vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-09-04T09:39:55+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3973L'autocomplétion des tags provoque une erreur CORS2019-09-04T09:39:55+02:00Mikaël SalsonL'autocomplétion des tags provoque une erreur CORSQue ce soit sur la page principale ou sur l'ajout de samples :
```
Cross-Origin Request Blocked: The Same Origin Policy disallows reading the remote resource at https://db.vidjil.org/vidjil
[…]
(Reason: CORS header ‘Access-Control-Allow...Que ce soit sur la page principale ou sur l'ajout de samples :
```
Cross-Origin Request Blocked: The Same Origin Policy disallows reading the remote resource at https://db.vidjil.org/vidjil
[…]
(Reason: CORS header ‘Access-Control-Allow-Origin’ missing)
```
À noter qu'on n'a pas ce problème pour l'autocomplétion des noms d'échantillons.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3972Supprimer une ligne intermédaire du multiupload provoque une erreur2020-06-25T16:35:23+02:00Thonier FlorianSupprimer une ligne intermédaire du multiupload provoque une erreur~"REN-Rennes" a tenté l'autre jour un multi-upload.
Ils avaient une erreur avec les 11 premiers samples sur 22 qui étaient chargées (et présent X fois en plus), mais pas les suivant. En regardant de plus près la capture d'écran, je me s...~"REN-Rennes" a tenté l'autre jour un multi-upload.
Ils avaient une erreur avec les 11 premiers samples sur 22 qui étaient chargées (et présent X fois en plus), mais pas les suivant. En regardant de plus près la capture d'écran, je me suis aperçu que l'on passait de la ligne 11 à 13.
J'ai réessayé de provoquer l'erreur sur dev et il l'erreur est parfaitement reproductible.
J'ai localisé une ligne dans un fichier du serveur qui iter sur le nombre d’élément passé en POST je crois, et en déduisait des noms de lignes/div (ou une approche similaire). Comme elle était incapable de trouver la 12, il y avait une erreur.
Je recherche la ligne incriminée.
Ping @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3971Définition des axes dans fuse.py2023-06-29T15:12:23+02:00Mathieu GiraudDéfinition des axes dans fuse.pyDans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/503/diffs#9bd873768c2aee285edc7e9c0ba05f8c2125ca47_126_156, voir dans `fuse.py`, la fonction `get_value()` et la suivante :
```
if axe == "seg3":
retu...Dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/503/diffs#9bd873768c2aee285edc7e9c0ba05f8c2125ca47_126_156, voir dans `fuse.py`, la fonction `get_value()` et la suivante :
```
if axe == "seg3":
return self.d["seg"]["3"]["name"]
if axe == "lenSeq":
return len(self.d["sequence"])
if axe == "evalue":
return self.d["evalue"]["val"]
if axe == "seg5_delRight":
return self.d["seg"]["5"]["delRight"]
...
```
Beaucoup de choses donc codées en dur, @flothoni, on avait évoqué un jour ces choses. Il y a une partie de ~bikeshedding, mais pas que... si j'ai bien compris, c'est le pendant de `js/axes.js` et on a besoin de cela pour construire les distributions. Est-ce indispensable ? Comme c'est très gros, mettre déjà cela dans un fichier séparé `axes.py` ? (Mais c'est une méthode de `Clone`...)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3970fuse.py: quelle séquence conserver ? plus grande, meilleur top, plus de reads ?2022-05-20T11:45:37+02:00Thonier Florianfuse.py: quelle séquence conserver ? plus grande, meilleur top, plus de reads ?Un utilisateur [compare deux protocoles](https://app.vidjil.org/browser/index.html?custom=60329&custom=60331&clone=0) IGH: FR1 et primer leader.
Mais lors du fuse, nous conservons par défaut la séquence de la première analyse, à priori...Un utilisateur [compare deux protocoles](https://app.vidjil.org/browser/index.html?custom=60329&custom=60331&clone=0) IGH: FR1 et primer leader.
Mais lors du fuse, nous conservons par défaut la séquence de la première analyse, à priori sans considération sur la taille, qui est pourtant bien plus significative dans le second cas.
Nous devrions rajouter une vérification dans le script.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3969Clones virtuel et liste2019-10-29T09:09:11+01:00Mathieu GiraudClones virtuel et listeSoulevé par @mikael-s à propos de #3945 : à terme, les clones de distribution ne devraient peut-être pas tous apparaître dans la liste... mais les gros sont tout de même très intéressants. Peut-être les mettre sous un "smaller clones" ? ...Soulevé par @mikael-s à propos de #3945 : à terme, les clones de distribution ne devraient peut-être pas tous apparaître dans la liste... mais les gros sont tout de même très intéressants. Peut-être les mettre sous un "smaller clones" ? Uniquement certains ? À voir plus tard, voir déjà ce que cela donne.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3968Auto-complétion : interdire de cliquer sur "loading"2019-08-19T18:28:35+02:00Mathieu GiraudAuto-complétion : interdire de cliquer sur "loading"Met actuellement `<i>loading</i>` dans le champ de rechercheMet actuellement `<i>loading</i>` dans le champ de recherchehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3967Import natif de AIRR par le client2021-02-23T10:31:54+01:00Mathieu GiraudImport natif de AIRR par le clientVoir #3591. Sera donc fait après #3673.Voir #3591. Sera donc fait après #3673.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3966Faire fonctionner MiXCR avec Docker2020-02-03T16:46:22+01:00Mikaël SalsonFaire fonctionner MiXCR avec DockerLorsqu'on lance MiXCR depuis un container Docker cela nécessite d'avoir java dans le container, ce qui n'est pas le cas.
À l'heure actuelle, MiXCR ne peut être lancé sur app.
Comment corriger ?Lorsqu'on lance MiXCR depuis un container Docker cela nécessite d'avoir java dans le container, ce qui n'est pas le cas.
À l'heure actuelle, MiXCR ne peut être lancé sur app.
Comment corriger ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3965Utiliser la Notifications API du navigateur web ?2019-08-19T11:27:27+02:00Mathieu GiraudUtiliser la Notifications API du navigateur web ?Serait-ce pertinent d'utiliser en plus de notre système la Notifications API (voire la Push API) ?
https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/API/Notifications_API/Using_the_Notifications_API
https://caniuse.com/#feat=notificationsSerait-ce pertinent d'utiliser en plus de notre système la Notifications API (voire la Push API) ?
https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/API/Notifications_API/Using_the_Notifications_API
https://caniuse.com/#feat=notificationshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3964Running MiXCR through Vidjil2020-09-28T16:44:10+02:00Mathieu GiraudRunning MiXCR through VidjilReported by @meidanis :
> The first thing his analysis does is to combine R1 and R2. Shall I do
this as a pre-processing step? That was my inclination, but I'm not sure
the resulting file from "mixcr align" is a fastq file. Maybe it ...Reported by @meidanis :
> The first thing his analysis does is to combine R1 and R2. Shall I do
this as a pre-processing step? That was my inclination, but I'm not sure
the resulting file from "mixcr align" is a fastq file. Maybe it is
written in some other format. How can I continue the analysis then?
> Even if I continue the analysis calling mixcr again for the next step,
will it produce a `.vidjil` file? Does it know how to do that?
> Finally, is mixcr (the binary, executable) already installed in the
containers?
cc @flothoni @mikael-sThonier FlorianThonier Florian2019-12-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3963gitlab-ci.yml: utiliser `default:`2019-08-02T14:19:13+02:00Mathieu Giraudgitlab-ci.yml: utiliser `default:`https://about.gitlab.com/2019/07/22/gitlab-12-1-released/#codedefaultcode-keyword-for-top-level-codegitlab-ciymlcode-configurations
voir aussi #3450https://about.gitlab.com/2019/07/22/gitlab-12-1-released/#codedefaultcode-keyword-for-top-level-codegitlab-ciymlcode-configurations
voir aussi #3450https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3962clones virtuels : getSize2019-10-23T11:16:49+02:00Thonier Florianclones virtuels : getSizeIl faut savoir si le clone doit être pris en compte pour le calcul de la taille.
Je ne sais pas encore quel paramètre mettre. On devrait donc à minima avoir un paramètre qui indique son inclusion au calcul
Les clones de distributions au...Il faut savoir si le clone doit être pris en compte pour le calcul de la taille.
Je ne sais pas encore quel paramètre mettre. On devrait donc à minima avoir un paramètre qui indique son inclusion au calcul
Les clones de distributions auront une taille dynamique qui dépend du nombre de clones top affiché.
Il faut donc faire une boucle pour soustraire chaque clones réels et affichés aux valeurs des clones virtuels.
Il faut aussi être capable de retrouver pour un clone ses valeurs pour les axes définis.
Pour le moment, on ne intersecter qu'au cas des axes du genescan.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3961clones virtuels: clusterisation2019-10-23T16:47:16+02:00Thonier Florianclones virtuels: clusterisationTous les clones ne devraient pas être clusterisable.
Par exemple, les clones distrib ne doivent pas pouvoir l'être.
On doit donc avoir un paramètre aussi ici.Tous les clones ne devraient pas être clusterisable.
Par exemple, les clones distrib ne doivent pas pouvoir l'être.
On doit donc avoir un paramètre aussi ici.Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3960clones virtuels : présence d'une séquence et affichage dans le segmenteur2020-10-14T11:29:53+02:00Thonier Florianclones virtuels : présence d'une séquence et affichage dans le segmenteurUn clone qui ne possède pas de séquences ne pourra pas afficher toutes les informations normalement demandées.
On ne s'attend alors pas à le voir apparaître dans la vue segmenter.
Pour l'instant, nous avons 2 cas pratiques: les clones v...Un clone qui ne possède pas de séquences ne pourra pas afficher toutes les informations normalement demandées.
On ne s'attend alors pas à le voir apparaître dans la vue segmenter.
Pour l'instant, nous avons 2 cas pratiques: les clones virtuels (other) et les clones de distributions.
Une solution envisageable est que pour chaque clones que nous devrions afficher dans une vue, nous lui fassions passer un test de compatibilité avec celle-ci. Pour le cas de la séquence, son absence bloquerait l'utilisation de ce clone avec la vue segmenter.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3959clones virtuels: gestion des couleurs2019-12-10T10:58:34+01:00Thonier Florianclones virtuels: gestion des couleursPour le moment, nous avons une gestion simple de la couleur: nous demandons la valeur du clone pour l'axe XXX, et nous retournons la valeur correspondante à cette entrée. Si elle n'existe pas, nous retournons une couleur lambda (probable...Pour le moment, nous avons une gestion simple de la couleur: nous demandons la valeur du clone pour l'axe XXX, et nous retournons la valeur correspondante à cette entrée. Si elle n'existe pas, nous retournons une couleur lambda (probablement grise il me semble).
Nous pourrions imaginer pour les clones virtuels une couleur lambda différente, voir carrément une couleur différente pour tous les axes.
Une version simple serait de donner un paramètre alpha sur la couleur différent suivant le statu du clone. Ainsi, un clone non défini aura un gris classique, tandis que le clone virtuel aurait un gris pâle.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3958Changement de résultat du lien "to IMGT"2019-08-28T18:22:48+02:00Anne de SeptenvilleChangement de résultat du lien "to IMGT"Le lien "to IMGT" n'affiche plus le résultat de la requête IMGT mais uniquement la page http://www.imgt.org/IMGT_vquest/vquest.
Je n'ai pas compris si c'est une modification de Vidjil ou bien d'IMGT ?Le lien "to IMGT" n'affiche plus le résultat de la requête IMGT mais uniquement la page http://www.imgt.org/IMGT_vquest/vquest.
Je n'ai pas compris si c'est une modification de Vidjil ou bien d'IMGT ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3957Problème d'accès à Vidjil2019-08-20T19:55:04+02:00Anne de SeptenvilleProblème d'accès à VidjilBonjour,
Depuis hier fin d'après-midi, nous n'arrivons plus à accéder à https://app.vidjil.org/ (écran vide)
Je viens de tester ce matin https://rescue.vidjil.org/ et j'obtiens une erreur réseau.
Qu'en est-il de votre côté ?Bonjour,
Depuis hier fin d'après-midi, nous n'arrivons plus à accéder à https://app.vidjil.org/ (écran vide)
Je viens de tester ce matin https://rescue.vidjil.org/ et j'obtiens une erreur réseau.
Qu'en est-il de votre côté ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3956un clone ajouté manuellement passe à 100k reads si clusterisé2019-07-23T11:54:29+02:00Thonier Florianun clone ajouté manuellement passe à 100k reads si clusteriséJe suis parti du demo X5 100, j'ai selectionné le clone `TRDV1 2/7/2 D2 0/CGT/0 D3 3/CTCGGG/0 J1`, copié la séquence
et ajouté manuellement. Pas de souci, sauf si on fait un cluster avec un autre clone (ici l'original).
La taille est f...Je suis parti du demo X5 100, j'ai selectionné le clone `TRDV1 2/7/2 D2 0/CGT/0 D3 3/CTCGGG/0 J1`, copié la séquence
et ajouté manuellement. Pas de souci, sauf si on fait un cluster avec un autre clone (ici l'original).
La taille est fixé à 100k lors de son ajout (variable SIZE_MANUALLY_ADDED_CLONE dans model.js). Dans le scatter, on ne tient pas compte de cette taille car le clone est déclaré non quantifiable, et il y a un hack dessus. MAis en cas de clusteristaion, ce paramètre n'est plus valable, et on a un clone dont la taille est 100k qui vient ecrasé l'analyse.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3955Genescan : si le _average_read_length n'est pas fourni le faire sur la longue...2019-10-23T11:20:20+02:00Mikaël SalsonGenescan : si le _average_read_length n'est pas fourni le faire sur la longueur de la séquence du cloneLorsque le logiciel produisant le .vidjil ne remplit pas le champ `_average_read_length`, le genescan est moche puisqu'on a une seule barre au niveau du '?'. C'est dommage.
À la place on pourrait tracer le graphique en fonction de la tai...Lorsque le logiciel produisant le .vidjil ne remplit pas le champ `_average_read_length`, le genescan est moche puisqu'on a une seule barre au niveau du '?'. C'est dommage.
À la place on pourrait tracer le graphique en fonction de la taille des séquences de chaque clone. C'est moins bien que sur la longueur moyenne des reads, mais c'est mieux que d'avoir un graphique complètement inutile.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3954Graines différentes pour V et J2020-03-26T12:45:56+01:00Mathieu GiraudGraines différentes pour V et JSpécialise #1169.
Pensé depuis le début avec ~"cpp-aho".
@mikael-s : "on stocke déjà un `index_load` différent" et "en IGK, 30kbp pour V et 300bp pour J, 100 fois moins !"
Voir aussi #1364.Spécialise #1169.
Pensé depuis le début avec ~"cpp-aho".
@mikael-s : "on stocke déjà un `index_load` différent" et "en IGK, 30kbp pour V et 300bp pour J, 100 fois moins !"
Voir aussi #1364.