi à configurer des slaves sur au moins 3 distribs différentes (ubuntu, xxx, xxx)". Les 3 différentes ne seront pas nécessairement les slaves actuels, on verra. »
On ne peut pas vraiment dire qu'on a 3 distribs différentes (ubuntu et debian sont très proches).
***
Certes... et c'était déjà le cas pour la release d'il y a trois mois...
***
Ok pour FreeBSD avec g++ (je n'arrive pas à compiler avec clang…).
Fedora upgradé à Fedora 19 → passe avec g++ mais utilisation de clang 3.3 (pour la diversité)
8 mois après et 36 messages plus tard, on a fini !
***
Bravo pour l'excellence de cette intégration continue :-)
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2505Le build Vidjil-pkg est cassé2017-09-08T11:22:48+02:00Mikaël SalsonLe build Vidjil-pkg est cassé```
+ ./create-git-version-h.sh
/tmp/hudson3330770862249711213.sh: line 8: ./create-git-version-h.sh: Permission denied
```
/cc @magiraud```
+ ./create-git-version-h.sh
/tmp/hudson3330770862249711213.sh: line 8: ./create-git-version-h.sh: Permission denied
```
/cc @magiraudMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2597Segfault en retirant delta_min2017-09-04T10:17:05+02:00Mathieu GiraudSegfault en retirant delta_minEn retirant `delta_min` (#1674), `should-get-tests/cdr3-stopcodon.should-get` est en segfault.En retirant `delta_min` (#1674), `should-get-tests/cdr3-stopcodon.should-get` est en segfault.Algo 2017.07https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2560segmenter_page + segmenter2017-08-30T12:20:24+02:00Mathieu Giraudsegmenter_page + segmenterUn test fonctionnel échoue, voir si cela est du à la branche en cours ou pas.
cc @aurelBZHUn test fonctionnel échoue, voir si cela est du à la branche en cours ou pas.
cc @aurelBZHhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2461Segmenteur : faire des tests2017-08-30T12:14:18+02:00Mathieu GiraudSegmenteur : faire des testshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2487addGermlineToSegmenter: créer et utiliser un m.germline_sequences2017-08-30T12:12:56+02:00Mathieu GiraudaddGermlineToSegmenter: créer et utiliser un m.germline_sequences